<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1458 bps / non-identical: 200 bps

Full alignment

CR956367.12	1	AAGCTTCAAGTTCTCAGGAGCATTGTTCTGGTGGCTGAGCATCCACAGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65346	AAGCTTCAAGTTCTCAGGAGCATTGTTCTGGTGGCTGAGCATCCACAGGT	65395

CR956367.12	51	TTGCTTTCTGCCTCACGCAGAATTTCTGGGTGTCGGCCTCCTGGTCCAGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CR956387.14	65396	TTGCTTTCTGCCTCACGCAGAATTTCTGGGTGTCGGCCTCCCGGTCCAGC	65445

CR956367.12	101	CCCCCAGCCTCTGTAATTCTGCCTGGGTAGCAGCTGAGGGTCCCTCCCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65446	CCCCCAGCCTCTGTAATTCTGCCTGGGTAGCAGCTGAGGGTCCCTCCCTC	65495

CR956367.12	151	GTCTTTTTACCCTTCCTTCCATCAATCCAGCCCTTCCGGTCCATTTAATC	200
			||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
CR956387.14	65496	GTCTTTTTACCCTTCCTCCCATCAATCCAGTCCTTCCGGTCCATTTAATC	65545

CR956367.12	201	ATCCATTTCTCTCTCCTCCGTCTACGCCTCCGTGTACCCCCCACCTGCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65546	ATCCATTTCTCTCTCCTCCGTCTACGCCTCCGTGTACCCCCCACCTGCAC	65595

CR956367.12	251	ACCTATTCAGCCTGGGGAGAAGGGCCCGGGGTTGTCAGAAAGGACAGCCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65596	ACCTATTCAGCCTGGGGAGAAGGGCCCGGGGTTGTCAGAAAGGACAGCCC	65645

CR956367.12	301	CAGGCCACCTGGCTATGCCCAGGGCCCAGGGTCGGGGGTCTCTCCCTCCA	350
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65646	-AGGCCACCTGGCTATGCCCAGGGCCCAGGGTCGGGGGTCTCTCCCTCCA	65694

CR956367.12	351	GCCCTCACCAACCCAGCAGGGACTTTGAACAACCTGAGCCAGAAAGCAGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65695	GCCCTCACCAACCCAGCAGGGACTTTGAACAACCTGAGCCAGAAAGCAGG	65744

CR956367.12	401	CTCGTGCCTGGAGCTTGGCTGCCCACTGCTTAGAAAATGACGGCCCTGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65745	CTCGTGCCTGGAGCTTGGCTGCCCACTGCTTAGAAAATGACGGCCCTGTG	65794

CR956367.12	451	GTCACTTCCTAATGGCCTGTGCAGCCCCTGCATTCACGCAAGAACAAAGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65795	GTCACTTCCTAATGGCCTGTGCAGCCCCTGCATTCACGCAAGAACAAAGC	65844

CR956367.12	501	AGTGGAGGAAACCGAACGACTTCCCAGGGTCTTGGCTCTGGCGGGGCAGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65845	AGTGGAGGAAACCGAACGACTTCCCAGGGTCTTGGCTCTGGCGGGGCAGA	65894

CR956367.12	551	AATCTAGGTCTTTTACGGTTTCAGACATAAGTGCTAGCCTGCTGTTATGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65895	AATCTAGGTCTTTTACGGTTTCAGACATAAGTGCTAGCCTGCTGTTATGC	65944

CR956367.12	601	TAAAAATTTCAGCATCTGAAAAGTTCCAAGCTAATTTTCAGGGGGGGAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65945	TAAAAATTTCAGCATCTGAAAAGTTCCAAGCTAATTTTCAGGGGGGGAAA	65994

CR956367.12	651	TTAGACACAAAGTGGCTTTTAAAACCCAGAGGATCTTGGGTTTAAAACCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65995	TTAGACACAAAGTGGCTTTTAAAACCCAGAGGATCTTGGGTTTAAAACCT	66044

CR956367.12	701	GGTTGCCAGGGAAACTCTTCCAATGCTTCCTCGCCACCACATTATAAATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66045	GGTTGCCAGGGAAACTCTTCCAATGCTTCCTCGCCACCACATTATAAATT	66094

CR956367.12	751	AAACCCCTTAACTGAAGGGTAGGTAATTAAGGTAATTGGCGATGCTGCTG	800
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66095	AAACCCTTTAACTGAAGGGTAGGTAATTAAGGTAATTGGCGATGCTGCTG	66144

CR956367.12	801	CAGACAGAGAACGTGGTGAGGCAGCTGGGGGAAGGGGCGCATGACATTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66145	CAGACAGAGAACGTGGTGAGGCAGCTGGGGGAAGGGGCGCATGACATTTT	66194

CR956367.12	851	AGGGCGCACCCACCCCCCAGGCCCTGGGGAAGCTGGATCCATGACCACCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66195	AGGGCGCACCCACCCCCCAGGCCCTGGGGAAGCTGGATCCATGACCACCC	66244

