<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CT009685.18	1	CTCCCGGGATGGTCAGCAAGAACAAACCAGAGTGTGGGAGCTCAAGAAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	137719	CTCCCGGGATGGTCAGCAAGAACAAACCAGAGTGTGGGAGCTCAAGAAAC	137768

CT009685.18	51	AGCTCGGAGTTCTGCGGTACAGCGGGTTAGGACCCAGCGTTGTCACTGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	137769	AGCTCGGAGTTCTGCGGTACAGCGGGTTAGGACCCAGCGTTGTCACTGCA	137818

CT009685.18	101	GCGGCACAGGTCACTGCTCTGGTGCGGGTTTGATCCTTCCCCATGCCTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	137819	GCGGCACAGGTCACTGCTCTGGTGCGGGTTTGATCCTTCCCCATGCCTCA	137868

CT009685.18	151	GGGACAGCAGAAGGAAAGAGAGAGAGAGAAAGAGGAAGGGAGGGAGGGAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	137869	GGGACAGCAGAAGGAAAGAGAGAGAGAGAAAGAGGAAGGGAGGGAGGGAG	137918

CT009685.18	201	GGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGAGGGAGGGAGGAATGGCAGCTATTAGCAA	250
			|||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	137919	GGAGGGAGGGAGG--------AGGGAGGGAGGAATGGCAGCTATTAGCAA	137960

CT009685.18	251	GAGCAGCAGGCACAGTGATAATACTGCCGTCGTGGTGCCCCATTCTGTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	137961	GAGCAGCAGGCACAGTGATAATACTGCCGTCGTGGTGCCCCATTCTGTGA	138010

CT009685.18	301	ATTTCATCGCTCACAGGAGTCACTGCCTGTTCAATGGCCGTGAAAAGTAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138011	ATTTCATCGCTCACAGGAGTCACTGCCTGTTCAATGGCCGTGAAAAGTAC	138060

CT009685.18	351	CTGAGGATGAGCAGAGAAAGCCAGGCCGCCCGAAAGCAGACCCTGGCACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138061	CTGAGGATGAGCAGAGAAAGCCAGGCCGCCCGAAAGCAGACCCTGGCACA	138110

CT009685.18	401	GCCACTCCCACCCGCAGCAACCTGCGTCTCTGCCCAGTTATGGAGCCTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138111	GCCACTCCCACCCGCAGCAACCTGCGTCTCTGCCCAGTTATGGAGCCTGA	138160

CT009685.18	451	CTCCTCGGGGACCTGGGCACGGCCAGGCTCTGTGGTTCTCGGACCTTGGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CR956359.14	138161	CTCCTCGGGGACCTGGGCACGGCCAGGCTCTGTGGCTCTCGGACCTTGGG	138210

CT009685.18	501	GCTCTCAGGAGGGTGGGCATCTGTCAGGAGGTGGAGGCTGACGGGAGCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138211	GCTCTCAGGAGGGTGGGCATCTGTCAGGAGGTGGAGGCTGACGGGAGCAG	138260

CT009685.18	551	AGGGCATCTGGAAGGGCAGGGAGTCAGCATGGGAGAATGAAAGGCCCCGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138261	AGGGCATCTGGAAGGGCAGGGAGTCAGCATGGGAGAATGAAAGGCCCCGG	138310

CT009685.18	601	GCAGACGCCTGTGGCATCAGGGGCAGGATGGGGACGGGAGGCCCACGGGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138311	GCAGACGCCTGTGGCATCAGGGGCAGGATGGGGACGGGAGGCCCACGGGA	138360

CT009685.18	651	AGCGCGCTGTGCCCAAGGCGCTGCTGAGTAAGGTATGACGTCATCTTATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138361	AGCGCGCTGTGCCCAAGGCGCTGCTGAGTAAGGTATGACGTCATCTTATC	138410

CT009685.18	701	TCTGGTTGAGGACCAGGAAGGGAGTAGAGGGTGTGCCCAAGGGCTGGGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138411	TCTGGTTGAGGACCAGGAAGGGAGTAGAGGGTGTGCCCAAGGGCTGGGCA	138460

