<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR974587.14	2000	GATCACAGTCCACCCCCGCCCCAAAAAAAGGTCAGCACTATGGGAGAAGA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1	GATCACAGTCCACCCCCGCCCCAAAAAAAGGTCAGCACTATGGGAGAAGA	50

C  CR974587.14	1950	CATTTAGAGGAAACCTAATTAGAGTTCCTGACTCTCTGGAAGCCTAAGTA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	51	CATTTAGAGGAAACCTAATTAGAGTTCCTGACTCTCTGGAAGCCTAAGTA	100

C  CR974587.14	1900	CAGTGTGGCATCCAGAACTACATTTCATCTCCCTACGTTGAGCAAGATCT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	101	CAGTGTGGCATCCAGAACTACATTTCATCTCCCTACGTTGAGCAAGATCT	150

C  CR974587.14	1850	TCAGCTTTTAATCATGCTGCAAATAATTACTGAATGCCCACACTGCAGCC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	151	TCAGCTTTTAATCATGCTGCAAATAATTACTGAATGCCCACACTGCAGCC	200

C  CR974587.14	1800	AGATCCAGTGGAGTACACTAAGCTGTCAAGAAGCTTACAGTCAGGTACAG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	201	AGATCCAGTGGAGTACACTAAGCTGTCAAGAAGCTTACAGTCAGGTACAG	250

C  CR974587.14	1750	AATAAAGATATCTAACAAGCTGAAAACGATCGCTGATAAACAAGCAGTAT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	251	AATAAAGATATCTAACAAGCTGAAAACGATCGCTGATAAACAAGCAGTAT	300

C  CR974587.14	1700	AGATAGAAAATAGACCCTTAGCCAAATTTCGGTCTGCTCTCATTTGCCAT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	301	AGATAGAAAATAGACCCTTAGCCAAATTTCGGTCTGCTCTCATTTGCCAT	350

C  CR974587.14	1650	CATGGAATGACACCCTTGCCTCCTTAACCTTCAACAGTTAACCTGCAGCG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	351	CATGGAATGACACCCTTGCCTCCTTAACCTTCAACAGTTAACCTGCAGCG	400

C  CR974587.14	1600	GATTAACTCGGGAAAGTCAGGATCCAAAATAATCAGTCTTTGAAGCTAAC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	401	GATTAACTCGGGAAAGTCAGGATCCAAAATAATCAGTCTTTGAAGCTAAC	450

C  CR974587.14	1550	CATTATTTTCACTGCTCCAAGACAAGGTGTCCCAATTTTAACCAGGGTGG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	451	CATTATTTTCACTGCTCCAAGACAAGGTGTCCCAATTTTAACCAGGGTGG	500

C  CR974587.14	1500	GCTCCCTTGCAAATGGGTGCCTCTGATTAACATGGAGCCTGGTGCGGGGA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	501	GCTCCCTTGCAAATGGGTGCCTCTGATTAACATGGAGCCTGGTGCGGGGA	550

C  CR974587.14	1450	TGTTGATGCAGAGCCTTTGCTGTCCTATGTAAAACACCCTCTTCTTAGGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	551	TGTTGATGCAGAGCCTTTGCTGTCCTATGTAAAACACCCTCTTCTTAGGA	600

C  CR974587.14	1400	GTTCCCGCGTAGTGCAGTGGGTTAAGAATCTGACTACAGTGGCTCGGGTT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	601	GTTCCCGCGTAGTGCAGTGGGTTAAGAATCTGACTACAGTGGCTCGGGTT	650

C  CR974587.14	1350	GCTGCAGAGGTGCAAGTTCAACCCCCAGCCTGATGCAGTGGGTCAAAGGA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	651	GCTGCAGAGGTGCAAGTTCAACCCCCAGCCTGATGCAGTGGGTCAAAGGA	700

