<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 550 bps

Full alignment

CR974570.12	1	TATCTACTTAAATGTACATCATACATATGCCAACAACACCCTAGGAATCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	56780	TATCTACTTAAATGTACATCATACATATGCCAACAACACCCTAGGAATCT	56829

CR974570.12	51	TTT-GAATGTGAGTTACGTTTGGTACTCACAATCCCCAATGGCCCTTCAT	99
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	56830	TTTTGAATGTGAGTTACGTTTGGTACTCACAATCCCCAATGGCCCTTCAT	56879

CR974570.12	100	CTCATCCCTTGCCCATATTCTTGAAATGACCCATGAAGCCCTCCAGCTGC	149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	56880	CTCATCCCTTGCCCATATTCTTGAAATGACCCATGAAGCCCTCCAGCTGC	56929

CR974570.12	150	CTTCCCTTTGTGGCTACTACCTCAATTCTCAACCCTCTTCCCACCCCCAC	199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	56930	CTTCCCTTTGTGGCTACTACCTCAATTCTCAACCCTCTTCCCACCCCCAC	56979

CR974570.12	200	AGCATCTTCTGCTCCAGGCACTCCTTGGGTGGGACAAGTGGGGCAGGTTC	249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	56980	AGCATCTTCTGCTCCAGGCACTCCTTGGGTGGGACAAGTGGGGCAGGTTC	57029

CR974570.12	250	CACCCAGTCTCCATACAGTCCCAACTGGCCACCAGCCCCACTGGCCCAAA	299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57030	CACCCAGTCTCCATACAGTCCCAACTGGCCACCAGCCCCACTGGCCCAAA	57079

CR974570.12	300	CACTGACTTGCTTTTTGAACCGCACATTGGCTGCCTTCCCTTGTCTGTCT	349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57080	CACTGACTTGCTTTTTGAACCGCACATTGGCTGCCTTCCCTTGTCTGTCT	57129

CR974570.12	350	CAAGTTCATACTCCCCTACTCGTGCTGCTGGGACCACCTCCCAAACAAAC	399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57130	CAAGTTCATACTCCCCTACTCGTGCTGCTGGGACCACCTCCCAAACAAAC	57179

CR974570.12	400	CACTTGCATTTAAAATTCTCTTGGTGGGGTCTGCTTCTGTAAAAGTTTGG	449
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57180	CACTTGCGTTTAAAATTCTCTTGGTGGGGTCTGCTTCTGTAAAAGTTTGG	57229

CR974570.12	450	CTGAAGATGCCCTGTGTCCTGTTTAATTTACCCTTTAGCACTTACTGTTG	499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57230	CTGAAGATGCCCTGTGTCCTGTTTAATTTACCCTTTAGCACTTACTGTTG	57279

CR974570.12	500	TCTGGTTTACTCCGTATCAGTTGTCCTAAATGTGTGGTCTCCAGCTCTGC	549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57280	TCTGGTTTACTCCGTATCAGTTGTCCTAAATGTGTGGTCTCCAGCTCTGC	57329

CR974570.12	550	GCTATTAGCAACCCTTGGAAGCTTGTTAGAAATGCAAATTCTCAGAGTTC	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57330	GCTATTAGCAACCCTTGGAAGCTTGTTAGAAATGCAAATTCTCAGAGTTC	57379

CR974570.12	600	TGTCGTGGCGCAGTTGTTAACGAATCTGACTAGGAACCACGAGGTTGCGG	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57380	TGTCGTGGCGCAGTTGTTAACGAATCTGACTAGGAACCACGAGGTTGCGG	57429

CR974570.12	650	GTTCGGTCCCTGCCCTTGCTCAGTGGGTTAAGGATCCACCGTTGCCGTGA	699
			||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||
CR956381.6	57430	GTTCGGTCCCTGCCCTTGCTCAGTGGGTTAACGATCCCGCGTTGCCGTGA	57479

