<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956634.3	1	GATCTGATATTGCTATAGCTGTGTTATAGGCTGGCAGCTGTAGCTCCTAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69547	GATCTGATATTGCTATAGCTGTGTTATAGGCTGGCAGCTGTAGCTCCTAC	69596

CR956634.3	51	TTGACCCCTCGCCTGGGAATTTCCATATGCTGCAGGTGCAGCCCTAAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69597	TTGACCCCTCGCCTGGGAATTTCCATATGCTGCAGGTGCAGCCCTAAAAA	69646

CR956634.3	101	GATTAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGAATGGACTGAACAGGGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69647	GATTAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGAATGGACTGAACAGGGGT	69696

CR956634.3	151	GGGATTCAGACGTGGGGCTGAGTTTTTGCAAACCCATACCCTCATAGCCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69697	GGGATTCAGACGTGGGGCTGAGTTTTTGCAAACCCATACCCTCATAGCCC	69746

CR956634.3	201	CAGGACTGTGTTTCTCCCCCTCTCCGCCTGAAACCATCTCTTGAGCATTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69747	CAGGACTGTGTTTCTCCCCCTCTCCGCCTGAAACCATCTCTTGAGCATTG	69796

CR956634.3	251	GCTGGAGCTGCAGCCAGGAGGGGAAAATCCAGAACCAAACCCAACCAAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69797	GCTGGAGCTGCAGCCAGGAGGGGAAAATCCAGAACCAAACCCAACCAAGC	69846

CR956634.3	301	CCATCCCCCAAACAGCCGGGTTCTACTCCATACCTCAGAACTCAGGAGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69847	CCATCCCCCAAACAGCCGGGTTCTACTCCATACCTCAGAACTCAGGAGGG	69896

CR956634.3	351	AATTATCTGTCTCCTAGAGTCAGAGATCCGGGAGGAGCTAGAGGCCGTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69897	AATTATCTGTCTCCTAGAGTCAGAGATCCGGGAGGAGCTAGAGGCCGTCA	69946

CR956634.3	401	CTTCCTGAGGGCTTGACACCTGTCCCACTGATGAAGCCTCTGCTGGTACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69947	CTTCCTGAGGGCTTGACACCTGTCCCACTGATGAAGCCTCTGCTGGTACC	69996

CR956634.3	451	TCGCACCCCCAGCTGTGTTTCTGCTCTGAATCAAGGCTGCGGAGGAGAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	69997	TCGCACCCCCAGCTGTGTTTCTGCTCTGAATCAAGGCTGCGGAGGAGAGA	70046

CR956634.3	501	GAGGGGGGTTGGACAGGCTGCACCCCCATAGGGACATTTCTCTAGAGTCG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70047	GAGGGGGGTTGGACAGGCTGCACCCCCATAGGGACATTTCTCTAGAGTCG	70096

CR956634.3	551	TTTCTTTCCATGGGCTCAGGTGAGCGCTTGCCTGTTGGAGAGGCTGGAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70097	TTTCTTTCCATGGGCTCAGGTGAGCGCTTGCCTGTTGGAGAGGCTGGAAT	70146

CR956634.3	601	GGGCCCCAGCTAGCCCCGGGTACCATGTTGAGTGTACGGCGCATCCAGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70147	GGGCCCCAGCTAGCCCCGGGTACCATGTTGAGTGTACGGCGCATCCAGGA	70196

CR956634.3	651	GGTGTCCCTGCTACGGGCCTGGAAACCGATGGCAGGTAGGAGGCCTGCGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70197	GGTGTCCCTGCTACGGGCCTGGAAACCGATGGCAGGTAGGAGGCCTGCGT	70246

CR956634.3	701	GCTGGAAATTCTTTGCAGCTGAAAGAAGGCCAAGGAAGTATTTTTCCTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70247	GCTGGAAATTCTTTGCAGCTGAAAGAAGGCCAAGGAAGTATTTTTCCTCC	70296

