<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 1999 bps / non-identical: 650 bps
Full alignment
CR956393.14 1 GATCCAACTCTAAAAAATCATTCAAAGTCCAGGAAGATGCCCAGACATAT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5496 GATCCAACTCTAAAAAATCATTCAAAGTCCAGGAAGATGCCCAGACATAT 5545 CR956393.14 51 AAAACCTCCCAGCCTACATTAAAAAAAAAAAAAA--TTACACTGCAACTG 98 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| CR956390.11 5546 AAAACCTCCCAGCCTACATTAAAAAAAAAAAAAAAATTACACTGCAACTG 5595 CR956393.14 99 GTAAAGCTCATGAGTCATATCTGATTACATTTCAGATTCAACTTGGATCT 148 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5596 GTAAAGCTCATGAGTCATATCTGATTACATTTCAGATTCAACTTGGATCT 5645 CR956393.14 149 GTAGTTATATAATATGTTAGCACCTGGGAAGCCCTGGCTCAATGGCAGGT 198 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5646 GTAGTTATATAATATGTTAGCACCTGGGAAGCCCTGGCTCAATGGCAGGT 5695 CR956393.14 199 CCATGATATGGGCCCAGACACGTTAGTTTCTGTTGCCTACATGAAGGGGA 248 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5696 CCATGATATGGGCCCAGACACGTTAGTTTCTGTTGCCTACATGAAGGGGA 5745 CR956393.14 249 TCTGAATGTCCAGTCCAAACCAAGAGCTTCTACTTGTAAGAATCTTCTGG 298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5746 TCTGAATGTCCAGTCCAAACCAAGAGCTTCTACTTGTAAGAATCTTCTGG 5795 CR956393.14 299 GAGGCTTCTCATCAGGGCAGTCTCTCTGGCCCTACTCTGAGACGATAGTT 348 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5796 GAGGCTTCTCATCAGGGCAGTCTCTCTGGCCCTACTCTGAGACGATAGTT 5845 CR956393.14 349 CTGCTCTGAACTGGGAATTTGTTTATTAAACAGCACCTGGGCGACTCTGA 398 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5846 CTGCTCTGAACTGGGAATTTGTTTATTAAACAGCACCTGGGCGACTCTGA 5895 CR956393.14 399 AGCAGAGGCTGCATTGACTTTGTAGATGGTGGAGCAGCACATCCACCAAA 448 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5896 AGCAGAGGCTGCATTGACTTTGTAGATGGTGGAGCAGCACATCCACCAAA 5945 CR956393.14 449 GGTTCACGTGCAGTCAGGTGGATTCGCCCTTTGGTTGAAAACAGAGCCTT 498 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5946 GGTTCACGTGCAGTCAGGTGGATTCGCCCTTTGGTTGAAAACAGAGCCTT 5995 CR956393.14 499 TAGAACCAGCTTCATCTGCTGCTGGCCTTACAACCATGGGAGAAAGTACA 548 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 5996 TAGAACCAGCTTCATCTGCTGCTGGCCTTACAACCATGGGAGAAAGTACA 6045 CR956393.14 549 GACTTCTGCCCGGAAAATCACAGTCATAAAAACAATGCCCCATCTGTAGT 598 |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| CR956390.11 6046 GACTTCCGCCCGGAAAATCACAGTCATAAAAATAATGCCCCATCTGTAGT 6095 CR956393.14 599 CCATGGTGGGGCTTGAACAAGGAAACATAGCAGGGTGCTTAGCACAGTGT 648 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6096 CCATGGTGGGGCTTGAACAAGGAAACATAGCAGGGTGCTTAGCACAGTGT 6145 CR956393.14 649 CAGGCACACAGGCAGTGCTCAATTAAAGGTATTGACTATTATCATTAACT 698 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6146 CAGGCACACAGGCAGTGCTCAATTAAAGGTATTGACTATTATCATTAACT 6195 