<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CR974458.2 1 GATCATATTCTGGAAGGAGAAATAACTTTTTATAACTTTCTCCAAGATAG 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 10808 GATCATATTCTGGAAGGAGAAATAACTTTTTATAACTTTCTCCAAGATAG 10857 CR974458.2 51 ATGTAGATAAATAGGTATAGATGATATAGATAGAGGTATAGAATTTTACA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 10858 ATGTAGATAAATAGGTATAGATGATATAGATAGAGGTATAGAATTTTACA 10907 CR974458.2 101 ATTTCCAGTTAATCGCTTGAGGATGTGTGAACTTTCACTCCTTTTTATTG 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 10908 ATTTCCAGTTAATCGCTTGAGGATGTGTGAACTTTCACTCCTTTTTATTG 10957 CR974458.2 151 AGACATATCTTGAAGTGCTTAAGTGGTTAATAACAGAGATCTGTCTGGGC 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 10958 AGACATATCTTGAAGTGCTTAAGTGGTTAATAACAGAGATCTGTCTGGGC 11007 CR974458.2 201 CCAGAGTGGCTACTTGATCCTGGCTGAGCTAGTCACCACCTGTGTGACCT 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11008 CCAGAGTGGCTACTTGATCCTGGCTGAGCTAGTCACCACCTGTGTGACCT 11057 CR974458.2 251 TGAGAATGGCACTTACACTCTCTCTTTCTCTTGCTTTCCTCGTTTGTAAC 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11058 TGAGAATGGCACTTACACTCTCTCTTTCTCTTGCTTTCCTCGTTTGTAAC 11107 CR974458.2 301 ATAGAATAAAAATAAATATTACTTCGGAGAGTTGATATGAGCATTGAATG 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11108 ATAGAATAAAAATAAATATTACTTCGGAGAGTTGATATGAGCATTGAATG 11157 CR974458.2 351 AATTAATATTTGCAAAGCACACAGAGCAGTGCTCTCAACAGCATTCGTAA 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11158 AATTAATATTTGCAAAGCACACAGAGCAGTGCTCTCAACAGCATTCGTAA 11207 CR974458.2 401 AATAAATTCACTCTGAATTTCTTCTGTAGTTTCTTCTGACTCTAGTTTAT 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11208 AATAAATTCACTCTGAATTTCTTCTGTAGTTTCTTCTGACTCTAGTTTAT 11257 CR974458.2 451 GAGATGAAAATAAATCCACTCTCACTTTTTTGTAACTGCTAGGCTGATAC 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11258 GAGATGAAAATAAATCCACTCTCACTTTTTTGTAACTGCTAGGCTGATAC 11307 CR974458.2 501 CCTTCAGATTTATATGCCTAGTTATAAATGATCACAAAGAACTTGAATAC 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11308 CCTTCAGATTTATATGCCTAGTTATAAATGATCACAAAGAACTTGAATAC 11357 CR974458.2 551 TTTCATGAGAAAAAATGACGTTAAAATAATACGTCCTTTAAAATGTATGA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11358 TTTCATGAGAAAAAATGACGTTAAAATAATACGTCCTTTAAAATGTATGA 11407 CR974458.2 601 TTTGAATGCTTCAGTTTGTCAAAATGTTGTTCATTTAAACATTTAGCGAT 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11408 TTTGAATGCTTCAGTTTGTCAAAATGTTGTTCATTTAAACATTTAGCGAT 11457 CR974458.2 651 TTTGTTTTGTTTTCTAGTTTCAGTCCACACATTTGGAGATGATGCCCTGC 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11458 TTTGTTTTGTTTTCTAGTTTCAGTCCACACATTTGGAGATGATGCCCTGC 11507 CR974458.2 701 AGGCTATATTTTATTATAATTATTCTGTCAGTGTCAAGAATGCAGATAAA 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11508 AGGCTATATTTTATTATAATTATTCTGTCAGTGTCAAGAATGCAGATAAA 