<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1794 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT030192.6	112216	AAGCTTTGAAAAATTGTAGGGTTCTTTTGGATCTTGCTATTGATCATTTG	112167
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	119701	AAGCTTTGAAAAATTGTAGGGTTCTTTTGGATCTTGCTATTGATCATTTG	119750

C  CT030192.6	112166	AATAACACATTGACTGCTTCAAGGGAAAATTCTTCACTTCATCAAGTTTT	112117
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	119751	AATAACACATTGACTGCTTCAAGGGAAAATTCTTCACTTCATCAAGTTTT	119800

C  CT030192.6	112116	TGATGATCTTCAAACATGGTTAAGTGCTGCAGGTAATTTGAACAAATAAC	112067
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	119801	TGATGATCTTCAAACATGGTTAAGTGCTGCAGGTAATTTGAACAAATAAC	119850

C  CT030192.6	112066	AAATTGTTAAAATATTTTTCTTTCTAATATTAATTTGGTTCAAAATGAGT	112017
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	119851	AAATTGTTAAAATATTTTTCTTTCTAATATTAATTTGGTTCAAAATGAGT	119900

C  CT030192.6	112016	TTTTAGTTCTTTTAATATATTTTTGTTTTGTTTTTTGTCCTTATATTAGT	111967
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	119901	TTTTAGTTCTTTTAATATATTTTTGTTTTGTTTTTTGTCCTTATATTAGT	119950

C  CT030192.6	111966	GATTTAAGCCTACTGTTTTGTTATTTTTACTTGTTTTGATGGGTGTAATT	111917
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	119951	GATTTAAGCCTACTGTTTTGTTATTTTTACTTGTTTTGATGGGTGTAATT	120000

C  CT030192.6	111916	TTTTTTATTGGAGGAACATGGAAATGGATAAATAAAAATGCCACAAATGG	111867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120001	TTTTTTATTGGAGGAACATGGAAATGGATAAATAAAAATGCCACAAATGG	120050

C  CT030192.6	111866	TTTCAAATCTTGTATAGTTGCCAAACTCACAAATTTTACCAGTTTCGTTT	111817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120051	TTTCAAATCTTGTATAGTTGCCAAACTCACAAATTTTACCAGTTTCGTTT	120100

C  CT030192.6	111816	TCAAAATTATTTTACAAAAATGAATTAATTTTTTTTAAGGTAATACTATA	111767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120101	TCAAAATTATTTTACAAAAATGAATTAATTTTTTTTAAGGTAATACTATA	120150

C  CT030192.6	111766	AAATATATTGATTATTTATATGTATTAAAATTTATCATTTTTATAAAAGA	111717
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120151	AAATATATTGATTATTTATATGTATTAAAATTTATCATTTTTATAAAAGA	120200

C  CT030192.6	111716	AACAGGAAAAACAATAATATGAATCAAGTAATTGGTTAAGTGGTCAATGA	111667
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120201	AACAGGAAAAACAATAATATGAATCAAGTAATTGGTTAAGTGGTCAATGA	120250

C  CT030192.6	111666	GCACCACCCAAAAGACGATTTATTCATAAAAAAATGAGTTTGATTAATTC	111617
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120251	GCACCACCCAAAAGACGATTTATTCATAAAAAAATGAGTTTGATTAATTC	120300

C  CT030192.6	111616	TTGAGTGGAATAATTTTTTGTCAAAATAATATGAAATAGAGAAATGTCAG	111567
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120301	TTGAGTGGAATAATTTTTTGTCAAAATAATATGAAATAGAGAAATGTCAG	120350

C  CT030192.6	111566	ACACCATTCTACTTTATTGTATATAATGTTTTTTAGTTTAATTAAGTTGT	111517
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120351	ACACCATTCTACTTTATTGTATATAATGTTTTTTAGTTTAATTAAGTTGT	120400

C  CT030192.6	111516	TTCAATTTCACAATTTCTATATGATATGAACTTATCTATATTTTAGATTT	111467
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120401	TTCAATTTCACAATTTCTATATGATATGAACTTATCTATATTTTAGATTT	120450

C  CT030192.6	111466	AACATCCATGTCATATGTTTTAAAATTTAAATTCTTTCAAAAAAAAAGTG	111417
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120451	AACATCCATGTCATATGTTTTAAAATTTAAATTCTTTCAAAAAAAAAGTG	120500

C  CT030192.6	111416	TTCTAAAATTATTAAGAACAAATTTATTTAGAAAAACGTCTATTCAAAAT	111367
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120501	TTCTAAAATTATTAAGAACAAATTTATTTAGAAAAACGTCTATTCAAAAT	120550

C  CT030192.6	111366	TGATAATTATTTTCAAATCATGATATTATGTTATATATAACACTTTTTCC	111317
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120551	TGATAATTATTTTCAAATCATGATATTATGTTATATATAACACTTTTTCC	120600

C  CT030192.6	111316	ATTGAAATTGAATAAATAACAATATAACTAATTGAGCAATGTTGTTTTGT	111267
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120601	ATTGAAATTGAATAAATAACAATATAACTAATTGAGCAATGTTGTTTTGT	120650

C  CT030192.6	111266	CCATGTGAAAAAGATAAAAACTTACGAGCACCACGAAATTATTTAAAATA	111217
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120651	CCATGTGAAAAAGATAAAAACTTACGAGCACCACGAAATTATTTAAAATA	120700