CR956393.14 699 TATGGCATCTATTCATGACTAGAGGTGAGGGTGTGTGGTGGGGCCCTGGA 748 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6196 TATGGCATCTATTCATGACTAGAGGTGAGGGTGTGTGGTGGGGCCCTGGA 6245 CR956393.14 749 CCAAGACGCACAGCTGGCCACAGCTTAACCTCACGGACCTGATAGAGGAG 798 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6246 CCAAGACGCACAGCTGGCCACAGCTTAACCTCACGGACCTGATAGAGGAG 6295 CR956393.14 799 AGGGCAGCGTGCCCAAGTGTGAGACAGACTCAAGGGCTAGAGAACCCAGT 848 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6296 AGGGCAGCGTGCCCAAGTGTGAGACAGACTCAAGGGCTAGAGAACCCAGC 6345 CR956393.14 849 GCAGAGACAATAACGGAAGACAAGTTTTGGGGGCAAGCCATCGCCAAGGG 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6346 GCAGAGACAATAACGGAAGACAAGTTTTGGGGGCAAGCCATCGCCAAGGG 6395 CR956393.14 899 AGGAACACCTGGGTTCTAGAGTGATGAGGCCGAAGTGAGTTAATCTGCAG 948 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6396 AGGAACACCTGGGTTCTAGAGTGATGAGGCCGAAGTGAGTTAATCTGCAG 6445 CR956393.14 949 TCATTCTCCCTGGCTGAAGCTCCCACGTGAGGCTAAGACACCCAGCATGT 998 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6446 TCATTCTCCCTGGCTGAAGCTCCCACGTGAGGCTAAGACACCCAGCATGT 6495 CR956393.14 999 TGTGAGCTTCCTGCAAAGGATGGGCAAAGAGTTTCGTTTTCTCTTTATTT 1048 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6496 TGTGAGCTTCCTGCAAAGGATGGGCAAAGAGTTTCGTTTTCTCTTTATTT 6545 CR956393.14 1049 CTCTTTTTCTCCTGAAAACTTTTGTTGATGTTATTACTTATGGAAAACTT 1098 |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| CR956390.11 6546 CTCTTTTTCTCCTGAAAATTTTTGTTGATGTTGTTACTTATGGAAAACTT 6595 CR956393.14 1099 TTTTTCGTTTTTTAAAGTTTTGTTGCAGTGTAGTTGATTTACAATATTGT 1148 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| CR956390.11 6596 TTTTTCGTTTTTTAAAGTTTTGTTGCAGTGTAGTTGATTTACAATACTGT 6645 CR956393.14 1149 GAAGATTTCTGCTGTACAACAAAGTGATTCAGCTCCACGTGTAGTTTTCT 1198 | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| CR956390.11 6646 GCAGATTTCTGCTGTACAACAAAGTGATTCGGTTCCACGTGTAGTTTTCT 6695 CR956393.14 1199 TTCTTTTCTTTTCTTTTATTTCCCTTTCTTTCTTTCCCATTGTCTTAATC 1248 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| CR956390.11 6696 TTCTTT-CTTTTCTTTTATTTCCCTTTCTTTCTTTCCCATTCTCTTAATC 6744 CR956393.14 1249 ATTGGGTCTTATTCAGACTATCTGCAAGACACATTTAGCAGCAATAGATT 1298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6745 ATTGGGTCTTATTCAGACTATCTGCAAGACACATTTAGCAGCAATAGATT 6794 CR956393.14 1299 TTCCCACTTGAAAATCGTACAGAACGTCAAGAACGGGTGGCCAGCAACAG 1348 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6795 TTCCCACTTGAAAATCGTACAGAACGTCAAGAACGGGTGGCCAGCAACAG 6844 CR956393.14 1349 TCATCACAGCAACAGAGGAACCAGAAAGCCACGTACGGATGGCAGAAAAA 1398 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6845 TCATCACAGCAACAGAGGAACCAGAAAGCCACGTACGGATGGCAGAAAAA 6894 CR956393.14 1399 TACCTGAGCCAGACAGAGGTATCTTAAGGAGCTGGTAGTCCAACTAGTTA 