<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573419.4	1	GTAATGGAACCTCCACTGGGCTCCTCAATGACAGGGTTCAGGGAGCTGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	193685	GTAATGGAACCTCCACTGGGCTCCTCAATGACAGGGTTCAGGGAGCTGGT	193734

CT573419.4	51	GAACACCTCGAGGTGCTGGGAGGGTGACGCACCCAGAGAGGGGGCACAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	193735	GAACACCTCGAGGTGCTGGGAGGGTGACGCACCCAGAGAGGGGGCACAGA	193784

CT573419.4	101	AGCTCCGCCCCCTCCCCTCTTGCCCCCTGCTCCCCTGCATGTGGCTGTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	193785	AGCTCCGCCCCCTCCCCTCTTGCCCCCTGCTCCCCTGCATGTGGCTGTTC	193834

CT573419.4	151	CTGAGTCGTGGCCTTTACAGTAAACCAGGAACAGGAGTTCCCGTTATGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	193835	CTGAGTCGTGGCCTTTACAGTAAACCAGGAACAGGAGTTCCCGTTATGAT	193884

CT573419.4	201	GCAGTGGAAATGAATCCGACTAGGAACCATGACATTGTGGGTTCAATCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	193885	GCAGTGGAAATGAATCCGACTAGGAACCATGACATTGTGGGTTCAATCCC	193934

CT573419.4	251	TGGCCTCGCTCAGTGGGTTAAGGATCCAGCATTGCTGTGAGCTGTGGTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	193935	TGGCCTCGCTCAGTGGGTTAAGGATCCAGCATTGCTGTGAGCTGTGGTGT	193984

CT573419.4	301	AGGTTGCAGAGGTAGCTCCGATCCCACATTGCTGTGGCTCTGGCATAGGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	193985	AGGTTGCAGAGGTAGCTCCGATCCCACATTGCTGTGGCTCTGGCATAGGC	194034

CT573419.4	351	CGGTAGCTGTAGCTCCGATGTGACCCCTAGCCTGGGAACGTCCATAGGCG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194035	CGGTAGCTGTAGCTCCGATGTGACCCCTAGCCTGGGAACGTCCATAGGCG	194084

CT573419.4	401	ATGGGTGTGGCCCTAAAAAGCAAAAACAAACAAACAAACAAACAAAACTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194085	ATGGGTGTGGCCCTAAAAAGCAAAAACAAACAAACAAACAAACAAAACTA	194134

CT573419.4	451	CAGGAAACAGGAATAGTAAGCAGTATCTTCCTCAACTCTGTGAGTCCTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194135	CAGGAAACAGGAATAGTAAGCAGTATCTTCCTCAACTCTGTGAGTCCTTC	194184

CT573419.4	501	TAGTAAATGTTGAGGGGTTGCGGGCATCCCCAGTGTATAGGCAGGCAGTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194185	TAGTAAATGTTGAGGGGTTGCGGGCATCCCCAGTGTATAGGCAGGCAGTC	194234

CT573419.4	551	AGAAGTTCGGGTGACAACCTGGGACTGGCGACCAGCGTCAAACATGTGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194235	AGAAGTTCGGGTGACAACCTGGGACTGGCGACCAGCGTCAAACATGTGAC	194284

CT573419.4	601	GTGAGGACAGTCTTGTGGGCCCGAGCCCCGGCATCTGTGGGCTTTGCACG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194285	GTGAGGACAGTCTTGTGGGCCCGAGCCCCGGCATCTGTGGGCTTTGCACG	194334

CT573419.4	651	AACTCCAGGGAGTTAGCACAGGAATTGAATGGGAGTGTACGACACCCACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194335	AACTCCAGGGAGTTAGCACAGGAATTGAATGGGAGTGTACGACACCCACT	194384

CT573419.4	701	GGGAGTCTGGAGCATTGGAGAACTGGACAGTGTGGAGAGAAAAACCCACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194385	GGGAGTCTGGAGCATTGGAGAACTGGACAGTGTGGAGAGAAAAACCCACA	194434