C  CT030192.6	111216	AAAATACTTTACGTTTGTTTTTATTTTTTTACTTTAAGAAAAAACATACA	111167
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120701	AAAATACTTTACGTTTGTTTTTATTTTTTTACTTTAAGAAAAAACATACA	120750

C  CT030192.6	111166	TAAATCATTTAAAATGGGAGTTATATTGATGTGCACGAGGCAATGTAAAT	111117
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120751	TAAATCATTTAAAATGGGAGTTATATTGATGTGCACGAGGCAATGTAAAT	120800

C  CT030192.6	111116	CATCAATTTGTTATGTCATACAACTTATGCTTGATCCAACTCCGATGATA	111067
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120801	CATCAATTTGTTATGTCATACAACTTATGCTTGATCCAACTCCGATGATA	120850

C  CT030192.6	111066	TGTTAATAAGTCGTTTTTAACCATTATTATAATTAGCTCTCTAGTATAGC	111017
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120851	TGTTAATAAGTCGTTTTTAACCATTATTATAATTAGCTCTCTAGTATAGC	120900

C  CT030192.6	111016	TTATGAAAACAATTTATTTTATATATGATTATAGTCCGACTTTATTTTAT	110967
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120901	TTATGAAAACAATTTATTTTATATATGATTATAGTCCGACTTTATTTTAT	120950

C  CT030192.6	110966	CTTTCGTTGTAGAATTATTTACAGTAAGCACTTAATTAAGTTGTTTATCA	110917
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	120951	CTTTCGTTGTAGAATTATTTACAGTAAGCACTTAATTAAGTTGTTTATCA	121000

C  CT030192.6	110916	CACTGCTTACAACAACATATATAACTCCATTAATAGGTACGTACCAACAA	110867
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121001	CACTGCTTACAACAACATATATAACTCCATTAATAGGTACGTACCAACAA	121050

C  CT030192.6	110866	ACTTGCATTGAAGGCTTTGAGGATACAAAAGAACAACTCAAGACAAGTGT	110817
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121051	ACTTGCATTGAAGGCTTTGAGGATACAAAAGAACAACTCAAGACAAGTGT	121100

C  CT030192.6	110816	AACAAGCTACCTCAAAAACTCTACAGAGTACACAAGCAATAGTCTTGCCA	110767
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121101	AACAAGCTACCTCAAAAACTCTACAGAGTACACAAGCAATAGTCTTGCCA	121150

C  CT030192.6	110766	TCATAACATATATTAACAAGGCTATAAACACTCTCAATTTGAGGCGTTTA	110717
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121151	TCATAACATATATTAACAAGGCTATAAACACTCTCAATTTGAGGCGTTTA	121200

C  CT030192.6	110716	ATGAGTTTACCTTATGAAAATGAAACACCAAAATGGTTTCATTCAAAAGA	110667
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121201	ATGAGTTTACCTTATGAAAATGAAACACCAAAATGGTTTCATTCAAAAGA	121250

C  CT030192.6	110666	TAGGAAGCTACTTAGTACAAAGGATTTAAGATCAAAAGCTGATATTGTTG	110617
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121251	TAGGAAGCTACTTAGTACAAAGGATTTAAGATCAAAAGCTGATATTGTTG	121300

C  CT030192.6	110616	TTGCTAAAGATGGTAGTGGAAAATATAAAACTATATCTGATGCACTTAAA	110567
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121301	TTGCTAAAGATGGTAGTGGAAAATATAAAACTATATCTGATGCACTTAAA	121350

C  CT030192.6	110566	CATGTTCCTAATAAGAGTAAAAAGAGGACTTTGATCTATGTGAAGAAAGG	110517
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121351	CATGTTCCTAATAAGAGTAAAAAGAGGACTTTGATCTATGTGAAGAAAGG	121400

C  CT030192.6	110516	GATTTACTATGAAAATGTGAGAGTTGAAAAGACTAAATGGAATGTGATGA	110467
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121401	GATTTACTATGAAAATGTGAGAGTTGAAAAGACTAAATGGAATGTGATGA	121450

C  CT030192.6	110466	TTATTGGTGATGGTATGACTTCTTCAATTGTATCTGGCAAGCTT	110423
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR940308.12	121451	TTATTGGTGATGGTATGACTTCTTCAATTGTATCTGGCAAGCTT	121494

Overview

Query
CT030192.6 - 112216 bps
Hit
CR940308.12 - 121494 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1794 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110016321794110423112216-11197011214941
289.06821308893389062-135390355171
378.4735112772140522681141688429601
484.634468863149632381141710426071
579.96361116660557220141774429661
686.671061963252932724142707429011
791.361051613275632916142988431491
891.391812803377334052151182514601
990691163408934204151461515801
1085.712695693420134769152434530001
1180.1341012552139722651156491577231
1280.49425133060557384156582579191
1385.733286263175632381156760573971
14851262723245032721157430576891
1594.6271933370233794158678587701
1686.633617363420134936159927606591
1790.961061663275632921-165363655281
1886.6132263767487384-165438660791
1980.511364343422534658-167226676511
2082.8924660366727274-169918705251
2184.2919640160566456-170777711771
2293.4446612184021900-170778708381
Short-link