<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR956383.8	1	GATCCTCGTAATTCCTTTATCCTTCAGAGCACACATGCTACGAGAGGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	1997	GATCCTCGTAATTCCTTTATCCTTCAGAGCACACATGCTACGAGAGGAAG	2046

CR956383.8	51	GCATCAAATCCCACCTCTGAATACTAAAGAGCAAAAACACAAAAGTAGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2047	GCATCAAATCCCACCTCTGAATACTAAAGAGCAAAAACACAAAAGTAGGA	2096

CR956383.8	101	GCCAGCACGCTGAAAAACCAGCCTTTTTCAGAGACTCAGGGACGCCCTAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2097	GCCAGCACGCTGAAAAACCAGCCTTTTTCAGAGACTCAGGGACGCCCTAG	2146

CR956383.8	151	GTCCTGAGGGATCCTTTAGATTTCACACCAAACATTTTTGGCCTGGTTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2147	GTCCTGAGGGATCCTTTAGATTTCACACCAAACATTTTTGGCCTGGTTAA	2196

CR956383.8	201	TCTACCATCAAACAACCTGCTTATCTTTTCATGTTCACATTACCTTTCAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2197	TCTACCATCAAACAACCTGCTTATCTTTTCATGTTCACATTACCTTTCAG	2246

CR956383.8	251	TTGACGTCTTACTAGACTGTCTGTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2247	TTGACGTCTTACTAGACTGTCTGTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	2296

CR956383.8	301	TTTTTTT-GGTCTTTTTGCCTTTTCTAAGGACGCTCCTGTGGCATATGGA	349
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2297	TTTTTTTTGGTCTTTTTGCCTTTTCTAAGGACGCTCCTGTGGCATATGGA	2346

CR956383.8	350	GGTTCCCAGGCTAGGGGTCTAATCGGAGCTGCAGCCACCAGCCTATGCCA	399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2347	GGTTCCCAGGCTAGGGGTCTAATCGGAGCTGCAGCCACCAGCCTATGCCA	2396

CR956383.8	400	GAGCCACAGCAACGTGGGATACCAGCCGTGTCTGCGACCTACACCACAGC	449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2397	GAGCCACAGCAACGTGGGATACCAGCCGTGTCTGCGACCTACACCACAGC	2446

CR956383.8	450	TCATGGCAACGTCACATCCCTAACCCACTGAGCAAGGGCAGGGATCGAAT	499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2447	TCATGGCAACGTCACATCCCTAACCCACTGAGCAAGGGCAGGGATCGAAT	2496

CR956383.8	500	TCGCAACCTTGTGGTTCCCAGTCGGATTTGTTAACCACTGCGCCACAATG	549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2497	TCGCAACCTTGTGGTTCCCAGTCGGATTTGTTAACCACTGCGCCACAATG	2546

CR956383.8	550	GGAACTCCATAGATTGTCTGTTACTTCTTGCGTTTAAAAAATTTTTTTTG	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2547	GGAACTCCATAGATTGTCTGTTACTTCTTGCGTTTAAAAAATTTTTTTTG	2596

CR956383.8	600	GCAGGAGTTCCCATTGTGGCTCAGTGGTTAATGAATCCAACTAGGAACCA	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2597	GCAGGAGTTCCCATTGTGGCTCAGTGGTTAATGAATCCAACTAGGAACCA	2646

CR956383.8	650	TGAGGTTGTGGGTTCGATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTAAGGATCCAG	699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2647	TGAGGTTGTGGGTTCGATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGTTAAGGATCCAG	2696

CR956383.8	700	TGTTGCCGAGAGCTGTGGTGTAGGTTGCAGACGTGGCTCGGATCTCTCAT	749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2697	TGTTGCCGAGAGCTGTGGTGTAGGTTGCAGACGTGGCTCGGATCTCTCAT	2746

