<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT943657.7	1	CCATGTATGCGACATGCTTATTTTGTACTCCCTCTTTACAGACAAATCCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	119690	CCATGTATGCGACATGCTTATTTTGTACTCCCTCTTTACAGACAAATCCT	119739

CT943657.7	51	GAAATTGTAAAAAGGTGGAGCAACGAGGTTCAGGAATCTGTTCAATCAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	119740	GAAATTGTAAAAAGGTGGAGCAACGAGGTTCAGGAATCTGTTCAATCAAG	119789

CT943657.7	101	AGCAGCTTTTGTACAGTTTCATGCACTGGGTTTGCTGCACCAGGTATGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	119790	AGCAGCTTTTGTACAGTTTCATGCACTGGGTTTGCTGCACCAGGTATGCT	119839

CT943657.7	151	GCAAGATTGGTTTGGTTACTTTGTGTTTCTAGATAATTCAGTGAATTATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	119840	GCAAGATTGGTTTGGTTACTTTGTGTTTCTAGATAATTCAGTGAATTATA	119889

CT943657.7	201	GTTCGCTTGCTGGCTTATATCGGTATTTCAAGTTTCAACTACACTTTGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	119890	GTTCGCTTGCTGGCTTATATCGGTATTTCAAGTTTCAACTACACTTTGTT	119939

CT943657.7	251	GAATGATCACTGTACTTGTCTTATCATAGCTAAATATCATGAATGATGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	119940	GAATGATCACTGTACTTGTCTTATCATAGCTAAATATCATGAATGATGAA	119989

CT943657.7	301	TGTTCAGCACGAGTTAATCAGGATTCTATTATTACATCTTGAAACTTTTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	119990	TGTTCAGCACGAGTTAATCAGGATTCTATTATTACATCTTGAAACTTTTG	120039

CT943657.7	351	CATTGAAGTACATTTCTTTAAGAGGTGCTTGGTTTCTATTTGAGTTTAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120040	CATTGAAGTACATTTCTTTAAGAGGTGCTTGGTTTCTATTTGAGTTTAAT	120089

CT943657.7	401	TGGATGCTGAAATTGAGTAAAACAAGAGAAGTCAAAACTTCTTGAAATTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120090	TGGATGCTGAAATTGAGTAAAACAAGAGAAGTCAAAACTTCTTGAAATTC	120139

CT943657.7	451	ATCTGTAGAAGTTTTTATTTTTTTTCTTTCTATGTATCGTACTCCCTCCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120140	ATCTGTAGAAGTTTTTATTTTTTTTCTTTCTATGTATCGTACTCCCTCCT	120189

CT943657.7	501	GGAAACAGCCTCTTGTGTAAAAAAACAAGGTAAGGCTGCGTACAATACAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120190	GGAAACAGCCTCTTGTGTAAAAAAACAAGGTAAGGCTGCGTACAATACAC	120239

CT943657.7	551	CAAATGGTGGGACCCCTTCCCGGACCCTGCGTATGCGGGAGCTTTAGTGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120240	CAAATGGTGGGACCCCTTCCCGGACCCTGCGTATGCGGGAGCTTTAGTGC	120289

CT943657.7	601	ACCGGGTTGCCCTTTTTATGTATCGTACTCCCTCCGTCCCAATTTAGAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120290	ACCGGGTTGCCCTTTTTATGTATCGTACTCCCTCCGTCCCAATTTAGAAG	120339

CT943657.7	651	GAAAAAACACTTTTTTGTCCCAAATTATAAGCAAAAGAGACCCGCTTTTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120340	GAAAAAACACTTTTTTGTCCCAAATTATAAGCAAAAGAGACCCGCTTTTG	120389

CT943657.7	701	ACGTGCTTAATTCTATTGTTCCAAAAATACCCCCATGCTATTTATTAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120390	ACGTGCTTAATTCTATTGTTCCAAAAATACCCCCATGCTATTTATTAAAA	120439

CT943657.7	751	TTTTCATCATGTTTATACATTGTCAATGAATCATCCATATGTTTATTTAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120440	TTTTCATCATGTTTATACATTGTCAATGAATCATCCATATGTTTATTTAG	120489

CT943657.7	801	TTCCAAGAACATGCCTAATGTTAAATATATTTTATTGGCCTCTACATTAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120490	TTCCAAGAACATGCCTAATGTTAAATATATTTTATTGGCCTCTACATTAA	120539

CT943657.7	851	TTATTCATCCATTACCAATGCATATTATAATGAACACTACATATATATGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120540	TTATTCATCCATTACCAATGCATATTATAATGAACACTACATATATATGC	120589

CT943657.7	901	TTCTATGGAATTAAACCGTAGAGGTATAATTATGCTTCAATTTGTTTACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120590	TTCTATGGAATTAAACCGTAGAGGTATAATTATGCTTCAATTTGTTTACA	120639

CT943657.7	951	TTAAATATCTTAAAAGGGTAGTGTAGGAAACCTAGTTATATTTTTGGCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120640	TTAAATATCTTAAAAGGGTAGTGTAGGAAACCTAGTTATATTTTTGGCAA	120689

