<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT009542.22	1	TGCCTCATGGCCCCCCTCTTCTTCCCCTCACTCGGGGGCATTATTATAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183508	TGCCTCATGGCCCCCCTCTTCTTCCCCTCACTCGGGGGCATTATTATAAT	183557

CT009542.22	51	TAACAACATGCCACTGGCTTCTGAGTCTCTGTGTTTCTATGGCAGAAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183558	TAACAACATGCCACTGGCTTCTGAGTCTCTGTGTTTCTATGGCAGAAAAA	183607

CT009542.22	101	GACTGGCGGGGGTGTGAGTCGTCTCCTCAGCACCAAAGAGGGGCACCCAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183608	GACTGGCGGGGGTGTGAGTCGTCTCCTCAGCACCAAAGAGGGGCACCCAG	183657

CT009542.22	151	TAACTCTCAGTTGGGGTGATACCACCCCACCTCCAAGGAGCATTTAGAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183658	TAACTCTCAGTTGGGGTGATACCACCCCACCTCCAAGGAGCATTTAGAAA	183707

CT009542.22	201	ATCGAGGTTGTCACAGAAGCTAGAGGGCATTGTTGGCATTTATGGGCAGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183708	ATCGAGGTTGTCACAGAAGCTAGAGGGCATTGTTGGCATTTATGGGCAGT	183757

CT009542.22	251	GCCAGGGATGCTTAAGGCACAAGGGTCTCTGCCTGTGAACCGTTAACAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183758	GCCAGGGATGCTTAAGGCACAAGGGTCTCTGCCTGTGAACCGTTAACAGA	183807

CT009542.22	301	GAGCGGTACCCAGAGCAGCATCCAAGGAGCGGGCTGAGCCACAGGGCCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183808	GAGCGGTACCCAGAGCAGCATCCAAGGAGCGGGCTGAGCCACAGGGCCCA	183857

CT009542.22	351	GAGCCTCCTCTCCCTCTCCTCCCTCAAACTGGGGTCTCCAAAGGTGGCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183858	GAGCCTCCTCTCCCTCTCCTCCCTCAAACTGGGGTCTCCAAAGGTGGCAC	183907

CT009542.22	401	TACTGGGGTCTCAGAGCTCCAAAGTCCAACACCTGCAAGAGAGAGCAGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183908	TACTGGGGTCTCAGAGCTCCAAAGTCCAACACCTGCAAGAGAGAGCAGGT	183957

CT009542.22	451	CCTAGAAATGAACTGCCCCTCCTGGGTGTGCAGCTGAGAGGGGTAAGGAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	183958	CCTAGAAATGAACTGCCCCTCCTGGGTGTGCAGCTGAGAGGGGTAAGGAC	184007

CT009542.22	501	TGTGAAACAGGTGAGTTCATTCCTGCCTTAAGAGTGTTCATGGGGAGTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184008	TGTGAAACAGGTGAGTTCATTCCTGCCTTAAGAGTGTTCATGGGGAGTTC	184057

CT009542.22	551	CTGTCGTGGCTCAGTGGTTAACGAATCCGACTAGGAACCATGAGGTTGCG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184058	CTGTCGTGGCTCAGTGGTTAACGAATCCGACTAGGAACCATGAGGTTGCG	184107

CT009542.22	601	GGTTCGGTCCCTGCCCTTGCTCTGTGGGTTAAGGATCCGGTGTTGCTGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184108	GGTTCGGTCCCTGCCCTTGCTCTGTGGGTTAAGGATCCGGTGTTGCTGTG	184157

CT009542.22	651	AGCGGTGGTGTAGGTTACAGACGCGGCTCAGATCCCACGTTGCTGTGGCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184158	AGCGGTGGTGTAGGTTACAGACGCGGCTCAGATCCCACGTTGCTGTGGCT	184207

CT009542.22	701	CTGGCATAGGCCAGGAGCTACAGCTCTGATTCGACCCCTAGCCTGGGAAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184208	CTGGCATAGGCCAGGAGCTACAGCTCTGATTCGACCCCTAGCCTGGGAAC	184257