C  CR974587.14	1300	TCCAGGGTCACTGAAGCTGCAGCTCAGATTCAATCCCGGGAGCTTTTATA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	701	TCCAGGGTCACTGAAGCTGCAGCTCAGATTCAATCCCGGGAGCTTTTATA	750

C  CR974587.14	1250	TGCCACGAGTGCAGGCATTAAAAAAAATTTTTTTTTTATTTAAAAATAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	751	TGCCACGAGTGCAGGCATTAAAAAAAATTTTTTTTTTATTTAAAAATAAA	800

C  CR974587.14	1200	AACATTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTCTTTTTAGGGCCACCC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	801	AACATTATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTCTTTTTAGGGCCACCC	850

C  CR974587.14	1150	CTGAGGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGAGGTGAATTGGATCTGTAGCC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	851	CTGAGGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGAGGTGAATTGGATCTGTAGCC	900

C  CR974587.14	1100	ACTGGCCTACACCACAGCCACAGCAACGTGGGATCTGAGCTTCGTCTGCA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	901	ACTGGCCTACACCACAGCCACAGCAACGTGGGATCTGAGCTTCGTCTGCA	950

C  CR974587.14	1050	ACCTACACCACAGCTCACCACAATGCCAGATCCGTAACCCATTGAGCGAG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	951	ACCTACACCACAGCTCACCACAATGCCAGATCCGTAACCCATTGAGCGAG	1000

C  CR974587.14	1000	GCCAGGGATCGAACCTGTATCCTCATGGATACAGTCAAGATTCGTTTCTG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1001	GCCAGGGATCGAACCTGTATCCTCATGGATACAGTCAAGATTCGTTTCTG	1050

C  CR974587.14	950	CTGAGCCATGATGGTAACTCCAGAAAAAATTACCCTTAATCCATTACCAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1051	CTGAGCCATGATGGTAACTCCAGAAAAAATTACCCTTAATCCATTACCAA	1100

C  CR974587.14	900	GGCCCTGCTCCCTTGATAACAATATCCTTTCTCTCCACTATCTTCCGGGC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1101	GGCCCTGCTCCCTTGATAACAATATCCTTTCTCTCCACTATCTTCCGGGC	1150

C  CR974587.14	850	TCCTATCACATTCAGATGATTTTCATCTCTCGCTCATTCGGCTTCCAGAT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1151	TCCTATCACATTCAGATGATTTTCATCTCTCGCTCATTCGGCTTCCAGAT	1200

C  CR974587.14	800	GCCCTTGTGGTGACTAAGCCATGGCTCCAGTTACAGTAGCCCCACTATTC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1201	GCCCTTGTGGTGACTAAGCCATGGCTCCAGTTACAGTAGCCCCACTATTC	1250

C  CR974587.14	750	ACCACCACCACCACCCATGTGTGCTAGCCCGTCTGGCAAACATTACCCTC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1251	ACCACCACCACCACCCATGTGTGCTAGCCCGTCTGGCAAACATTACCCTC	1300

C  CR974587.14	700	ATGCTTCTGCTACTCCTCACACTTTGTCAAGACATCCTCGAGGCCAACCT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1301	ATGCTTCTGCTACTCCTCACACTTTGTCAAGACATCCTCGAGGCCAACCT	1350

C  CR974587.14	650	AAGCATTTAATTCCATGCTTCCAACACAATTTGTACATAACTCTCATTAA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1351	AAGCATTTAATTCCATGCTTCCAACACAATTTGTACATAACTCTCATTAA	1400

C  CR974587.14	600	AGCAGACTTCTTATCATGTGAGGAAACAGACACTATCACTATATTTTAGG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1401	AGCAGACTTCTTATCATGTGAGGAAACAGACACTATCACTATATTTTAGG	1450

C  CR974587.14	550	ACTGCATTTCCCCCACCTAGGAACTCTGCCCCAACCTTCCCCCGGATACC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1451	ACTGCATTTCCCCCACCTAGGAACTCTGCCCCAACCTTCCCCCGGATACC	1500