CT009685.18	751	CCTGTTAGGGACACAAGGAGACATGGGTCTAGAGAGAGGCCGGAGGGGAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138461	CCTGTTAGGGACACAAGGAGACATGGGTCTAGAGAGAGGCCGGAGGGGAG	138510

CT009685.18	801	GGAAGGAGGTGATTGGATGGTTCTTCCGGAAGAGTCAAAGGCAAGGTCAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138511	GGAAGGAGGTGATTGGATGGTTCTTCCGGAAGAGTCAAAGGCAAGGTCAC	138560

CT009685.18	851	CAGTCAGGCGTGGGGCGAAGAGGCCCGATGACAGCGGCCAAGGTCTAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138561	CAGTCAGGCGTGGGGCGAAGAGGCCCGATGACAGCGGCCAAGGTCTAAAA	138610

CT009685.18	901	GAGCTGCCGAGGGTGATGTGAAAAGCAGCTGATGAGGGACAAGCGAGAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138611	GAGCTGCCGAGGGTGATGTGAAAAGCAGCTGATGAGGGACAAGCGAGAGG	138660

CT009685.18	951	ACAGCCAGGCAGCCCCACGAGCCCAGCTGCGATGGAGTCCAGACATCCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138661	ACAGCCAGGCAGCCCCACGAGCCCAGCTGCGATGGAGTCCAGACATCCAC	138710

CT009685.18	1001	AGGGGCGCACACAGCGATCAACGGACGCCCCTTGCCAAGCTCGGCAACCG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138711	AGGGGCGCACACAGCGATCAACGGACGCCCCTTGCCAAGCTCGGCAACCG	138760

CT009685.18	1051	GGATGGAGGAGGTGGGCGGCCTGGGGACAGGCAGGCAGAGCAGGATGGCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138761	GGATGGAGGAGGTGGGCGGCCTGGGGACAGGCAGGCAGAGCAGGATGGCG	138810

CT009685.18	1101	GAGTCACCGTCCAGAGGAGAAGATGGAGAGGGACCGTGGAGATGGCCCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138811	GAGTCACCGTCCAGAGGAGAAGATGGAGAGGGACCGTGGAGATGGCCCAC	138860

CT009685.18	1151	AGGGCTGGGGCGGGAGGAAGCGGGCAGCAGGGGGCCGGGGATCCCCAGGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138861	AGGGCTGGGGCGGGAGGAAGCGGGCAGCAGGGGGCCGGGGATCCCCAGGG	138910

CT009685.18	1201	AGGCAAGCTGGGGGGGGGGGGAGAGCGGGGCAGAGCACGGGGAGCGCACG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138911	AGGCAAGCTGGGGGGGGGGGGAGAGCGGGGCAGAGCACGGGGAGCGCACG	138960

CT009685.18	1251	AGGCCATCTTTGGGACTTCGGAGGCAGTTCTGGAGACCCCAGGGAGGAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	138961	AGGCCATCTTTGGGACTTCGGAGGCAGTTCTGGAGACCCCAGGGAGGAGT	139010

CT009685.18	1301	GACCGAGCTGTCAGGGTGGTGGGGTGGGGCTGGAGGCATGAGCAGCCCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139011	GACCGAGCTGTCAGGGTGGTGGGGTGGGGCTGGAGGCATGAGCAGCCCAG	139060

CT009685.18	1351	GCGGACAGCGCCAGGAACACGACTCTCTGGCAAGCAGAGGAACCATACGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139061	GCGGACAGCGCCAGGAACACGACTCTCTGGCAAGCAGAGGAACCATACGA	139110

CT009685.18	1401	GAGCCTGGGATCCAAGCCACAGTTCCTGCCTTGCTCCTCTGGAATGGAAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139111	GAGCCTGGGATCCAAGCCACAGTTCCTGCCTTGCTCCTCTGGAATGGAAC	139160

CT009685.18	1451	ACCTGACCATGACACCTGACAAAGGTCAAGGAAACGCCACATCCCCTGAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139161	ACCTGACCATGACACCTGACAAAGGTCAAGGAAACGCCACATCCCCTGAC	139210

