<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009560.9	1	GGATCTGGTGTTGCTGTGAGCTGTGGTGTAGGTCAAAGATGCAGCTCGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150568	GGATCTGGTGTTGCTGTGAGCTGTGGTGTAGGTCAAAGATGCAGCTCGGA	150617

CT009560.9	51	TCCTTCCTTGTTGTGGCGTAGGCTGCCAGCTGTAGCTCTGATTCGGTCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150618	TCCTTCCTTGTTGTGGCGTAGGCTGCCAGCTGTAGCTCTGATTCGGTCCC	150667

CT009560.9	101	TGGCCTGGGAAACTCCATATGCCGGGGGTGTGGCCCTAAAATGCAAAAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150668	TGGCCTGGGAAACTCCATATGCCGGGGGTGTGGCCCTAAAATGCAAAAAA	150717

CT009560.9	151	AAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGATGTGGTTGAGCGTATGATTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150718	AAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGATGTGGTTGAGCGTATGATTTT	150767

CT009560.9	201	GAGTCAGAGAAATTTTCTTTTTTGATGGCAACTAATTTTGAAATACTGTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150768	GAGTCAGAGAAATTTTCTTTTTTGATGGCAACTAATTTTGAAATACTGTA	150817

CT009560.9	251	TTTACTGTTTAGTAGGTACCGGAGGGAAAGTCGTGTATCCCTCTGGGCCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150818	TTTACTGTTTAGTAGGTACCGGAGGGAAAGTCGTGTATCCCTCTGGGCCT	150867

CT009560.9	301	TAATGTCTTTATAGAATGAACATACTATCTCATAGGATTACTGGAAGTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150868	TAATGTCTTTATAGAATGAACATACTATCTCATAGGATTACTGGAAGTTT	150917

CT009560.9	351	AAATGAGCTGTAGACAGTGTCCTGGCATGGCATAGGCCTTGGTAAATGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150918	AAATGAGCTGTAGACAGTGTCCTGGCATGGCATAGGCCTTGGTAAATGTT	150967

CT009560.9	401	CTCTTTCTTTTTACAATATTTTTCACAGAAGTAACAGTTAATTATCTGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	150968	CTCTTTCTTTTTACAATATTTTTCACAGAAGTAACAGTTAATTATCTGGA	151017

CT009560.9	451	AAATTAGAGAGCAAGTCATTATTTTGGAGGAATGTAAAGATTGGTGTTAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151018	AAATTAGAGAGCAAGTCATTATTTTGGAGGAATGTAAAGATTGGTGTTAG	151067

CT009560.9	501	TGTGCAAAAGAACATGTGAAACAATGTATTTTGAGTCCTAAAACTTCCTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151068	TGTGCAAAAGAACATGTGAAACAATGTATTTTGAGTCCTAAAACTTCCTT	151117

CT009560.9	551	TTTTTGAACTTTATGAACTCCTCTGTGTTTGTGTGTCTGTCTGCACACGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151118	TTTTTGAACTTTATGAACTCCTCTGTGTTTGTGTGTCTGTCTGCACACGT	151167

CT009560.9	601	GTGTAAATAAATGGTGTGTGCTGTTTACTTCTTTGTCTTTGGTAAATGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151168	GTGTAAATAAATGGTGTGTGCTGTTTACTTCTTTGTCTTTGGTAAATGAA	151217

CT009560.9	651	GGTTGGGAAGACGGTTGGAGAGCGGCAAGCCCAGTATTGGTGGGATAATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151218	GGTTGGGAAGACGGTTGGAGAGCGGCAAGCCCAGTATTGGTGGGATAATT	151267

CT009560.9	701	AAAGTCTCACTGTGTTTGTAAACCAACCCTAAAAGCAGTGTGGGAGAATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151268	AAAGTCTCACTGTGTTTGTAAACCAACCCTAAAAGCAGTGTGGGAGAATG	151317

