<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2324 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

C  CR956415.12	73264	AAAAGAAATGCAGAACAGCACTTCCTAAGTATGCTATCGAGCACTACTTC	73215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	179890	AAAAGAAATGCAGAACAGCACTTCCTAAGTATGCTATCGAGCACTACTTC	179939

C  CR956415.12	73214	TATGACATGTCAGTGCGTATTCTTGGGGGAGTTGGAAGACATCAAAAACA	73165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	179940	TATGACATGTCAGTGCGTATTCTTGGGGGAGTTGGAAGACATCAAAAACA	179989

C  CR956415.12	73164	GAAATGCCAAATAAGCCAAGTTATTATTTTTTAACTCTAGAACTTAGGAC	73115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	179990	GAAATGCCAAATAAGCCAAGTTATTATTTTTTAACTCTAGAACTTAGGAC	180039

C  CR956415.12	73114	CTTCACTATACTAATAATTATGAATCTCCAAGGAAAGGATAGAATATACA	73065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180040	CTTCACTATACTAATAATTATGAATCTCCAAGGAAAGGATAGAATATACA	180089

C  CR956415.12	73064	TTGTTGGCCTATGCATTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGCTTTTTAGG	73015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180090	TTGTTGGCCTATGCATTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGCTTTTTAGG	180139

C  CR956415.12	73014	GCACTACCTGCGGCACATGGAGGTTCCAGGCTAGGGGTCAAATCAGAGCT	72965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180140	GCACTACCTGCGGCACATGGAGGTTCCAGGCTAGGGGTCAAATCAGAGCT	180189

C  CR956415.12	72964	ACAGCTGCCGGCCAAGGCCACAGCCACAGCAATGTGGGATCCAAGCTGTG	72915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180190	ACAGCTGCCGGCCAAGGCCACAGCCACAGCAATGTGGGATCCAAGCTGTG	180239

C  CR956415.12	72914	TCTGCAACCTACACCCCAGTTCATGGCCATGCTGGATCCTTAACTCACTG	72865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180240	TCTGCAACCTACACCCCAGTTCATGGCCATGCTGGATCCTTAACTCACTG	180289

C  CR956415.12	72864	AGCAAGGCCAGGGATCAAACCTACATGCTCATGGATACTAGTCAGATTCA	72815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180290	AGCAAGGCCAGGGATCAAACCTACATGCTCATGGATACTAGTCAGATTCA	180339

C  CR956415.12	72814	CCTCCACTGGGCCACAACAGGAACTCCGGGCCTATTGTATTTAATAATAG	72765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180340	CCTCCACTGGGCCACAACAGGAACTCCGGGCCTATTGTATTTAATAATAG	180389

C  CR956415.12	72764	ATCCCATTTTTGTTGAAGCATCTCCTGGGCCCAGTGTTCTGTGGTACACA	72715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180390	ATCCCATTTTTGTTGAAGCATCTCCTGGGCCCAGTGTTCTGTGGTACACA	180439

C  CR956415.12	72714	GTTTGGAAAGTAAAGGGATAGAAATTTCTTATCAACAAGGATAAAAAAGA	72665
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180440	GTTAGGAAAGTAAAGGGATAGAAATTTCTTATCAACAAGGATAAAAAAGA	180489

C  CR956415.12	72664	AATTGGCCCACATACTTTCAATTGCCTAACATTGTTTTTATTCAAGGCAT	72615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180490	AATTGGCCCACATACTTTCAATTGCCTAACATTGTTTTTATTCAAGGCAT	180539

C  CR956415.12	72614	GGCATTAAGCATGAAATCAAGTACAAGATACTCTGCTGGGCTTTCTGGAA	72565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180540	GGCATTAAGCATGAAATCAAGTACAAGATACTCTGCTGGGCTTTCTGGAA	180589

C  CR956415.12	72564	GAGTTAAAGATGATAGAGCATGGTCCTTACCCTCATGGAGCTTAGAGTAC	72515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180590	GAGTTAAAGATGATAGAGCATGGTCCTTACCCTCATGGAGCTTAGAGTAC	180639

C  CR956415.12	72514	AGAGAAAGATAACATATGGACAAAGTCATCAGTTTATGGTGGAAAGTACT	72465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180640	AGAGAAAGATAACATATGGACAAAGTCATCAGTTTATGGTGGAAAGTACT	180689

C  CR956415.12	72464	TCTAAGTTCTGTGAGAGAAACACAGATCCTGTGTGAGTCCAGACAAGAGA	72415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180690	TCTAAGTTCTGTGAGAGAAACACAGATCCTGTGTGAGTCCAGACAAGAGA	180739

C  CR956415.12	72414	GAAAGCCGTGTGGGGTAAGAGAGTGGACGTTTTGGGGGGAGGGGAGAAGG	72365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180740	GAAAGCCGTGTGGGGTAAGAGAGTGGACGTTTTGGGGGGAGGGGAGAAGG	180789

