<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR956373.10	1	GATCCAGCCTTGCTGTGAGCTGTGGTGTAGGTCACAGACCCGGCTTGGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116036	GATCCAGCCTTGCTGTGAGCTGTGGTGTAGGTCACAGACCCGGCTTGGAT	116085

CR956373.10	51	CCCATGTGGTTGTGGTTGTGGTTGTGGTGTAGGCTGGCAGCTGCAGTTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116086	CCCATGTGGTTGTGGTTGTGGTTGTGGTGTAGGCTGGCAGCTGCAGTTCC	116135

CR956373.10	101	GATTTGCCCCCTAGACCGAGAACTTCCATATGCTGCCCTAAAAAGACAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116136	GATTTGCCCCCTAGACCGAGAACTTCCATATGCTGCCCTAAAAAGACAAA	116185

CR956373.10	151	ATTATATGTATACAAAATTCACTTGTAGCACTTGCAGATTGTGAAGGAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116186	ATTATATGTATACAAAATTCACTTGTAGCACTTGCAGATTGTGAAGGAGC	116235

CR956373.10	201	ATATGAAATCCAGATTTCCAGCTGCCCTTGGAAAACTCAGAAGATCGAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116236	ATATGAAATCCAGATTTCCAGCTGCCCTTGGAAAACTCAGAAGATCGAGA	116285

CR956373.10	251	AACACTGAGCTCATGTTTCTACAACAAAACAGCTGTGAGAGTTGAGTCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116286	AACACTGAGCTCATGTTTCTACAACAAAACAGCTGTGAGAGTTGAGTCAC	116335

CR956373.10	301	GGCTTCCCACTGCAGGCAGGACACGTGCTCTCAAAGCTCTCACCACTCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116336	GGCTTCCCACTGCAGGCAGGACACGTGCTCTCAAAGCTCTCACCACTCCT	116385

CR956373.10	351	ATCGCCATGCCCCACCTGTCTGTCCTCCAAAGGCACCAACATTTCATTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116386	ATCGCCATGCCCCACCTGTCTGTCCTCCAAAGGCACCAACATTTCATTCT	116435

CR956373.10	401	CTGCCTTATTTAGTCAGACTTCTCTCAGTGTATTGTTTTGCCCACGCCAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116436	CTGCCTTATTTAGTCAGACTTCTCTCAGTGTATTGTTTTGCCCACGCCAT	116485

CR956373.10	451	CCTGACTCATGCCACTCTCTCCACCATGTCCTGAGTCATAGTTACTCTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116486	CCTGACTCATGCCACTCTCTCCACCATGTCCTGAGTCATAGTTACTCTCC	116535

CR956373.10	501	TGTTGAGAGCGGAGTCAATTTGCGCCCCACCTCTTCCCACTTCTCTGAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116536	TGTTGAGAGCGGAGTCAATTTGCGCCCCACCTCTTCCCACTTCTCTGAAT	116585

CR956373.10	551	CCATCTGATCTCTTAGGCGCTCCCTTGTCATTGTCATATTCAGAAAAACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116586	CCATCTGATCTCTTAGGCGCTCCCTTGTCATTGTCATATTCAGAAAAACT	116635

CR956373.10	601	TCAGCTGACTTTGGTCAATGTCAGTCCCTTCCTTCTCTGATCACTGGAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116636	TCAGCTGACTTTGGTCAATGTCAGTCCCTTCCTTCTCTGATCACTGGAAT	116685

CR956373.10	651	TCCTTCTTTCAATTAGGAAGTCTGGTTTCTATGTATAATGATACACCATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116686	TCCTTCTTTCAATTAGGAAGTCTGGTTTCTATGTATAATGATACACCATT	116735

CR956373.10	701	CTCTTGTAGCATTTCTCTTCTTTGAAAGTGAAAATAGAAACAGTAACATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116736	CTCTTGTAGCATTTCTCTTCTTTGAAAGTGAAAATAGAAACAGTAACATG	116785

