<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956635.11	1	GATCCGAGTATCTCTCTGTGAGCTGCAGTTGGCCCACTGGCTATCTGTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161008	GATCCGAGTATCTCTCTGTGAGCTGCAGTTGGCCCACTGGCTATCTGTTT	161057

CR956635.11	51	ATCACGTGTGATTCGTGAAAGTTATGTGTTGTCCCCAGGTCACCAAGTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161058	ATCACGTGTGATTCGTGAAAGTTATGTGTTGTCCCCAGGTCACCAAGTCC	161107

CR956635.11	101	TCTGACAAAGTGGCAGTTTTGATTGAGAGGGCAGTAAGCAGAGACCCGTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161108	TCTGACAAAGTGGCAGTTTTGATTGAGAGGGCAGTAAGCAGAGACCCGTC	161157

CR956635.11	151	ATGTCACGTCAGTGGATTGAACACACCCCTTAGAAATGAGCAAGAAGGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161158	ATGTCACGTCAGTGGATTGAACACACCCCTTAGAAATGAGCAAGAAGGCA	161207

CR956635.11	201	GAGGCAACCCCCAAGTCCTGCAGGCAGCCCCAGGTTGCAGCCCCCTGGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161208	GAGGCAACCCCCAAGTCCTGCAGGCAGCCCCAGGTTGCAGCCCCCTGGAG	161257

CR956635.11	251	AGCAGGATTCCTTGGAGAACAAAGCATCAGATGCCCAGTGCCCATGCCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161258	AGCAGGATTCCTTGGAGAACAAAGCATCAGATGCCCAGTGCCCATGCCAA	161307

CR956635.11	301	GGAGCTGTTTTACAAGCACTCATCCTGAATCTTTCCATCAGACCCCAGGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161308	GGAGCTGTTTTACAAGCACTCATCCTGAATCTTTCCATCAGACCCCAGGT	161357

CR956635.11	351	GCCAAAGCCGCAGCAAACGCTAAGCTGCAGATCAAGTACAACAGACAGCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161358	GCCAAAGCCGCAGCAAACGCTAAGCTGCAGATCAAGTACAACAGACAGCC	161407

CR956635.11	401	CAGAGCAGACGCCTGCCTTAGAAGGAGACAGAAGCTCCCGCTATACTGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161408	CAGAGCAGACGCCTGCCTTAGAAGGAGACAGAAGCTCCCGCTATACTGCT	161457

CR956635.11	451	CTGCAGAAAGGCCAGAAACCAGTGACTCCTGTTCAAACACCCCATTAACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161458	CTGCAGAAAGGCCAGAAACCAGTGACTCCTGTTCAAACACCCCATTAACT	161507

CR956635.11	501	GCTTTTGTTGTGGAGAAGATTTTAAGATACAGGGAAGAGCTCAGGGCTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161508	GCTTTTGTTGTGGAGAAGATTTTAAGATACAGGGAAGAGCTCAGGGCTTG	161557

CR956635.11	551	GTGTCTAAAGTCAAAAGAACACGGTGTGGTCTGGTTTCACCACAACCTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161558	GTGTCTAAAGTCAAAAGAACACGGTGTGGTCTGGTTTCACCACAACCTTG	161607

CR956635.11	601	CTGTGCAACCTGAAACAAAACCATCTCTCAGCTTCCTCTGCTGTAGGCAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161608	CTGTGCAACCTGAAACAAAACCATCTCTCAGCTTCCTCTGCTGTAGGCAG	161657

CR956635.11	651	GTGATGCCAACAACAAACCAGCAGTTTCCTGTCATGGCTCAGCGGGCTAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161658	GTGATGCCAACAACAAACCAGCAGTTTCCTGTCATGGCTCAGCGGGCTAA	161707

