<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU326409.1	1	AGATGGAAATAGAATAGTTATCAATTCAAGGAAGACATCAAGATGAACAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175030	AGATGGAAATAGAATAGTTATCAATTCAAGGAAGACATCAAGATGAACAG	175079

CU326409.1	51	GCCTAAATGAAGACTTAGCAATCTGTAAATAATAAATGAGTCAAAGAACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175080	GCCTAAATGAAGACTTAGCAATCTGTAAATAATAAATGAGTCAAAGAACA	175129

CU326409.1	101	AATGATAGTAATAATCAATAAGTTTGTGAAAGACATTAATGATGGAACAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175130	AATGATAGTAATAATCAATAAGTTTGTGAAAGACATTAATGATGGAACAA	175179

CU326409.1	151	CATATCAAAATGTCTAAGATTTTTCTAAAACGCCTTCCTTAGAGGAACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175180	CATATCAAAATGTCTAAGATTTTTCTAAAACGCCTTCCTTAGAGGAACAA	175229

CU326409.1	201	TTATATCCCTAAAATCATATATTAACAAAATAGAAAAAGAAGAATCAGTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175230	TTATATCCCTAAAATCATATATTAACAAAATAGAAAAAGAAGAATCAGTA	175279

CU326409.1	251	AACCAAATTGTGAATTAGACAGTCTATAAACAAATTCAACATAGGTACAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175280	AACCAAATTGTGAATTAGACAGTCTATAAACAAATTCAACATAGGTACAA	175329

CU326409.1	301	AAGAAGAAAATGTGAAAATTAGAGAGGAAACAGATAAACCAGAAATAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175330	AAGAAGAAAATGTGAAAATTAGAGAGGAAACAGATAAACCAGAAATAAAA	175379

CU326409.1	351	AAATACATATATTTATCAAAAGAACTCATAGACAAAAAAAGAAATGCTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175380	AAATACATATATTTATCAAAAGAACTCATAGACAAAAAAAGAAATGCTGT	175429

CU326409.1	401	TTTGAAAATAATTTTAAAAACTAATAATCTGATTAATATAGGATAGTGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175430	TTTGAAAATAATTTTAAAAACTAATAATCTGATTAATATAGGATAGTGGA	175479

CU326409.1	451	AAGGTTAACAAAATTGAAAAGAAATGAACAAGATGAAGTCATAAAAAAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175480	AAGGTTAACAAAATTGAAAAGAAATGAACAAGATGAAGTCATAAAAAAGT	175529

CU326409.1	501	ATAAAAAGCAAAAAAGAATTCTCAAAAACTGGTATGTACTAAGAAAACTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175530	ATAAAAAGCAAAAAAGAATTCTCAAAAACTGGTATGTACTAAGAAAACTG	175579

CU326409.1	551	AGAACACAAAAGAACTAGATGACTAACAAAAATACAGAATATTCAAGCTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175580	AGAACACAAAAGAACTAGATGACTAACAAAAATACAGAATATTCAAGCTT	175629

CU326409.1	601	AATAAGCACAAAATAAATGTCTAAAAATATACTATCTCAAAAAAACAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175630	AATAAGCACAAAATAAATGTCTAAAAATATACTATCTCAAAAAAACAAAA	175679

CU326409.1	651	GGAAATTGAAAGATCCATGGAAAAAAGCTGCTGGACCTGTGCAAAAGAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175680	GGAAATTGAAAGATCCATGGAAAAAAGCTGCTGGACCTGTGCAAAAGAGT	175729

CU326409.1	701	AGAGTGGTCTAACCCCAGCTGTAAGGTGGGGGAGGGGATGGAGGAGTCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175730	AGAGTGGTCTAACCCCAGCTGTAAGGTGGGGGAGGGGATGGAGGAGTCTG	175779

