<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT971488.3	1	TATTGTTGCACCGCCTTTGTAACAAAAAATTGTTACAATTCAAATTTACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112381	TATTGTTGCACCGCCTTTGTAACAAAAAATTGTTACAATTCAAATTTACT	112430

CT971488.3	51	GTTACAATAGGCCGCCTGAAGATGATTATGAGTACAAACTACAAAGATTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112431	GTTACAATAGGCCGCCTGAAGATGATTATGAGTACAAACTACAAAGATTC	112480

CT971488.3	101	GAGCAGTTCAAACCAATGTAGCCCCGGCCCCCAGTAATGAGTATGAATGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112481	GAGCAGTTCAAACCAATGTAGCCCCGGCCCCCAGTAATGAGTATGAATGT	112530

CT971488.3	151	AGGATAAAATTTGAAGCTTGGGAGTTGGTAAAGAGGATGGCAGTGAAATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112531	AGGATAAAATTTGAAGCTTGGGAGTTGGTAAAGAGGATGGCAGTGAAATC	112580

CT971488.3	201	ATGGGTATGAATGTAATAATGTGTTTGATAAAAATTCTATTTTGTTCTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112581	ATGGGTATGAATGTAATAATGTGTTTGATAAAAATTCTATTTTGTTCTTG	112630

CT971488.3	251	CAATGTAGAACAAAAGAAAAATAAATTTCTTCATTGCTCGCATTGTAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112631	CAATGTAGAACAAAAGAAAAATAAATTTCTTCATTGCTCGCATTGTAAAT	112680

CT971488.3	301	AAAAGTTCAAACAGTTGCCACTTTTTTTTCTATTGGACTCCATGTAAGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112681	AAAAGTTCAAACAGTTGCCACTTTTTTTTCTATTGGACTCCATGTAAGGG	112730

CT971488.3	351	AAGTGTTTCTCAATTAACAGGTTCCAAATAACTAATCTATATTTATGATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112731	AAGTGTTTCTCAATTAACAGGTTCCAAATAACTAATCTATATTTATGATA	112780

CT971488.3	401	AAACCTCTTAAGAAAAAGGAACTACTTATCCACACCCACCTGCTCATTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112781	AAACCTCTTAAGAAAAAGGAACTACTTATCCACACCCACCTGCTCATTGT	112830

CT971488.3	451	AAGATACAAACACGGGATTATAGACCACAAAACTGTTGTTCTGTTGGAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112831	AAGATACAAACACGGGATTATAGACCACAAAACTGTTGTTCTGTTGGAAC	112880

CT971488.3	501	ATGAGTGTCAATGTGGGAATCTTAGGCAGCTGTTGCGAACTGCTTCAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112881	ATGAGTGTCAATGTGGGAATCTTAGGCAGCTGTTGCGAACTGCTTCAAAA	112930

CT971488.3	551	ATACAAAAAATACAAAAAAAAAAATATCAGAAAGACAAGAAAATTTTAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112931	ATACAAAAAATACAAAAAAAAAAATATCAGAAAGACAAGAAAATTTTAGC	112980

CT971488.3	601	AAGTGTGGTGGGGGAGACAGACAGAGATCTATCGAGTAAATTCACCTGGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	112981	AAGTGTGGTGGGGGAGACAGACAGAGATCTATCGAGTAAATTCACCTGGG	113030

CT971488.3	651	TACATAACAATACTCCCAAGGAGATCCTTGAAAGGTAGATCTTGTAGCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113031	TACATAACAATACTCCCAAGGAGATCCTTGAAAGGTAGATCTTGTAGCAT	113080

CT971488.3	701	TTACTTGTTTGTCAAACTGTAATAAATAAATAAATCATATAAATAGCCAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113081	TTACTTGTTTGTCAAACTGTAATAAATAAATAAATCATATAAATAGCCAG	113130

CT971488.3	751	AGAAGAGATTTACAATCATGAATTCAAAAGACAAAAGTACCTCCTCAGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113131	AGAAGAGATTTACAATCATGAATTCAAAAGACAAAAGTACCTCCTCAGCT	113180

CT971488.3	801	ATTGCTCCATATGCATGACCAGGAAGAAACGTAAATGATGTTCCACTGTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113181	ATTGCTCCATATGCATGACCAGGAAGAAACGTAAATGATGTTCCACTGTC	113230

CT971488.3	851	AAACTGAGCATTAAAACTTGTTACTTTAGGACAAGAGTTCCCAATACAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113231	AAACTGAGCATTAAAACTTGTTACTTTAGGACAAGAGTTCCCAATACAAC	113280

CT971488.3	901	AGGTCTCCACTCCAACAATGTAGGTTGAACTGAGCAGAAAATTTATCATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113281	AGGTCTCCACTCCAACAATGTAGGTTGAACTGAGCAGAAAATTTATCATA	113330

CT971488.3	951	ATTAGCAAGTGACCATTTTCTAAATTATTGTAGTATAAGGTTGTAAAATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113331	ATTAGCAAGTGACCATTTTCTAAATTATTGTAGTATAAGGTTGTAAAATA	113380