CR956635.11	701	TAGCCCAACGTGGTCTCCATGAGGACCTGGGTTCAATCCCTGGCCTCGCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161708	TAGCCCAACGTGGTCTCCATGAGGACCTGGGTTCAATCCCTGGCCTCGCT	161757

CR956635.11	751	CAGTGGGTTGGGGATTTGGCATTGCCGTGAGCTGCAGTGTAGGTTGCAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161758	CAGTGGGTTGGGGATTTGGCATTGCCGTGAGCTGCAGTGTAGGTTGCAGA	161807

CR956635.11	801	CTCGGCTCAGATCTGGCATTGCTGTGGCTGAGGTGTAGACCGGCAGCTGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161808	CTCGGCTCAGATCTGGCATTGCTGTGGCTGAGGTGTAGACCGGCAGCTGC	161857

CR956635.11	851	ACCTCCAACTCAACCCCTAGCCTGGGAACTTCCATATGCTGTGGGTGCGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161858	ACCTCCAACTCAACCCCTAGCCTGGGAACTTCCATATGCTGTGGGTGCGG	161907

CR956635.11	901	CCCTAAAAAGACAAAACAAAACAAAACAAAATAACCCCATGAAGGGACAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161908	CCCTAAAAAGACAAAACAAAACAAAACAAAATAACCCCATGAAGGGACAG	161957

CR956635.11	951	ATGAGGCTCTCGAGAAATGCTTGTTCGGTGGTGTCCCCAGTCCCCCTGCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	161958	ATGAGGCTCTCGAGAAATGCTTGTTCGGTGGTGTCCCCAGTCCCCCTGCA	162007

CR956635.11	1001	ACCTCATCTCCTGTCCTCGTCCCCTCAGCATCCTGCTCCAGCCACACAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162008	ACCTCATCTCCTGTCCTCGTCCCCTCAGCATCCTGCTCCAGCCACACAGT	162057

CR956635.11	1051	CCCCTTCCTCCTCGAAGAAGCTTCTTCTCAAGCCAGAGCCTCCTGTTTAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162058	CCCCTTCCTCCTCGAAGAAGCTTCTTCTCAAGCCAGAGCCTCCTGTTTAC	162107

CR956635.11	1101	TGCCCGTCTGTCCGGCACGTCTCAGGGCTTTGGATGACAGCTTGTTCCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162108	TGCCCGTCTGTCCGGCACGTCTCAGGGCTTTGGATGACAGCTTGTTCCCA	162157

CR956635.11	1151	TCAAGTCTCAGCTTCAGTGTCGCCTCCTTGGAGACACGGTCCCCAGTGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162158	TCAAGTCTCAGCTTCAGTGTCGCCTCCTTGGAGACACGGTCCCCAGTGAG	162207

CR956635.11	1201	ATGATCTAAAGAAGCCTGAGCCCCTCCTGTGGAAGTGCTGACTAGCCCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162208	ATGATCTAAAGAAGCCTGAGCCCCTCCTGTGGAAGTGCTGACTAGCCCTT	162257

CR956635.11	1251	ATATTTGCAGTCATCTGGGGATTTCTTTGCTCATTAGAAGCGCATGGGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162258	ATATTTGCAGTCATCTGGGGATTTCTTTGCTCATTAGAAGCGCATGGGAA	162307

CR956635.11	1301	GGAAGCTCCAGAGAACAAAACTCCTCTGTCTCTTCCACCTGCTTTATCCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162308	GGAAGCTCCAGAGAACAAAACTCCTCTGTCTCTTCCACCTGCTTTATCCT	162357

CR956635.11	1351	CGGCACCTCACCCGGCACTCAGTGAGGCCCTGTCACAGCACGGGGAATGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162358	CGGCACCTCACCCGGCACTCAGTGAGGCCCTGTCACAGCACGGGGAATGA	162407

CR956635.11	1401	ATGGCCAGCAATTCACTTTCCAAATGTTTCCAAAATATTTCCCTTGGCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162408	ATGGCCAGCAATTCACTTTCCAAATGTTTCCAAAATATTTCCCTTGGCTT	162457

