<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR956387.14	1	GTTCCTTTAAACATAGCAACAAATCAACTACATGTTAACATATTTCTGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210504	GTTCCTTTAAACATAGCAACAAATCAACTACATGTTAACATATTTCTGCA	210553

CR956387.14	51	AACATTTATTAGCTATTTTCTAAAACAAAAAAATTAATGTCTGGCCTCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210554	AACATTTATTAGCTATTTTCTAAAACAAAAAAATTAATGTCTGGCCTCAT	210603

CR956387.14	101	GTATACGATTGCCAGTTAAAACACAGGCTCTTTGGAACATACTTCCATAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210604	GTATACGATTGCCAGTTAAAACACAGGCTCTTTGGAACATACTTCCATAC	210653

CR956387.14	151	GAAAGCATATGCAGTTTATCTGAAATTCAAATTTAACTGGTCATCCTCCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210654	GAAAGCATATGCAGTTTATCTGAAATTCAAATTTAACTGGTCATCCTCCA	210703

CR956387.14	201	TTTTTTTTTAAATTAAGTTTTTTTTTTTAATTAATTAATTAATTAATTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210704	TTTTTTTTTAAATTAAGTTTTTTTTTTTAATTAATTAATTAATTAATTTT	210753

CR956387.14	251	TGTCTTTTTGCCATTTCTTGGGCTGCTCTCGCGGCATATGGAGGTTCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210754	TGTCTTTTTGCCATTTCTTGGGCTGCTCTCGCGGCATATGGAGGTTCCCA	210803

CR956387.14	301	GGCTAGGGGTCCAATCAGAGCTGGAGCCACCAGCCTACGCCAGAGCCACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210804	GGCTAGGGGTCCAATCAGAGCTGGAGCCACCAGCCTACGCCAGAGCCACA	210853

CR956387.14	351	GCAACACGGGATCCGAGCCTCGTCTGCGACCTACACCACAGCTCACGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210854	GCAACACGGGATCCGAGCCTCGTCTGCGACCTACACCACAGCTCACGGCA	210903

CR956387.14	401	ACGCTGGATCGTTAACCCACTGAGCAACGGCAGGGACCGAACCTGCAACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210904	ACGCTGGATCGTTAACCCACTGAGCAACGGCAGGGACCGAACCTGCAACC	210953

CR956387.14	451	TCATGGTTCCTAGTGGGATTCGTTAACCACTGCGCCACGACGGGAACTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	210954	TCATGGTTCCTAGTGGGATTCGTTAACCACTGCGCCACGACGGGAACTCC	211003

CR956387.14	501	TCCATTTTTTATTTCAAGGTCCGGCAGCCTTATGAAAAGAAAACAGCTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211004	TCCATTTTTTATTTCAAGGTCCGGCAGCCTTATGAAAAGAAAACAGCTTG	211053

CR956387.14	551	TGCCTTTGGTCTGCTGGAGTTTGGCGTAGTTAAACCAGATGAAGAAAACG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211054	TGCCTTTGGTCTGCTGGAGTTTGGCGTAGTTAAACCAGATGAAGAAAACG	211103

CR956387.14	601	TTTTCTCCCAGATACGTCATTGGAAAGGGGGGCAGCATGTGTACAGGGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211104	TTTTCTCCCAGATACGTCATTGGAAAGGGGGGCAGCATGTGTACAGGGTT	211153

CR956387.14	651	TTCAAACCATTGTGGATATTCTTCTCTGACAGTATACCAAAATTCAACAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211154	TTCAAACCATTGTGGATATTCTTCTCTGACAGTATACCAAAATTCAACAT	211203

CR956387.14	701	GTGGCAATTTCTTAAAAGTTGGTTAAAAGGTGGAATCCAAAACCATACCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211204	GTGGCAATTTCTTAAAAGTTGGTTAAAAGGTGGAATCCAAAACCATACCA	211253