CU326409.1	751	TGGCAATCACAGCAGCAGCAGAGGCTGCAGCAGCAGAGGCAGCAGCAGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175780	TGGCAATCACAGCAGCAGCAGAGGCTGCAGCAGCAGAGGCAGCAGCAGCA	175829

CU326409.1	801	GTTGTTTCTGGAGCTCTAGGCCCACAGATTAAAAAATGCTGAAGAAAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175830	GTTGTTTCTGGAGCTCTAGGCCCACAGATTAAAAAATGCTGAAGAAAATA	175879

CU326409.1	851	ACATCTTAAAAAATAGACTAACCAAAATGGCAAAAGAGATCCAAAAAGCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175880	ACATCTTAAAAAATAGACTAACCAAAATGGCAAAAGAGATCCAAAAAGCC	175929

CU326409.1	901	AATGAGGAGAATAATTCTTTAAAGAGAAGAATTGGCCAGATGGAAAGGGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175930	AATGAGGAGAATAATTCTTTAAAGAGAAGAATTGGCCAGATGGAAAGGGA	175979

CU326409.1	951	GGTTCAAAAGTTCACTGAAGAAAATAGTTCCTTAAAGATTAGAATGAAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	175980	GGTTCAAAAGTTCACTGAAGAAAATAGTTCCTTAAAGATTAGAATGAAGC	176029

CU326409.1	1001	AGATGGAAGCTAATGACTTCATGAAAAACCAAGAAATTACAGCTCAAACC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176030	AGATGGAAGCTAATGACTTCATGAAAAACCAAGAAATTACAGCTCAAACC	176079

CU326409.1	1051	AAAGGAATGAAAAAATAGCAGACAACGTGAAATATCTCACTGAAAAAGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176080	AAAGGAATGAAAAAATAGCAGACAACGTGAAATATCTCACTGAAAAAGCA	176129

CU326409.1	1101	ACTGACATGGAAAACAGATCCAGGAGTGACAATTTAAAAATAAGGGAACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176130	ACTGACATGGAAAACAGATCCAGGAGTGACAATTTAAAAATAAGGGAACT	176179

CU326409.1	1151	ACCTGAAAGCCATGATCAAAAAAGAACTTAGAAATCATCTTCCAAGAAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176180	ACCTGAAAGCCATGATCAAAAAAGAACTTAGAAATCATCTTCCAAGAAAT	176229

CU326409.1	1201	TGTCAAGGAAAAGTGACCTGATATTCTACAACCTCAGGGTAAAATAGAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176230	TGTCAAGGAAAAGTGACCTGATATTCTACAACCTCAGGGTAAAATAGAAA	176279

CU326409.1	1251	TGAAAACAATTCACTGATCATCTCCTGAAAGAGATCCCAAAAGGGAAACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176280	TGAAAACAATTCACTGATCATCTCCTGAAAGAGATCCCAAAAGGGAAACT	176329

CU326409.1	1301	CCTAAGAATATTGTATCCAAATTCCAGAGCTTCCAGGTCAAGGAGAAAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176330	CCTAAGAATATTGTATCCAAATTCCAGAGCTTCCAGGTCAAGGAGAAAAT	176379

CU326409.1	1351	AGTGCAGGCAGCCAGAAAGAAACAATTCAAGTATTGTGGAAACACAATCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176380	AGTGCAGGCAGCCAGAAAGAAACAATTCAAGTATTGTGGAAACACAATCA	176429

CU326409.1	1401	GGATAATACAAGGTCTAGCAGCTTCTACATTATGGGATTGAAGGGCTTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176430	GGATAATACAAGGTCTAGCAGCTTCTACATTATGGGATTGAAGGGCTTGG	176479

CU326409.1	1451	AATATGATATTCTAGTGGCCAAAGAAGCTAGGATTGAAATCAAGGATCAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176480	AATATGATATTCTAGTGGCCAAAGAAGCTAGGATTGAAATCAAGGATCAC	176529