CT009685.18	1501	TCAGCGGAACCGCACTTTTAAGACTGTATCCAAAGGAAAAAGAAAAGCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139211	TCAGCGGAACCGCACTTTTAAGACTGTATCCAAAGGAAAAAGAAAAGCCA	139260

CT009685.18	1551	ATGGAAAGATAAAACTGCACCTCTCTGAAGCTCACGGCATCCACAGTACA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139261	ATGGAAAGATAAAACTGCACCTCTCTGAAGCTCACGGCATCCACAGTACA	139310

CT009685.18	1601	AAAAAGCTGAAAGAGCTGTAAGCATCCACAAAAGCTAAAGACACGAAGAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139311	AAAAAGCTGAAAGAGCTGTAAGCATCCACAAAAGCTAAAGACACGAAGAT	139360

CT009685.18	1651	CATGAAGATGTACAAGGTCCACGGCGCACAGACGAACTTCCCGGGGCGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139361	CATGAAGATGTACAAGGTCCACGGCGCACAGACGAACTTCCCGGGGCGGA	139410

CT009685.18	1701	AAATCGTCCTAGCCACCTCATCAGGCCCAGCATGGGGCACGGCGCTCGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139411	AAATCGTCCTAGCCACCTCATCAGGCCCAGCATGGGGCACGGCGCTCGGT	139460

CT009685.18	1751	GCGTAACGAGCACCCAGAGACGCTGGACAAATGAATGAACGGGAGAACCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139461	GCGTAACGAGCACCCAGAGACGCTGGACAAATGAATGAACGGGAGAACCC	139510

CT009685.18	1801	GCAGCCCGTTATGATGAGACCTACGCGGAAGAAAATGCAAGCACCTGGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139511	GCAGCCCGTTATGATGAGACCTACGCGGAAGAAAATGCAAGCACCTGGAG	139560

CT009685.18	1851	AAGAAGATGCAAAAATAATCAAATTACTGCTGTTAGGAGAGAGGGGGGAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139561	AAGAAGATGCAAAAATAATCAAATTACTGCTGTTAGGAGAGAGGGGGGAG	139610

CT009685.18	1901	GCAGGAGGACTTCTTTCCTTATTTAAGAGCCATGTTTGCTCCCATCACAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139611	GCAGGAGGACTTCTTTCCTTATTTAAGAGCCATGTTTGCTCCCATCACAC	139660

CT009685.18	1951	CGCCTACCAGGTAAAAGAGACCTCTTTACTCTCTTAAAAAGGCTTGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	139661	CGCCTACCAGGTAAAAGAGACCTCTTTACTCTCTTAAAAAGGCTTGGATC	139710

Compact alignment

skip 200 bps 100% identity alignment

CT009685.18	201	GGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGAGGGAGGGAGGAATGGCAGCTATTAGCAA	250
			|||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||
CR956359.14	137919	GGAGGGAGGGAGG--------AGGGAGGGAGGAATGGCAGCTATTAGCAA	137960

skip 200 bps 100% identity alignment

CT009685.18	451	CTCCTCGGGGACCTGGGCACGGCCAGGCTCTGTGGTTCTCGGACCTTGGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
CR956359.14	138161	CTCCTCGGGGACCTGGGCACGGCCAGGCTCTGTGGCTCTCGGACCTTGGG	138210

skip 1500 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT009685.18 - 130271 bps
Hit
CR956359.14 - 139710 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.55189820001200011377191397101
290.2167253293331851440646501
389.4918727627583278581440746821
491.81902561268361270911440746621
591.111952719956499834-1440846771
689.63180271115880116150-1440846771
793.87211261445147111440846681
890.58196277115877116153132427327021
988.561772712758427854-132429326991
1089.31822729956399834132429326991
1188.1172269126837127105-132431326991
1289.3517826344514713-132437326991
1391.318525344514703155671559231
1489.72173253126837127089155671559231
1588.13176279120776121054-11046321049091
1689.6419028111587211615211046321049111
1787.361702772758427860-11046331049091
1887.8717128029353214-11046381049091
1992.62209272995639983411046391049091
2092.57208269126837127105-11046411049091
2193.1620826344514713-11046471049091
2288.93176273120776121048-11253521256221
2388.19171272995639983411253521256221
2491.3418425444514704-11253691256221
Short-link