CR956373.10	751	GCAGGAAGGGGTCTAAAAACTCACCTGTGGGTCAAGGCCTGCTAGGCCCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116786	GCAGGAAGGGGTCTAAAAACTCACCTGTGGGTCAAGGCCTGCTAGGCCCA	116835

CR956373.10	801	ATTCTCTACTAGGATATCACTGGGATTGAAAAGTTATAAACTCTGCCTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116836	ATTCTCTACTAGGATATCACTGGGATTGAAAAGTTATAAACTCTGCCTTT	116885

CR956373.10	851	GACTAAGGTTCCTCAACTTCAAGACTGTTGACATTTAAGACCAGATAATT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116886	GACTAAGGTTCCTCAACTTCAAGACTGTTGACATTTAAGACCAGATAATT	116935

CR956373.10	901	CTTGGCCATAGGGGACAGTTCTGTGCTTTGTATATGTTTAGCAGCATCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116936	CTTGGCCATAGGGGACAGTTCTGTGCTTTGTATATGTTTAGCAGCATCCT	116985

CR956373.10	951	TGCCTCTTCCCCCTAGAGGCCAAGAGCAATGCCCCAGTTTTGATGACCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	116986	TGCCTCTTCCCCCTAGAGGCCAAGAGCAATGCCCCAGTTTTGATGACCAA	117035

CR956373.10	1001	AAATGTCTCCAGACATATGGGCGACTGTTCCCTGGGGCTCAAAACCACCG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117036	AAATGTCTCCAGACATATGGGCGACTGTTCCCTGGGGCTCAAAACCACCG	117085

CR956373.10	1051	CAGGATGGATATTGCCGCAATAAAGGAATTCAAAATCTCATTGAAGAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117086	CAGGATGGATATTGCCGCAATAAAGGAATTCAAAATCTCATTGAAGAAAT	117135

CR956373.10	1101	CAAAATGACCATAGAAATAGGATTAAAATCATGGAGGTAGAGACCTGCTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117136	CAAAATGACCATAGAAATAGGATTAAAATCATGGAGGTAGAGACCTGCTG	117185

CR956373.10	1151	TGTGTGAGCATCATACCCAACGCGTCTTCTTTCAGAAACAGTTCTGGGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117186	TGTGTGAGCATCATACCCAACGCGTCTTCTTTCAGAAACAGTTCTGGGAT	117235

CR956373.10	1201	GTTTTAAGGGACACCTCCCTCTTTTCCTTTGGCTGCTGTCTGCTAGGACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117236	GTTTTAAGGGACACCTCCCTCTTTTCCTTTGGCTGCTGTCTGCTAGGACT	117285

CR956373.10	1251	GTTGATGACTGTGTCTGAATCTTCCCCCTTCCAGTTCAGGGAAAGACTCG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117286	GTTGATGACTGTGTCTGAATCTTCCCCCTTCCAGTTCAGGGAAAGACTCG	117335

CR956373.10	1301	TGCCTAAGTCTAGCCAGTTGAGCACAGCCACATCCTCCCTCAATGACCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117336	TGCCTAAGTCTAGCCAGTTGAGCACAGCCACATCCTCCCTCAATGACCCA	117385

CR956373.10	1351	CAAAAACAGCCTCACGTTCACTGGCTTTCATTCACCGCAGAAGCCACAGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117386	CAAAAACAGCCTCACGTTCACTGGCTTTCATTCACCGCAGAAGCCACAGC	117435

CR956373.10	1401	TAAAAGTTACTGTCAGGCAATGTCTGCCACCAACACTTTCTGGAACTTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117436	TAAAAGTTACTGTCAGGCAATGTCTGCCACCAACACTTTCTGGAACTTCC	117485

CR956373.10	1451	GAAGTCTAGGTCTTTCAACCCTTTCGAAGTCTAGATCCTTCAACCCTTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117486	GAAGTCTAGGTCTTTCAACCCTTTCGAAGTCTAGATCCTTCAACCCTTTG	117535

