<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

CR956405.10	1	CTTAGAAACACTTAGTTCAGGTTTGCAGCTGAACTTCGGAGGGAGAGAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151358	CTTAGAAACACTTAGTTCAGGTTTGCAGCTGAACTTCGGAGGGAGAGAAA	151407

CR956405.10	51	GAGAAGAGGGTACCAGAGACACACGTTTATCAGGGCCATCCCACCTTAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151408	GAGAAGAGGGTACCAGAGACACACGTTTATCAGGGCCATCCCACCTTAGA	151457

CR956405.10	101	GCTTAAATTGCTTTAGATTGCGGCAAGGATCCGCCGGTCTTTCAAAAGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151458	GCTTAAATTGCTTTAGATTGCGGCAAGGATCCGCCGGTCTTTCAAAAGGA	151507

CR956405.10	151	GGAGACGGGACAAGAGGAGGTCTCAAGCCATCTGGGCTCATGGTGGTTCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151508	GGAGACGGGACAAGAGGAGGTCTCAAGCCATCTGGGCTCATGGTGGTTCC	151557

CR956405.10	201	TGATCACGGGCAGCTGGCCCTAAAGATATTCCCTGGACTCCGCTTGGCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151558	TGATCACGGGCAGCTGGCCCTAAAGATATTCCCTGGACTCCGCTTGGCCC	151607

CR956405.10	251	AGCCCAGCCTGGCGAACCTCACCTCCCAGACCCTGGGCTCTTGGTTGGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151608	AGCCCAGCCTGGCGAACCTCACCTCCCAGACCCTGGGCTCTTGGTTGGAC	151657

CR956405.10	301	ACTAAGGATCCATCTTCCCGCCGCGATGGGCTATAACAGGCCTCCGCAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151658	ACTAAGGATCCATCTTCCCGCCGCGATGGGCTATAACAGGCCTCCGCAGC	151707

CR956405.10	351	CCACTCTGCTCCTGGGGCACCCACCCCCTCCCCATCCCCCATCCGCGATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151708	CCACTCTGCTCCTGGGGCACCCACCCCCTCCCCATCCCCCATCCGCGATG	151757

CR956405.10	401	CTCAAGTGTCACTCATCCGGTCACGAGCACCAAGCAAGTGGTACCCCTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151758	CTCAAGTGTCACTCATCCGGTCACGAGCACCAAGCAAGTGGTACCCCTGG	151807

CR956405.10	451	GGGCACCTGCCCTCCCCTGGAGGAGGCACACGTGGAAACAGATCAACACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151808	GGGCACCTGCCCTCCCCTGGAGGAGGCACACGTGGAAACAGATCAACACA	151857

CR956405.10	501	AGACAGGGTGGTGCATCCCAGGCCATGAACCAACGTGGTCCTTGGTGCTC	550
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
CR956366.24	151858	AGACAGGGTGGTGCATCCCAGGCCATGAACCAACATGGTCCTTGGTGCTC	151907

CR956405.10	551	CAAGGAGTGAAGGTCACTGACGTTGCCTGGGGGCTGGGGAAAGGCTCGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151908	CAAGGAGTGAAGGTCACTGACGTTGCCTGGGGGCTGGGGAAAGGCTCGCC	151957

CR956405.10	601	TGTGACATTGGAGCTCTTCCTTGAATGGTGAGTGAGCGTTTTCCAGGAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	151958	TGTGACATTGGAGCTCTTCCTTGAATGGTGAGTGAGCGTTTTCCAGGAGA	152007

CR956405.10	651	AGGGGGTGGGAGTGGAGGAAAGACCTCAAGGCAGAAGCTATCAGATGTCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152008	AGGGGGTGGGAGTGGAGGAAAGACCTCAAGGCAGAAGCTATCAGATGTCG	152057

CR956405.10	701	AAAGGCACCCAAAGTGATCCACACGGAGGGGGCAGAGAAGGTTCCGCAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152058	AAAGGCACCCAAAGTGATCCACACGGAGGGGGCAGAGAAGGTTCCGCAGG	152107

CR956405.10	751	GCGTAGGACTCCCGGGGGTGTGGCTCCAGAGCCAGGAGCCACTGCAGATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152108	GCGTAGGACTCCCGGGGGTGTGGCTCCAGAGCCAGGAGCCACTGCAGATG	152157