CT971488.3	1001	ATTAAATGTAGATGATTTCATACAACATTCCATCCACGAGCAAGAATGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113381	ATTAAATGTAGATGATTTCATACAACATTCCATCCACGAGCAAGAATGGA	113430

CT971488.3	1051	GTAGACTGTTGCACGGTTGATCCCTGGTCACCAAAAAATAATCTACCAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113431	GTAGACTGTTGCACGGTTGATCCCTGGTCACCAAAAAATAATCTACCAGA	113480

CT971488.3	1101	ATCATCTTCATTAAAGCACAACGAAAAAGAATCACGAATTAATCCTGATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113481	ATCATCTTCATTAAAGCACAACGAAAAAGAATCACGAATTAATCCTGATT	113530

CT971488.3	1151	TAGCAAGAAAACTTGGAACTGAACTCTCCCCAGGTCCTAAACCAATGAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113531	TAGCAAGAAAACTTGGAACTGAACTCTCCCCAGGTCCTAAACCAATGAGA	113580

CT971488.3	1201	CCATCCGGAGCAGTGCCATCCAAATAACCGCCACTTTGCTTCATACCACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113581	CCATCCGGAGCAGTGCCATCCAAATAACCGCCACTTTGCTTCATACCACA	113630

CT971488.3	1251	CCTGCATTCAACAAAATTGATGTCAGTTAAAGGACTGGGAGATACATTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113631	CCTGCATTCAACAAAATTGATGTCAGTTAAAGGACTGGGAGATACATTTT	113680

CT971488.3	1301	CAAGAGTAACATCATCATCAGGCAAAGGGACGTCCACATACCCGACAACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113681	CAAGAGTAACATCATCATCAGGCAAAGGGACGTCCACATACCCGACAACA	113730

CT971488.3	1351	ACTGGAGCCTGAACAGAAGAGTTAGATGTGCTGCCATCGCCGGATTGAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113731	ACTGGAGCCTGAACAGAAGAGTTAGATGTGCTGCCATCGCCGGATTGAAG	113780

CT971488.3	1401	ATGAAATATATCCTCAACTAACAATCCAGAACTTGATGTATTATCTGATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113781	ATGAAATATATCCTCAACTAACAATCCAGAACTTGATGTATTATCTGATA	113830

CT971488.3	1451	AGTAATTAATCGTGTACGGACACTGCTGTTGCTTCGAGGTTTTACAATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113831	AGTAATTAATCGTGTACGGACACTGCTGTTGCTTCGAGGTTTTACAATTT	113880

CT971488.3	1501	GAACCCATATCACACAACCGGTGGCTGCATGATAGATGCTTGCTGGATAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113881	GAACCCATATCACACAACCGGTGGCTGCATGATAGATGCTTGCTGGATAA	113930

CT971488.3	1551	CGAACGAGAGGGACTATACTCATTCAGATCTCTATCCTGCATAATAAATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113931	CGAACGAGAGGGACTATACTCATTCAGATCTCTATCCTGCATAATAAATG	113980

CT971488.3	1601	CCCCATATGTGAAGGAGCACCTGCCAATCAATTACTGGAAATAAGTGCTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	113981	CCCCATATGTGAAGGAGCACCTGCCAATCAATTACTGGAAATAAGTGCTA	114030

CT971488.3	1651	AACCAGTTACCAACTCTTACCTTAGAATCTAAAACTTCATTCAAACCTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	114031	AACCAGTTACCAACTCTTACCTTAGAATCTAAAACTTCATTCAAACCTAT	114080

CT971488.3	1701	GCAAGTATTTTCCTTAACCGTGTCACGAGTGTTTATGCGAGTAGATAAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	114081	GCAAGTATTTTCCTTAACCGTGTCACGAGTGTTTATGCGAGTAGATAAGT	114130

CT971488.3	1751	TCAAATAAGTTAATGGAAACAAACCCTAAAGTTTAGGAGTTAATGCACAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	114131	TCAAATAAGTTAATGGAAACAAACCCTAAAGTTTAGGAGTTAATGCACAT	114180

CT971488.3	1801	ACCAAATTGGAATAGAAACTGGCAGACAAAGGAGCACAGTGTATACAATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	114181	ACCAAATTGGAATAGAAACTGGCAGACAAAGGAGCACAGTGTATACAATC	114230

CT971488.3	1851	ACAAGGAACCCAAAGAAGATCACTCCCAGCATCCAACGCAACAAGAAACG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	114231	ACAAGGAACCCAAAGAAGATCACTCCCAGCATCCAACGCAACAAGAAACG	114280

CT971488.3	1901	AAGTACTCGGTGTTCCTATATCAATCCACGTGTAATGTAACCAGCCAAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	114281	AAGTACTCGGTGTTCCTATATCAATCCACGTGTAATGTAACCAGCCAAAG	114330

CT971488.3	1951	TCATTTCCAAACGACATCGTTTTGCTACCTTGAGAAGGAAACAGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR940309.6	114331	TCATTTCCAAACGACATCGTTTTGCTACCTTGAGAAGGAAACAGAAGCTT	114380

Overview

Query
CT971488.3 - 75866 bps
Hit
CR940309.6 - 114380 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194020001200011123811143801
292.86113182310703125116540765585-1
Short-link