CR974570.12	700	GCTGTGGTGTAGGTTGCAGACGCAGCTCGGATCCTGCGTTGCTGTGGCTC	749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57480	GCTGTGGTGTAGGTTGCAGACGCAGCTCGGATCCTGCGTTGCTGTGGCTC	57529

CR974570.12	750	TGGCGTAGGCCGGTGGCTACAGCTTTGATTCGACCCCTAGCCTGGGAACC	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57530	TGGCGTAGGCCGGTGGCTACAGCTTTGATTCGACCCCTAGCCTGGGAACC	57579

CR974570.12	800	TCCATATGCCGTGGGAGCGGCCCAAGAAATAGCTAAAAAGACAAAATAAA	849
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57580	TCTATATGCCGTGGGAGCGGCCCAAGAAATAGCTAAAAAGACAAAATAAA	57629

CR974570.12	850	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-GAAATGCAAATTCTCAAGAATTCCCTG	898
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57630	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATGCAAATTCTCAAGAATTCCCTG	57679

CR974570.12	899	GTGGCCTAGTGGTTGAGGAATCGGCATTGTCACTGCTGTGGCTAGGGTTC	948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57680	GTGGCCTAGTGGTTGAGGAATCGGCATTGTCACTGCTGTGGCTAGGGTTC	57729

CR974570.12	949	GACTCCTGGCCCGGGAACCTCCCCATGCTGCAGGAGTGGCTCCTCCCAGC	998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57730	GACTCCTGGCCCGGGAACCTCCCCATGCTGCAGGAGTGGCTCCTCCCAGC	57779

CR974570.12	999	CAAAAAAGAAATGCAAATTCTCAAACTTTGACTTGGGTCAGAATTGCCTG	1048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57780	CAAAAAAGAAATGCAAATTCTCAAACTTTGACTTGGGTCAGAATTGCCTG	57829

CR974570.12	1049	CAAGGCTTCTTAGACCACAAATTTCTGGGCTCTATCCCCGAGTTTCCCAC	1098
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57830	CAAGGCTTCTTAGACCACAAATTTCTGGGCTCTATCCCCGAGTTTCCCAC	57879

CR974570.12	1099	TCCTTTGACCTGGAGTGAAAGGAGTCCCCAGGTGATGCCAGCGTTGCTGA	1148
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
CR956381.6	57880	TCCTTTGACCTGGAGTGAAAGGAGTCCCCAGGTAATGCCAGTGTTGCTGA	57929

CR974570.12	1149	TGTAGGGGTCACACTTGGAGAACCAGTGTTCTTTATTAAACTGTCTTTAT	1198
			||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
CR956381.6	57930	TGTAGGGGTCACACTTGGAGAACCAGTGTTCTTCATTAAACTGTCTTTCT	57979

CR974570.12	1199	TTATGACCTGTGTCTCCCCGCTGACATGCCATCTGCAGGATGGCGAGGAT	1248
			||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
CR956381.6	57980	TTATGACCTGTGTCTCCCCGCTGACGTGCCGTCTGCAGGATGGCGAGGAT	58029

CR974570.12	1249	GTTGGTCTCTTAAACGTACTTCTGTATTCTCAATACCTACGTCAGTGCCT	1298
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58030	GTTGGTCTCTTAAACGTACTTCTGTATTCTCAATACCTACGTCAGTGCCT	58079

CR974570.12	1299	GGGATGTGATGAGCACCCAAGTTACATTTTTTTGGAACGGATTTACTTTG	1348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58080	GGGATGTGATGAGCACCCAAGTTACATTTTTTTGGAACGGATTTACTTTG	58129

CR974570.12	1349	GGCACAGGTAAAGTTTACCTGAACCAAGTAAGTGTTTAGAAGGGGGCTGC	1398
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58130	GGCACAGGTAAAGTTTACCTGAACCAAGTAAGTGTTTAGAAGGGGGCTGC	58179