CT009560.9	751	GGTAGGGATTACCCTTGAAGGTGAAGAAGATAAGCATTGGACCACTCCCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151318	GGTAGGGATTACCCTTGAAGGTGAAGAAGATAAGCATTGGACCACTCCCA	151367

CT009560.9	801	GGGCTTAGAAATTCCACTGATTGTCATCTTTGCTTTTCTGGATTTGGAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151368	GGGCTTAGAAATTCCACTGATTGTCATCTTTGCTTTTCTGGATTTGGAGG	151417

CT009560.9	851	AACTGAATTCCACCAACAAAATATACCTTCAAGGGGTAGGGTGACTTTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151418	AACTGAATTCCACCAACAAAATATACCTTCAAGGGGTAGGGTGACTTTTA	151467

CT009560.9	901	TCAGTATCACTGCACTGTTTACAAAATACCTGCAAACACACAAATTCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151468	TCAGTATCACTGCACTGTTTACAAAATACCTGCAAACACACAAATTCATT	151517

CT009560.9	951	TTCCCAAAGACCCCTGAGATGGATTTCCTAGAAGTGTAATGGGCGTAGTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151518	TTCCCAAAGACCCCTGAGATGGATTTCCTAGAAGTGTAATGGGCGTAGTT	151567

CT009560.9	1001	CAGTTAGGGTGTTACTTCAGGAAGGTTCATTTGGCCATTCGGGATGAGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151568	CAGTTAGGGTGTTACTTCAGGAAGGTTCATTTGGCCATTCGGGATGAGCA	151617

CT009560.9	1051	GCAGTCTTAGAGGAGAGAGCAAAGAGCAGGCCGCTGAGAGACCCGGGAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151618	GCAGTCTTAGAGGAGAGAGCAAAGAGCAGGCCGCTGAGAGACCCGGGAAG	151667

CT009560.9	1101	CTGCCCCGGCAGGAGGCCAGGTGAGGAAGATAAAGGGAAGGTTTTGAGTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151668	CTGCCCCGGCAGGAGGCCAGGTGAGGAAGATAAAGGGAAGGTTTTGAGTC	151717

CT009560.9	1151	ACTGTGCTTTGCGGGCGATGGAGAGTTGAGACCAACAGGAAAGAGCTTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151718	ACTGTGCTTTGCGGGCGATGGAGAGTTGAGACCAACAGGAAAGAGCTTTC	151767

CT009560.9	1201	TGGTTTGAGCCCGACCGATTGCAGGGACGGTGCCATAAAACAGGCACAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151768	TGGTTTGAGCCCGACCGATTGCAGGGACGGTGCCATAAAACAGGCACAAT	151817

CT009560.9	1251	TTGGAAGAGAGACTGAGTTGGAAAGAAAGTTTGTTTGGTTTTCGGACAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151818	TTGGAAGAGAGACTGAGTTGGAAAGAAAGTTTGTTTGGTTTTCGGACAAA	151867

CT009560.9	1301	AAAAGCGTATCTGGCTGGTAGGAAATCAGAGATGGTGGACTGCAGCTTAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151868	AAAAGCGTATCTGGCTGGTAGGAAATCAGAGATGGTGGACTGCAGCTTAG	151917

CT009560.9	1351	GGTGGAAATCCAAAGGCTAATCAGAGAGTAGAAAGTCTGCACAGCAGTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151918	GGTGGAAATCCAAAGGCTAATCAGAGAGTAGAAAGTCTGCACAGCAGTGA	151967

CT009560.9	1401	TAGTTGAAATTTTTGATGGAGACCAGGGACAGTTCTTAGAAAGCTCTGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	151968	TAGTTGAAATTTTTGATGGAGACCAGGGACAGTTCTTAGAAAGCTCTGTG	152017

