<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1992 bps / non-identical: 300 bps

Full alignment

CR956395.7	1	GATCAAGGCCAGGGATCAAACCTGCAACCTCATGGTTCCTAGTCAGATTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122578	GATCAAGGCCAGGGATCAAACCTGCAACCTCATGGTTCCTAGTCAGATTT	122627

CR956395.7	51	GTTTTCGCTGTGCCACGACAGGAACTCCTGTCTCCATTTTGCAGGTGAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122628	GTTTTCGCTGTGCCACGACAGGAACTCCTGTCTCCATTTTGCAGGTGAGA	122677

CR956395.7	101	AAACTGAGGCCCAGAGAATGAATTCGTCCAGTGACTGTCCCTCTCAGGGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122678	AAACTGAGGCCCAGAGAATGAATTCGTCCAGTGACTGTCCCTCTCAGGGC	122727

CR956395.7	151	TGGGGATGCTTCTGGTCTGGGATGACATTTCCATCAGGCCACTGGGAAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122728	TGGGGATGCTTCTGGTCTGGGATGACATTTCCATCAGGCCACTGGGAAAT	122777

CR956395.7	201	GAGGCCAGCAGAGAGATGTGTAAACTTTTGGCAAAGATAAATCTGTATTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122778	GAGGCCAGCAGAGAGATGTGTAAACTTTTGGCAAAGATAAATCTGTATTC	122827

CR956395.7	251	CTTTTTCTTTTCTTTCTTTTTTTTGGCCATGCCTGCGGCAGGTGGAAGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122828	CTTTTTCTTTTCTTTCTTTTTTTTGGCCATGCCTGCGGCAGGTGGAAGTT	122877

CR956395.7	301	CCAGGGCCAGGTCTTGAACCTGCCGCACAGCAGTGATGATGCCAGATCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122878	CCAGGGCCAGGTCTTGAACCTGCCGCACAGCAGTGATGATGCCAGATCCT	122927

CR956395.7	351	CAGCTGCTAGGCTACCAGGGAACTCCCAAACCTCTCTTCCATTTTGTTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122928	CAGCTGCTAGGCTACCAGGGAACTCCCAAACCTCTCTTCCATTTTGTTGC	122977

CR956395.7	401	TGTGGAAGAGTTCTTTCCTGAGGAGATGATGTTAATGGCAGAAAGTAACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	122978	TGTGGAAGAGTTCTTTCCTGAGGAGATGATGTTAATGGCAGAAAGTAACT	123027

CR956395.7	451	GGCAAAATGTGCTTTGTTAGCAGTTTAAAAATTACCGTCCTAGGAGTTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123028	GGCAAAATGTGCTTTGTTAGCAGTTTAAAAATTACCGTCCTAGGAGTTCC	123077

CR956395.7	501	CCCTGTGGTTCAGTGGGTTAAGAACCACGACATAGTGTCCGTGAGGATGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123078	CCCTGTGGTTCAGTGGGTTAAGAACCACGACATAGTGTCCGTGAGGATGC	123127

CR956395.7	551	CGGTTCAATCCCTGGCCTCATTCAGCGGGTTAAGGATCTGGTATTGCCAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123128	CGGTTCAATCCCTGGCCTCATTCAGCGGGTTAAGGATCTGGTATTGCCAC	123177

CR956395.7	601	AGATTTGGCTCGGATCCAGTGTTACTGCGGCTGTGGTGCAGGCTGGCAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123178	AGATTTGGCTCGGATCCAGTGTTACTGCGGCTGTGGTGCAGGCTGGCAGC	123227

CR956395.7	651	TGCAGCCTGGATTTGACCCCTAGCCTGGGAACTTCTATATGCTGCAGGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123228	TGCAGCCTGGATTTGACCCCTAGCCTGGGAACTTCTATATGCTGCAGGTG	123277

CR956395.7	701	CAGCCCTAAAGAAGGAAAAAAAAAATCGTCAGTAATGACGTCCTGCTGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123278	CAGCCCTAAAGAAGGAAAAAAAAAATCGTCAGTAATGACGTCCTGCTGTG	123327

CR956395.7	751	TAGCATAGGGAGCTATAGCCAGTCACTTGTGATAGAGCATGGTAGAAGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123328	TAGCATAGGGAGCTATAGCCAGTCACTTGTGATAGAGCATGGTAGAAGAT	123377

CR956395.7	801	AATACACGCTAAAGAACATAGGAGTTCCTGTTGTGGCGCAGCAGAAATGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123378	AATACACGCTAAAGAACATAGGAGTTCCTGTTGTGGCGCAGCAGAAATGA	123427