CR956634.3	751	AAAGATAGAACTACTACCCCAGATTTCTTTTTTGCCTTGGAAGATTTCGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70297	AAAGATAGAACTACTACCCCAGATTTCTTTTTTGCCTTGGAAGATTTCGA	70346

CR956634.3	801	GGCTGCCTGCTTTTGGGGTGAGGGGAAACAGGGCCCCCAAGCTGGCTGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70347	GGCTGCCTGCTTTTGGGGTGAGGGGAAACAGGGCCCCCAAGCTGGCTGGG	70396

CR956634.3	851	TACCTCCAGCAGAGAGCAGCTCAGGAGCAAGGAACAGGCGGGTTTTCCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70397	TACCTCCAGCAGAGAGCAGCTCAGGAGCAAGGAACAGGCGGGTTTTCCTG	70446

CR956634.3	901	GTGAAAGCCGGGATTGACTCCTGGTCTAATCTGCTGGGGAGTTTTGTTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70447	GTGAAAGCCGGGATTGACTCCTGGTCTAATCTGCTGGGGAGTTTTGTTTG	70496

CR956634.3	951	CCTTCTCCCCTTTCCAGCAGGGATGGTGCCCTCTGTCCCCCTGGCTGCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70497	CCTTCTCCCCTTTCCAGCAGGGATGGTGCCCTCTGTCCCCCTGGCTGCCT	70546

CR956634.3	1001	CCTCCCGTGTCTCGTCTAGCCCCCCGTTGACCAGTGCTTGCTAACGTCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70547	CCTCCCGTGTCTCGTCTAGCCCCCCGTTGACCAGTGCTTGCTAACGTCAG	70596

CR956634.3	1051	AACCATTTTGGGGGCAAGCGACAAATGCAAATCCTCCTTCCACCAGGGTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70597	AACCATTTTGGGGGCAAGCGACAAATGCAAATCCTCCTTCCACCAGGGTG	70646

CR956634.3	1101	GTCAAGGAGGGCTTCCTGGAAGAGGTGAAGTTCGGTAGAGGCCGAATGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70647	GTCAAGGAGGGCTTCCTGGAAGAGGTGAAGTTCGGTAGAGGCCGAATGAT	70696

CR956634.3	1151	GAGAAAGAGCCGTCCCTGAGAAAAGTGGGGGTAGGAGAGGGAGGGACAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70697	GAGAAAGAGCCGTCCCTGAGAAAAGTGGGGGTAGGAGAGGGAGGGACAAT	70746

CR956634.3	1201	GAGCACGGTGGCCTTGAGGTAGCAAAGGGCCCAGGGTACGGCAGAAGCAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70747	GAGCACGGTGGCCTTGAGGTAGCAAAGGGCCCAGGGTACGGCAGAAGCAG	70796

CR956634.3	1251	GTAACCGCCCACATGGGTGGAACCAGGGGATGGAGAATGTGCTAGAGGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70797	GTAACCGCCCACATGGGTGGAACCAGGGGATGGAGAATGTGCTAGAGGCC	70846

CR956634.3	1301	AAAGCAGGGCTGGCAGGAGCAGAAGGGGCAGGCATGGAACTCTGGGTAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70847	AAAGCAGGGCTGGCAGGAGCAGAAGGGGCAGGCATGGAACTCTGGGTAAG	70896

CR956634.3	1351	GAGTTTGGATCCCGGGGACCCTGAATGGGAGTTGAGCTCTGCTGCCTGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70897	GAGTTTGGATCCCGGGGACCCTGAATGGGAGTTGAGCTCTGCTGCCTGCT	70946

CR956634.3	1401	GGTCTAGATGGTGGGGAGTGATGGCGCTGGAACTCCAGAGGCCCAACCTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70947	GGTCTAGATGGTGGGGAGTGATGGCGCTGGAACTCCAGAGGCCCAACCTG	70996

