<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956397.19	1	GATCCAGGAGTCAGAGTCTTGCCTTCCAATCCTGCACCCGTGGCTCGGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	87975	GATCCAGGAGTCAGAGTCTTGCCTTCCAATCCTGCACCCGTGGCTCGGCT	88024

CR956397.19	51	GTGTGACTCTACAGAGTCACTCAACCTCTCTGCCCCAGTTTTTCAGTTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88025	GTGTGACTCTACAGAGTCACTCAACCTCTCTGCCCCAGTTTTTCAGTTGT	88074

CR956397.19	101	GAAATCCCAGTGCTATTGGGTCCTATTGAGTCTATTTGAAGGGGTTGTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88075	GAAATCCCAGTGCTATTGGGTCCTATTGAGTCTATTTGAAGGGGTTGTTT	88124

CR956397.19	151	GTGACAATTAAGTGAGTTCATACATGTCCAGGGCTGAGTATAGTCTTGGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88125	GTGACAATTAAGTGAGTTCATACATGTCCAGGGCTGAGTATAGTCTTGGC	88174

CR956397.19	201	CATAAGATCAAACGGCTGCTAAATGGAGGCCAATGTTGTTTCCAGAAGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88175	CATAAGATCAAACGGCTGCTAAATGGAGGCCAATGTTGTTTCCAGAAGGA	88224

CR956397.19	251	GGCTGATCTTCTCCAGGGCCGAGCCCCTGGCCACCCTCTCCTCATCCCGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88225	GGCTGATCTTCTCCAGGGCCGAGCCCCTGGCCACCCTCTCCTCATCCCGT	88274

CR956397.19	301	CTCTCCTCTTGGCGGAGCTGGCTTTTCCGGCTGAGCTGCCATGGAGCCCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88275	CTCTCCTCTTGGCGGAGCTGGCTTTTCCGGCTGAGCTGCCATGGAGCCCC	88324

CR956397.19	351	CGCTGCACCTTCCGGGCACACCTGCTTGCTCACGAGCTCCTGGGCTCATC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88325	CGCTGCACCTTCCGGGCACACCTGCTTGCTCACGAGCTCCTGGGCTCATC	88374

CR956397.19	401	TCCACCCCAGAGGGGGAGCCTTCTACCCGTTAAAATTTTGTCCCCCACCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88375	TCCACCCCAGAGGGGGAGCCTTCTACCCGTTAAAATTTTGTCCCCCACCC	88424

CR956397.19	451	CCGGCCCCTTCCCACCGCCTTTGGGGTAGAAGATGGAGGTGCAGTTTCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88425	CCGGCCCCTTCCCACCGCCTTTGGGGTAGAAGATGGAGGTGCAGTTTCTG	88474

CR956397.19	501	CAACGCCGCTTCAGAGAAGGAGAGTAGCTGAACGCTCTCGGGTGTAGGAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88475	CAACGCCGCTTCAGAGAAGGAGAGTAGCTGAACGCTCTCGGGTGTAGGAG	88524

CR956397.19	551	TTAGGTTATAATTCCCAAGTTTCTCTGAACATTTTTCTAACTGGATCTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88525	TTAGGTTATAATTCCCAAGTTTCTCTGAACATTTTTCTAACTGGATCTTT	88574

CR956397.19	601	TTGTGTCGTCTCAGAATAGACACACTTGTGGGCTTTCCTGCGCTCAAAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88575	TTGTGTCGTCTCAGAATAGACACACTTGTGGGCTTTCCTGCGCTCAAAAT	88624

CR956397.19	651	AGTTGTGAGATAGGAGTTGAAATCGACATCTGAGTTTGAATTATAACAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88625	AGTTGTGAGATAGGAGTTGAAATCGACATCTGAGTTTGAATTATAACAAC	88674

CR956397.19	701	TTGGGTATAACTTTTGATTGGATGCATTTCACCAGCCAAATGTGGCTGCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88675	TTGGGTATAACTTTTGATTGGATGCATTTCACCAGCCAAATGTGGCTGCT	88724