CR956373.10	1501	AGCAGCCAACAACCCTTCAGATAAATTCTGGTTTTGGATACGTAAGTCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117536	AGCAGCCAACAACCCTTCAGATAAATTCTGGTTTTGGATACGTAAGTCAG	117585

CR956373.10	1551	GGTAGGTTTCTGTTGTTTGCCGACAAAGACTCATCATTGATTTAGTACCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117586	GGTAGGTTTCTGTTGTTTGCCGACAAAGACTCATCATTGATTTAGTACCT	117635

CR956373.10	1601	TAAAAGGATAGAAAATAACCAGCATAATTTATAACTGAATATATAAATAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117636	TAAAAGGATAGAAAATAACCAGCATAATTTATAACTGAATATATAAATAC	117685

CR956373.10	1651	ATATTCTATGAACAGATATGTATTTTGATCCTCATTAATATATCTGATTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117686	ATATTCTATGAACAGATATGTATTTTGATCCTCATTAATATATCTGATTA	117735

CR956373.10	1701	CGTATAAATATATGGGCACCTAGACAACGGTACATATGAAAAAGTAGACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117736	CGTATAAATATATGGGCACCTAGACAACGGTACATATGAAAAAGTAGACT	117785

CR956373.10	1751	TAAATATTAAGAAGCCATTGTAATTGGGAAATGACAGGGCAGATGATCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117786	TAAATATTAAGAAGCCATTGTAATTGGGAAATGACAGGGCAGATGATCTG	117835

CR956373.10	1801	AACTGAGATATTTTCTGCACTTTTCTAGGTATTATTTTTAATATTCTCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117836	AACTGAGATATTTTCTGCACTTTTCTAGGTATTATTTTTAATATTCTCCT	117885

CR956373.10	1851	GTGTTTTACATACAGATACATTTATCCTATCATTTAAAAGCCTATGTATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117886	GTGTTTTACATACAGATACATTTATCCTATCATTTAAAAGCCTATGTATT	117935

CR956373.10	1901	TTTAAATGTCTAAAATGCCCACAGTTATTAATATTTTGCTTTTTTATATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
CR956374.5	117936	TTTAAATGTCTAAAATGCCCACAGTTATTGATATTTTGCTTTTTTATATG	117985

CR956373.10	1951	TTTTCTCTCAAACATTTAGTGCTTTACTAACAACTGAGCCTCTATCGAA	1999
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956374.5	117986	TTTTCTCTCAAACATTTAGTGCTTTACTAACAACTGAGCCTCTATCGAA	118034

Compact alignment

skip 1900 bps 100% identity alignment

CR956373.10	1901	TTTAAATGTCTAAAATGCCCACAGTTATTAATATTTTGCTTTTTTATATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
CR956374.5	117936	TTTAAATGTCTAAAATGCCCACAGTTATTGATATTTTGCTTTTTTATATG	117985

skip 49 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956373.10 - 189898 bps
Hit
CR956374.5 - 118034 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95197419991199911160361180341
285.3914826784638729-127338276041
390.17159234122167122400127349275821
489.31151233124437124669127349275821
589.32153234181432181665127349275821
687.83141230144258144487-127358275871
791.083374815577756257-134672351531
881.481914584429644753-134695351531
990.88204285122164122448-139076393601
1089.21177272124433124704-139084393611
1188.39166264144238144501139096393621
1292.4189250115865116114139111393601
1389.3814822684968721139135393601
1487.4150246144255144500142254424991
1589.745969354381244746150107510321
1689.816039385529656233150107510381
1787.665109067994080845150107510381
1888.26168264124433124696-168112683751
1986.4815326084628721168116683741
2089.87164237122164122400-168138683741
2185.08449929110954111882177970788941
2286.9315326284628723-182469827281
2389.34162243122164122406182471827141
2485.97151270124434124703182471827411
2581.29159430114344114773-11096011100171
Short-link