CT009560.9	1451	TAGAATGTTGGAGAAGGAAGAGCAGCAGTAGAGAAGGACGGAACATTTGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152018	TAGAATGTTGGAGAAGGAAGAGCAGCAGTAGAGAAGGACGGAACATTTGA	152067

CT009560.9	1501	GTAGAACTTGTCCTTTTAAGCAGAATAATTTAAATCATTATTATTGAAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152068	GTAGAACTTGTCCTTTTAAGCAGAATAATTTAAATCATTATTATTGAAGC	152117

CT009560.9	1551	GTAGGCCTTTCTTTTTAGCAGTTGTAATTTTCATTACAAAGTCAGTTGCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152118	GTAGGCCTTTCTTTTTAGCAGTTGTAATTTTCATTACAAAGTCAGTTGCT	152167

CT009560.9	1601	GTTTGAAATGGATATTACATGTAGAATGGCTGTTTTTAAACTATTGCCGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152168	GTTTGAAATGGATATTACATGTAGAATGGCTGTTTTTAAACTATTGCCGT	152217

CT009560.9	1651	CTGACAAATTTGTTGGATTATCCCCTTTGTTAGAAAGATTGCAGGTGCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152218	CTGACAAATTTGTTGGATTATCCCCTTTGTTAGAAAGATTGCAGGTGCTG	152267

CT009560.9	1701	GATTATACCAGCACATGTTTTCCTTACAGGAACTGTAACACTTCCGTGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152268	GATTATACCAGCACATGTTTTCCTTACAGGAACTGTAACACTTCCGTGAT	152317

CT009560.9	1751	CATAGGATTAATCCTAACATCTCTTAAGGCCGCGCATCTCCTGTTCTTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152318	CATAGGATTAATCCTAACATCTCTTAAGGCCGCGCATCTCCTGTTCTTTA	152367

CT009560.9	1801	CACTGTAGACATAAATGTCCAATACAATTAATAACCCTCAGAATTTGATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152368	CACTGTAGACATAAATGTCCAATACAATTAATAACCCTCAGAATTTGATT	152417

CT009560.9	1851	TAGAAATAGATGGTCCATTCAACAGAAAATTTTTGTTTTTAGAAATACAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152418	TAGAAATAGATGGTCCATTCAACAGAAAATTTTTGTTTTTAGAAATACAA	152467

CT009560.9	1901	ATTTAAGGAGATCCTGCTGTGGTGCCACAGAATTGGCGGCATCTCAGCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152468	ATTTAAGGAGATCCTGCTGTGGTGCCACAGAATTGGCGGCATCTCAGCAG	152517

CT009560.9	1951	CATGAGGACACAGGTTCAATCCTCGGCCTGGCACAGTGGGTTACAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956376.4	152518	CATGAGGACACAGGTTCAATCCTCGGCCTGGCACAGTGGGTTACAGGATC	152567

Overview

Query
CT009560.9 - 166118 bps
Hit
CR956376.4 - 152567 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196620001200011505681525671
290.4190271122174122444113354136241
392.621852432528125523-113355135981
493.8519424380728314113355135981
592.24186245133651133895113355135991
689.59183270122152122421115137154051
792.6119425580718325139966402221
890.31177256132607132862-139967402241
991.5189258133651133908139967402251
1090.37190271122175122445-161005612741
1189.2218027080718340-161007612751
12952512992522625524-178412787111
1393.85191244132620132863-178412786551
1491.42202291133650133940178412787021
1596.0824428480728355178413786931
1694.65198244122175122418178413786551
1791.41185257136358136614178413786681
1893.981872482330023547182510827581
1989.25187280122167122446-11163531166311
2091.0519226813259513286211274671277341
2189.32189282122160122441-11274691277491
2291.7197266133651133916-11274701277341
2392.7820526380718333-11274731277351
2489.73181263246742493611274731277351
2592.59186243252812552311274921277341
2691.07191274122175122448-11461741464531
2789.5178270133651133920-11461781464531
Short-link