CR974570.12	1399	AGGCCTCCGGTTTGTGAACCCCTTCTCTTCATGGCTGCTCCTGTAGATTT	1448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
CR956381.6	58180	AGGCCTCCGGTTTGTGAACCCCTTCTCTTCATGGCTGTTCCTGTAGATTT	58229

CR974570.12	1449	GGTCTGTCCGTGGGTGTAAACGATTCAGACAATGATGTTCGTGTTATAAT	1498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CR956381.6	58230	GGTCTGTCCGTGGGTGTAAACGATTCAGACAATGATGTTTGTGTTATAAT	58279

CR974570.12	1499	GGCTGCTATTGTTAACCTTTATTATGAAGTGAATCAATGCTGGTTGCTGC	1548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58280	GGCTGCTATTGTTAACCTTTATTATGAAGTGAATCAATGCTGGTTGCTGC	58329

CR974570.12	1549	GTTCACTGCTTCAATGTTTGGTCTAATCTAATTCTTACATCAGGAGCTCC	1598
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58330	GTTCACTGCTTCAGTGTTTGGTCTAATCTAATTCTTACATCAGGAGCTCC	58379

CR974570.12	1599	TGTTGTGGCTCAGTGGGTTAAGAACTTGACATAGTGTCCATGAAGATGCG	1648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58380	TGTTGTGGCTCAGTGGGTTAAGAACTTGACATAGTGTCCATGAAGATGCG	58429

CR974570.12	1649	AGTTTGATCTCTGGACTCTCTCATTGGTTAAGGAGCTGGCATTGCCATGG	1698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58430	AGTTTGATCTCTGGACTCTCTCATTGGTTAAGGAGCTGGCATTGCCATGG	58479

CR974570.12	1699	GCAATAGTATAGGTCACAGATACGGCCCAGATCCTGTGTTGCTGTGGCTG	1748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58480	GCAATAGTATAGGTCACAGATACGGCCCAGATCCTGTGTTGCTGTGGCTG	58529

CR974570.12	1749	CAGCTCAGATTTGACCCCTAGCCCGGGAACATCCATATGCCACAGGCACA	1798
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58530	CAGCTCAGATTTGACCCCTAGCCCGGGAACATCCATATGCCACAGGCACA	58579

CR974570.12	1799	GCCCTAAAAAAAAAATAAATAAATAAATTCTTGTATTAACCTTAGGATAT	1848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58580	GCCCTAAAAAAAAAATAAATAAATAAATTCTTGTATTAACCTTAGGATAT	58629

CR974570.12	1849	AGGTACTGTTTAATCTCCATTTTACAGGTGAGGAGACTGAGTCTCAGAGA	1898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58630	AGGTACTGTTTAATCTCCATTTTACAGGTGAGGAGACTGAGTCTCAGAGA	58679

CR974570.12	1899	ACTTAAATCGACTTGCCCAGTATCACACTATGAAGTGGTATAAGAAGCCA	1948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58680	ACTTAAATCGACTTGCCCAGTATCACACTATGAAGTGGTATAAGAAGCCA	58729

CR974570.12	1949	GGATTCAAGCTCAGGTCTGACTTCCAAGTCTGTGTTCTTTACCCCTAGGA	1998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58730	GGATTCAAGCTCAGGTCTGACTTCCAAGTCTGTGTTCTTTACCCCTAGGA	58779