CR956405.10	801	CTCAGAGGCAAAGTTACAGAGCTCATTTCCCCCCATGGGCAGCAGGATGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152158	CTCAGAGGCAAAGTTACAGAGCTCATTTCCCCCCATGGGCAGCAGGATGA	152207

CR956405.10	851	CGGAGCAGGTTCTAATCAGGAGAGGAATGTGGCCAGGGTGGTCTTTTTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152208	CGGAGCAGGTTCTAATCAGGAGAGGAATGTGGCCAGGGTGGTCTTTTTGG	152257

CR956405.10	901	AAAGGTGGTGGTTTAGATAGAAGTTCTATCCTGCCTCGGGGGCCAGCCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152258	AAAGGTGGTGGTTTAGATAGAAGTTCTATCCTGCCTCGGGGGCCAGCCTG	152307

CR956405.10	951	CAAGGTGCGGACACAGGGCAGGCAGGGGCTGCTTTTGTGATTTTCCAGGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152308	CAAGGTGCGGACACAGGGCAGGCAGGGGCTGCTTTTGTGATTTTCCAGGC	152357

CR956405.10	1001	ATGAGAGACAAGACCAGAGGAGTGGCGGTGGGTCTGGAGGGGAGGAGAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152358	ATGAGAGACAAGACCAGAGGAGTGGCGGTGGGTCTGGAGGGGAGGAGAGA	152407

CR956405.10	1051	CCACCCACATGTGGGCGGCAGGGTCTTTCGCACTCTGGTCACAGAGAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152408	CCACCCACATGTGGGCGGCAGGGTCTTTCGCACTCTGGTCACAGAGAGAG	152457

CR956405.10	1101	GACCGAGGATGTGGAAGAATGCCAAGGGCTCTACTGAGGTGATGCGGCCG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152458	GACCGAGGATGTGGAAGAATGCCAAGGGCTCTACTGAGGTGATGCGGCCG	152507

CR956405.10	1151	TTAAACAGCAGGAGCCCAGGAGGAGGTGCGTGCCCCGGTGGGAAGGGTTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152508	TTAAACAGCAGGAGCCCAGGAGGAGGTGCGTGCCCCGGTGGGAAGGGTTC	152557

CR956405.10	1201	CCTGTGGGCCGGGTGGGACCTCCAGGAGGCCCTGTGTGGGTGGAAGCTGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152558	CCTGTGGGCCGGGTGGGACCTCCAGGAGGCCCTGTGTGGGTGGAAGCTGG	152607

CR956405.10	1251	AAACCCACACGGAGTGCTCCGGAGAGGAATGAGACCAGAAGGTGGACCCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152608	AAACCCACACGGAGTGCTCCGGAGAGGAATGAGACCAGAAGGTGGACCCT	152657

CR956405.10	1301	GTGGCCATCGCCGTTGGGTAGAATCACGGGACAGGGGTGGGTAGAGGGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152658	GTGGCCATCGCCGTTGGGTAGAATCACGGGACAGGGGTGGGTAGAGGGTG	152707

CR956405.10	1351	AGACAAGAAAAGTGAGGGGAAAACATCTGGGGACTGGGCCCCAGAGAGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152708	AGACAAGAAAAGTGAGGGGAAAACATCTGGGGACTGGGCCCCAGAGAGCC	152757

CR956405.10	1401	TGAGAAGGAGGAGTGGAGTTTCAAGGAGAGGCAGATGGCAGCACGAAAGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152758	TGAGAAGGAGGAGTGGAGTTTCAAGGAGAGGCAGATGGCAGCACGAAAGA	152807

CR956405.10	1451	GCACAGAGCAAGGATTGAAAACTGGCCCAAGGCGGAAATATGCTGCCTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152808	GCACAGAGCAAGGATTGAAAACTGGCCCAAGGCGGAAATATGCTGCCTCT	152857

CR956405.10	1501	GCGTACCCGGCAGCCCCTTGCTCTCGGTTCCAGCCACCGATTTCCAAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CR956366.24	152858	GCGTACCCGGCAGCCCCTTGCTCTCGGTTCCAGCCACCGATTTCCGAAAG	152907