CR956383.8	750	TGCTGTGGCTCTGGTGTAGGCCTGTGGCTGTAACTCCGATTCAACCCCTG	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2747	TGCTGTGGCTCTGGTGTAGGCCTGTGGCTGTAACTCCGATTCAACCCCTG	2796

CR956383.8	800	GCCTGGGAACCTCCATATGCCACGGGAGTGGCCCAAGAAATGGCAAAAAA	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2797	GCCTGGGAACCTCCATATGCCACGGGAGTGGCCCAAGAAATGGCAAAAAA	2846

CR956383.8	850	GACAAAAAAAAAAAAAAATTATTTTTGGCTATGCCTGTGGCACATAGAAG	899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2847	GACAAAAAAAAAAAAAAATTATTTTTGGCTATGCCTGTGGCACATAGAAG	2896

CR956383.8	900	TTTCCAGGCCAGGGATCAGACATGCGCCACAGCAGTAACCCCACCCATGG	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2897	TTTCCAGGCCAGGGATCAGACATGCGCCACAGCAGTAACCCCACCCATGG	2946

CR956383.8	950	CAGTGGCAATGCTGGATCTATAATCCGTTGAGCCACTGAGGAACTCCTTC	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2947	CAGTGGCAATGCTGGATCTATAATCCGTTGAGCCACTGAGGAACTCCTTC	2996

CR956383.8	1000	CCTTTACTTTTTTTTATAAATCAGGTTATATAGAAAATAGGAGGTGGGAG	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2997	CCTTTACTTTTTTTTATAAATCAGGTTATATAGAAAATAGGAGGTGGGAG	3046

CR956383.8	1050	TTCCCTGGGAGCCTAGTGGTTAAGGATTCAGAGTTGTCACTGCTGTGGCT	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3047	TTCCCTGGGAGCCTAGTGGTTAAGGATTCAGAGTTGTCACTGCTGTGGCT	3096

CR956383.8	1100	CAGGTTCAAGCCCAGGCCAGGGAATTTCTGAGAGCCATGGGCTTGGCTCA	1149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3097	CAGGTTCAAGCCCAGGCCAGGGAATTTCTGAGAGCCATGGGCTTGGCTCA	3146

CR956383.8	1150	GGTGTAAGAGCCAGAGGCAGGTGTGGTGATGGTGACCCAGAGGAAGGGCC	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3147	GGTGTAAGAGCCAGAGGCAGGTGTGGTGATGGTGACCCAGAGGAAGGGCC	3196

CR956383.8	1200	CACCTCCTGCTGCACCATCTCTGTCTGCACACACACCAGAAATTCAGCAA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3197	CACCTCCTGCTGCACCATCTCTGTCTGCACACACACCAGAAATTCAGCAA	3246

CR956383.8	1250	CACGGTGGCTGCCGGCAAGGTATAAATGGAGAAGCTTGATTCTGAAACTG	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3247	CACGGTGGCTGCCGGCAAGGTATAAATGGAGAAGCTTGATTCTGAAACTG	3296

CR956383.8	1300	GCTTCTCTTAGCAGAACAGTATGCTTAATTACTGGAGCTTTAATCGTGTG	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3297	GCTTCTCTTAGCAGAACAGTATGCTTAATTACTGGAGCTTTAATCGTGTG	3346

CR956383.8	1350	TGCTGAAAGAATAATCAACCAGGACGGGTGGATCTTAAATATTTGAGAAG	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3347	TGCTGAAAGAATAATCAACCAGGACGGGTGGATCTTAAATATTTGAGAAG	3396

CR956383.8	1400	CCTGCAAGGCAGTCTCGCAGGGCTGGGACTTTTCCTTTACAGGATCCACC	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3397	CCTGCAAGGCAGTCTCGCAGGGCTGGGACTTTTCCTTTACAGGATCCACC	3446

CR956383.8	1450	TCTGGTGGGCAAAAGTTTGTCAGTCTCCCCGAGGTTTTCAGACTTAAGGA	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3447	TCTGGTGGGCAAAAGTTTGTCAGTCTCCCCGAGGTTTTCAGACTTAAGGA	3496