CT573419.4	751	GCTTTGGTGTCCTGAGCGTTGGAAGTAAAAACCGCTTATTGCGCAATTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194435	GCTTTGGTGTCCTGAGCGTTGGAAGTAAAAACCGCTTATTGCGCAATTCA	194484

CT573419.4	801	GCTAAATCACCAAAAGTCATTGACTGCACATTTAAAAATGGGCGCATTTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194485	GCTAAATCACCAAAAGTCATTGACTGCACATTTAAAAATGGGCGCATTTC	194534

CT573419.4	851	ATGGTATGTAAAGTATATCTAAATAAAGTTGCTTGAAAGGTAAACCTACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194535	ATGGTATGTAAAGTATATCTAAATAAAGTTGCTTGAAAGGTAAACCTACA	194584

CT573419.4	901	GGAGTTCCCACTGTGGTGCAGCAGGTTAAGGATCTGGCCTTGCTACAGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194585	GGAGTTCCCACTGTGGTGCAGCAGGTTAAGGATCTGGCCTTGCTACAGCT	194634

CT573419.4	951	GTGGTGCAGGTTGCAGCTGCAGCTCAGATTCGATCCCTGGCTTGGGACCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194635	GTGGTGCAGGTTGCAGCTGCAGCTCAGATTCGATCCCTGGCTTGGGACCT	194684

CT573419.4	1001	TCCTTATGCTGCAGGTGTGGCCAAAGAAGAAAGAAAGAAATATGGAATAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194685	TCCTTATGCTGCAGGTGTGGCCAAAGAAGAAAGAAAGAAATATGGAATAT	194734

CT573419.4	1051	TCCCCAGCTTCCTAGCATGCAGAATGTGTACAATAGACAAGTGAATGAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194735	TCCCCAGCTTCCTAGCATGCAGAATGTGTACAATAGACAAGTGAATGAGA	194784

CT573419.4	1101	TGCTATGCGCGCCGTGGCAGACGCAATGTTCCACGAGCAGCTGTACTAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194785	TGCTATGCGCGCCGTGGCAGACGCAATGTTCCACGAGCAGCTGTACTAAC	194834

CT573419.4	1151	AGGAGTGGACAGCACCCCTAGAAAAGTGCTCCGGGATCTACACTGCTGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194835	AGGAGTGGACAGCACCCCTAGAAAAGTGCTCCGGGATCTACACTGCTGTT	194884

CT573419.4	1201	GGTGTCAGGGAGGGACAGACCAGCCCCACTTACACCCATCTCCAGGAACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194885	GGTGTCAGGGAGGGACAGACCAGCCCCACTTACACCCATCTCCAGGAACT	194934

CT573419.4	1251	CCTTCGGTCGGGAAGTTTGGCTTTGGGCAGGTCTTTGGGCGCCTGACAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194935	CCTTCGGTCGGGAAGTTTGGCTTTGGGCAGGTCTTTGGGCGCCTGACAGG	194984

CT573419.4	1301	CAGGAGAAGCTGCAGATTCCAAATGACAAAGGGACCATGTGTCTCCGATG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	194985	CAGGAGAAGCTGCAGATTCCAAATGACAAAGGGACCATGTGTCTCCGATG	195034

CT573419.4	1351	TAGCATCTTGGCTCTTAAAGGACTCGTCTGATGCGCGGGTTCGCTCCCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195035	TAGCATCTTGGCTCTTAAAGGACTCGTCTGATGCGCGGGTTCGCTCCCTC	195084

CT573419.4	1401	CCGGGGTCTGTCCCCTGCACAGCGTGTACAGGGTGTGGAAGAGGAAGGCG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195085	CCGGGGTCTGTCCCCTGCACAGCGTGTACAGGGTGTGGAAGAGGAAGGCG	195134