CU326409.1	1501	CTATCCTGCAAAACTGAGTGTAATACTTCAGGGGAAAATTGGTCACTCAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176530	CTATCCTGCAAAACTGAGTGTAATACTTCAGGGGAAAATTGGTCACTCAA	176579

CU326409.1	1551	TGAAAAATAGAACTTTCAAGCATTTTTGATGAAAAGACCAGAGTTGAATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176580	TGAAAAATAGAACTTTCAAGCATTTTTGATGAAAAGACCAGAGTTGAATA	176629

CU326409.1	1601	GAAAATTTGACTTTCAAACATAAGAATCAAGAGAAGCATGAAAAAGCAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176630	GAAAATTTGACTTTCAAACATAAGAATCAAGAGAAGCATGAAAAAGCAAT	176679

CU326409.1	1651	TGATGTTAAGTGACTTGCCCAGGGTGACCCAGCTAAGGAGTGCCAAATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176680	TGATGTTAAGTGACTTGCCCAGGGTGACCCAGCTAAGGAGTGCCAAATGT	176729

CU326409.1	1701	CTGAAGCCATATTTGATCTCAGGTCCTCTTGACTCTAGGGCCAGTGCTAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176730	CTGAAGCCATATTTGATCTCAGGTCCTCTTGACTCTAGGGCCAGTGCTAT	176779

CU326409.1	1751	ATCCACTGTATCACCTAGCTGCCCCTATTATTTTTTCTGTTCAAAAGAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176780	ATCCACTGTATCACCTAGCTGCCCCTATTATTTTTTCTGTTCAAAAGAAA	176829

CU326409.1	1801	GAATTATGGATACTCGAATCTGTGCTTTCATTAGTTTGGACATTTCCTAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176830	GAATTATGGATACTCGAATCTGTGCTTTCATTAGTTTGGACATTTCCTAC	176879

CU326409.1	1851	AATGATGATGATGATAATCCATCAATATTTAGTGATGTGCCTGGAGGCTT	1900
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CR955038.1	176880	AATGATGATGATGATAATCCATCAATATTTAGTGATATGCCTGGAGGCTT	176929

CU326409.1	1901	TCTTCACTTTCTAAGACATTATGAGCATACTAATGGGGAAAATGAGCACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176930	TCTTCACTTTCTAAGACATTATGAGCATACTAATGGGGAAAATGAGCACA	176979

CU326409.1	1951	TCACTAACCCTTACCCCATGACCAATTCATCTTTTTATGCTAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR955038.1	176980	TCACTAACCCTTACCCCATGACCAATTCATCTTTTTATGCTAACAAGCTT	177029

Compact alignment

skip 1850 bps 100% identity alignment

CU326409.1	1851	AATGATGATGATGATAATCCATCAATATTTAGTGATGTGCCTGGAGGCTT	1900
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CR955038.1	176880	AATGATGATGATGATAATCCATCAATATTTAGTGATATGCCTGGAGGCTT	176929

skip 100 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU326409.1 - 122220 bps
Hit
CR955038.1 - 177029 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95187820001200011750301770291
289.974326485609556742118121187681
389.234196508064481293118121187701
47942016578203483690-142620442521
583.0744711205221653335148047491801
685.2860312738152782799-148054493231
784.085601284104834106117-148054493341
882.294781251120736121986-148054493071
993.4218142416114949117364167325697281
1083.999502117104868106984-167330694281
1189.6581412955440555699167537688211
1284.159361985120231122215-167963699551
1383.2648011118172482834-168156692661
1480.6877322275166053886175410776351
1583.384931229120946122174-175796769981
1686.2856011098170082808-175948770551
1785.685321077105044106120-175954770291
1889.91640929108398109326-11251751261051
1981.884631268278452911211609481622111
2083.27426105710505610611211611591622101
2182.38386103612094612198111611781622101
Short-link