<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR774181.3	1	GGCCAACACGGTGAAACCCCATCTTTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39337	GGCCAACACGGTGAAACCCCATCTTTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCG	39386

CR774181.3	51	GGCTTGGGGGTGTGTTCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGTGAGGCAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39387	GGCTTGGGGGTGTGTTCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGTGAGGCAGG	39436

CR774181.3	101	AGAATCGCTTGAACTTGGAGGCAGAAGTTGCAGTGAGCCGAGATAGTGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39437	AGAATCGCTTGAACTTGGAGGCAGAAGTTGCAGTGAGCCGAGATAGTGCA	39486

CR774181.3	151	ATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTTTGCCTCTTGAAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39487	ATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTTTGCCTCTTGAAAAAA	39536

CR774181.3	201	AAAAAAAAGTGTATGAAAAGGTAAATTATTTTTCATGGAGTCCTGCCCTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39537	AAAAAAAAGTGTATGAAAAGGTAAATTATTTTTCATGGAGTCCTGCCCTG	39586

CR774181.3	251	AGAACAAGGCATCAAATCCTCTAAGTGTATAGGAAATTTGAGTTCAAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39587	AGAACAAGGCATCAAATCCTCTAAGTGTATAGGAAATTTGAGTTCAAAAT	39636

CR774181.3	301	AGATGCTTTGAAAAAAATAAAGAAAATGTTTTTGAAAAATGCAAATTTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39637	AGATGCTTTGAAAAAAATAAAGAAAATGTTTTTGAAAAATGCAAATTTTA	39686

CR774181.3	351	ACAGATTTAGGGTATAGAAGTGCAGTTGTGTTCCATGGATATATTTACAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39687	ACAGATTTAGGGTATAGAAGTGCAGTTGTGTTCCATGGATATATTTACAT	39736

CR774181.3	401	AGTGAAGTCTGAGATTTCAGTGTATCCATCATCCAAATAGGATACATTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39737	AGTGAAGTCTGAGATTTCAGTGTATCCATCATCCAAATAGGATACATTGT	39786

CR774181.3	451	CCTCAATAGGTAGTCTTTCATCCCTCAACCCTTTCCCAACTTCCCACCTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39787	CCTCAATAGGTAGTCTTTCATCCCTCAACCCTTTCCCAACTTCCCACCTT	39836

CR774181.3	501	TTGGAGTCTCCAATGTCATTATTTCATTCTGTATCCACATGTACCCATTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39837	TTGGAGTCTCCAATGTCATTATTTCATTCTGTATCCACATGTACCCATTG	39886

CR774181.3	551	TTTAGCTCCCACTTATAATTGATAATATCTAGCATTTGGCTTTCTGTTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39887	TTTAGCTCCCACTTATAATTGATAATATCTAGCATTTGGCTTTCTGTTTT	39936

CR774181.3	601	TGAGTTATTTCACTTAAGCCAATGGCCTCCAGTTCCATCCAAGTTGTTAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39937	TGAGTTATTTCACTTAAGCCAATGGCCTCCAGTTCCATCCAAGTTGTTAT	39986

CR774181.3	651	AAAAGACATGACTTCAGTCTTTTTATGGGGAAGTAGTATCACATTTTAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	39987	AAAAGACATGACTTCAGTCTTTTTATGGGGAAGTAGTATCACATTTTAGA	40036

CR774181.3	701	AATCCAATAGTCCATTGATGGACACTCAGGTTGATTCTATTACTTTGCTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40037	AATCCAATAGTCCATTGATGGACACTCAGGTTGATTCTATTACTTTGCTA	40086

CR774181.3	751	TTGTGAATAGTGCTGCGATATACATAGACATGCAGGTTTCTTTCTGATAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40087	TTGTGAATAGTGCTGCGATATACATAGACATGCAGGTTTCTTTCTGATAT	40136

CR774181.3	801	AATGATTTACCTTTAGGTTGATATCCAATAATGGGATTGCTGGGTCAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40137	AATGATTTACCTTTAGGTTGATATCCAATAATGGGATTGCTGGGTCAAAT	40186

CR774181.3	851	GGTAGTTCCATTTTTAGTTCTTTGAAAAGTCTCCATACTGTTTTCCACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40187	GGTAGTTCCATTTTTAGTTCTTTGAAAAGTCTCCATACTGTTTTCCACAG	40236

CR774181.3	901	GGCTTGTACTAATTTACATTCCCACCAACAGTGTATGTATTCTTTTTTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40237	GGCTTGTACTAATTTACATTCCCACCAACAGTGTATGTATTCTTTTTTTC	40286