CR956395.7	851	GTCTGACTAGGAACCATGGGGTTGTGGGTTTGATCCCTGGCCTTGGTCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123428	GTCTGACTAGGAACCATGGGGTTGTGGGTTTGATCCCTGGCCTTGGTCAG	123477

CR956395.7	901	TGGGTTCAGGATCTGGCATTGCTGTGAGCTGTGGTGTGTAGATTGCAGAT	950
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123478	TGGGTTCAGGATCCGGCATTGCTGTGAGCTGTGGTGTGTAGATTGCAGAT	123527

CR956395.7	951	TGCGTAGGCCGGCAGCAACAGCTCTGATTAGACCCCTAGCCTGGGAACCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123528	TGCGTAGGCCGGCAGCAACAGCTCTGATTAGACCCCTAGCCTGGGAACCT	123577

CR956395.7	1001	CCATATGCCGCAAGTGCAGCCCTAAAAGACAAAAGATACACACACACACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123578	CCATATGCCGCAAGTGCAGCCCTAAAAGACAAAAGATACACACACACACA	123627

CR956395.7	1051	CACACACACACACACACACACACACA----------AGAATGTATCTATA	1090
			||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||
CR956367.12	123628	CACACACACACACACACACACACACACACACACACAAGAATGTATCTATA	123677

CR956395.7	1091	TGCAGGACTGGTCACTTTGCTGTACAGCAGAAATTGGCACCACATTGTAA	1140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123678	TGCAGGACTGGTCACTTTGCTGTACAGCAGAAATTGGCACCACATTGTAA	123727

CR956395.7	1141	GTCAACTATAATTAAAATTTACTGTTCTCTGGTGGTCTCCTCCGCCCCCT	1190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123728	GTCAACTATAATTAAAATTTACTGTTCTCTGGTGGTCTCCTCCGCCCCCT	123777

CR956395.7	1191	TTAAAAACAGCATACCTGAGTTCTGCCCATGGGGAGCCCAATTCTCCCAG	1240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123778	TTAAAAACAGCATACCTGAGTTCTGCCCATGGGGAGCCCAATTCTCCCAG	123827

CR956395.7	1241	GGCACCATACCTGATACCTGGAACCCAGGTGAGACCACGTCTGGATGGAC	1290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123828	GGCACCATACCTGATACCTGGAACCCAGGTGAGACCACGTCTGGATGGAC	123877

CR956395.7	1291	CCACCCAGCTCTGCCACGATCAGCCCAGAAACCCCACATTTCTCAGCCCC	1340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123878	CCACCCAGCTCTGCCACGATCAGCCCAGAAACCCCACATTTCTCAGCCCC	123927

CR956395.7	1341	ATCTGGAGCGCGGGATCTTGCAAAGACCAGCCCGGCAGGTTCTGGAGCCG	1390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123928	ATCTGGAGCGCGGGATCTTGCAAAGACCAGCCCGGCAGGTTCTGGAGCCG	123977

CR956395.7	1391	CTGGATAAGATGAGCTGGGAAATGTCCCATTTCCCGGCTTCGCACTGGTA	1440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123978	CTGGATAAGATGAGCTGGGAAATGTCCCATTTCCCGGCTTCGCACTGGTA	124027

CR956395.7	1441	CAGTTTCAGGATCTACGTGCCTGGGGGTAGATCTAGAGATGTCCCAAGCT	1490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124028	CAGTTTCAGGATCTACGTGCCTGGGGGTAGATCTAGAGATGTCCCAAGCT	124077

CR956395.7	1491	GGCCCTGGGGACGAGGAATTGAGCGAGAGGGAGAGCAAGTGTGTTTGTCT	1540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124078	GGCCCTGGGGACGAGGAATTGAGCGAGAGGGAGAGCAAGTGTGTTTGTCT	124127

CR956395.7	1541	AAAAGGAGTGCCCTGGGGGGGAGTCTGCTGATAAACGTGGAAGCAGCGAG	1590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124128	AAAAGGAGTGCCCTGGGGGGGAGTCTGCTGATAAACGTGGAAGCAGCGAG	124177

CR956395.7	1591	CTTACGTTTCTGGTTAAAACAAAATGAGACACCTTAGGCAAAGATCAGTG	1640
			|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
CR956367.12	124178	CTTACGTTTCTGGTTAAAACAAAACGAGACCCCTTAGGCAAAGATCAGTG	124227

CR956395.7	1641	TGCAGAGTTTGTCAGTGAAATGTCCCCAATGCTGGAAATAAATAAGAATG	1690
			|||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CR956367.12	124228	TGCAG--TTTGTCAGTGAAATGTCCCCAATGCTGGAAATCAATAAGAATG	124275

