<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956433.5	1	ACAAATTTTTTATTCTATTTTTTCCCCTTTTTTCAGCCACACCCACCACA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198058	ACAAATTTTTTATTCTATTTTTTCCCCTTTTTTCAGCCACACCCACCACA	198107

CR956433.5	51	TATGGAAGTTCCCAGGCCAGGGATCGAATCCAAGCTGCATCTGAGACCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198108	TATGGAAGTTCCCAGGCCAGGGATCGAATCCAAGCTGCATCTGAGACCCA	198157

CR956433.5	101	TGCCACAGCTGTGACCACACCAGAACCTTAACCCACTACAGCAGGAACTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198158	TGCCACAGCTGTGACCACACCAGAACCTTAACCCACTACAGCAGGAACTC	198207

CR956433.5	151	CTTATGCTATATTTTTTTCTTTTTTTTTGTCTTTTTAGGGCTGCATGCAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198208	CTTATGCTATATTTTTTTCTTTTTTTTTGTCTTTTTAGGGCTGCATGCAC	198257

CR956433.5	201	AGCATATGGAAGTTCCTAGGCTCGGGGTTGAATCGGAGCCACAGCTGCTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198258	AGCATATGGAAGTTCCTAGGCTCGGGGTTGAATCGGAGCCACAGCTGCTG	198307

CR956433.5	251	GCCTACACCACAGCCACAGCAACGCCGGATCCGAGCCATCTCTGTGACCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198308	GCCTACACCACAGCCACAGCAACGCCGGATCCGAGCCATCTCTGTGACCT	198357

CR956433.5	301	ACACTACAGCTCATGGCAACGCTGGATCCTTAACCCACGGGGCGAGGCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198358	ACACTACAGCTCATGGCAACGCTGGATCCTTAACCCACGGGGCGAGGCCA	198407

CR956433.5	351	GGGATCGAACCTGCAACCTCATGGTTTCTAGTTGGATTTGTTTCCACTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198408	GGGATCGAACCTGCAACCTCATGGTTTCTAGTTGGATTTGTTTCCACTGT	198457

CR956433.5	401	GCCACAATGGGAATTCTGCTTATTATATATTCTTAAAACAGCAGAAGAGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198458	GCCACAATGGGAATTCTGCTTATTATATATTCTTAAAACAGCAGAAGAGC	198507

CR956433.5	451	TTATCTGCAAACCAGAGTGTTTCCCTATATCTAGAAGCATGCACACATCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198508	TTATCTGCAAACCAGAGTGTTTCCCTATATCTAGAAGCATGCACACATCT	198557

CR956433.5	501	GTTTTTCTCCATGATAGAAAGAAATTCAGTATAAGGGCTTTCAAAGCTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198558	GTTTTTCTCCATGATAGAAAGAAATTCAGTATAAGGGCTTTCAAAGCTTC	198607

CR956433.5	551	ATATCTCCTATGATGTTCTAACTTTACATCCTCCTTCACTCTTTGCAGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198608	ATATCTCCTATGATGTTCTAACTTTACATCCTCCTTCACTCTTTGCAGGG	198657

CR956433.5	601	ATTCCACTTGTGTGAGGTATTTGGGATAATAAAAAACCTAGAGACAGAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198658	ATTCCACTTGTGTGAGGTATTTGGGATAATAAAAAACCTAGAGACAGAAA	198707

CR956433.5	651	GTAGAATGGCAGTGGCCGGGGCTGAGGCGGCTAATGGAGAGTTAGTTGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198708	GTAGAATGGCAGTGGCCGGGGCTGAGGCGGCTAATGGAGAGTTAGTTGTT	198757

CR956433.5	701	CGTGGGTCCTGAGTTTCAGTTGGAAAAGAGAGAAAAAGTTCTAGAAATGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198758	CGTGGGTCCTGAGTTTCAGTTGGAAAAGAGAGAAAAAGTTCTAGAAATGG	198807

CR956433.5	751	ATAGTAATGACAGTTGCATAACAATATAAATGTGCTGGGAGTTCCCGTCG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198808	ATAGTAATGACAGTTGCATAACAATATAAATGTGCTGGGAGTTCCCGTCG	198857

