<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1992 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

CR956390.11	9	TGGCTCAGTGTTAACGAACCCGACTAGTATCCATGAGGATGCAGGTTTGA	58
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CR956373.10	187901	TGGCTCAGTGTTAACGAACCCGACTAGTATCCATGAGGACGCAGGTTTGA	187950

CR956390.11	59	TCCCTGGCCTGGCTCAGTGGGTTAAGGATCTAGAGTTGCCTCGAGCTGTG	108
			|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
CR956373.10	187951	TCCCTGGCCTGGCTCAGTGGGTTAAGGATCCAGAGTTGTCTCGAGCTGTG	188000

CR956390.11	109	CTGTAGATCGAAGATGTGGCTCAGATCCCGAGTTGCTCTGGCTGTGGTGT	158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188001	CTGTAGATCGAAGATGTGGCTCAGATCCCGAGTTGCTCTGGCTGTGGTGT	188050

CR956390.11	159	AGGCTGACAGCTGCAGTTCCGATTGGACCCGTAACCTGGGAACTTCCATA	208
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188051	AGGCTGACAGCTGCAGTTCCGATTGGATCCGTAACCTGGGAACTTCCATA	188100

CR956390.11	209	TGCTGTGGGTGCGGCCCTAAAAAGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA----	254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
CR956373.10	188101	TGCTGTGGGTGCGGCCCTAAAAAGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	188150

CR956390.11	255	--TCACTATCAGACATTCAGAGCTCCTAGAAATGTACTGACTCATTATTC	302
			  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188151	AATCACTATCAGACATTCAGAGCTCCTAGAAATGTACTGACTCATTATTC	188200

CR956390.11	303	ATCGAAGGGTGTTTGTTGAACAACGCCTCCTAGATGGATGGCATCCTATT	352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188201	ATCGAAGGGTGTTTGTTGAACAACGCCTCCTAGATGGATGGCATCCTATT	188250

CR956390.11	353	CCTTCCTGAGAGAGGAACATCCTCCTTAGCATGGATTCGAGCCCCTCCAC	402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188251	CCTTCCTGAGAGAGGAACATCCTCCTTAGCATGGATTCGAGCCCCTCCAC	188300

CR956390.11	403	CACACAGGTCAGACTTGCACCTCATAAGGTCCTTGTGGGGGGAGGGGGGG	452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188301	CACACAGGTCAGACTTGCACCTCATAAGGTCCTTGTGGGGGGAGGGGGGG	188350

CR956390.11	453	AGCCATAGCACCACACTGCAGCTCCAATTGTTACAAGCAGAAGTATTCCT	502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188351	AGCCATAGCACCACACTGCAGCTCCAATTGTTACAAGCAGAAGTATTCCT	188400

CR956390.11	503	ACTGGTTGATATTTCCCCAGCCCTTATCTCCCTATAATCTTGCAACTAAA	552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188401	ACTGGTTGATATTTCCCCAGCCCTTATCTCCCTATAATCTTGCAACTAAA	188450

CR956390.11	553	GACTTGGTGCCTGCAGTCAAAGAAGCCTCCAGATTCTGCTCTGGTGGGAC	602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188451	GACTTGGTGCCTGCAGTCAAAGAAGCCTCCAGATTCTGCTCTGGTGGGAC	188500

CR956390.11	603	CAATATCACTTCTGATTGGCAGGTGCTCTTGCTGTGCTGTTTGTAACATT	652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188501	CAATATCACTTCTGATTGGCAGGTGCTCTTGCTGTGCTGTTTGTAACATT	188550

CR956390.11	653	GTTGCATGTCACCAATCTAAGCCACAACAAAAAGGATGAACTGGTGCCTT	702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188551	GTTGCATGTCACCAATCTAAGCCACAACAAAAAGGATGAACTGGTGCCTT	188600

CR956390.11	703	CTGAGGGGCTGGCCATCATTTCCCCCACCCCAAGGCTCAAAGAGCTTTTC	752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188601	CTGAGGGGCTGGCCATCATTTCCCCCACCCCAAGGCTCAAAGAGCTTTTC	188650

