<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956386.6	1	GGATCATTTGTTTTTCCCAGGGCCTCGACCCACAACTGCACAGCAAGGTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	44861	GGATCATTTGTTTTTCCCAGGGCCTCGACCCACAACTGCACAGCAAGGTC	44910

CR956386.6	51	AGTATCTTCTTACCAGGCAAATATTTCTATTCCCTATTTAATGACCCCAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	44911	AGTATCTTCTTACCAGGCAAATATTTCTATTCCCTATTTAATGACCCCAC	44960

CR956386.6	101	CCATCCGCGTGTACCCTCAGATCTGTCCCTGTGCTTGTGGCAGTGTTTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	44961	CCATCCGCGTGTACCCTCAGATCTGTCCCTGTGCTTGTGGCAGTGTTTGA	45010

CR956386.6	151	GTTAAAGGGGCATTCGGGGTTTCCTCTGGAGACCCCTGTGCAGGGCACGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45011	GTTAAAGGGGCATTCGGGGTTTCCTCTGGAGACCCCTGTGCAGGGCACGG	45060

CR956386.6	201	TCGAAGCGCCTCTCATGCCAGCTGCCTTTGATGCCTGGAATTGCATTCTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45061	TCGAAGCGCCTCTCATGCCAGCTGCCTTTGATGCCTGGAATTGCATTCTG	45110

CR956386.6	251	CGCGCCCAGGGGCCGCGGCGTGCCAAATGTCGTTCGCCGGGAACAATGCG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45111	CGCGCCCAGGGGCCGCGGCGTGCCAAATGTCGTTCGCCGGGAACAATGCG	45160

CR956386.6	301	GTGCCCTGTCTCCCACATGTGTACACACACTCGCTGGCACGCACGTCCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45161	GTGCCCTGTCTCCCACATGTGTACACACACTCGCTGGCACGCACGTCCTC	45210

CR956386.6	351	ACACCCCCTGCACACATGAGAGTGGGCTGCGGGCGGCTGGGCGATGCATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45211	ACACCCCCTGCACACATGAGAGTGGGCTGCGGGCGGCTGGGCGATGCATG	45260

CR956386.6	401	CGCACACCCAGAATCCACACACTTCAAAACCTTGAGAGAGGACCCAGCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45261	CGCACACCCAGAATCCACACACTTCAAAACCTTGAGAGAGGACCCAGCTC	45310

CR956386.6	451	ACACACCTGGCGCAGAGGTGTAGCCGCCTCAGTGAAATGTGAGGACTGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45311	ACACACCTGGCGCAGAGGTGTAGCCGCCTCAGTGAAATGTGAGGACTGTG	45360

CR956386.6	501	TGAGGCCACACAGTAAAACAGAAGCCCAGCTTCTCTTCCCAGCTCCCTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45361	TGAGGCCACACAGTAAAACAGAAGCCCAGCTTCTCTTCCCAGCTCCCTCT	45410

CR956386.6	551	CTCGTAACTAATAGACCCAAATTTGGCATTAGTCCGTGCCCCCGCCCCTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45411	CTCGTAACTAATAGACCCAAATTTGGCATTAGTCCGTGCCCCCGCCCCTA	45460

CR956386.6	601	CCTCCAAACATCCGACACCGTGTTTCAGTATATACGACAGTAAAAACCAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45461	CCTCCAAACATCCGACACCGTGTTTCAGTATATACGACAGTAAAAACCAG	45510

CR956386.6	651	TTCGCGTCCTTAATATATCTGTCGCCTGTCTCCGAGTATCACTTTTACAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45511	TTCGCGTCCTTAATATATCTGTCGCCTGTCTCCGAGTATCACTTTTACAG	45560

CR956386.6	701	ACGAGGTGGTATTAGTAATGTTTCTTGGCCATTATGTCATAGGCTTGACC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45561	ACGAGGTGGTATTAGTAATGTTTCTTGGCCATTATGTCATAGGCTTGACC	45610