CT573419.4	1451	CTGGGCTCTCAGAGCACCTTCTGAAATGGATCAAAACACTGAAGGCAGAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195135	CTGGGCTCTCAGAGCACCTTCTGAAATGGATCAAAACACTGAAGGCAGAC	195184

CT573419.4	1501	TTCTCTGGCTTAATGGCTAATGGCTCATGTGACAATCTTCCCTGAGTAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195185	TTCTCTGGCTTAATGGCTAATGGCTCATGTGACAATCTTCCCTGAGTAGG	195234

CT573419.4	1551	ACAGCCTGACCTTTTGTTTGGGTGGAGAATGTGTAATTACCTGAATTTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195235	ACAGCCTGACCTTTTGTTTGGGTGGAGAATGTGTAATTACCTGAATTTGT	195284

CT573419.4	1601	TCCCCCAGGCAGCAATAGCCATGTCTTGTCCCATTTAATTTCATTAATTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195285	TCCCCCAGGCAGCAATAGCCATGTCTTGTCCCATTTAATTTCATTAATTA	195334

CT573419.4	1651	ATTTTTTTCAGTGAACTGAATAATGTAATCATTAGCCAGTCAGAGAAATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195335	ATTTTTTTCAGTGAACTGAATAATGTAATCATTAGCCAGTCAGAGAAATG	195384

CT573419.4	1701	TAAAACGTCCGACAGACTTTGGTCTTTTTCTTCTCAAAAGTTTCGATTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195385	TAAAACGTCCGACAGACTTTGGTCTTTTTCTTCTCAAAAGTTTCGATTCA	195434

CT573419.4	1751	TCTGTTAAAGAGGTGTATTCATCTTATCAAAATCGCTCTTGGATATTAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195435	TCTGTTAAAGAGGTGTATTCATCTTATCAAAATCGCTCTTGGATATTAGG	195484

CT573419.4	1801	CAAGCATTTTACACTTAGAGCTTTGGTAATTTTCTTTTTTTAAACGAATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195485	CAAGCATTTTACACTTAGAGCTTTGGTAATTTTCTTTTTTTAAACGAATG	195534

CT573419.4	1851	CTAGTTTTTCCTTTTAAAAATCATTTAAGCTTTCAAATATTTTAACACTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195535	CTAGTTTTTCCTTTTAAAAATCATTTAAGCTTTCAAATATTTTAACACTT	195584

CT573419.4	1901	TTTTATGAATTGAATGATATACTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195585	TTTTATGAATTGAATGATATACTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTT	195634

CT573419.4	1951	TTTTTTTTTGGCTGCACCTGTGCCACATGGAAATTCCCGGGCTAGGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956393.14	195635	TTTTTTTTTGGCTGCACCTGTGCCACATGGAAATTCCCGGGCTAGGGATC	195684

Overview

Query
CT573419.4 - 45574 bps
Hit
CR956393.14 - 195684 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199720001200011936851956841
281.7612033039640399691939997271
387.831572594182742085-113331135931
489.131772754181042084-133023332981
586.181172101102711236133063332721
684.352535393966240200-144447449891
784.763416823939640077-146016467041
884.431312553909039344175851761071
985.163506883939040077188790894831
1084.7117248338223406911052181054721
1185.91252312547425704-11087511089841
1283.54114240390913933011087521089941
1386.85132232109991123011087671089941
1479.761995823939039971-11111291117061
1585.07114220434394365811210651212851
1687.08124211110271123711243521245601
1786.861171973217132367-11243581245551
1885.041392541680517058-11270201272731
1985.541362423217332414-11270201272611
2081.2115266182447-11369011371661
2185.44139262418224208311475981478581
2287.561282101102711236-11476141478221
2385.09118224254512567411676461678731
2484.32132253254512570311679661682201
2582.6114250390913934011727541730061
2684.961262444341643659-11770231772681
2786.32131238109991123611770291772621
2886.941242223974639967-11859361861571
2981.811142634182242084-11896281898911
Short-link