C  CR956415.12	72364	GATGAGCTGGAGGCTTTGTGGCACTCATGTTGAGCCCTAAAGGACAGATA	72315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180790	GATGAGCTGGAGGCTTTGTGGCACTCATGTTGAGCCCTAAAGGACAGATA	180839

C  CR956415.12	72314	AGATTTGGACATGGAGAGATGCCAAACATTACAGGCAGATGATATGCCCA	72265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180840	AGATTTGGACATGGAGAGATGCCAAACATTACAGGCAGATGATATGCCCA	180889

C  CR956415.12	72264	AGCAAAGGCAAAGACATGTTTGGGAGCAACTGCAATCAAATCATTTGGTT	72215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180890	AGCAAAGGCAAAGACATGTTTGGGAGCAACTGCAATCAAATCATTTGGTT	180939

C  CR956415.12	72214	CAAGCCATGGTTTTCAAACGAAGAGAAGGGCTTATTGGCAAGTGCCTTAT	72165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180940	CAAGCCATGGTTTTCAAACGAAGAGAAGGGCTTATTGGCAAGTGCCTTAT	180989

C  CR956415.12	72164	TTATTCATCAAGCAGAGCTCCTCCATCATGAAATGGTTTATGTGTCAGCA	72115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180990	TTATTCATCAAGCAGAGCTCCTCCATCATGAAATGGTTTATGTGTCAGCA	181039

C  CR956415.12	72114	TTCTGTGCAACCAGCCGACCAAACAAAAAACCCACACAATTTAAGAAACA	72065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181040	TTCTGTGCAACCAGCCGACCAAACAAAAAACCCACACAATTTAAGAAACA	181089

C  CR956415.12	72064	TGGGGCCCAAAGTGGAGTGTCCAAGGGGGAGCAAAGAGAGAGATCTGATA	72015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181090	TGGGGCCCAAAGTGGAGTGTCCAAGGGGGAGCAAAGAGAGAGATCTGATA	181139

C  CR956415.12	72014	GTATAGAGGAGATGAGCCAAGAGTTTGCCGATGGCATTGGCAGTGTCTGA	71965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181140	GTATAGAGGAGATGAGCCAAGAGTTTGCCGATGGCATTGGCAGTGTCTGA	181189

C  CR956415.12	71964	AGGTGCAGGAGCAAAGGGATGATGTGGTCAGAGCTTCAGAAAATCAATCA	71915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181190	AGGTGCAGGAGCAAAGGGATGATGTGGTCAGAGCTTCAGAAAATCAATCA	181239

C  CR956415.12	71914	GGTGGCCTCTGAGGGGTGGGTGAAAAGATGGAAAAGGCTAGATCTGTGTC	71865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181240	GGTGGCCTCTGAGGGGTGGGTGAAAAGATGGAAAAGGCTAGATCTGTGTC	181289

C  CR956415.12	71864	TCTTAGGAAGCCCACGTTGGCCCTACCATCTCTTGCTTGGAGGAAGCAGG	71815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181290	TCTTAGGAAGCCCACGTTGGCCCTACCATCTCTTGCTTGGAGGAAGCAGG	181339

C  CR956415.12	71814	GAGAGTAGTGGAGACCACTGCAAGGACAGTCTAGGCCTAGACAGTGAGAG	71765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181340	GAGAGTAGTGGAGACCACTGCAAGGACAGTCTAGGCCTAGACAGTGAGAG	181389

C  CR956415.12	71764	AGAAAATGCAGAGGAGGGGGTGGAAGGGAGACTCCATGGAGGTGAAGGGC	71715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181390	AGAAAATGCAGAGGAGGGGGTGGAAGGGAGACTCCATGGAGGTGAAGGGC	181439

C  CR956415.12	71714	GGGCAGCCCTGGAGTCCCCAACTGGCGTCAGTTGAGAGGTGTCCTCACCC	71665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181440	GGGCAGCCCTGGAGTCCCCAACTGGCGTCAGTTGAGAGGTGTCCTCACCC	181489

C  CR956415.12	71664	CACTACCCAGCCCAGGCACCCAGAGGACTCACCTCATTCCAGTGACTACT	71615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181490	CACTACCCAGCCCAGGCACCCAGAGGACTCACCTCATTCCAGTGACTACT	181539

C  CR956415.12	71614	CAGATTCCTAGGATTGGCACCTGTCACTCGCAGATCACAGAGGATCTGAG	71565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181540	CAGATTCCTAGGATTGGCACCTGTCACTCGCAGATCACAGAGGATCTGAG	181589

C  CR956415.12	71564	CAGAAACAACGCAGGCCACTGTTACTTATTATTAATCTGCATATCATTTG	71515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181590	CAGAAACAACGCAGGCCACTGTTACTTATTATTAATCTGCATATCATTTG	181639