11557 CR974458.2 751 TAGGTTTGATTTGTCCACTGAGAATTAACCCACTGTGTGCCAGGGCCCTC 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11558 TAGGTTTGATTTGTCCACTGAGAATTAACCCACTGTGTGCCAGGGCCCTC 11607 CR974458.2 801 ATCCATGCACCACTTTTTGGGCCAAAAAATTCTCTGGGGCATATAATCAA 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11608 ATCCATGCACCACTTTTTGGGCCAAAAAATTCTCTGGGGCATATAATCAA 11657 CR974458.2 851 AATATCAACGTGTTGCATTTAACCAGGGAAATGGAATAAAGATATATAAA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11658 AATATCAACGTGTTGCATTTAACCAGGGAAATGGAATAAAGATATATAAA 11707 CR974458.2 901 AAAAAAGAATACATACATGCAATTACTCACAGCTCTCAATATGATATTAG 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11708 AAAAAAGAATACATACATGCAATTACTCACAGCTCTCAATATGATATTAG 11757 CR974458.2 951 TGCTGGCAATTTGCTGAATCACACAGTTGATAACCAGAAAATCTGGCCCC 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11758 TGCTGGCAATTTGCTGAATCACACAGTTGATAACCAGAAAATCTGGCCCC 11807 CR974458.2 1001 CTTTACTCTCAACTTAGAACAGTGTCATTGCTCAGAGTGACAGCAGAATG 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11808 CTTTACTCTCAACTTAGAACAGTGTCATTGCTCAGAGTGACAGCAGAATG 11857 CR974458.2 1051 GATGCGTAAAGAGAATAAATTCATTATTCTTACCCTCATTTCAGAGGAAT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11858 GATGCGTAAAGAGAATAAATTCATTATTCTTACCCTCATTTCAGAGGAAT 11907 CR974458.2 1101 AATGAGATGTGAATAAGTGACTCAAAAAAAAGAACAACTCACCACCAGAT 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11908 AATGAGATGTGAATAAGTGACTCAAAAAAAAGAACAACTCACCACCAGAT 11957 CR974458.2 1151 GTCTCCACTTTGTAAGGCAATTAACAAAACGAAACAAAGGAGACTCAAAG 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 11958 GTCTCCACTTTGTAAGGCAATTAACAAAACGAAACAAAGGAGACTCAAAG 12007 CR974458.2 1201 GGAGGGCTGATTTAGGGCAGTGGTTCTGCTCTGGGGGAGATTTTGTATCT 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12008 GGAGGGCTGATTTAGGGCAGTGGTTCTGCTCTGGGGGAGATTTTGTATCT 12057 CR974458.2 1251 GCCCAGGTGACATCTGGCAATTCTGGAAACATTTGACTGTCACAGCTAGA 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12058 GCCCAGGTGACATCTGGCAATTCTGGAAACATTTGACTGTCACAGCTAGA 12107 CR974458.2 1301 AGGAGGGGTCCCACTGGTGTCTAGTGGGTAGAAGCCGGGGATGCTGGTAA 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12108 AGGAGGGGTCCCACTGGTGTCTAGTGGGTAGAAGCCGGGGATGCTGGTAA 12157 CR974458.2 1351 ACAGAGCACACAGAACAGCCTTACCCAACACGGAATCACCAGTCCTGAAA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12158 ACAGAGCACACAGAACAGCCTTACCCAACACGGAATCACCAGTCCTGAAA 12207 CR974458.2 1401 CGGTGGCACCGACGTTGAGAAACCCTTTGGGGGACCTTTGGTTTGCTTGG 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12208 CGGTGGCACCGACGTTGAGAAACCCTTTGGGGGACCTTTGGTTTGCTTGG 12257 CR974458.2 1451 TTGGCATCATAGCCTACTGAGCCTCTGCAGTCTTTTCCCTTTCTCCTTGC 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12258 TTGGCATCATAGCCTACTGAGCCTCTGCAGTCTTTTCCCTTTCTCCTTGC 12307 CR974458.2 1501 