CR956386.6	751	ACTAGCAGAGGACAGGATAAACTGGTACCAGTTAAAATGTTCAAAGTGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45611	ACTAGCAGAGGACAGGATAAACTGGTACCAGTTAAAATGTTCAAAGTGCT	45660

CR956386.6	801	GGCAGGGTCTTGCTTTCAAAAGTGCAACTCAGCTAAAAATACATGTCATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45661	GGCAGGGTCTTGCTTTCAAAAGTGCAACTCAGCTAAAAATACATGTCATT	45710

CR956386.6	851	GAGGTCCGCTGTGGCAAAGCACACCATTTACCTAACCCGAGGCATCTGGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45711	GAGGTCCGCTGTGGCAAAGCACACCATTTACCTAACCCGAGGCATCTGGC	45760

CR956386.6	901	CCCACGCCGATTTTCAAAAAAAAAGCCCCTCAGGTTTATTTACTGAAATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45761	CCCACGCCGATTTTCAAAAAAAAAGCCCCTCAGGTTTATTTACTGAAATT	45810

CR956386.6	951	GTCATTTCTTCCCCCCTAGAACTTTAATCAGCCACGCAGAGCACAAAACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45811	GTCATTTCTTCCCCCCTAGAACTTTAATCAGCCACGCAGAGCACAAAACC	45860

CR956386.6	1001	TACATTCAACTCTGATTTTATGACACGAGGCTAACTCCTCCTACGCATAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45861	TACATTCAACTCTGATTTTATGACACGAGGCTAACTCCTCCTACGCATAT	45910

CR956386.6	1051	TTATTTCATTTAACTCTTGCAGCCCTGCCCTCTGGGCAGTGCCCCCCACT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45911	TTATTTCATTTAACTCTTGCAGCCCTGCCCTCTGGGCAGTGCCCCCCACT	45960

CR956386.6	1101	AGTCAAACGGGCTGGCCTCTGAAAAACACATCACACCGCCTGCTTTCCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	45961	AGTCAAACGGGCTGGCCTCTGAAAAACACATCACACCGCCTGCTTTCCAC	46010

CR956386.6	1151	GTTTCAAGTCCGATTCATTAGTCTCCAGCCGAAACCCCTCCGCAATCCCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46011	GTTTCAAGTCCGATTCATTAGTCTCCAGCCGAAACCCCTCCGCAATCCCA	46060

CR956386.6	1201	ACCAGATGGGATATTTTCATATCATATCCGTATATGTTAAGCCCCTCCCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46061	ACCAGATGGGATATTTTCATATCATATCCGTATATGTTAAGCCCCTCCCG	46110

CR956386.6	1251	AAAGATCCAAGCAGTACGACTCCAGGACTAACTCTAGAGGAGGGGAAAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46111	AAAGATCCAAGCAGTACGACTCCAGGACTAACTCTAGAGGAGGGGAAAGA	46160

CR956386.6	1301	GACAGAAACGCGGCAAGCAGAGTGTAATCAGACCGCAAACAAACTGATGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46161	GACAGAAACGCGGCAAGCAGAGTGTAATCAGACCGCAAACAAACTGATGG	46210

CR956386.6	1351	TACATTGCACTTTAAAGGGGGAGCTGGAGGACTGTATCCATCAGGCACAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46211	TACATTGCACTTTAAAGGGGGAGCTGGAGGACTGTATCCATCAGGCACAT	46260

CR956386.6	1401	CAAAAAAAAGGGGGGGAAAGAAAATTGCTTAAATGTCCCAGAGCAGCTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46261	CAAAAAAAAGGGGGGGAAAGAAAATTGCTTAAATGTCCCAGAGCAGCTGC	46310

