<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 350 bps

Full alignment

CR956624.6	1	TTTCCACCAAATAAACACATTCTATTTCACGGTGTAGAGCAGTCTTCAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89579	TTTCCACCAAATAAACACATTCTATTTCACGGTGTAGAGCAGTCTTCAAA	89628

CR956624.6	51	GGGACTTGTTTACAGCTCTACCCGAGGCTTATAATTGTGTCCCAGGCACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89629	GGGACTTGTTTACAGCTCTACCCGAGGCTTATAATTGTGTCCCAGGCACC	89678

CR956624.6	101	CAGGAAAAAAGACTGCATTTGGAGTCAAGGTCCCCCTTCCCGTCACCTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89679	CAGGAAAAAAGACTGCATTTGGAGTCAAGGTCCCCCTTCCCGTCACCTTT	89728

CR956624.6	151	TTGAAACCAATTTTGTCACTCTTCAAGGACCCAAACCAGCATCGATTGGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89729	TTGAAACCAATTTTGTCACTCTTCAAGGACCCAAACCAGCATCGATTGGC	89778

CR956624.6	201	ATTGTTTCTGGCTAATGTGTGTGTCTTCCTCAGTAGGATTTTGTAATTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89779	ATTGTTTCTGGCTAATGTGTGTGTCTTCCTCAGTAGGATTTTGTAATTTT	89828

CR956624.6	251	GTATGAAGTCATGGAGCGTGCTGCCTGCAACACAGAAGGCTTTGTGAGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89829	GTATGAAGTCATGGAGCGTGCTGCCTGCAACACAGAAGGCTTTGTGAGGA	89878

CR956624.6	301	CTTGGTGAAGGCTGGACGACCTTCTTTTCCGAGGGAGGTGTCTCACGGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89879	CTTGGTGAAGGCTGGACGACCTTCTTTTCCGAGGGAGGTGTCTCACGGGG	89928

CR956624.6	351	GAACCACCCTTGCCCTTGGATGTGTACGGTCCTTGGTGTCTCACATCCTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89929	GAACCACCCTTGCCCTTGGATGTGTACGGTCCTTGGTGTCTCACATCCTT	89978

CR956624.6	401	TGATTGGTCAGTAAGGGAACTGAGGGACCCGTTGGTCATACTTGACTCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	89979	TGATTGGTCAGTAAGGGAACTGAGGGACCCGTTGGTCATACTTGACTCTG	90028

CR956624.6	451	ATGGGATATTCTGAGAGGAACATGGAATGTGGTATCATGTGGCGAAGGCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90029	ATGGGATATTCTGAGAGGAACATGGAATGTGGTATCATGTGGCGAAGGCA	90078

CR956624.6	501	TGCTTTCTGGGTTGTTTCAGTACAAACAGAGGTAGGAAAAGACCCAGTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90079	TGCTTTCTGGGTTGTTTCAGTACAAACAGAGGTAGGAAAAGACCCAGTAT	90128

CR956624.6	551	CTAAATGGTGATCCCATCGCAGCAGGATATTCGGGAGAGGCTCAGGCTCC	600
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90129	CTAAATGGCGATCCCATCGCAGCAGGATATTCGGGAGAGGCTCAGGCTCC	90178

CR956624.6	601	CCATGCATTATTTAAAAGCCATTCATTCCAGCCTCCTTTATTAGAAACAC	650
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90179	CCGTGCATTATTTAAAAGCCATTCATTCCAGCCTCCTTTATTAGAAACAC	90228

CR956624.6	651	CTCTAGTCCCAAACGTCAGTTCTATTCATTGCTCCGCTGTGGCATCATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
CR956380.6	90229	CTCTAGTCCCAAACGTCAGTTCTATTCATTGCTCCGCCGTGGCATCATTT	90278

CR956624.6	701	ATTTGCAGTGTCAGTATCTAACAAGACTCACAGTAGGCATGATCTTAGCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90279	ATTTGCAGTGTCAGTATCTAACAAGACTCACAGTAGGCATGATCTTAGCC	90328

CR956624.6	751	GGTACCGATGGCAGACTCACCCTGGACGCATCACTCTTCTGAGCCCTTTT	800
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CR956380.6	90329	GGTACCGATGGCAGACTCACCCTGGACGTATCACTCTTCTGAGCCCTTTT	90378

CR956624.6	801	GTCATCGCCTGTAAACCTTTTGATGGAAATAGGAGTGCTAAAATTATACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90379	GTCATCGCCTGTAAACCTTTTGATGGAAATAGGAGTGCTAAAATTATACT	90428