CR956367.12	901	TGGGGGCTGGAAGGCACCTTTGGAGGAGAACAGCAGCCAGCGAACAGCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66245	TGGGGGCTGGAAGGCACCTTTGGAGGAGAACAGCAGCCAGCGAACAGCTG	66294

CR956367.12	951	CGTGCTGTGTTCTGTGAAAGGCCAAGCAGGTGACTGCTGAAAGGAAGCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66295	CGTGCTGTGTTCTGTGAAAGGCCAAGCAGGTGACTGCTGAAAGGAAGCCT	66344

CR956367.12	1001	TAAATGTCACGCTGCTACCCCGTTGGTTTCAAATAGGTGGAAAGCTTCGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66345	TAAATGTCACGCTGCTACCCCGTTGGTTTCAAATAGGTGGAAAGCTTCGT	66394

CR956367.12	1051	GAGTCAGTTAATGAGCAGACTGTGAAGGCTGCAGTGTTCCGGCCCCCGCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66395	GAGTCAGTTAATGAGCAGACTGTGAAGGCTGCAGTGTTCCGGCCCCCGCG	66444

CR956367.12	1101	GCCGTGTTAATGTCTGTGGTGCCGGAGCCGAAGCAATTGTTATCTCCACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66445	GCCGTGTTAATGTCTGTGGTGCCGGAGCCGAAGCAATTGTTATCTCCACC	66494

CR956367.12	1151	CTCCAGAGGGAGGCAATTTAGGTTTTCTTTTGCAGTCCCAGCCATCCAGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66495	CTCCAGAGGGAGGCAATTTAGGTTTTCTTTTGCAGTCCCAGCCATCCAGC	66544

CR956367.12	1201	AATACATCTGCCCATATTCATCTCTCTCTCCATCTGTTCATTCATCGAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66545	AATACATCTGCCCATATTCATCTCTCTCTCCATCTGTTCATTCATCGAAT	66594

CR956367.12	1251	TGTCCGTCAGAGCATCCATCCACATCCACCCCGTTACTCTTCATCTACCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66595	TGTCCGTCAGAGCATCCATCCACATCCACCCCGTTACTCTTCATCTACCC	66644

CR956367.12	1301	ATCTGCCTACCTGTCCACCTGTCCATCCACTTGCCATTCGCCTAGCCCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66645	ATCTGCCTACCTGTCCACCTGTCCATCCACTTGCCATTCGCCTAGCCCCC	66694

CR956367.12	1351	GACCCCACACACACTCAGGATGGATGGATGCCTGGATGGACCAAGAGTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66695	GACCCCACACACACTCAGGATGGATGGATGCCTGGATGGACCAAGAGTGA	66744

CR956367.12	1401	GGGCATGTCCCCTCTCCTATCCATCTACTTCCATTTCCCTGTCTAGGGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66745	GGGCATGTCCCCTCTCCTATCCATCTACTTCCATTTCCCTGTCTAGGGAT	66794

CR956367.12	1451	TCACTTGC	1458
			||||||||
CR956387.14	66795	TCACTTGC	66802

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956367.12	51	TTGCTTTCTGCCTCACGCAGAATTTCTGGGTGTCGGCCTCCTGGTCCAGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CR956387.14	65396	TTGCTTTCTGCCTCACGCAGAATTTCTGGGTGTCGGCCTCCCGGTCCAGC	65445

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956367.12	151	GTCTTTTTACCCTTCCTTCCATCAATCCAGCCCTTCCGGTCCATTTAATC	200
			||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
CR956387.14	65496	GTCTTTTTACCCTTCCTCCCATCAATCCAGTCCTTCCGGTCCATTTAATC	65545

skip 100 bps 100% identity alignment

CR956367.12	301	CAGGCCACCTGGCTATGCCCAGGGCCCAGGGTCGGGGGTCTCTCCCTCCA	350
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	65646	-AGGCCACCTGGCTATGCCCAGGGCCCAGGGTCGGGGGTCTCTCCCTCCA	65694

skip 400 bps 100% identity alignment

CR956367.12	751	AAACCCCTTAACTGAAGGGTAGGTAATTAAGGTAATTGGCGATGCTGCTG	800
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956387.14	66095	AAACCCTTTAACTGAAGGGTAGGTAATTAAGGTAATTGGCGATGCTGCTG	66144

skip 658 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956367.12 - 124577 bps
Hit
CR956387.14 - 66802 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1458 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.661435145811458165346668021
292.921962552066820922-12475001
387.0115125511263711289112475001
4931882435585956101-12585001
592.7118924712214012238612585041
693.682152702066820937-1811683841
785.514727136813370831811683841
891.051932695585956127-1811783841
988.811752691201331204011811783841
1092.482032671221171223831812083851
1190.43199283122100122382128353286341
1289.681912805585856137-128355286351
1391.111962712066820938-128365286341
1487.78159259122124122382-132190324511
1586.741552642066820931132190324531
1687.98161257122126122382-144857451141
1788.761672572066820924144857451141
1893.362132702066820937-147410476801
1991.211962725585656127-147411476831
2091.76196266122117122382147414476801
2188.191712712066020930-157205574751
2289.071632475585556101-157224574701
2390165240122140122379157224574631
Short-link