CR956397.19	751	TCTGCAAATACAGCTTCCTTTTAAGGAAGAGCAGAATTCCTGCGTGAGGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88725	TCTGCAAATACAGCTTCCTTTTAAGGAAGAGCAGAATTCCTGCGTGAGGG	88774

CR956397.19	801	CTGTGCCTCAAAGTGGGCCTTCGGCAGCGTGGCGGCGTGCCCTGAGAGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88775	CTGTGCCTCAAAGTGGGCCTTCGGCAGCGTGGCGGCGTGCCCTGAGAGGT	88824

CR956397.19	851	GAGTGGCGGGTCTCCCGGCGGTTCCAGACTCGCCACCTACTCCTGCCGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88825	GAGTGGCGGGTCTCCCGGCGGTTCCAGACTCGCCACCTACTCCTGCCGAG	88874

CR956397.19	901	GCCTCTGATGAAGGCAGAGCTGCCCGGCTTAGGGGTTGGCGGGGTCGGCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88875	GCCTCTGATGAAGGCAGAGCTGCCCGGCTTAGGGGTTGGCGGGGTCGGCG	88924

CR956397.19	951	GCTCTACACCTGCCTGAATGGGGCCCTTGTGCGATCTGGGCTGATACTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88925	GCTCTACACCTGCCTGAATGGGGCCCTTGTGCGATCTGGGCTGATACTCT	88974

CR956397.19	1001	GGCCCAGGTACCTGGTCCAGGGTACCTGAGGGCCTTGGCTCTGAGGCCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	88975	GGCCCAGGTACCTGGTCCAGGGTACCTGAGGGCCTTGGCTCTGAGGCCAG	89024

CR956397.19	1051	TGGGATGGTATTGGAGTCTTGCCCCCTCCACTTATGATGGTTGTGACTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89025	TGGGATGGTATTGGAGTCTTGCCCCCTCCACTTATGATGGTTGTGACTTT	89074

CR956397.19	1101	GGGCCCCCAACTCCATTTCCGTGTCTCAGGTTCCCCCTCTGTTGAGGCGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89075	GGGCCCCCAACTCCATTTCCGTGTCTCAGGTTCCCCCTCTGTTGAGGCGC	89124

CR956397.19	1151	AAGAACCCCCCTGCTTGCCTCCCTGGGTCGTTGTAAAGACTCAACCTGCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89125	AAGAACCCCCCTGCTTGCCTCCCTGGGTCGTTGTAAAGACTCAACCTGCT	89174

CR956397.19	1201	GACCCGTGGAAGGCTCTTAGAACAGTGACTGGCAGGGGTCGGTTTGGCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89175	GACCCGTGGAAGGCTCTTAGAACAGTGACTGGCAGGGGTCGGTTTGGCTG	89224

CR956397.19	1251	GTTTGGGTGGCTCAGCACATGGCAGGTGGACAGTGAGCGTGCGAGGAGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89225	GTTTGGGTGGCTCAGCACATGGCAGGTGGACAGTGAGCGTGCGAGGAGCT	89274

CR956397.19	1301	GAACTGAGGTAGGTGTTGGTGGTACTCCCCCTTCACAAGTCAAGGTACCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89275	GAACTGAGGTAGGTGTTGGTGGTACTCCCCCTTCACAAGTCAAGGTACCT	89324

CR956397.19	1351	CGAGGATGCTCGGGGGCCTCGAACGGGGCCCCCAGGAGACCTGGAGACAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89325	CGAGGATGCTCGGGGGCCTCGAACGGGGCCCCCAGGAGACCTGGAGACAG	89374

CR956397.19	1401	CTCACCAAGGGCCGTGAGGTGGAGATGGCACGGGTGCCACCAGCTGCAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89375	CTCACCAAGGGCCGTGAGGTGGAGATGGCACGGGTGCCACCAGCTGCAGA	89424