CR956390.11	753	ACCAGAACCCTTGTGGCGTTTTGTAACTCTCTCCTCCCTTCTGTGACAGT	802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188651	ACCAGAACCCTTGTGGCGTTTTGTAACTCTCTCCTCCCTTCTGTGACAGT	188700

CR956390.11	803	CGGCCTGGATAGCAGCTACAATGTCTTCTCATTTGATGCTGCCTTTTGAG	852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188701	CGGCCTGGATAGCAGCTACAATGTCTTCTCATTTGATGCTGCCTTTTGAG	188750

CR956390.11	853	GATAGGGGCTGGATCTAATTTGGTTCACCCTTTTCCCCTGTAAGGGTAAG	902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188751	GATAGGGGCTGGATCTAATTTGGTTCACCCTTTTCCCCTGTAAGGGTAAG	188800

CR956390.11	903	TACTCTGCCTTCCTTGTCCAAAACAGCTCTTTAGTAACTAAGACGTGGGC	952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188801	TACTCTGCCTTCCTTGTCCAAAACAGCTCTTTAGTAACTAAGACGTGGGC	188850

CR956390.11	953	TGTGCGATTTCAGGCTGGAAAGCATTTAAGGGAAGAAAAAAAAGAAAAAA	1002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188851	TGTGCGATTTCAGGCTGGAAAGCATTTAAGGGAAGAAAAAAAAGAAAAAA	188900

CR956390.11	1003	GCTCTGTTGATTATAGAGTTGTTAAATAGTCAATAACACAGAGTTGGCTT	1052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188901	GCTCTGTTGATTATAGAGTTGTTAAATAGTCAATAACACAGAGTTGGCTT	188950

CR956390.11	1053	CTCTAACAACCCCAATATATTCTCTCTGCATCCTTTTCTTCTCTAGGGAT	1102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188951	CTCTAACAACCCCAATATATTCTCTCTGCATCCTTTTCTTCTCTAGGGAT	189000

CR956390.11	1103	CTTTCTTCCTGAAAGAACTCAGATTTAAAGAAACTTCTTCCCTCCTTCCT	1152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189001	CTTTCTTCCTGAAAGAACTCAGATTTAAAGAAACTTCTTCCCTCCTTCCT	189050

CR956390.11	1153	CTTTTCTTCTCCAAAAGTACTTATTTTGCAGCCCCCAAATCCAGCAGAGC	1202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189051	CTTTTCTTCTCCAAAAGTACTTATTTTGCAGCCCCCAAATCCAGCAGAGC	189100

CR956390.11	1203	AACCATATTAGGGACTCAATCATTGATTGCAAAATGACTGAATGCTCCAC	1252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189101	AACCATATTAGGGACTCAATCATTGATTGCAAAATGACTGAATGCTCCAC	189150

CR956390.11	1253	ATAGAGTGTTATTATCAGTCATTCACCTTATAGTATACACTGGCTGAAAT	1302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189151	ATAGAGTGTTATTATCAGTCATTCACCTTATAGTATACACTGGCTGAAAT	189200

CR956390.11	1303	GAATCTCTCCCAATAATTTTTTTTTCTTTTTAGGACCACACTTTCAGCAT	1352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189201	GAATCTCTCCCAATAATTTTTTTTTCTTTTTAGGACCACACTTTCAGCAT	189250

CR956390.11	1353	ATGGAAGTTCCCAGGCTAGGGGTTGAATAGGACCTGCATCTGCCAGCCTA	1402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189251	ATGGAAGTTCCCAGGCTAGGGGTTGAATAGGACCTGCATCTGCCAGCCTA	189300

CR956390.11	1403	CACCACAGCCACAGCAACGCAAGATCTGAGCTGCATCTGCAAACTACACC	1452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189301	CACCACAGCCACAGCAACGCAAGATCTGAGCTGCATCTGCAAACTACACC	189350

CR956390.11	1453	ACAGCTCACAGCAATCCCAGATCCTTAACCCACGGAGGGAGGCCAGGGAT	1502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189351	ACAGCTCACAGCAATCCCAGATCCTTAACCCACGGAGGGAGGCCAGGGAT	189400