CR956624.6	851	CATTTAAAAAATGGGGAAATAGGCCTAGAGGGGTTAACAGATGGACTGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90429	CATTTAAAAAATGGGGAAATAGGCCTAGAGGGGTTAACAGATGGACTGGA	90478

CR956624.6	901	GGTTATACAACCAACACGTGCTAAGAACATGGGGACTCTGACCCCAGAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90479	GGTTATACAACCAACACGTGCTAAGAACATGGGGACTCTGACCCCAGAAC	90528

CR956624.6	951	CAGGTCATGAAATGCTATGCTTCTCCTGCCAAATCTCACTGATTCTCATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90529	CAGGTCATGAAATGCTATGCTTCTCCTGCCAAATCTCACTGATTCTCATT	90578

CR956624.6	1001	GGCAGCCCCCAAATGTAGTCTGTTCAACTCTATGATTTATAAACAAATAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90579	GGCAGCCCCCAAATGTAGTCTGTTCAACTCTATGATTTATAAACAAATAT	90628

CR956624.6	1051	TCTGAAAGAATCTTAATCACCCTAAAACATATCTACTAGGCATCATAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90629	TCTGAAAGAATCTTAATCACCCTAAAACATATCTACTAGGCATCATAAAT	90678

CR956624.6	1101	ATATACGTGTGTCTCGTATCAAAGGTAACCATAGATATATTTGCTACAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90679	ATATACGTGTGTCTCGTATCAAAGGTAACCATAGATATATTTGCTACAGA	90728

CR956624.6	1151	GCAGCAGCTAACTGATATCACACACAGGTTTGCCTGTGATATAAGTTAGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90729	GCAGCAGCTAACTGATATCACACACAGGTTTGCCTGTGATATAAGTTAGC	90778

CR956624.6	1201	TGGTGCTGTGTAACAAAAGACCCCCAAGCTCAGCAGTTCCTAACAATGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90779	TGGTGCTGTGTAACAAAAGACCCCCAAGCTCAGCAGTTCCTAACAATGAG	90828

CR956624.6	1251	TATTTATTCTTACCTGTGAGTCTTTGGGTTAGCAGGGCACTTAGGTTTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90829	TATTTATTCTTACCTGTGAGTCTTTGGGTTAGCAGGGCACTTAGGTTTGG	90878

CR956624.6	1301	CTGGTCTTGCCGGCTTTGGTCCTGCATGTCTGGGATCAGCAGGGGAATGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90879	CTGGTCTTGCCGGCTTTGGTCCTGCATGTCTGGGATCAGCAGGGGAATGG	90928

CR956624.6	1351	CTGAGACTGACTGGTCTAGGATGGTCTCCCTTTCATCACGGAAGTTGCTT	1400
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90929	CTGGGACTGACTGGTCTAGGATGGTCTCCCTTTCATCACGGAAGTTGCTT	90978

CR956624.6	1401	GGCTGTCACCCCAGGGAGTGGGGCTGCATGAAGCATTTGTCTTCCAACCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90979	GGCTGTCACCCCAGGGAGTGGGGCTGCATGAAGCATTTGTCTTCCAACCC	91028

CR956624.6	1451	CTCACGGTTTCAGAGGGAAGAGATTCTCATAGACCTCTCAAGACTTAGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91029	CTCACGGTTTCAGAGGGAAGAGATTCTCATAGACCTCTCAAGACTTAGGT	91078

CR956624.6	1501	TTGGAATTGGCACATCTGTTGCATTCTGCTGGTCAAGGAGGGTCACAGGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91079	TTGGAATTGGCACATCTGTTGCATTCTGCTGGTCAAGGAGGGTCACAGGA	91128

CR956624.6	1551	CCAGCCCAGATTCAAGCGAGGCAGATTCCATCAGAGCAGTGACAATACCA	1600
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
CR956380.6	91129	CCAGCCCAGATTCAAGCGAGGCAGATTCCATCAGAGCAGTGACAATGCCA	91178

CR956624.6	1601	GATCCTTAACCCACTAGGCCACCAGGGAACTTTATTTTATTTTTTTACTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91179	GATCCTTAACCCACTAGGCCACCAGGGAACTTTATTTTATTTTTTTACTT	91228

CR956624.6	1651	TGCTAACCACATAGTATCTGTTGCTCCTACTCAACTCTGATGCTGTAGGG	1700
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91229	TGCTAACCACATAGTATCTGCTGCTCCTACTCAACTCTGATGCTGTAGGG	91278