CR956433.5	801	TGGCGCAGTGGTTAACGAATCCGACTAGGAACCATGAGGTTGTGGGTTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198858	TGGCGCAGTGGTTAACGAATCCGACTAGGAACCATGAGGTTGTGGGTTTG	198907

CR956433.5	851	ATCCCTGCCCTTGCTCAGTGGGTTAACGATCCGGCGTTGCCGTGAGCTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198908	ATCCCTGCCCTTGCTCAGTGGGTTAACGATCCGGCGTTGCCGTGAGCTGT	198957

CR956433.5	901	GGTGTAGGTTGCAGACGCGGCTCAGATCCCGTGTTGCTGTGGCTCTGGTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	198958	GGTGTAGGTTGCAGACGCGGCTCAGATCCCGTGTTGCTGTGGCTCTGGTG	199007

CR956433.5	951	TAGGCCGGTGGCTACAGCTCCGATTCAACTCCTAGCCTGGGAACCTCTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199008	TAGGCCGGTGGCTACAGCTCCGATTCAACTCCTAGCCTGGGAACCTCTAT	199057

CR956433.5	1001	ATGCCGAGGGAGCGGCCCAAGAAATAGCAACAATAACAACAACAACAACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199058	ATGCCGAGGGAGCGGCCCAAGAAATAGCAACAATAACAACAACAACAACA	199107

CR956433.5	1051	ACAACAACAAAGACAAAAGACAAAAAAAAAAAAAACAATATAAATGTGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199108	ACAACAACAAAGACAAAAGACAAAAAAAAAAAAAACAATATAAATGTGCT	199157

CR956433.5	1101	GAAGTTCCCATGTGGCTCAGCAGAAACGAATCTGACTAGGCTCCATGAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199158	GAAGTTCCCATGTGGCTCAGCAGAAACGAATCTGACTAGGCTCCATGAGG	199207

CR956433.5	1151	ATGCAGGTTCCATCCCTGGCCTCGCTCAATGGGTTAAGGATCTGGCATTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199208	ATGCAGGTTCCATCCCTGGCCTCGCTCAATGGGTTAAGGATCTGGCATTG	199257

CR956433.5	1201	CCAGAAGCTGTGGTGTAGGTCGCAGACTCGGCTCAGATCCCACGTTGCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199258	CCAGAAGCTGTGGTGTAGGTCGCAGACTCGGCTCAGATCCCACGTTGCTG	199307

CR956433.5	1251	TGGCTGTGGCATAGCCCGGCAGCTATAGATCTGATTCAACCCTTAGGCTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199308	TGGCTGTGGCATAGCCCGGCAGCTATAGATCTGATTCAACCCTTAGGCTG	199357

CR956433.5	1301	GGAGTTTCCATATGCCATGGGTGCAGCCCTAAGAAGCCAAAAAAGAAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199358	GGAGTTTCCATATGCCATGGGTGCAGCCCTAAGAAGCCAAAAAAGAAAAA	199407

CR956433.5	1351	AAAAAAGAAAAACAAAATCCGGATTCTTCCTAAGGTGCTGTCTCTTCCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199408	AAAAAAGAAAAACAAAATCCGGATTCTTCCTAAGGTGCTGTCTCTTCCAG	199457

CR956433.5	1401	ACAGGAATGCACCCACACCAGCACAGGGGTTAACGCCCTCCTGGGGACCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199458	ACAGGAATGCACCCACACCAGCACAGGGGTTAACGCCCTCCTGGGGACCA	199507

CR956433.5	1451	GTCTGCAGAGCTGCTGTCCATTTGGCGCCCCACCTTCCACTCTGGCTGCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199508	GTCTGCAGAGCTGCTGTCCATTTGGCGCCCCACCTTCCACTCTGGCTGCA	199557

CR956433.5	1501	ACTGCCGATTTCTGAGGCTGGGCCTGGGCTTCCAGCACGGATGGGTAGAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199558	ACTGCCGATTTCTGAGGCTGGGCCTGGGCTTCCAGCACGGATGGGTAGAC	199607