C  CR956415.12	71514	GAGACACCTATCTGCCAGCCCTTGCTAAGGACCAGATCAACTGTGGATGG	71465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181640	GAGACACCTATCTGCCAGCCCTTGCTAAGGACCAGATCAACTGTGGATGG	181689

C  CR956415.12	71464	CCGTGGCTCTCCCTGCCCAGGGAATCCCCCAGCATAAATGAGACGGGGAG	71415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181690	CCGTGGCTCTCCCTGCCCAGGGAATCCCCCAGCATAAATGAGACGGGGAG	181739

C  CR956415.12	71414	AACTCAGAGTGACAGGAGCCCATACAGAGCCTCAAGGTCTAAACATGTCA	71365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181740	AACTCAGAGTGACAGGAGCCCATACAGAGCCTCAAGGTCTAAACATGTCA	181789

C  CR956415.12	71364	CTTGCATTCTAACATCAGGCATCCTTCATCCCAGTCCTGGTCGGTTATAC	71315
			|||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
  CR956385.13	181790	CTTGCATTCTAACATCAGGCATCCTTCAT--CAGTCCTGGTCGGTTATAC	181837

C  CR956415.12	71314	CCAGAGTGACATGGATACTACCAGGATCAGGTCTCTAGCCCAGGACCAGT	71265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181838	CCAGAGTGACATGGATACTACCAGGATCAGGTCTCTAGCCCAGGACCAGT	181887

C  CR956415.12	71264	TCCAAAATCAAGGCCTGAGTGAAGTGTCCTGCCAGCCCAGACAGTGGAGA	71215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181888	TCCAAAATCAAGGCCTGAGTGAAGTGTCCTGCCAGCCCAGACAGTGGAGA	181937

C  CR956415.12	71214	GAGTCTGGTGATAACTGTTAAGAGGAGCAGCTCCATAGCTCCAAGCCCTG	71165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181938	GAGTCTGGTGATAACTGTTAAGAGGAGCAGCTCCATAGCTCCAAGCCCTG	181987

C  CR956415.12	71164	TTCCCCTTCTCCAGGCAGAATGAAGCTGTCAGTGCCGAGGATACCACCCA	71115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	181988	TTCCCCTTCTCCAGGCAGAATGAAGCTGTCAGTGCCGAGGATACCACCCA	182037

C  CR956415.12	71114	TCATGCTGCCCTGTGAGTTTTTTGGTTTGTTTGTGTTTGCATCCATGGCA	71065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	182038	TCATGCTGCCCTGTGAGTTTTTTGGTTTGTTTGTGTTTGCATCCATGGCA	182087

C  CR956415.12	71064	TATGGAGGTTCCCAGACTAGGGGCTGAATCAGAGCTGTAGCCACCAGCCT	71015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	182088	TATGGAGGTTCCCAGACTAGGGGCTGAATCAGAGCTGTAGCCACCAGCCT	182137

C  CR956415.12	71014	ACACCATAGCCATAGCAATGCAGGATCTGAGACTTGTCTGCAAACTACAC	70965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	182138	ACACCATAGCCATAGCAATGCAGGATCTGAGACTTGTCTGCAAACTACAC	182187

C  CR956415.12	70964	CACAGTTCACAGCAATACTGGATC	70941
			||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	182188	CACAGTTCACAGCAATACTGGATC	182211

Compact alignment

skip 550 bps 100% identity alignment

C  CR956415.12	72714	GTTTGGAAAGTAAAGGGATAGAAATTTCTTATCAACAAGGATAAAAAAGA	72665
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR956385.13	180440	GTTAGGAAAGTAAAGGGATAGAAATTTCTTATCAACAAGGATAAAAAAGA	180489

skip 1300 bps 100% identity alignment

C  CR956415.12	71364	CTTGCATTCTAACATCAGGCATCCTTCATCCCAGTCCTGGTCGGTTATAC	71315
			|||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
  CR956385.13	181790	CTTGCATTCTAACATCAGGCATCCTTCAT--CAGTCCTGGTCGGTTATAC	181837

skip 374 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956415.12 - 209049 bps
Hit
CR956385.13 - 182211 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2324 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.87230523247094173264-11798901822111
283.252995426519065731-122031225551
384.78257466128841129306-122129225811
492.6228299120488120786122284225801
592.662222881194812235127819281041
699.623781538628170393209020-143469821381
792.39223293146001146293-182136824241
892.662302921194312234-182139824241
990.882222951537015664-182140824241
1093.922242805435854637182140824191
1190.26713579716873252170419-1823741796201
1294.62482961193812233-11064801067751
1394.742532981536715664-11064801067831
1494.18234281543585463811064801067541
1585.412494346519065623-11235041239281
1699.3712231283107100108382-11441811454631
1798.88120241246794037106503-11454501579551
1893.82322911194012230-11602411605301
1993.782382931536915661-11602411605291
2091.72229300145987146286-11602411605301
2193.8226278543615463811602411605141
Short-link