CR956390.11	1503	GGAACCCACAACCTCATGGGCTCATATCCACTGAGCCACAATGGGAACTC	1552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189401	GGAACCCACAACCTCATGGGCTCATATCCACTGAGCCACAATGGGAACTC	189450

CR956390.11	1553	CTCTCCCATAAAATATAAATGCAAACCCTCTTAGGTAATTAAAGATGAAA	1602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189451	CTCTCCCATAAAATATAAATGCAAACCCTCTTAGGTAATTAAAGATGAAA	189500

CR956390.11	1603	GTCTTGATTCTTTACTAAAAGATGTTCCCTTAGCCAGGGTGTTCTGAAGA	1652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189501	GTCTTGATTCTTTACTAAAAGATGTTCCCTTAGCCAGGGTGTTCTGAAGA	189550

CR956390.11	1653	TGTGAAACACATTTTCTTTGACTCCTACTAAGAGAATCTATCTGACGTTA	1702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189551	TGTGAAACACATTTTCTTTGACTCCTACTAAGAGAATCTATCTGACGTTA	189600

CR956390.11	1703	TAAATCACAGGGTCCTGTCTCCCTTTCCCACCACATGTGACTGAACAAAG	1752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189601	TAAATCACAGGGTCCTGTCTCCCTTTCCCACCACATGTGACTGAACAAAG	189650

CR956390.11	1753	ATAGCCCCTGGGTTCTAGGGCTACCAATCCATTTGATACCAGAAATCCAT	1802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189651	ATAGCCCCTGGGTTCTAGGGCTACCAATCCATTTGATACCAGAAATCCAT	189700

CR956390.11	1803	GACTTGTGTGTCCTGTCTCAGCCAGATAAGATCGGGCTGCTAGATTTTCT	1852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189701	GACTTGTGTGTCCTGTCTCAGCCAGATAAGATCGGGCTGCTAGATTTTCT	189750

CR956390.11	1853	TTCTCTAGGATCTGAAAGAAACACAGAGATGGTTTCCAGTAAGCACTGGG	1902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189751	TTCTCTAGGATCTGAAAGAAACACAGAGATGGTTTCCAGTAAGCACTGGG	189800

CR956390.11	1903	TCCTAGAAGAGAGGTCTCTAGTCTCCCAAACCGGCTATTGAAGGGCCACG	1952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189801	TCCTAGAAGAGAGGTCTCTAGTCTCCCAAACCGGCTATTGAAGGGCCACG	189850

CR956390.11	1953	TGCAAGTAGAAGCAGAGGATAATGCTGGAAGAAATAAAAGGACTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	189851	TGCAAGTAGAAGCAGAGGATAATGCTGGAAGAAATAAAAGGACTGATC	189898

Compact alignment

CR956390.11	9	TGGCTCAGTGTTAACGAACCCGACTAGTATCCATGAGGATGCAGGTTTGA	58
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CR956373.10	187901	TGGCTCAGTGTTAACGAACCCGACTAGTATCCATGAGGACGCAGGTTTGA	187950

CR956390.11	59	TCCCTGGCCTGGCTCAGTGGGTTAAGGATCTAGAGTTGCCTCGAGCTGTG	108
			|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
CR956373.10	187951	TCCCTGGCCTGGCTCAGTGGGTTAAGGATCCAGAGTTGTCTCGAGCTGTG	188000

skip 50 bps 100% identity alignment

CR956390.11	159	AGGCTGACAGCTGCAGTTCCGATTGGACCCGTAACCTGGGAACTTCCATA	208
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188051	AGGCTGACAGCTGCAGTTCCGATTGGATCCGTAACCTGGGAACTTCCATA	188100

CR956390.11	209	TGCTGTGGGTGCGGCCCTAAAAAGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA----	254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
CR956373.10	188101	TGCTGTGGGTGCGGCCCTAAAAAGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	188150

CR956390.11	255	--TCACTATCAGACATTCAGAGCTCCTAGAAATGTACTGACTCATTATTC	302
			  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956373.10	188151	AATCACTATCAGACATTCAGAGCTCCTAGAAATGTACTGACTCATTATTC	188200

skip 1698 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956390.11 - 7495 bps
Hit
CR956373.10 - 189898 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1992 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.5196419929200011879011898981
298.51646716711878341879001
Short-link