CT009542.22	751	TTCCATGTGCCATGGCAGAGGCCCAAGAAATGGCAAAAAGGCAAAAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184258	TTCCATGTGCCATGGCAGAGGCCCAAGAAATGGCAAAAAGGCAAAAAAAA	184307

CT009542.22	801	AAAAAAAAGAAAAGAGTGTTCTCGGGAGTTCCTATTATGGCTCAGTGGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184308	AAAAAAAAGAAAAGAGTGTTCTCGGGAGTTCCTATTATGGCTCAGTGGTA	184357

CT009542.22	851	AAGAAACCCACTCGTATCCATGAGGACATGGGTTTAACCCACTTGGTGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184358	AAGAAACCCACTCGTATCCATGAGGACATGGGTTTAACCCACTTGGTGAG	184407

CT009542.22	901	TTAGGCATCATGGCATTGCCATCAGCTGTGGTGTAGTCAGAGATGAGGCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184408	TTAGGCATCATGGCATTGCCATCAGCTGTGGTGTAGTCAGAGATGAGGCT	184457

CT009542.22	951	CAGATCCCGTGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCGGCAGCTGCAGTTCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CR956360.10	184458	CAGATCCCGTGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCGGCAGCTGCAGCTCTG	184507

CT009542.22	1001	CTTTGCCCCTAGTCTGGGAACTTCCATATACTGCAGGTGCAGCCCTAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184508	CTTTGCCCCTAGTCTGGGAACTTCCATATACTGCAGGTGCAGCCCTAAAA	184557

CT009542.22	1051	AGAAAGAAAGAAAAAAAAAAATAGGGTTCACAGAGTTCCCTGGTGGCTCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184558	AGAAAGAAAGAAAAAAAAAAATAGGGTTCACAGAGTTCCCTGGTGGCTCA	184607

CT009542.22	1101	GCAGGTTAAGGATCCAGTGTCGTCACTGCTATGGCTCAGGTTCGATCCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184608	GCAGGTTAAGGATCCAGTGTCGTCACTGCTATGGCTCAGGTTCGATCCCA	184657

CT009542.22	1151	GGCCCTGTGAGAACTTCCACATTCCACATTCTGCATGGCTCCCCCACCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184658	GGCCCTGTGAGAACTTCCACATTCCACATTCTGCATGGCTCCCCCACCCT	184707

CT009542.22	1201	TCCCGCCCTGCCCCAAAAAAGGTGCTCAGATTCAAACCATTCTTATTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184708	TCCCGCCCTGCCCCAAAAAAGGTGCTCAGATTCAAACCATTCTTATTTTT	184757

CT009542.22	1251	AGAAAAATGAGCTTGCTGCCTGCCAAGCTATTGTCCTCACGGGAGGGAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184758	AGAAAAATGAGCTTGCTGCCTGCCAAGCTATTGTCCTCACGGGAGGGAGG	184807

CT009542.22	1301	GAGGAAGGGAGGGAAACTTGGTCCTCCTGTCCTTGACTTTTGAGTCTCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184808	GAGGAAGGGAGGGAAACTTGGTCCTCCTGTCCTTGACTTTTGAGTCTCTG	184857

CT009542.22	1351	CCCCAGGTGCCCCCAGCTTGAAGACTGAGGCCACCAGCAGCACCGTCAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184858	CCCCAGGTGCCCCCAGCTTGAAGACTGAGGCCACCAGCAGCACCGTCAAC	184907

CT009542.22	1401	TGTACTTCTCCCCTCCTTCCAGATCTCTCTCTGATGTCCCCTTCTGGGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184908	TGTACTTCTCCCCTCCTTCCAGATCTCTCTCTGATGTCCCCTTCTGGGGA	184957

CT009542.22	1451	ACTGAACAAGCAAGCATCTCAGCCTCTTGCCTAGAGACAGCCTCCAAATT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	184958	ACTGAACAAGCAAGCATCTCAGCCTCTTGCCTAGAGACAGCCTCCAAATT	185007

CT009542.22	1501	CCCTCAGATTAGAGACTGATGCATCTAACCCCCAAATGAATCAGAATCTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185008	CCCTCAGATTAGAGACTGATGCATCTAACCCCCAAATGAATCAGAATCTC	185057

