<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR974458.2	1	GATCATATTCTGGAAGGAGAAATAACTTTTTATAACTTTCTCCAAGATAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	10808	GATCATATTCTGGAAGGAGAAATAACTTTTTATAACTTTCTCCAAGATAG	10857

CR974458.2	51	ATGTAGATAAATAGGTATAGATGATATAGATAGAGGTATAGAATTTTACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	10858	ATGTAGATAAATAGGTATAGATGATATAGATAGAGGTATAGAATTTTACA	10907

CR974458.2	101	ATTTCCAGTTAATCGCTTGAGGATGTGTGAACTTTCACTCCTTTTTATTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	10908	ATTTCCAGTTAATCGCTTGAGGATGTGTGAACTTTCACTCCTTTTTATTG	10957

CR974458.2	151	AGACATATCTTGAAGTGCTTAAGTGGTTAATAACAGAGATCTGTCTGGGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	10958	AGACATATCTTGAAGTGCTTAAGTGGTTAATAACAGAGATCTGTCTGGGC	11007

CR974458.2	201	CCAGAGTGGCTACTTGATCCTGGCTGAGCTAGTCACCACCTGTGTGACCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11008	CCAGAGTGGCTACTTGATCCTGGCTGAGCTAGTCACCACCTGTGTGACCT	11057

CR974458.2	251	TGAGAATGGCACTTACACTCTCTCTTTCTCTTGCTTTCCTCGTTTGTAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11058	TGAGAATGGCACTTACACTCTCTCTTTCTCTTGCTTTCCTCGTTTGTAAC	11107

CR974458.2	301	ATAGAATAAAAATAAATATTACTTCGGAGAGTTGATATGAGCATTGAATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11108	ATAGAATAAAAATAAATATTACTTCGGAGAGTTGATATGAGCATTGAATG	11157

CR974458.2	351	AATTAATATTTGCAAAGCACACAGAGCAGTGCTCTCAACAGCATTCGTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11158	AATTAATATTTGCAAAGCACACAGAGCAGTGCTCTCAACAGCATTCGTAA	11207

CR974458.2	401	AATAAATTCACTCTGAATTTCTTCTGTAGTTTCTTCTGACTCTAGTTTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11208	AATAAATTCACTCTGAATTTCTTCTGTAGTTTCTTCTGACTCTAGTTTAT	11257

CR974458.2	451	GAGATGAAAATAAATCCACTCTCACTTTTTTGTAACTGCTAGGCTGATAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11258	GAGATGAAAATAAATCCACTCTCACTTTTTTGTAACTGCTAGGCTGATAC	11307

CR974458.2	501	CCTTCAGATTTATATGCCTAGTTATAAATGATCACAAAGAACTTGAATAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11308	CCTTCAGATTTATATGCCTAGTTATAAATGATCACAAAGAACTTGAATAC	11357

CR974458.2	551	TTTCATGAGAAAAAATGACGTTAAAATAATACGTCCTTTAAAATGTATGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11358	TTTCATGAGAAAAAATGACGTTAAAATAATACGTCCTTTAAAATGTATGA	11407

CR974458.2	601	TTTGAATGCTTCAGTTTGTCAAAATGTTGTTCATTTAAACATTTAGCGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11408	TTTGAATGCTTCAGTTTGTCAAAATGTTGTTCATTTAAACATTTAGCGAT	11457

CR974458.2	651	TTTGTTTTGTTTTCTAGTTTCAGTCCACACATTTGGAGATGATGCCCTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11458	TTTGTTTTGTTTTCTAGTTTCAGTCCACACATTTGGAGATGATGCCCTGC	11507

CR974458.2	701	AGGCTATATTTTATTATAATTATTCTGTCAGTGTCAAGAATGCAGATAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11508	AGGCTATATTTTATTATAATTATTCTGTCAGTGTCAAGAATGCAGATAAA	11557

CR974458.2	751	TAGGTTTGATTTGTCCACTGAGAATTAACCCACTGTGTGCCAGGGCCCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11558	TAGGTTTGATTTGTCCACTGAGAATTAACCCACTGTGTGCCAGGGCCCTC	11607

CR974458.2	801	ATCCATGCACCACTTTTTGGGCCAAAAAATTCTCTGGGGCATATAATCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11608	ATCCATGCACCACTTTTTGGGCCAAAAAATTCTCTGGGGCATATAATCAA	11657

CR974458.2	851	AATATCAACGTGTTGCATTTAACCAGGGAAATGGAATAAAGATATATAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11658	AATATCAACGTGTTGCATTTAACCAGGGAAATGGAATAAAGATATATAAA	11707

CR974458.2	901	AAAAAAGAATACATACATGCAATTACTCACAGCTCTCAATATGATATTAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11708	AAAAAAGAATACATACATGCAATTACTCACAGCTCTCAATATGATATTAG	11757

CR974458.2	951	TGCTGGCAATTTGCTGAATCACACAGTTGATAACCAGAAAATCTGGCCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11758	TGCTGGCAATTTGCTGAATCACACAGTTGATAACCAGAAAATCTGGCCCC	11807

CR974458.2	1001	CTTTACTCTCAACTTAGAACAGTGTCATTGCTCAGAGTGACAGCAGAATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11808	CTTTACTCTCAACTTAGAACAGTGTCATTGCTCAGAGTGACAGCAGAATG	11857