CR956387.14	751	AAGACGACTCTGGAGCTCCGTTACATTCAAATCTACAGAGCTATCTTGTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211254	AAGACGACTCTGGAGCTCCGTTACATTCAAATCTACAGAGCTATCTTGTA	211303

CR956387.14	801	CTTTGAATGGGTCTTCACACGTGCATGAAGCGCTCAGCGGTAGGTGGGTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211304	CTTTGAATGGGTCTTCACACGTGCATGAAGCGCTCAGCGGTAGGTGGGTT	211353

CR956387.14	851	ATTTGGGAAACATCAGTTAACTGAGTTAGGAAGGGCTTCTAAGTGTTGAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211354	ATTTGGGAAACATCAGTTAACTGAGTTAGGAAGGGCTTCTAAGTGTTGAA	211403

CR956387.14	901	TACGTATTATAAAAACCTGTTTTCTTAAAACCACTCAAGTCTCATCAGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211404	TACGTATTATAAAAACCTGTTTTCTTAAAACCACTCAAGTCTCATCAGAA	211453

CR956387.14	951	CAGTCTTTAGGTACTAGAAAGCCGTCAGGCTCGTGCGGGGGGAGGTAGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211454	CAGTCTTTAGGTACTAGAAAGCCGTCAGGCTCGTGCGGGGGGAGGTAGCT	211503

CR956387.14	1001	TTCCCCCAGTTCTAAGTCTAATCTCCTCTTGAAAGTGCACACTGTTTCCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211504	TTCCCCCAGTTCTAAGTCTAATCTCCTCTTGAAAGTGCACACTGTTTCCT	211553

CR956387.14	1051	GGGCAACACATTTTCCTTGAAGTGACCAGATCAGTTTGTGCGCTTTCACG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211554	GGGCAACACATTTTCCTTGAAGTGACCAGATCAGTTTGTGCGCTTTCACG	211603

CR956387.14	1101	AAAATGTCTATTAAATACTCAGTAATGGAATAACCAGAGTTTGTCAGTGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211604	AAAATGTCTATTAAATACTCAGTAATGGAATAACCAGAGTTTGTCAGTGG	211653

CR956387.14	1151	TCCTTTCAAGTAAAAACAGTGATTTATGAAAAAGTGGCTAGTTGAGCTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211654	TCCTTTCAAGTAAAAACAGTGATTTATGAAAAAGTGGCTAGTTGAGCTGG	211703

CR956387.14	1201	CAACTCAAAAAAAAAATAATAATCCCATGGGTTCCAGACGCCCATCGGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211704	CAACTCAAAAAAAAAATAATAATCCCATGGGTTCCAGACGCCCATCGGGC	211753

CR956387.14	1251	TTTGGAGGACAGTGGTCGGGGCTGTAGGTCAAGGTCCTAGCTCACCCCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211754	TTTGGAGGACAGTGGTCGGGGCTGTAGGTCAAGGTCCTAGCTCACCCCAC	211803

CR956387.14	1301	AGACTATTAAAAAGGTGAGTATTCAAGGTCAAGATGGAATAAAGTTAATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211804	AGACTATTAAAAAGGTGAGTATTCAAGGTCAAGATGGAATAAAGTTAATT	211853

CR956387.14	1351	CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGCACCAGAAGCCTATGGAAGCTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211854	CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGCACCAGAAGCCTATGGAAGCTCC	211903

CR956387.14	1401	TGGACCAGGGATTGAATCTGAGCTGCTACTGTGACCTAGGCCATAGTTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211904	TGGACCAGGGATTGAATCTGAGCTGCTACTGTGACCTAGGCCATAGTTGC	211953

CR956387.14	1451	AGCAATGCTGGATCCTTAACCTGCTGCACCACAGTGGCAATTCCTAAAGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	211954	AGCAATGCTGGATCCTTAACCTGCTGCACCACAGTGGCAATTCCTAAAGC	212003