CR956634.3	1451	ACAGGAGGAGAAAAAGAAGGATCAGTATCCTTCAGCCAGCCCTGGACCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	70997	ACAGGAGGAGAAAAAGAAGGATCAGTATCCTTCAGCCAGCCCTGGACCAG	71046

CR956634.3	1501	CTGCCATGTATCTGCCATGTACCCTTAACCTTCAGAAGGACCCTGCGAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71047	CTGCCATGTATCTGCCATGTACCCTTAACCTTCAGAAGGACCCTGCGAAA	71096

CR956634.3	1551	GGCATGATCCCCATTTAACAGATGGGGAAACTGAGGCTCAGAGGGATGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71097	GGCATGATCCCCATTTAACAGATGGGGAAACTGAGGCTCAGAGGGATGAG	71146

CR956634.3	1601	TGGCCCAGGGTCTCTTGCCAGCTGTGGTGGGGCTGTCATTTGAACTCAGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71147	TGGCCCAGGGTCTCTTGCCAGCTGTGGTGGGGCTGTCATTTGAACTCAGG	71196

CR956634.3	1651	TCTTTTCAACTCCCTAACTCTTCCTCCTACACGGATCTGCCTCTTTCCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71197	TCTTTTCAACTCCCTAACTCTTCCTCCTACACGGATCTGCCTCTTTCCAC	71246

CR956634.3	1701	ACGGCATGCAGTGAGGCAGCAATCCCAAAGTGATTCATCGCTTTCCTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71247	ACGGCATGCAGTGAGGCAGCAATCCCAAAGTGATTCATCGCTTTCCTTTT	71296

CR956634.3	1751	CCTCCCACTGCCTCTCGTTTCCTTTCTTAATTTCCACATTTTTTGAGCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71297	CCTCCCACTGCCTCTCGTTTCCTTTCTTAATTTCCACATTTTTTGAGCTG	71346

CR956634.3	1801	AAACGGGCTGGTATTTGAATTTGCCAGTAGCCAAGGAGCAGATGGGGGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71347	AAACGGGCTGGTATTTGAATTTGCCAGTAGCCAAGGAGCAGATGGGGGTG	71396

CR956634.3	1851	GGGGATGGGAAGCTGAACCCCGCCTGGCCACTGAGGCTGGCAGGATCCCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71397	GGGGATGGGAAGCTGAACCCCGCCTGGCCACTGAGGCTGGCAGGATCCCC	71446

CR956634.3	1901	CCAAGGCCAGATGCTCCCACAACCTAAAAGACGGTTGGGGTGACATTTAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71447	CCAAGGCCAGATGCTCCCACAACCTAAAAGACGGTTGGGGTGACATTTAC	71496

CR956634.3	1951	CAGCAAACCACCCCCCCCCCGCCCCCCTGCCTTCCCAAGGTCCAGAAATG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956384.6	71497	CAGCAAACCACCCCCCCCCCGCCCCCCTGCCTTCCCAAGGTCCAGAAATG	71546

Overview

Query
CR956634.3 - 206278 bps
Hit
CR956384.6 - 71546 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001991200012000169547715461
292.892062665514955414123660239261
390.221832664195042215-123661239261
485.6131253115113115365-123661239241
594.892302741861918892123662239351
686.561552668622486489124588248551
781.462627867457175356-133681344461
888.851742695515055418-165821660891
989.271732631861918881-165828660881
1086.64152266187281187546-165828660891
1187.021572634195342215165828660891
1289.311752638622786489165828660891
1385.5131252115114115365165828660891
1487.45136233115135115367-166675669131
1587.071592634195342215-166677669391
1687.351542538623786489-166677669291
1787.561352251484215066166677669011
1892.782042635515055412166677669391
1987.45165273187281187553166677669471
2091.481972701861918888166678669471
2186.69133232151240151471-166681669131
Short-link