CR956405.10	1551	GGTGAACTTGCAGGGGGGTTGGTCTGCGTGGCTCAGACCCTGCTGCCCTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152908	GGTGAACTTGCAGGGGGGTTGGTCTGCGTGGCTCAGACCCTGCTGCCCTC	152957

CR956405.10	1601	ACCTTCCCGAGTCCAGAAGGAAGCCGTGGGACCCCAAACCCAGTCAAACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	152958	ACCTTCCCGAGTCCAGAAGGAAGCCGTGGGACCCCAAACCCAGTCAAACA	153007

CR956405.10	1651	AATGATCCCTGCCTTCTGGCCTCAATGTGGCATCTAGGGTCCAGAGATAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	153008	AATGATCCCTGCCTTCTGGCCTCAATGTGGCATCTAGGGTCCAGAGATAA	153057

CR956405.10	1701	AGATGCGACTCAAGACGGTCCTAAGAGAGTCAGTCCTAGACTTGGGTGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	153058	AGATGCGACTCAAGACGGTCCTAAGAGAGTCAGTCCTAGACTTGGGTGGA	153107

CR956405.10	1751	AATTATGAAGAGAGAGAAGCGAGCTTCCTGCTGGGGCTGCAGTGCCGCGA	1800
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	153108	AATTATGAAGAGAGAGAAGCGGGCTTCCTGCTGGGGCTGCAGTGCCGCGA	153157

CR956405.10	1801	GACCTGGGGCTGAGCCTCCAGATATCAATTTGCCACCTTCTGGGGAGAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	153158	GACCTGGGGCTGAGCCTCCAGATATCAATTTGCCACCTTCTGGGGAGAGC	153207

CR956405.10	1851	TAGCCTGAGCATGAAACGCACGCAGAGGAAGAAGGAACTGAGTGATAGAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	153208	TAGCCTGAGCATGAAACGCACGCAGAGGAAGAAGGAACTGAGTGATAGAC	153257

CR956405.10	1901	TCGGGTTGCTATCATGTACCTTCTGGACCCAGCTGTGCCTCGATTTATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	153258	TCGGGTTGCTATCATGTACCTTCTGGACCCAGCTGTGCCTCGATTTATTT	153307

CR956405.10	1951	ATTTTTTTTTAAATTTATTTATTTGGGCCAACACATTTGCTTTTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	153308	ATTTTTTTTTAAATTTATTTATTTGGGCCAACACATTTGCTTTTAAGCTT	153357

Compact alignment

skip 500 bps 100% identity alignment

CR956405.10	501	AGACAGGGTGGTGCATCCCAGGCCATGAACCAACGTGGTCCTTGGTGCTC	550
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
CR956366.24	151858	AGACAGGGTGGTGCATCCCAGGCCATGAACCAACATGGTCCTTGGTGCTC	151907

skip 950 bps 100% identity alignment

CR956405.10	1501	GCGTACCCGGCAGCCCCTTGCTCTCGGTTCCAGCCACCGATTTCCAAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CR956366.24	152858	GCGTACCCGGCAGCCCCTTGCTCTCGGTTCCAGCCACCGATTTCCGAAAG	152907

skip 200 bps 100% identity alignment

CR956405.10	1751	AATTATGAAGAGAGAGAAGCGAGCTTCCTGCTGGGGCTGCAGTGCCGCGA	1800
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CR956366.24	153108	AATTATGAAGAGAGAGAAGCGGGCTTCCTGCTGGGGCTGCAGTGCCGCGA	153157

skip 200 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR956405.10 - 135681 bps
Hit
CR956366.24 - 153357 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.85196520001200011513581533571
290.771942712764227912-1487051401
382.57982171131741133901487150881
488.8791241081981083211500051241
581.73922181131731133901551357311
695.622372742763827911-1551457871
793.52841081081981083051564357501
893.951972472766927915-140264405111
983.011232697565775925-143920441841
1087.121582646973870001-143921441841
1190.9187121108201108321-143932440521
1291.2675103102038102140-144082441841
1396.312402712764227912144763450331
1490.31632376973869974-144796450321
1589.0681126108201108326151581517081
1685.381402646973870001-175594758531
1788.151352312768127911175626758531
1883.83811672719927365191691918571
1982.7682174756937586611116351118081
2081.9898223276892791111172061174271
2186.38155272276402791111429681432461
2284.7886178113212113389-11430241432071
2391.8281110108090108199-11431371432461
Short-link