CR956624.6	1701	AGCACACGACCACAAGCAATGTGTGAATGAGTGGGTATGGCTGTGTTCCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91279	AGCACACGACCACAAGCAATGTGTGAATGAGTGGGTATGGCTGTGTTCCA	91328

CR956624.6	1751	GTAAAACCTCATTTATAAAAATAGGCAGAGGGCCACATTTGGCCTATAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91329	GTAAAACCTCATTTATAAAAATAGGCAGAGGGCCACATTTGGCCTATAGA	91378

CR956624.6	1801	CTTTAGTCTGCTGATCCCTGGTCCAGATAATTTGTAGAAATGACAAAATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91379	CTTTAGTCTGCTGATCCCTGGTCCAGATAATTTGTAGAAATGACAAAATG	91428

CR956624.6	1851	GTGAAGGCTTAATACTTGGGAGTCCGCAGACATGGCAAATTCATTAAGAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91429	GTGAAGGCTTAATACTTGGGAGTCCGCAGACATGGCAAATTCATTAAGAT	91478

CR956624.6	1901	TGTATGGGGATAACCAGAGTTTATGTAATAGGCTAAAGTTTATTAGACTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91479	TGTATGGGGATAACCAGAGTTTATGTAATAGGCTAAAGTTTATTAGACTC	91528

CR956624.6	1951	TTAAAATGAAAATGTTTCTTATCACTTTGGTATTAAGTATGATAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91529	TTAAAATGAAAATGTTTCTTATCACTTTGGTATTAAGTATGATAAAGCTT	91578

Compact alignment

skip 550 bps 100% identity alignment

CR956624.6	551	CTAAATGGTGATCCCATCGCAGCAGGATATTCGGGAGAGGCTCAGGCTCC	600
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90129	CTAAATGGCGATCCCATCGCAGCAGGATATTCGGGAGAGGCTCAGGCTCC	90178

CR956624.6	601	CCATGCATTATTTAAAAGCCATTCATTCCAGCCTCCTTTATTAGAAACAC	650
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90179	CCGTGCATTATTTAAAAGCCATTCATTCCAGCCTCCTTTATTAGAAACAC	90228

CR956624.6	651	CTCTAGTCCCAAACGTCAGTTCTATTCATTGCTCCGCTGTGGCATCATTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
CR956380.6	90229	CTCTAGTCCCAAACGTCAGTTCTATTCATTGCTCCGCCGTGGCATCATTT	90278

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956624.6	751	GGTACCGATGGCAGACTCACCCTGGACGCATCACTCTTCTGAGCCCTTTT	800
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CR956380.6	90329	GGTACCGATGGCAGACTCACCCTGGACGTATCACTCTTCTGAGCCCTTTT	90378

skip 550 bps 100% identity alignment

CR956624.6	1351	CTGAGACTGACTGGTCTAGGATGGTCTCCCTTTCATCACGGAAGTTGCTT	1400
			||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	90929	CTGGGACTGACTGGTCTAGGATGGTCTCCCTTTCATCACGGAAGTTGCTT	90978

skip 150 bps 100% identity alignment

CR956624.6	1551	CCAGCCCAGATTCAAGCGAGGCAGATTCCATCAGAGCAGTGACAATACCA	1600
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
CR956380.6	91129	CCAGCCCAGATTCAAGCGAGGCAGATTCCATCAGAGCAGTGACAATGCCA	91178

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956624.6	1651	TGCTAACCACATAGTATCTGTTGCTCCTACTCAACTCTGATGCTGTAGGG	1700
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CR956380.6	91229	TGCTAACCACATAGTATCTGCTGCTCCTACTCAACTCTGATGCTGTAGGG	91278

skip 300 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956624.6 - 155839 bps
Hit
CR956380.6 - 91578 bps
Total alignments
17
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.651971200012000189579915781
278541911143261145161434845471
380.938621557082572961820584191
479.82411131169011802-121888220011
575.2255240136810137049121888221211
675.5853221121082121302121929221451
785.5339745809758170-130077301521
889.591832695591556183-139965402331
988.71761231168311805140112402351
1090.91821201168411803-158332584521
1187.831642625591556176-158952592141
1287.641602585366153918158952592101
1379.58842456789368137158978592171
1481.93691654779447958158985591501
1580391151168911803-163055631641
1676.1156240136809137048163055632801
1774.6243204121096121299163105633011
Short-link