1448 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6895 TACCTGAGCCAGACAGAGGTATCTTAAGGAGCTGGTAGTCCAACTAGTTA 6944 CR956393.14 1449 TTTGGCATTATTATTATTTAATGTCTGGAGGGTCCTAGACATTTTTAATT 1498 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| CR956390.11 6945 TTTGGCATTATTATTATTTAATGTCTGGAGGGTCCTAGACATTTTAAATT 6994 CR956393.14 1499 TTCCTGACTTTAACTGTGTGTATTGGAGTTCCTGCTGTGGCTCCATGGGT 1548 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6995 TTCCTGACTTTAACTGTGTGTATTGGAGTTCCTGCTGTGGCTCCATGGGT 7044 CR956393.14 1549 TAAGAACCTGACATATTATCCATGAGGATTCAGGTTCAATCCCTGGCCTT 1598 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 7045 TAAGAACCTGACATATTATCCATGAGGATTCAGGTTCAATCCCTGGCCTT 7094 CR956393.14 1599 TCTCAGCAGGTTAAGGATCTCATGTTGCTGCAAGCTGCAGTATCAGTGGG 1648 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| CR956390.11 7095 TCTCAGCAGGTTAAGGATCTCGTGTTGCTGCAAGCTGCGGTATCAGTGGG 7144 CR956393.14 1649 CTTGGATCCAGCTTTGCTGTGGCTGTGGCGGAGGTCGCAGCTGCAGCTCC 1698 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 7145 CTTGGATCCAGCTTTGCTGTGGCTGTGGCGGAGGTCGCAGCTGCAGCTCC 7194 CR956393.14 1699 AATTCAACCCCTAGCCTGTGGAACTTCCACATGCCACAGGTGTGGCCATA 1748 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| CR956390.11 7195 AATTCAACCCCTAGCCTGTGGAACTTCCACATGCCGCAGGTGTGGCCATA 7244 CR956393.14 1749 AAAAGAAAACATACAAACAAAAACAGTGTGCATCTTGAGGGGAGAGAGAG 1798 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 7245 AAAAGAAAACATACAAACAAAAACAGTGTGCATCTTGAGGGGAGAGAGAG 7294 CR956393.14 1799 AAATAGCTTCAGTCCACAAGGGAACCCTCCTCTCCACTGCCCTCTGTGCC 1848 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 7295 AAATAGCTTCAGTCCACAAGGGAACCCTCCTCTCCACTGCCCTCTGTGCC 7344 CR956393.14 1849 CCCTGCCCGGGTGAGTGTGCAACGGGAGGCGGGAATCCGCAGAGACCCCT 1898 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| CR956390.11 7345 CCCTGCCCGGGTGAGTGTGCAACGGGAGGTGGGAATCTGCAGAGACCCCT 7394 CR956393.14 1899 GATAGGCTCAGTGCTTGCTGCCTCTCTCGTATGAGCATCCTGTGCAGTGG 1948 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| CR956390.11 7395 GATAGGCTCAGTGCTTGCTGCCTCTCTCGTATGAGCATCCTGTGCAATGG 7444 CR956393.14 1949 CGTGTGACGCTAGTGTTTAAAGAGCAGTATTTTCCTACCACATGGCCACT 1998 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 7445 CGTGTGACGCTAGTGTTTAAACAGCAGTATTTTCCTACCACATGGCCACT 7494 CR956393.14 1999 A 1999 | CR956390.11 7495 A 7495
Compact alignment