CR956635.11	1451	GTCACTCGCGTGTGAAATGGGAAGTCCCCACAAACCAACAACACTCCCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162458	GTCACTCGCGTGTGAAATGGGAAGTCCCCACAAACCAACAACACTCCCTG	162507

CR956635.11	1501	GGCTGACTTATTTCAAGAGGGGAACTTTCAATGATCATATCCATTTACCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162508	GGCTGACTTATTTCAAGAGGGGAACTTTCAATGATCATATCCATTTACCA	162557

CR956635.11	1551	CATGGTAACTCCCTTCCCAGGAGGCTTCATTTGTTTTCTTTCATTTGTCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162558	CATGGTAACTCCCTTCCCAGGAGGCTTCATTTGTTTTCTTTCATTTGTCC	162607

CR956635.11	1601	GTTTGGCCACGCCTGCTGCATACAAAAGTTCCTGGGCCAGGGATCAAACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162608	GTTTGGCCACGCCTGCTGCATACAAAAGTTCCTGGGCCAGGGATCAAACC	162657

CR956635.11	1651	CACACCACAGCAGTAACCAGAGCCACAGCAGTGACAATGCCAGGCCCTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162658	CACACCACAGCAGTAACCAGAGCCACAGCAGTGACAATGCCAGGCCCTTA	162707

CR956635.11	1701	AGCCACAGAGCCACCAGGGAACTCCTTGTTTGTTTCCTTTTTACTGGTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162708	AGCCACAGAGCCACCAGGGAACTCCTTGTTTGTTTCCTTTTTACTGGTTT	162757

CR956635.11	1751	AGAAACTAACTTCTGGAAACAATTCATAGCCCCTTCCTTACCTTCAGAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162758	AGAAACTAACTTCTGGAAACAATTCATAGCCCCTTCCTTACCTTCAGAGT	162807

CR956635.11	1801	AAGGTAAGAATCTAACCCATGCATGACTGTTTATCATTAAATGCTGAAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162808	AAGGTAAGAATCTAACCCATGCATGACTGTTTATCATTAAATGCTGAAGA	162857

CR956635.11	1851	TTTGCAACCCTTGCTAGGAGTTTGATGCTGTCTCAAAATTTACAACAAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162858	TTTGCAACCCTTGCTAGGAGTTTGATGCTGTCTCAAAATTTACAACAAAA	162907

CR956635.11	1901	ATTATTCACATCTGAATCATCTGAGGGTATCCTCTTCTAGAACCCACGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162908	ATTATTCACATCTGAATCATCTGAGGGTATCCTCTTCTAGAACCCACGGA	162957

CR956635.11	1951	CACTGGCAGGGAGCTGATGGACAAGGTCACTAGAATGTTTCGTTTGATGC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956383.8	162958	CACTGGCAGGGAGCTGATGGACAAGGTCACTAGAATGTTTCGTTTGATGC	163007

Overview

Query
CR956635.11 - 211741 bps
Hit
CR956383.8 - 163007 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199720001200011610081630071
286.01295527154248154774-115850163781
384.96264511117338117848115867163781
491.31199274138137138410137592378671
594.192222751053810812-137593378671
693.842232761846818743-137593378681
791.63201273128377128649-137593378671
894.62282763348833763-137594378711
991.011972779600296278-137594378711
1094.7822326993999667137594378611
1195.162072498280983057137594378411
1290.532083031050910811-159705600101
1381.815941686171860173545-173826755191
1482.33322965169940170904-176205771601
1582.49326913168626169538-177501783851
1684.19268580118373118952-184107846881
1793.3121527894009677-11045211048041
1892.2224295105311082511045251048191
1990.68198278192571192848-11045261048041
2092.09211278334853376211045271048041
2192.28207273184691874111045331048041
2295.872062438281083052-11045631048041
Short-link