CT943657.7	1001	ATTATAGAATATTAATAAGAATCGGTTGGTTTTCTTAATAAGTGTGAAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120690	ATTATAGAATATTAATAAGAATCGGTTGGTTTTCTTAATAAGTGTGAAAT	120739

CT943657.7	1051	GTTTTTTTTTTTTTGCTTATAAATTGGGATGGAGGGAGTATGGTCTATTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120740	GTTTTTTTTTTTTTGCTTATAAATTGGGATGGAGGGAGTATGGTCTATTG	120789

CT943657.7	1101	TATCATGCTGCCTTTTATGGCAGTTTACTATCTCTCCATCCACTCGGCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120790	TATCATGCTGCCTTTTATGGCAGTTTACTATCTCTCCATCCACTCGGCCA	120839

CT943657.7	1151	CAAATGCCCCACAATCAATGGACTATGGGAGACACCTGACTTCTTAGACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120840	CAAATGCCCCACAATCAATGGACTATGGGAGACACCTGACTTCTTAGACT	120889

CT943657.7	1201	TGCAAGCATAGAGAATTTTGCGTAATTTTGTATACTCTTTTCTCTTGTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120890	TGCAAGCATAGAGAATTTTGCGTAATTTTGTATACTCTTTTCTCTTGTAT	120939

CT943657.7	1251	TCAAGGTCTCACACACTCTTAACGCAATGACAATAGCATTAGAGAGAGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120940	TCAAGGTCTCACACACTCTTAACGCAATGACAATAGCATTAGAGAGAGAG	120989

CT943657.7	1301	AGTTGAGGTAGCACCCATTGTAGAAAAGATGGTTGAATCTCAATTTAAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	120990	AGTTGAGGTAGCACCCATTGTAGAAAAGATGGTTGAATCTCAATTTAAGT	121039

CT943657.7	1351	GGTTTGAGCATGTGTGGAGGAGACCTATCGATTCCATAGGAAGGAGAGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121040	GGTTTGAGCATGTGTGGAGGAGACCTATCGATTCCATAGGAAGGAGAGTA	121089

CT943657.7	1401	GATCGAATGGAGGGGAGCCTATTTGTTAGATTTAGAGGAAGGCTAGAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121090	GATCGAATGGAGGGGAGCCTATTTGTTAGATTTAGAGGAAGGCTAGAAAA	121139

CT943657.7	1451	ACTATAGAAGAAACTGTTAAGAAAGATTTAGAGGTTAATGGTTTGGATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121140	ACTATAGAAGAAACTGTTAAGAAAGATTTAGAGGTTAATGGTTTGGATAT	121189

CT943657.7	1501	AGACATGGCTTATGATAAAACATTATAACACCGTTTGATCTATGTAGCCG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121190	AGACATGGCTTATGATAAAACATTATAACACCGTTTGATCTATGTAGCCG	121239

CT943657.7	1551	ATCCCGCCTAGTCGGATAAGGCTTGGTTGTTGTGTTTTTATTTTCAACTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121240	ATCCCGCCTAGTCGGATAAGGCTTGGTTGTTGTGTTTTTATTTTCAACTC	121289

CT943657.7	1601	CAGTAATTTATAAGTGGTTCCTTTCAAGGCAGAGAGTTGATATCTATATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121290	CAGTAATTTATAAGTGGTTCCTTTCAAGGCAGAGAGTTGATATCTATATT	121339

CT943657.7	1651	GCTGTTGAAATGGCGAAGTTTTTATCTCACCTAGGACCTACATTGATTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121340	GCTGTTGAAATGGCGAAGTTTTTATCTCACCTAGGACCTACATTGATTAT	121389

CT943657.7	1701	CATTGCTGTAAATTTTGGCATCATCAAGATCTTTGCATGTCTTATGTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121390	CATTGCTGTAAATTTTGGCATCATCAAGATCTTTGCATGTCTTATGTAAA	121439

CT943657.7	1751	TTATCTTGTTGAATTCTGGCGTGAGCTGAACCATGATGAAAAAAATTCTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121440	TTATCTTGTTGAATTCTGGCGTGAGCTGAACCATGATGAAAAAAATTCTA	121489

CT943657.7	1801	TTTAACTAATTTATATAACGTAATACTTCTCTAAATGTTATACCGCAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121490	TTTAACTAATTTATATAACGTAATACTTCTCTAAATGTTATACCGCAAAA	121539

CT943657.7	1851	TGCACGATTGTGCCTTCTCAAAGGCCTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121540	TGCACGATTGTGCCTTCTCAAAGGCCTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTATC	121589

CT943657.7	1901	ACACAGAAAATTAGTAAAAATTTCTAAAAAGGGTTTGTGGTATTTGATGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121590	ACACAGAAAATTAGTAAAAATTTCTAAAAAGGGTTTGTGGTATTTGATGA	121639

CT943657.7	1951	TTTCAACATTGCAGATACGACAGAATGATCGGCTAGCTGTTAGCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940310.6	121640	TTTCAACATTGCAGATACGACAGAATGATCGGCTAGCTGTTAGCAAGCTT	121689

Overview

Query
CT943657.7 - 39290 bps
Hit
CR940310.6 - 121689 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193020001200011196901216891
298.3630613013930199-194177942371
310031573015430210194177942331
410030623014130202-11026781027391
51003061301433020311026781027381
Short-link