CR956387.14	1501	CAACAACTTCCACTGCTTTCTCAGGAACATTCTTTTGTGTGTGTGTGTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212004	CAACAACTTCCACTGCTTTCTCAGGAACATTCTTTTGTGTGTGTGTGTGT	212053

CR956387.14	1551	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTATGTGTGTGTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212054	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGCGTGTGTGTGTATGTGTGTGTTT	212103

CR956387.14	1601	TGTCTTTTTAGGGCTGCACCCATGGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212104	TGTCTTTTTAGGGCTGCACCCATGGCATATGGAGGTTCCCAGGCTAGGGG	212153

CR956387.14	1651	TCTAATTGGCGCTATAGCTGCTGGCCTACACCACAGCCATAGCAACACCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212154	TCTAATTGGCGCTATAGCTGCTGGCCTACACCACAGCCATAGCAACACCA	212203

CR956387.14	1701	GATCCTTAACCCACTGAACGAGGCTAGGGATCAAACCCGAAACCTCATGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212204	GATCCTTAACCCACTGAACGAGGCTAGGGATCAAACCCGAAACCTCATGG	212253

CR956387.14	1751	TTCCTAGTTGGATTCACTTCCACCGTGCCACGAGGGGAACGCCTCAAGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212254	TTCCTAGTTGGATTCACTTCCACCGTGCCACGAGGGGAACGCCTCAAGGA	212303

CR956387.14	1801	CATTCTTGAGTCAAACTGCCCTTGCTTTTTGCCACCAGTGCATGAAGGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212304	CATTCTTGAGTCAAACTGCCCTTGCTTTTTGCCACCAGTGCATGAAGGAC	212353

CR956387.14	1851	AAGAACGAAGTGGTCCTGCTTGGTGTGGCTGCTTTGATTCATGTTAAGGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212354	AAGAACGAAGTGGTCCTGCTTGGTGTGGCTGCTTTGATTCATGTTAAGGC	212403

CR956387.14	1901	AGCTCCACTGCTTTTGCACCATCACTGCCAACATCACATAGCGCGAAAGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212404	AGCTCCACTGCTTTTGCACCATCACTGCCAACATCACATAGCGCGAAAGG	212453

CR956387.14	1951	GGCAAATAACGTGCTGCTGTTATCACTAATGAATGACAGTGATTTTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956362.5	212454	GGCAAATAACGTGCTGCTGTTATCACTAATGAATGACAGTGATTTTGATC	212503

Overview

Query
CR956387.14 - 66802 bps
Hit
CR956362.5 - 212503 bps
Total alignments
35
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199020001200012105042125031
294.4222226981168384-154491547591
394.142212754740647680-154491547631
492.472132802835528634-154491547691
592.6721027381168388-185896861681
692.5920927081168385176608768771
794.49208254247500-154491547441
893.442062595720557463-154494547521
991.732062794740247680-11601641604411
1092.122042764740647681-185899861771
1192.5420326781188384-11601641604311
1292.2203270474114768011774591777271
1391.372022802835528634-11601641604411
1492.22022688117838411774591777271
1594.65198243258500-185900861421
1691.451972708116838512094302096981
1789.791952842835128634176593768761
1892.52195254247500176623768761
1992.8819525424750012094452096971
2093.8319424381428384127080273221
2193.851942454743747681127080273231
2290.851942754740647680176604768761
2393.85194244258501-11601631604061
2493.441922442839228635127080273231
2592.2419125781288384-178841790981
2692.131912548131838412107502110031
2793.37189242474374767812061352063751
2893188243258500127080273221
2990.67188271474104768012094302096971
3091.4718725781288384-187270875271
3190.15187272283612863212061022063751
3292.9518724125849812061352063751
3392.951872418142838212061352063751
3490.731852595720557463176615768731
3591.41185255247501-187269875241
Short-link