GACGCAGTAAAAGGCGGTGAGAAGAGGGGAGGTGGGCGTCAACACAGTGT 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12308 GACGCAGTAAAAGGCGGTGAGAAGAGGGGAGGTGGGCGTCAACACAGTGT 12357 CR974458.2 1551 TCCTCCAGCCGTGGGCAGACCTCCCGCCTGCGGGCTCCCTGTCGTCCTCT 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12358 TCCTCCAGCCGTGGGCAGACCTCCCGCCTGCGGGCTCCCTGTCGTCCTCT 12407 CR974458.2 1601 TTACGTGTGAATTCCTTTGGACCAGACCGGCGGCTCACTGCCAGCCTGGC 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12408 TTACGTGTGAATTCCTTTGGACCAGACCGGCGGCTCACTGCCAGCCTGGC 12457 CR974458.2 1651 CAAGATCGTTTACCATCGTCATACGCCTCGTGCTTGGAGTGCGTGACAGG 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12458 CAAGATCGTTTACCATCGTCATACGCCTCGTGCTTGGAGTGCGTGACAGG 12507 CR974458.2 1701 TGGTACAGGCCCAATCAGTTTGTCAAAGGAGTAATGGCATGAGTTCACCC 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12508 TGGTACAGGCCCAATCAGTTTGTCAAAGGAGTAATGGCATGAGTTCACCC 12557 CR974458.2 1751 TAATAGGATCGTGCCTCTAAGAGGAGCATGGAGGAAACGGGGGGTTGAAA 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12558 TAATAGGATCGTGCCTCTAAGAGGAGCATGGAGGAAACGGGGGGTTGAAA 12607 CR974458.2 1801 GAGGTACTTCCCAATCAGTCGGTCCCGGGCTTAAGGCCAGACTGGGGCCT 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12608 GAGGTACTTCCCAATCAGTCGGTCCCGGGCTTAAGGCCAGACTGGGGCCT 12657 CR974458.2 1851 TAACACGCAGGCAAGCCTTAGCGGAACAGTAGATTGTTGGGAAGAGAACT 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12658 TAACACGCAGGCAAGCCTTAGCGGAACAGTAGATTGTTGGGAAGAGAACT 12707 CR974458.2 1901 GAGATGCGAACAAAGTTTTGAAGGAAAATATCAAGCGAGAATTCTGTACA 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12708 GAGATGCGAACAAAGTTTTGAAGGAAAATATCAAGCGAGAATTCTGTACA 12757 CR974458.2 1951 CAATTTATACACAACTAAGAAGTCATCCACATGTAAAGGCAATGGCCAAC 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956394.6 12758 CAATTTATACACAACTAAGAAGTCATCCACATGTAAAGGCAATGGCCAAC 12807
Overview
- Query
- CR974458.2 - 177939 bps
- Hit
- CR956394.6 - 12807 bps
- Total alignments
- 12
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1981 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 10808 | 12807 | 1 |
| 2 | 83.74 | 60 | 122 | 146059 | 146180 | 1 | 7144 | 7266 | 1 |
| 3 | 82.41 | 49 | 108 | 8628 | 8735 | -1 | 7159 | 7266 | 1 |
| 4 | 87.07 | 69 | 117 | 150411 | 150527 | -1 | 7159 | 7274 | 1 |
| 5 | 90.67 | 50 | 75 | 171883 | 171957 | 1 | 7159 | 7233 | 1 |
| 6 | 83.25 | 102 | 215 | 142710 | 142924 | -1 | 7869 | 8083 | 1 |
| 7 | 86.26 | 104 | 183 | 99341 | 99523 | 1 | 7869 | 8050 | 1 |
| 8 | 83.25 | 105 | 216 | 110200 | 110415 | 1 | 7869 | 8083 | 1 |
| 9 | 80.6 | 84 | 201 | 8655 | 8855 | -1 | 10554 | 10754 | 1 |
| 10 | 80.82 | 91 | 220 | 150405 | 150624 | -1 | 10577 | 10795 | 1 |
| 11 | 80.9 | 84 | 199 | 130866 | 131064 | 1 | 10582 | 10780 | 1 |
| 12 | 80.49 | 82 | 206 | 84866 | 85071 | -1 | 10593 | 10797 | 1 |