CT009542.22	1551	TCCCGTGTCTGTGTGCTTTCCGCTTCCTGGGGTCACTCACTTCCTTTCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185058	TCCCGTGTCTGTGTGCTTTCCGCTTCCTGGGGTCACTCACTTCCTTTCCT	185107

CT009542.22	1601	CCTGCGGTGCATGCTCAGAGGCTTCCTTCCACTGGCACTAAACCCCCTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185108	CCTGCGGTGCATGCTCAGAGGCTTCCTTCCACTGGCACTAAACCCCCTCA	185157

CT009542.22	1651	CCCTGCTCGTGCTTAGTGGGAGGGCTGGGAGTCCAGTCTTCCTGGGTCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185158	CCCTGCTCGTGCTTAGTGGGAGGGCTGGGAGTCCAGTCTTCCTGGGTCTG	185207

CT009542.22	1701	GGGACTGATTCTCTGTGCCAGTGCTGCCCCCCGGCCTCCTGTGTGCCTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185208	GGGACTGATTCTCTGTGCCAGTGCTGCCCCCCGGCCTCCTGTGTGCCTTC	185257

CT009542.22	1751	AAAGACTAAACTCAGGCAACTGCCCCATTGATTCATTGTCGTCCCCCCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185258	AAAGACTAAACTCAGGCAACTGCCCCATTGATTCATTGTCGTCCCCCCCC	185307

CT009542.22	1801	CCCGCCACCACCCTACTGCCTCCTGAAGAATCACTTCCCCCACCTGCTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185308	CCCGCCACCACCCTACTGCCTCCTGAAGAATCACTTCCCCCACCTGCTCC	185357

CT009542.22	1851	CGAAGTGCAGTCTAGTCTGAGACACAAGGTTAGCAAGTTTCTTAAAGACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185358	CGAAGTGCAGTCTAGTCTGAGACACAAGGTTAGCAAGTTTCTTAAAGACT	185407

CT009542.22	1901	GGTTATGGATTTCCCATCCTGGTTCAGTGGTTAACAAATCTGACTAGCAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185408	GGTTATGGATTTCCCATCCTGGTTCAGTGGTTAACAAATCTGACTAGCAA	185457

CT009542.22	1951	CCATGAGAATGCAGGTTCGATCCCTGGCCTTACTCAGTGGGTTAAGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956360.10	185458	CCATGAGAATGCAGGTTCGATCCCTGGCCTTACTCAGTGGGTTAAGGATC	185507

Compact alignment

skip 950 bps 100% identity alignment

CT009542.22	951	CAGATCCCGTGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCGGCAGCTGCAGTTCTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
CR956360.10	184458	CAGATCCCGTGTTGCTGTGGCTGTGGTGTAGGCCGGCAGCTGCAGCTCTG	184507

skip 1000 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT009542.22 - 177899 bps
Hit
CR956360.10 - 185507 bps
Total alignments
31
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95199320001200011835081855071
284.662404764394344418-168709691971
394.282272851578616070-192372926511
494.2822727922632541192372926511
594.662332814387244152192373926531
695.32237278119483119760-192375926521
796.01237275127818128092192379926531
895.57225266132692132957-192383926531
993.07230300161056161355-194065943671
1094.312412971577616072-194069943671
1195.2224629322592551194075943671
1296.542572894387244160194079943671
1394.43237287119474119760-194081943671
1494.022292834823448516194084943671
1595.06236283127818128100194085943671
1696.552322618795488214194107943671
1787.5624441413254413295711455991460001
1888.342514114388444294-11456041460061
1994.71247298157751607211457271460281
2093.5623329322592551-11457281460221
2196.972372644825348516-11457281459911
2297.352402648795188214-11457281459911
2395.26231273127828128100-11457281460011
2495.2623127311947411974611457281460011
2592.4922930516105616136011457281460331
2694.462392894389644184-11627101629981
2794.3122728413267613295911627261630061
2897.66235256157751603011627331629881
2996.472252554826248516-11627341629881
3096.862282558796088214-11627341629881
3195.47227265127836128100-11627341629981
Short-link