skip 50 bps 100% identity alignment CR956393.14 51 AAAACCTCCCAGCCTACATTAAAAAAAAAAAAAA--TTACACTGCAACTG 98 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| CR956390.11 5546 AAAACCTCCCAGCCTACATTAAAAAAAAAAAAAAAATTACACTGCAACTG 5595 skip 450 bps 100% identity alignment CR956393.14 549 GACTTCTGCCCGGAAAATCACAGTCATAAAAACAATGCCCCATCTGTAGT 598 |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| CR956390.11 6046 GACTTCCGCCCGGAAAATCACAGTCATAAAAATAATGCCCCATCTGTAGT 6095 skip 200 bps 100% identity alignment CR956393.14 799 AGGGCAGCGTGCCCAAGTGTGAGACAGACTCAAGGGCTAGAGAACCCAGT 848 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 6296 AGGGCAGCGTGCCCAAGTGTGAGACAGACTCAAGGGCTAGAGAACCCAGC 6345 skip 200 bps 100% identity alignment CR956393.14 1049 CTCTTTTTCTCCTGAAAACTTTTGTTGATGTTATTACTTATGGAAAACTT 1098 |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| CR956390.11 6546 CTCTTTTTCTCCTGAAAATTTTTGTTGATGTTGTTACTTATGGAAAACTT 6595 CR956393.14 1099 TTTTTCGTTTTTTAAAGTTTTGTTGCAGTGTAGTTGATTTACAATATTGT 1148 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| CR956390.11 6596 TTTTTCGTTTTTTAAAGTTTTGTTGCAGTGTAGTTGATTTACAATACTGT 6645 CR956393.14 1149 GAAGATTTCTGCTGTACAACAAAGTGATTCAGCTCCACGTGTAGTTTTCT 1198 | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| CR956390.11 6646 GCAGATTTCTGCTGTACAACAAAGTGATTCGGTTCCACGTGTAGTTTTCT 6695 CR956393.14 1199 TTCTTTTCTTTTCTTTTATTTCCCTTTCTTTCTTTCCCATTGTCTTAATC 1248 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| CR956390.11 6696 TTCTTT-CTTTTCTTTTATTTCCCTTTCTTTCTTTCCCATTCTCTTAATC 6744 skip 200 bps 100% identity alignment CR956393.14 1449 TTTGGCATTATTATTATTTAATGTCTGGAGGGTCCTAGACATTTTTAATT 1498 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| CR956390.11 6945 TTTGGCATTATTATTATTTAATGTCTGGAGGGTCCTAGACATTTTAAATT 6994 skip 100 bps 100% identity alignment CR956393.14 1599 TCTCAGCAGGTTAAGGATCTCATGTTGCTGCAAGCTGCAGTATCAGTGGG 1648 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| CR956390.11 7095 TCTCAGCAGGTTAAGGATCTCGTGTTGCTGCAAGCTGCGGTATCAGTGGG 7144 skip 50 bps 100% identity alignment CR956393.14 1699 AATTCAACCCCTAGCCTGTGGAACTTCCACATGCCACAGGTGTGGCCATA 1748 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| CR956390.11 7195 AATTCAACCCCTAGCCTGTGGAACTTCCACATGCCGCAGGTGTGGCCATA 7244 skip 100 bps 100% identity alignment CR956393.14 1849 CCCTGCCCGGGTGAGTGTGCAACGGGAGGCGGGAATCCGCAGAGACCCCT 1898 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| CR956390.11 7345 CCCTGCCCGGGTGAGTGTGCAACGGGAGGTGGGAATCTGCAGAGACCCCT 7394 CR956393.14 1899 GATAGGCTCAGTGCTTGCTGCCTCTCTCGTATGAGCATCCTGTGCAGTGG 1948 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| CR956390.11 7395 GATAGGCTCAGTGCTTGCTGCCTCTCTCGTATGAGCATCCTGTGCAATGG 7444 CR956393.14 1949 CGTGTGACGCTAGTGTTTAAAGAGCAGTATTTTCCTACCACATGGCCACT 1998 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| CR956390.11 7445 CGTGTGACGCTAGTGTTTAAACAGCAGTATTTTCCTACCACATGGCCACT 7494 skip 1 bps 100% identity alignment
Overview
- Query
- CR956393.14 - 195684 bps
- Hit
- CR956390.11 - 7495 bps
- Total alignments
- 4
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 1999 bps)
- Best alignment cartoon