CR974458.2	1051	GATGCGTAAAGAGAATAAATTCATTATTCTTACCCTCATTTCAGAGGAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11858	GATGCGTAAAGAGAATAAATTCATTATTCTTACCCTCATTTCAGAGGAAT	11907

CR974458.2	1101	AATGAGATGTGAATAAGTGACTCAAAAAAAAGAACAACTCACCACCAGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11908	AATGAGATGTGAATAAGTGACTCAAAAAAAAGAACAACTCACCACCAGAT	11957

CR974458.2	1151	GTCTCCACTTTGTAAGGCAATTAACAAAACGAAACAAAGGAGACTCAAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	11958	GTCTCCACTTTGTAAGGCAATTAACAAAACGAAACAAAGGAGACTCAAAG	12007

CR974458.2	1201	GGAGGGCTGATTTAGGGCAGTGGTTCTGCTCTGGGGGAGATTTTGTATCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12008	GGAGGGCTGATTTAGGGCAGTGGTTCTGCTCTGGGGGAGATTTTGTATCT	12057

CR974458.2	1251	GCCCAGGTGACATCTGGCAATTCTGGAAACATTTGACTGTCACAGCTAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12058	GCCCAGGTGACATCTGGCAATTCTGGAAACATTTGACTGTCACAGCTAGA	12107

CR974458.2	1301	AGGAGGGGTCCCACTGGTGTCTAGTGGGTAGAAGCCGGGGATGCTGGTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12108	AGGAGGGGTCCCACTGGTGTCTAGTGGGTAGAAGCCGGGGATGCTGGTAA	12157

CR974458.2	1351	ACAGAGCACACAGAACAGCCTTACCCAACACGGAATCACCAGTCCTGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12158	ACAGAGCACACAGAACAGCCTTACCCAACACGGAATCACCAGTCCTGAAA	12207

CR974458.2	1401	CGGTGGCACCGACGTTGAGAAACCCTTTGGGGGACCTTTGGTTTGCTTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12208	CGGTGGCACCGACGTTGAGAAACCCTTTGGGGGACCTTTGGTTTGCTTGG	12257

CR974458.2	1451	TTGGCATCATAGCCTACTGAGCCTCTGCAGTCTTTTCCCTTTCTCCTTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12258	TTGGCATCATAGCCTACTGAGCCTCTGCAGTCTTTTCCCTTTCTCCTTGC	12307

CR974458.2	1501	GACGCAGTAAAAGGCGGTGAGAAGAGGGGAGGTGGGCGTCAACACAGTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12308	GACGCAGTAAAAGGCGGTGAGAAGAGGGGAGGTGGGCGTCAACACAGTGT	12357

CR974458.2	1551	TCCTCCAGCCGTGGGCAGACCTCCCGCCTGCGGGCTCCCTGTCGTCCTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12358	TCCTCCAGCCGTGGGCAGACCTCCCGCCTGCGGGCTCCCTGTCGTCCTCT	12407

CR974458.2	1601	TTACGTGTGAATTCCTTTGGACCAGACCGGCGGCTCACTGCCAGCCTGGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12408	TTACGTGTGAATTCCTTTGGACCAGACCGGCGGCTCACTGCCAGCCTGGC	12457

CR974458.2	1651	CAAGATCGTTTACCATCGTCATACGCCTCGTGCTTGGAGTGCGTGACAGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12458	CAAGATCGTTTACCATCGTCATACGCCTCGTGCTTGGAGTGCGTGACAGG	12507

CR974458.2	1701	TGGTACAGGCCCAATCAGTTTGTCAAAGGAGTAATGGCATGAGTTCACCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12508	TGGTACAGGCCCAATCAGTTTGTCAAAGGAGTAATGGCATGAGTTCACCC	12557

CR974458.2	1751	TAATAGGATCGTGCCTCTAAGAGGAGCATGGAGGAAACGGGGGGTTGAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12558	TAATAGGATCGTGCCTCTAAGAGGAGCATGGAGGAAACGGGGGGTTGAAA	12607

CR974458.2	1801	GAGGTACTTCCCAATCAGTCGGTCCCGGGCTTAAGGCCAGACTGGGGCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12608	GAGGTACTTCCCAATCAGTCGGTCCCGGGCTTAAGGCCAGACTGGGGCCT	12657

CR974458.2	1851	TAACACGCAGGCAAGCCTTAGCGGAACAGTAGATTGTTGGGAAGAGAACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12658	TAACACGCAGGCAAGCCTTAGCGGAACAGTAGATTGTTGGGAAGAGAACT	12707

CR974458.2	1901	GAGATGCGAACAAAGTTTTGAAGGAAAATATCAAGCGAGAATTCTGTACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12708	GAGATGCGAACAAAGTTTTGAAGGAAAATATCAAGCGAGAATTCTGTACA	12757

CR974458.2	1951	CAATTTATACACAACTAAGAAGTCATCCACATGTAAAGGCAATGGCCAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956394.6	12758	CAATTTATACACAACTAAGAAGTCATCCACATGTAAAGGCAATGGCCAAC	12807

Overview

Query
CR974458.2 - 177939 bps
Hit
CR956394.6 - 12807 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001981200012000110808128071
283.74601221460591461801714472661
382.414910886288735-1715972661
487.0769117150411150527-1715972741
590.6750751718831719571715972331
683.25102215142710142924-1786980831
786.2610418399341995231786980501
883.251052161102001104151786980831
980.68420186558855-110554107541
1080.8291220150405150624-110577107951
1180.984199130866131064110582107801
1280.49822068486685071-110593107971
Short-link