<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956385.13	1	TGTCTCTAGTAAGGAACTTGTATCTAGAATATATAAAGAACTCTTACAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184092	TGTCTCTAGTAAGGAACTTGTATCTAGAATATATAAAGAACTCTTACAAC	184141

CR956385.13	51	TCAGTAATAAAAAGACCCACACCCTGATTTTTTTAATGAGATAAAGAGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184142	TCAGTAATAAAAAGACCCACACCCTGATTTTTTTAATGAGATAAAGAGAT	184191

CR956385.13	101	AAACAAATAGCCAATAAGCACATGAAAGGATTTTGACATCATTCATTAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184192	AAACAAATAGCCAATAAGCACATGAAAGGATTTTGACATCATTCATTAGG	184241

CR956385.13	151	GAAATGCAAATCAAAAATACAGTGAGGAGTTTCCACCGTGGCACAGCGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184242	GAAATGCAAATCAAAAATACAGTGAGGAGTTTCCACCGTGGCACAGCGGA	184291

CR956385.13	201	AACGAATCTGACTAGGAACCATAAGGTTGAGGGTTCAATCCCTGGCCTCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184292	AACGAATCTGACTAGGAACCATAAGGTTGAGGGTTCAATCCCTGGCCTCG	184341

CR956385.13	251	CTCAGTGGGTTAAGGATCCGGCATTGCTGTGAGCTGTGGTATAGGTTGCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184342	CTCAGTGGGTTAAGGATCCGGCATTGCTGTGAGCTGTGGTATAGGTTGCA	184391

CR956385.13	301	GACGGGGCTCGGATGATGTTGCTGTGCCTCTTGTGTAGGCCAGCAGCAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184392	GACGGGGCTCGGATGATGTTGCTGTGCCTCTTGTGTAGGCCAGCAGCAAC	184441

CR956385.13	351	AGCTCTGATTAGACCCCTAGCCTGGGAGCCTCCATATGCCACGGGTGTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184442	AGCTCTGATTAGACCCCTAGCCTGGGAGCCTCCATATGCCACGGGTGTGG	184491

CR956385.13	401	CCCTAAAAAGGACAAAAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAAAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184492	CCCTAAAAAGGACAAAAGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAAAGA	184541

CR956385.13	451	AGACCAATAGAAGGAGCTACCACCTCATACCCACTAGAATGGCTAGAGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184542	AGACCAATAGAAGGAGCTACCACCTCATACCCACTAGAATGGCTAGAGCC	184591

CR956385.13	501	AAACAGACAAGATGTAGAGAAACTGGAGCCCTTATAGACCGCTGGTAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184592	AAACAGACAAGATGTAGAGAAACTGGAGCCCTTATAGACCGCTGGTAGAA	184641

CR956385.13	551	ATGCAAAATGGTGCAGCCATGGGAAAACAGTTAAACACAGAGTTACTATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184642	ATGCAAAATGGTGCAGCCATGGGAAAACAGTTAAACACAGAGTTACTATA	184691

CR956385.13	601	TGACTCAGCAACTCTACTCTTAGGTATATGCTGAAGAGAACTGAAAACAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184692	TGACTCAGCAACTCTACTCTTAGGTATATGCTGAAGAGAACTGAAAACAT	184741

CR956385.13	651	AGGTCTACACCAAAACTTGTATATCAGTGTTCACAGCAGCATTATTCGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184742	AGGTCTACACCAAAACTTGTATATCAGTGTTCACAGCAGCATTATTCGTA	184791

CR956385.13	701	AGAGCTAAAATGTAGAAAAACCCAAATGTCCATCAATTGATGAATGGAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184792	AGAGCTAAAATGTAGAAAAACCCAAATGTCCATCAATTGATGAATGGAAA	184841

CR956385.13	751	AACAAAACAAGGGCTATCATATTGAAATATTCAGCCAGCACTGTTCCCAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184842	AACAAAACAAGGGCTATCATATTGAAATATTCAGCCAGCACTGTTCCCAC	184891

CR956385.13	801	ATATAAGAAGTACTCTGTCTTCTTGTTGAACAAGTGACCAAATGGAGGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184892	ATATAAGAAGTACTCTGTCTTCTTGTTGAACAAGTGACCAAATGGAGGGA	184941

CR956385.13	851	CCAAATGACTTCAGCTGAAAGCTGTCCAGCCACATTCCCCTGGGTCCCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184942	CCAAATGACTTCAGCTGAAAGCTGTCCAGCCACATTCCCCTGGGTCCCTG	184991

CR956385.13	901	GAAAACATCTCTAGGCACACGCTAGGCCCTACACTGAAACAGCACAGTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	184992	GAAAACATCTCTAGGCACACGCTAGGCCCTACACTGAAACAGCACAGTCA	185041

CR956385.13	951	CTGCAGAAGGAACCCTGGCTCCTTCACCAGCTGGCACTCCCCTCTTGGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185042	CTGCAGAAGGAACCCTGGCTCCTTCACCAGCTGGCACTCCCCTCTTGGGA	185091

CR956385.13	1001	CAGGCTTACTCATCTGTCTCATGGTCATCAGTCCCTGCCCACTTCCCTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185092	CAGGCTTACTCATCTGTCTCATGGTCATCAGTCCCTGCCCACTTCCCTTT	185141

CR956385.13	1051	CCAGGGCCGTGTGACCCAAATAGAATGTGGCAGGTGTTAGGTGCACTCAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185142	CCAGGGCCGTGTGACCCAAATAGAATGTGGCAGGTGTTAGGTGCACTCAT	185191