CR956395.7	1691	TCCAGGAGCTCTGGGACGAGCTCTGGGGGAACTCCAGGCAGGGAGGGTCC	1740
			|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124276	TCGAGGAGCTCTGGGACGAGTTCTGGGGGAACTCCAGGCAGGGAGGGTCC	124325

CR956395.7	1741	AAGTGGCCCCCCCGGGGTGGGGGTGTCTGCGCCTCCTCACAGCTTCATGG	1790
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124326	GAGTGGCCCCCCCGGGGTGGGGGTGTCTGCGCCTCCTCACAGCTTCATGG	124375

CR956395.7	1791	GTTTGACCCTGGATCCTCTCGGCCTGCCACAGGGCTGGTTTCCTGAGTGC	1840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124376	GTTTGACCCTGGATCCTCTCGGCCTGCCACAGGGCTGGTTTCCTGAGTGC	124425

CR956395.7	1841	TGGATCCAGCTGGCTGAGGCCCTGGGCAAATCGCTTCACCTCTCTGGGCT	1890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124426	TGGATCCAGCTGGCTGAGGCCCTGGGCAAATCGCTTCACCTCTCTGGGCT	124475

CR956395.7	1891	CCGTTGGCGCGTCTGTAAAATGGGTGGGAAATAAACATGATTCCGTGGGG	1940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124476	CCGTTGGCGCGTCTGTAAAATGGGTGGGAAATAAACATGATTCCGTGGGG	124525

CR956395.7	1941	TTGAGGGGTGGGAGGCTGAGGTTCACGGCTGGGCCCTCTCCTGGAGGTTG	1990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124526	TTGAGGGGTGGGAGGCTGAGGTTCACGGCTGGGCCCTCTCCTGGAGGTTG	124575

CR956395.7	1991	GA	1992
			||
CR956367.12	124576	GA	124577

Compact alignment

skip 900 bps 100% identity alignment

CR956395.7	901	TGGGTTCAGGATCTGGCATTGCTGTGAGCTGTGGTGTGTAGATTGCAGAT	950
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	123478	TGGGTTCAGGATCCGGCATTGCTGTGAGCTGTGGTGTGTAGATTGCAGAT	123527

skip 100 bps 100% identity alignment

CR956395.7	1051	CACACACACACACACACACACACACA----------AGAATGTATCTATA	1090
			||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||
CR956367.12	123628	CACACACACACACACACACACACACACACACACACAAGAATGTATCTATA	123677

skip 500 bps 100% identity alignment

CR956395.7	1591	CTTACGTTTCTGGTTAAAACAAAATGAGACACCTTAGGCAAAGATCAGTG	1640
			|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
CR956367.12	124178	CTTACGTTTCTGGTTAAAACAAAACGAGACCCCTTAGGCAAAGATCAGTG	124227

CR956395.7	1641	TGCAGAGTTTGTCAGTGAAATGTCCCCAATGCTGGAAATAAATAAGAATG	1690
			|||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
CR956367.12	124228	TGCAG--TTTGTCAGTGAAATGTCCCCAATGCTGGAAATCAATAAGAATG	124275

CR956395.7	1691	TCCAGGAGCTCTGGGACGAGCTCTGGGGGAACTCCAGGCAGGGAGGGTCC	1740
			|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124276	TCGAGGAGCTCTGGGACGAGTTCTGGGGGAACTCCAGGCAGGGAGGGTCC	124325

CR956395.7	1741	AAGTGGCCCCCCCGGGGTGGGGGTGTCTGCGCCTCCTCACAGCTTCATGG	1790
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956367.12	124326	GAGTGGCCCCCCCGGGGTGGGGGTGTCTGCGCCTCCTCACAGCTTCATGG	124375

skip 202 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956395.7 - 89974 bps
Hit
CR956367.12 - 124577 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1992 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.05192819921199211225781245771
293.932272804495245231-120661209401
391.8819926961166384-120668209381
487.891342221810318324-120668208901
588.971722626353863799120668209301
693.752192726901769288120668209391
784.981392726901769288-136811370831
892.472122794494945227-155856561341
9931852431882719069-155859561011
1090.531672436353863780155859561011
1195.42202616901769277155859561191
1286.691552626353763798-11126301128921
1386.261482606125638411126301128911
1485.12139260687216898011126301128911
1587.5162263188111907311126321128951
1687.861472386901669253-11126541128921
1788.44169267396493991511201341204011
1888.211652626353863799-11201391204011
1994.142332886901669303-11220941223831
2089.571832796106638411221051223821
2193.48220276449494522411221071223821
2292.72201261188091906911221221223821
2387.89134222181031832411221601223821
Short-link