CR956383.8	1500	AACGGGTTAGAAAAAGTCTCTTTGCATCTACCTTTTAGAATGTGTTTTTA	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3497	AACGGGTTAGAAAAAGTCTCTTTGCATCTACCTTTTAGAATGTGTTTTTA	3546

CR956383.8	1550	TTAAATGAAGATCGTGCGAGAAATTTTGTTTTCACTGATCAAGTGAGATA	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3547	TTAAATGAAGATCGTGCGAGAAATTTTGTTTTCACTGATCAAGTGAGATA	3596

CR956383.8	1600	AAGAAAAGGCCTTCTGAAAGCTTGATCCAAGTGTTTTGTTCCCGTCCTTT	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3597	AAGAAAAGGCCTTCTGAAAGCTTGATCCAAGTGTTTTGTTCCCGTCCTTT	3646

CR956383.8	1650	TCAAAGCACTCTCATCACATTATTTCTTATTTGATCCTCCTAGCGACCTA	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3647	TCAAAGCACTCTCATCACATTATTTCTTATTTGATCCTCCTAGCGACCTA	3696

CR956383.8	1700	GAGGCTGAGAGAGGAAGCAACCTCCACATTACAGATGAGGAAAGAGAGGC	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3697	GAGGCTGAGAGAGGAAGCAACCTCCACATTACAGATGAGGAAAGAGAGGC	3746

CR956383.8	1750	ATCAAAGGTGAATTCATGCATGTAAACAATTGGATAGAGAGTGTTTAGGA	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3747	ATCAAAGGTGAATTCATGCATGTAAACAATTGGATAGAGAGTGTTTAGGA	3796

CR956383.8	1800	TTCCCAGTCTTTTTTTTTTTTTTGTCTTTTTCTAGGGCTGTACCCACGGC	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3797	TTCCCAGTCTTTTTTTTTTTTTTGTCTTTTTCTAGGGCTGTACCCACGGC	3846

CR956383.8	1850	ATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTCCAATTGAGAGTTATAGCCTCTGGC	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3847	ATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTCCAATTGAGAGTTATAGCCTCTGGC	3896

CR956383.8	1900	CACACCAACGCCAGATCCGAGCCGCATCTTCAACCTACGCCACAGCCCAC	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3897	CACACCAACGCCAGATCCGAGCCGCATCTTCAACCTACGCCACAGCCCAC	3946

CR956383.8	1950	GGCAACGCTGGATCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCAGGGATCCAACCCGC	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	3947	GGCAACGCTGGATCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCAGGGATCCAACCCGC	3996

Compact alignment

skip 300 bps 100% identity alignment

CR956383.8	301	TTTTTTT-GGTCTTTTTGCCTTTTCTAAGGACGCTCCTGTGGCATATGGA	349
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956371.3	2297	TTTTTTTTGGTCTTTTTGCCTTTTCTAAGGACGCTCCTGTGGCATATGGA	2346

skip 1650 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956383.8 - 163007 bps
Hit
CR956371.3 - 3996 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9519931999119991199739961
284.341472815970559985-1227425541
383.5113427335639359111228225541
481.51117265116842117106-1229025541
585.3613624758761590071230925541
680.83872176098661202-1233725551
783.9136268136820137087-1259828641
878.66922671101861104521259828641
987.821492385877159008-1259928361
1088.1104168133820133987-1259927661
1185.821442581345361347931259928591
1280.958622527652989-1260028301
1386.8314424359705599471260028421
1484.36127243114781115023-1260128431
1586.71821443345133594-1262527671
1676.6481993999640194-1380639931
1779.5865201134589134789-1380639961
1880.857119071454716431380639931
1992.86506945661457291380738761
2079.26631991368311370291380739941
2179.45601847983480017-1381539941
2283.87429356334564261390239941
2388.46487835028351051391039871
Short-link