CR956397.19	1451	CCCGCGAGGGGACGCGAGGCCCTCCCATTCTGGACTCTGCTGTCCTCTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89425	CCCGCGAGGGGACGCGAGGCCCTCCCATTCTGGACTCTGCTGTCCTCTTC	89474

CR956397.19	1501	TTCCAAGTGACAGAACTGCTCCTAAAAGGCTCACAAAGAGCTGTCCCTCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89475	TTCCAAGTGACAGAACTGCTCCTAAAAGGCTCACAAAGAGCTGTCCCTCG	89524

CR956397.19	1551	GCCCTGGCCCCGGCCTGGGATGCTGCCTCTCAGCAGATGCGGTTCACTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89525	GCCCTGGCCCCGGCCTGGGATGCTGCCTCTCAGCAGATGCGGTTCACTCT	89574

CR956397.19	1601	GCACAGCAAGAGACCCGGGTACCACTTGCCTTACGGAGACTACAGGTGTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89575	GCACAGCAAGAGACCCGGGTACCACTTGCCTTACGGAGACTACAGGTGTG	89624

CR956397.19	1651	GCAGCGCCCTCGCCACGAGATGGAAAGAGAAGGCACTTAACTTCATTTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89625	GCAGCGCCCTCGCCACGAGATGGAAAGAGAAGGCACTTAACTTCATTTTT	89674

CR956397.19	1701	TAAACAATATTTTATTGATTTAACTGACGCCGTCTAGTCAGGGGGTCCCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89675	TAAACAATATTTTATTGATTTAACTGACGCCGTCTAGTCAGGGGGTCCCC	89724

CR956397.19	1751	ACCTGCCTTGCCTGAGCGGATGGGCAGAAAGGGAGGGCATGGGGGAGGCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89725	ACCTGCCTTGCCTGAGCGGATGGGCAGAAAGGGAGGGCATGGGGGAGGCC	89774

CR956397.19	1801	TGGCTGATGCAATTAATCCTTTCAAAGTGCGGCTGAGGGGCCACCATGCG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89775	TGGCTGATGCAATTAATCCTTTCAAAGTGCGGCTGAGGGGCCACCATGCG	89824

CR956397.19	1851	GAGGGGCACCTGGCAGGCGGGGGGTGGGGGTGGCGGCCCCAGGTCGGGTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89825	GAGGGGCACCTGGCAGGCGGGGGGTGGGGGTGGCGGCCCCAGGTCGGGTC	89874

CR956397.19	1901	TATATCGCCTGATCTGGGTACAGGTCCCCTAGGGGGTCCTCCTTGGTGGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89875	TATATCGCCTGATCTGGGTACAGGTCCCCTAGGGGGTCCTCCTTGGTGGG	89924

CR956397.19	1951	CAATGCCACAGGCCCTGCACTTTCTGAAGGGCTGTGATGCTCCAGTCACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956395.7	89925	CAATGCCACAGGCCCTGCACTTTCTGAAGGGCTGTGATGCTCCAGTCACA	89974

Overview

Query
CR956397.19 - 177531 bps
Hit
CR956395.7 - 89974 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001980200012000187975899741
290.4319228127865281451610663871
389.6118628331570318521610663841
490.711912703751537784-1611663841
590.641882691519231521911612063861
691.88170233152435152667-1615563881
793.182082643751437777-118807190701
890.64189268151926152193118807190731
991.571932612788228142118809190691
1094.261992443161031853118827190701
1192.422122772786728143144949452251
1293.482202763157731852144949452241
1394.532252733751537787-144951452241
1494.81226270151921152190144956452251
1592.31195259152438152696-144966452251
1692.211712313162231852-163538637681
1791.22190263151927152189-163538637991
1890.841882623751537776163538637991
1993.932252822786128142-169017692961
2095.422412833157031852-169017693001
2192.05198264151926152189-169017692801
2293.012112713751537785169017692881
Short-link