CR774181.3	951	TCTATACCCTTGGCAAAATTTGTTTTTTTTTTTTTTGTCTTGATTTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40287	TCTATACCCTTGGCAAAATTTGTTTTTTTTTTTTTTGTCTTGATTTTTTT	40336

CR774181.3	1001	AATCATGGCCATTTTGAATGGCATAAGGTAATATCTCATTGTGGTTTTAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40337	AATCATGGCCATTTTGAATGGCATAAGGTAATATCTCATTGTGGTTTTAA	40386

CR774181.3	1051	CTTGCAATTCTCTTATGATTAACATTTGTTCATATGTTTATTGGCCATTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40387	CTTGCAATTCTCTTATGATTAACATTTGTTCATATGTTTATTGGCCATTT	40436

CR774181.3	1101	ATATGTGATCTTTGGAAAAAAAAAGAACATCTTAAAGTTCAGAATGGGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40437	ATATGTGATCTTTGGAAAAAAAAAGAACATCTTAAAGTTCAGAATGGGGC	40486

CR774181.3	1151	CAGGTGCAGTGGCTCATGTTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40487	CAGGTGCAGTGGCTCATGTTTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGAC	40536

CR774181.3	1201	AGGTGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40537	AGGTGGATCACAAGGTCAGGAGTTCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGA	40586

CR774181.3	1251	AACCCCGTCTCTACTAAAAATAGAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGGGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40587	AACCCCGTCTCTACTAAAAATAGAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGGGGG	40636

CR774181.3	1301	TGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGCAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40637	TGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGCAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAA	40686

CR774181.3	1351	CCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCATCACTGCACTCCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40687	CCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCATCACTGCACTCCAG	40736

CR774181.3	1401	CCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTAAGAAAACAAAACAAAACAAAAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40737	CCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTAAGAAAACAAAACAAAACAAAAC	40786

CR774181.3	1451	AAAACAAAAAACTTCAGAATGTATTACATTCATGGCTAGGTTTAGAATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40787	AAAACAAAAAACTTCAGAATGTATTACATTCATGGCTAGGTTTAGAATAT	40836

CR774181.3	1501	GGGTTGAGTCACTGGAAGATGTGTTGAATGAAGTCTTTTAAATAGTGAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40837	GGGTTGAGTCACTGGAAGATGTGTTGAATGAAGTCTTTTAAATAGTGAGA	40886

CR774181.3	1551	ACCTGATGCCAAAATGACCTTAAAACTATGTCAAAAGAGAAAAACCCCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40887	ACCTGATGCCAAAATGACCTTAAAACTATGTCAAAAGAGAAAAACCCCAC	40936

CR774181.3	1601	TTAAGACAGCAATAAAATAGGGTTTGGATGAGCATTTCAATCTTGAGGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40937	TTAAGACAGCAATAAAATAGGGTTTGGATGAGCATTTCAATCTTGAGGAA	40986

CR774181.3	1651	AACCTAACCTGTTTGCAAAATAAGCCTAAGGATTGGATGACAAGTTTACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	40987	AACCTAACCTGTTTGCAAAATAAGCCTAAGGATTGGATGACAAGTTTACC	41036

CR774181.3	1701	ACTGGGCAAAAAGATATTTATATCCTTGGATTAAGTGCTAAATGATAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	41037	ACTGGGCAAAAAGATATTTATATCCTTGGATTAAGTGCTAAATGATAAGA	41086

CR774181.3	1751	AATCAAACCAAATATTTGAGTGAACAATTGATGAATATTCACTACTATAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	41087	AATCAAACCAAATATTTGAGTGAACAATTGATGAATATTCACTACTATAC	41136

CR774181.3	1801	TTGGAGAAGATAAAATGGATGTTGGGACTTAGAACTAGATCAAATCAGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	41137	TTGGAGAAGATAAAATGGATGTTGGGACTTAGAACTAGATCAAATCAGAA	41186

CR774181.3	1851	TGAGTATCGATCAATGTTCAGTCAAAGGGGGTTGGAGGAAATTTGTTTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	41187	TGAGTATCGATCAATGTTCAGTCAAAGGGGGTTGGAGGAAATTTGTTTAT	41236

CR774181.3	1901	GCTTCTTAAAACGCTTTTTTTTTTCTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	41237	GCTTCTTAAAACGCTTTTTTTTTTCTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTG	41286

CR774181.3	1951	TTGCCCAGGATGGAGTGCAGTGGTGCCATCTCGACTACTGCAACCCCCA	1999
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR942175.3	41287	TTGCCCAGGATGGAGTGCAGTGGTGCCATCTCGACTACTGCAACCCCCA	41335

Overview

Query
CR774181.3 - 52780 bps
Hit
CR942175.3 - 41335 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link