CR956386.6	1451	TGCTGTAACTGCTAAAAAGCAAACTCTTCCTTACTAGATGTACTAGCTAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46311	TGCTGTAACTGCTAAAAAGCAAACTCTTCCTTACTAGATGTACTAGCTAG	46360

CR956386.6	1501	TAAAATGCCAAGCCTGTTCTCCTAAAAGAAAAAAAGGGGAAAAAAGCGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46361	TAAAATGCCAAGCCTGTTCTCCTAAAAGAAAAAAAGGGGAAAAAAGCGAA	46410

CR956386.6	1551	ATAATGACAATAATGAGGAGGGGGGTGATAACGACAACACTAATACCGCG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46411	ATAATGACAATAATGAGGAGGGGGGTGATAACGACAACACTAATACCGCG	46460

CR956386.6	1601	GAACCGCATCTGCTGTCAAAAGCCGAGCGCCGAAATGGTTAAGCAGCCCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46461	GAACCGCATCTGCTGTCAAAAGCCGAGCGCCGAAATGGTTAAGCAGCCCC	46510

CR956386.6	1651	TGGTGAGCAGCGAGAATCCCTCCCGGTGTCCCATGGAGGAGACAGTCCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46511	TGGTGAGCAGCGAGAATCCCTCCCGGTGTCCCATGGAGGAGACAGTCCTT	46560

CR956386.6	1701	ACGACAGACTGGCCTGGGGAATCCCGCCCGGGGCCACTCCACCGCCCCCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46561	ACGACAGACTGGCCTGGGGAATCCCGCCCGGGGCCACTCCACCGCCCCCG	46610

CR956386.6	1751	CGCGAAGTGGTCTGGAGTTGGCTTCCCCATCTCCCCTCCTCGGCCAGGGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46611	CGCGAAGTGGTCTGGAGTTGGCTTCCCCATCTCCCCTCCTCGGCCAGGGC	46660

CR956386.6	1801	GAGGGCGCTCTCCTCCCGGCCACGCTACCTGTGCGCCCTAGGACACCGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46661	GAGGGCGCTCTCCTCCCGGCCACGCTACCTGTGCGCCCTAGGACACCGGA	46710

CR956386.6	1851	GTCCCCGGGCCTCCCCGCGACCTCAGCCAGGAGCTGGAAGCGCTGCCCGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46711	GTCCCCGGGCCTCCCCGCGACCTCAGCCAGGAGCTGGAAGCGCTGCCCGG	46760

CR956386.6	1901	GAAAGAGCAGAAGGGAAAGGGCTGGGAGGCGGGAGGAGGAAGCGGCCGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46761	GAAAGAGCAGAAGGGAAAGGGCTGGGAGGCGGGAGGAGGAAGCGGCCGGA	46810

CR956386.6	1951	ATAGAGGGCGAGTCAGTTACCTTGGTCCACAGACCCCATGATGCGGAGGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956389.6	46811	ATAGAGGGCGAGTCAGTTACCTTGGTCCACAGACCCCATGATGCGGAGGG	46860

CR956386.6	2001	G	2001
			|
CR956389.6	46861	G	46861

Overview

Query
CR956386.6 - 197576 bps
Hit
CR956389.6 - 46861 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001992200112001144861468611
281.341132666378064045126142264091
385.31462691727817546-126143264141
490.34188270184000184269-126143264111
584.13139275126208126482126143264131
678.52892706186162130-126144264131
784.41102179154791763-126144263611
888.19173271153363153633-126144264141
987.45167271172074172344-126144264141
1087.92166266182004182269-126144264081
1183.761372716342063690126144264141
1283.031012177797078186126144263611
1388.19162254110050110303126144263971
1487.55164265163710163974126144264081
1583.171002085080551012126150263571
1683.23731597642976587126151263051
1777.88552033295533157126156263631
1883.47117244173050173293-126162264031
1980.5374191134360134550126170263591
2081.91831884551245699126173263601
Short-link