C  CR974587.14	500	CTCTGTTGGAGCCAAGGTAACCACCAAACAAAACTTTTCAATATTCTTTT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1501	CTCTGTTGGAGCCAAGGTAACCACCAAACAAAACTTTTCAATATTCTTTT	1550

C  CR974587.14	450	CACCCTTCCTTTTCTCTTAGGCTGTTCCTCAGCTCCGTTCCCTCTTTCAC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1551	CACCCTTCCTTTTCTCTTAGGCTGTTCCTCAGCTCCGTTCCCTCTTTCAC	1600

C  CR974587.14	400	ACTTTGCTATTGCGTTTAAAATCCGAGAGCTTTCCTTAAATTACAGAAAC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1601	ACTTTGCTATTGCGTTTAAAATCCGAGAGCTTTCCTTAAATTACAGAAAC	1650

C  CR974587.14	350	CACTTCCACAGCATCCCACAGGACTCAAAACATGCTCATGTCAATGTACA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1651	CACTTCCACAGCATCCCACAGGACTCAAAACATGCTCATGTCAATGTACA	1700

C  CR974587.14	300	CAAAGGCATGACCTATCTACTTGCAAAACAGTGCCGGGCACTGATAAAGA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1701	CAAAGGCATGACCTATCTACTTGCAAAACAGTGCCGGGCACTGATAAAGA	1750

C  CR974587.14	250	GTTTTGAAACAAATAAGTGAAACAAATAAGCTCCATAAAGAAGATCACGT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1751	GTTTTGAAACAAATAAGTGAAACAAATAAGCTCCATAAAGAAGATCACGT	1800

C  CR974587.14	200	CCCACCACCAAGAGTCTGTGAGAGAACCAGCTAAAGGTTGAGTCAGCATC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1801	CCCACCACCAAGAGTCTGTGAGAGAACCAGCTAAAGGTTGAGTCAGCATC	1850

C  CR974587.14	150	CCCAGCCAGCCGCAATACGCCCTTGCTCCAAACGAGTTTTCTGACAACTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1851	CCCAGCCAGCCGCAATACGCCCTTGCTCCAAACGAGTTTTCTGACAACTT	1900

C  CR974587.14	100	TTTCCGTCCTCGAGGAGAAAGAATCATGCTGACTATCTTTTACCCGGAAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1901	TTTCCGTCCTCGAGGAGAAAGAATCATGCTGACTATCTTTTACCCGGAAT	1950

C  CR974587.14	50	ATACGGTTTCTCTACTCAATCTGAGAAGTCTCCCAGGTCAAGGGTAAATC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956396.6	1951	ATACGGTTTCTCTACTCAATCTGAGAAGTCTCCCAGGTCAAGGGTAAATC	2000

Overview

Query
CR974587.14 - 165092 bps
Hit
CR956396.6 - 175108 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001983200012000-1120001
293.82072599464694904-126927271841
391.642182989771998016-127177274751
492.2212281115906116186127188274691
591.932112855442354707127189274731
693.362222846268862971127190274751
794.12342889461694903-127190274771
893.62122679463794903143729439941
993.982162669773898003143729439941
1095.112232656268862952-143729439941
1191.162132949772398016162647629401
1294.022403006268862987-181685819851
1391.982193041609016393-181689819871
1495.262462959461094904181691819861
1592.542252959771098004181692819861
1693.662282845442454707-181702819851
1792.83217279115908116186-181707819851
1893.44217275946299490311221351224081
1992.36210275115907116181-11221351224091
2093.012112716268862958-11221371224081
2192.89208268946369490311285661288321
2294.22102589464694903-11303351305931
2392.92207268946409490711314611317281
2494.332292809462894907-11529301532111
2592.73207271626886295811529341532081
2691.472143016268862988-11542911545951
2791.422193011609016390-11542951545971
2892.26222296946099490411543001545961
2994.672292815442454704-11543151545951
Short-link