CR956433.5	1551	CGACTGCCCAGCCAGGGTCTCGGGCCCGTACTTCCTGTAGACACGGCAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199608	CGACTGCCCAGCCAGGGTCTCGGGCCCGTACTTCCTGTAGACACGGCAGC	199657

CR956433.5	1601	TGAGCAGGTCTCTGAGAGCGCTGTCATCGAGTCGCTGTGGCAGAGCCAGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199658	TGAGCAGGTCTCTGAGAGCGCTGTCATCGAGTCGCTGTGGCAGAGCCAGC	199707

CR956433.5	1651	AGCAGTTCCTGGGCCAACTCCGTGGGCACGGCCAGCTCAGCCAGGATCTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199708	AGCAGTTCCTGGGCCAACTCCGTGGGCACGGCCAGCTCAGCCAGGATCTC	199757

CR956433.5	1701	ATCATCCAGAATCTGCCATCAGGGAGAAGCTGTCACTGTAGGCAGCTCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199758	ATCATCCAGAATCTGCCATCAGGGAGAAGCTGTCACTGTAGGCAGCTCTG	199807

CR956433.5	1751	CCGGCAGAGGCTCCAAGAGCAGCTGCTGGGGAAGGGGACTCCGCAGATGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199808	CCGGCAGAGGCTCCAAGAGCAGCTGCTGGGGAAGGGGACTCCGCAGATGC	199857

CR956433.5	1801	CTCCTCCACCCTGAACCTCTCGTGGCTGGCTCCTCCCAAACAGCTCGCCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199858	CTCCTCCACCCTGAACCTCTCGTGGCTGGCTCCTCCCAAACAGCTCGCCA	199907

CR956433.5	1851	ACACCTCCAAACATGCTAGACTGTAGACCCCAGGTCCCATTCTGAGCCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199908	ACACCTCCAAACATGCTAGACTGTAGACCCCAGGTCCCATTCTGAGCCTT	199957

CR956433.5	1901	CCAAATGCTCTATTCCAGCCCAGCCCTTGCAGAACAGCCCTCCAAGCTCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	199958	CCAAATGCTCTATTCCAGCCCAGCCCTTGCAGAACAGCCCTCCAAGCTCT	200007

CR956433.5	1951	GTGTGAATCTGAGCAGCTCTACCTCCTCATCCAGGTTCTCCTGCAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956379.5	200008	GTGTGAATCTGAGCAGCTCTACCTCCTCATCCAGGTTCTCCTGCAGGATC	200057

Overview

Query
CR956433.5 - 81700 bps
Hit
CR956379.5 - 200057 bps
Total alignments
37
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199920001200011980582000571
290.912022964475145046-13416261
391.532062837881070-13436251
493.93224284522795256213466251
592.942082695229452562-111838121061
691.662022795228452562-126399266741
792.942182904475245041-145701459831
892.552162827871068-145703459841
996.032422775228652562145707459831
1090.311992954472945023147455477431
1191.882102825229852579-147461477431
1292.862032642985030113-147478477431
1392.782323164475145066152109524131
1495.712593095225452562-152110524121
1593.562322987881085152110524041
1691.972022725229252563-153691539641
1795.281992337477275004-153726539581
1893.12062615230252562-156336565961
1996.72422725229452565165275655471
2093.312102754475245026-165276655441
2195.352192587881045-165287655441
2291.672032765228752562179461797361
2392.962122705229452563-198560988291
2491.19212306447514505611080841083781
2596.052412775228652562-11080851083631
2691.5216297788108411080851083781
2779.92199582787136811147931153601
2891.352102887881075-11224341227221
2991.412083044475045053-11224341227241
3092.63218284522795256211224381227221
3194.822102515232452574-11251621254121
3292.85206267522965256211264381267031
3391.42218309447514505911835721838741
3495.032523035226052562-11835731838741
3593.66236298788108511835731838721
3693.962403015226252562-11988451991421
3791.28215306447524505711988451991421
Short-link