CR956385.13	1101	CAACCTCAAATGGCCAAGGAATATTTTTATTTTCTTTGAATACACTTAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185192	CAACCTCAAATGGCCAAGGAATATTTTTATTTTCTTTGAATACACTTAAG	185241

CR956385.13	1151	TCCAGCTCTGAAGACCCAGCTCTCCAAATCATGGGAAATATAATCAGGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185242	TCCAGCTCTGAAGACCCAGCTCTCCAAATCATGGGAAATATAATCAGGCA	185291

CR956385.13	1201	ATACTGGGGCTCTTCCTTGCCCCAGGGTTGCTCCAGGATCTAAGGGTCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185292	ATACTGGGGCTCTTCCTTGCCCCAGGGTTGCTCCAGGATCTAAGGGTCTT	185341

CR956385.13	1251	GAGCAGCACCAAGCCTCAGAGAGGCCCTCTGGTCACGATCTGCCCTACTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185342	GAGCAGCACCAAGCCTCAGAGAGGCCCTCTGGTCACGATCTGCCCTACTT	185391

CR956385.13	1301	GTTCCAAAGCGCATGCCCGGGAGGCCTAGCCTCGCAGTCCCATCGGCCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185392	GTTCCAAAGCGCATGCCCGGGAGGCCTAGCCTCGCAGTCCCATCGGCCAG	185441

CR956385.13	1351	ACAGCTCTGCTACCCCCATGTCACACAGCCAGCCTTCTGAGGCCGGGTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185442	ACAGCTCTGCTACCCCCATGTCACACAGCCAGCCTTCTGAGGCCGGGTTC	185491

CR956385.13	1401	TCTCTCCTAGAAATGGGTTCCCAAGATCCTCTTGGAGGAACTCACTCCCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185492	TCTCTCCTAGAAATGGGTTCCCAAGATCCTCTTGGAGGAACTCACTCCCC	185541

CR956385.13	1451	TCTCCTATTCCAGGTTCACGAAGCTTCTGTCTTCTCTCTCTGTGTGCTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185542	TCTCCTATTCCAGGTTCACGAAGCTTCTGTCTTCTCTCTCTGTGTGCTTT	185591

CR956385.13	1501	CCAAGGCCCTCCCTATTCTCCAAGATACCCCGCATCTTTTATTCAAGGGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185592	CCAAGGCCCTCCCTATTCTCCAAGATACCCCGCATCTTTTATTCAAGGGG	185641

CR956385.13	1551	CTTTGGCTTTTACAGAACAAGAGCCCCCTCTTCCATCAACTCCTGTTTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185642	CTTTGGCTTTTACAGAACAAGAGCCCCCTCTTCCATCAACTCCTGTTTTG	185691

CR956385.13	1601	CCCCGTGCAAGGATCCCTGAGACAGAGCAATCGGAAGGGCCAGGCTATCG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185692	CCCCGTGCAAGGATCCCTGAGACAGAGCAATCGGAAGGGCCAGGCTATCG	185741

CR956385.13	1651	GCTTGCAGCATAGGATTGGGGAACAGAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAAACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185742	GCTTGCAGCATAGGATTGGGGAACAGAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAAACA	185791

CR956385.13	1701	CACTCATATGTCAAAAATAGATCCTGCCACACAAACGCACCAAAAAGCTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185792	CACTCATATGTCAAAAATAGATCCTGCCACACAAACGCACCAAAAAGCTC	185841

CR956385.13	1751	TAGATGACTGTGAAGGGCCTAGGGTAGGGGTTACACAGCCTGAGCAGGGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185842	TAGATGACTGTGAAGGGCCTAGGGTAGGGGTTACACAGCCTGAGCAGGGC	185891

CR956385.13	1801	TTCGGTTACCTCCACGTGGGGACATCATGTGGGAAATACCTGCTATGGTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185892	TTCGGTTACCTCCACGTGGGGACATCATGTGGGAAATACCTGCTATGGTA	185941

CR956385.13	1851	GGACATTCACATATAATAATTTGTGGAAGGGAATGAAAGAAGAGAAAGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185942	GGACATTCACATATAATAATTTGTGGAAGGGAATGAAAGAAGAGAAAGCT	185991

CR956385.13	1901	CTGGCTTCTTCAATCCCAAGCAGCAAGCTTTTCCGATTTAAGTAGGGCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	185992	CTGGCTTCTTCAATCCCAAGCAGCAAGCTTTTCCGATTTAAGTAGGGCCT	186041

CR956385.13	1951	TCAACACCCAAAACTCAGGAGTTCCCTTGTGGTGCAGCAGGTTAAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956382.7	186042	TCAACACCCAAAACTCAGGAGTTCCCTTGTGGTGCAGCAGGTTAAGGATC	186091

Overview

Query
CR956385.13 - 182211 bps
Hit
CR956382.7 - 186091 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198820001200011840921860911
291.4199275132014132288131823321011
393.831942432231322555-131824320661
492.941982552784828102-131824320781
594.42052508214082389131824320731
695.31218256106480106735131824320791
791.37199275114303114577131824321011
895.47206243177097177339131824320661
989.96191279179620179898131824321021
1092.78205263160241160503131827320891
1192.22195257177097177353159137593931
1280.971985262203022555179809803391
1390.33187274167495167768-180071803391
1493.292252832228622568-11517331520151
1592.9322228313200213228411517331520151
1692.99210271123659123929-11517451520151
1790.31882695150951777-11517461520131
1891.381942659229292556-11517461520121
1992.59208271821408241011517461520151
2095.0620324310648010672211517461519881
2193.3321227111430311457311517461520151
2294.321726317709717735911517461520081
2392.9621127117962017989011517461520151
2492.420126416024116050411517491520111
Short-link