CR974570.12	1999	TC	2000
			||
CR956381.6	58780	TC	58781

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CR974570.12	51	TTT-GAATGTGAGTTACGTTTGGTACTCACAATCCCCAATGGCCCTTCAT	99
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	56830	TTTTGAATGTGAGTTACGTTTGGTACTCACAATCCCCAATGGCCCTTCAT	56879

skip 300 bps 100% identity alignment

CR974570.12	400	CACTTGCATTTAAAATTCTCTTGGTGGGGTCTGCTTCTGTAAAAGTTTGG	449
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57180	CACTTGCGTTTAAAATTCTCTTGGTGGGGTCTGCTTCTGTAAAAGTTTGG	57229

skip 200 bps 100% identity alignment

CR974570.12	650	GTTCGGTCCCTGCCCTTGCTCAGTGGGTTAAGGATCCACCGTTGCCGTGA	699
			||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||
CR956381.6	57430	GTTCGGTCCCTGCCCTTGCTCAGTGGGTTAACGATCCCGCGTTGCCGTGA	57479

skip 100 bps 100% identity alignment

CR974570.12	800	TCCATATGCCGTGGGAGCGGCCCAAGAAATAGCTAAAAAGACAAAATAAA	849
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57580	TCTATATGCCGTGGGAGCGGCCCAAGAAATAGCTAAAAAGACAAAATAAA	57629

CR974570.12	850	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA-GAAATGCAAATTCTCAAGAATTCCCTG	898
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	57630	AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATGCAAATTCTCAAGAATTCCCTG	57679

skip 200 bps 100% identity alignment

CR974570.12	1099	TCCTTTGACCTGGAGTGAAAGGAGTCCCCAGGTGATGCCAGCGTTGCTGA	1148
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
CR956381.6	57880	TCCTTTGACCTGGAGTGAAAGGAGTCCCCAGGTAATGCCAGTGTTGCTGA	57929

CR974570.12	1149	TGTAGGGGTCACACTTGGAGAACCAGTGTTCTTTATTAAACTGTCTTTAT	1198
			||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
CR956381.6	57930	TGTAGGGGTCACACTTGGAGAACCAGTGTTCTTCATTAAACTGTCTTTCT	57979

CR974570.12	1199	TTATGACCTGTGTCTCCCCGCTGACATGCCATCTGCAGGATGGCGAGGAT	1248
			||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
CR956381.6	57980	TTATGACCTGTGTCTCCCCGCTGACGTGCCGTCTGCAGGATGGCGAGGAT	58029

skip 150 bps 100% identity alignment

CR974570.12	1399	AGGCCTCCGGTTTGTGAACCCCTTCTCTTCATGGCTGCTCCTGTAGATTT	1448
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
CR956381.6	58180	AGGCCTCCGGTTTGTGAACCCCTTCTCTTCATGGCTGTTCCTGTAGATTT	58229

CR974570.12	1449	GGTCTGTCCGTGGGTGTAAACGATTCAGACAATGATGTTCGTGTTATAAT	1498
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CR956381.6	58230	GGTCTGTCCGTGGGTGTAAACGATTCAGACAATGATGTTTGTGTTATAAT	58279

skip 50 bps 100% identity alignment

CR974570.12	1549	GTTCACTGCTTCAATGTTTGGTCTAATCTAATTCTTACATCAGGAGCTCC	1598
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956381.6	58330	GTTCACTGCTTCAGTGTTTGGTCTAATCTAATTCTTACATCAGGAGCTCC	58379

skip 402 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR974570.12 - 94424 bps
Hit
CR956381.6 - 58781 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.21944200012000156780587811
290.271982883149931786-1611764041
383.091192607428374542-1611763881
489.791862737984580117-1611763901
588.031452358642986663-1611963521
690.221902766018761612664011
787.2914824319199194411613763801
889.1170263602864-1952297871
988.3213922886436866631956597951
1080.3997263594856129080293391
1182.261042315025050480129108293381
1292.38179235615849-147810480451
1389.031552361918919424-147822480581
1493.751772233154431766147825480481
1591.96194262604865-154651549111
1690.471922743151331786154651549231
1781.551072607428374542154653549231
1888.481572431919919441-154661549031
1987.231332288643686663154695549211
2091.312022773150131777-157381576561
2185.551482637984580107-157382576441
Short-link