<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936848.6	1	GAATTCAAGACAGTGGTGTCCTGTAGACCTAAGAGAGAAAATGTCCTGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131280	GAATTCAAGACAGTGGTGTCCTGTAGACCTAAGAGAGAAAATGTCCTGTG	131329

CR936848.6	51	GATACTTGCCAAGAAGAGGTGGTTCGTATTATGGTAACATACTTCTTTGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131330	GATACTTGCCAAGAAGAGGTGGTTCGTATTATGGTAACATACTTCTTTGG	131379

CR936848.6	101	AAGAGGAGAGGAGGTTCCAAGATGTAGGATGTGTCTTTGAAACAAATAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131380	AAGAGGAGAGGAGGTTCCAAGATGTAGGATGTGTCTTTGAAACAAATAAA	131429

CR936848.6	151	GGTCGTGCAACCTCTAGCAGACACAGTTTATTGTGGTGTGTTATGTAGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131430	GGTCGTGCAACCTCTAGCAGACACAGTTTATTGTGGTGTGTTATGTAGCA	131479

CR936848.6	201	CAGTTCCCATCTCAGTAAGTGCTAGTGTGTAGATCTGCGCCATTTCTTAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131480	CAGTTCCCATCTCAGTAAGTGCTAGTGTGTAGATCTGCGCCATTTCTTAG	131529

CR936848.6	251	TAGTTCATCATCTCACTAATCTCACCATCCAGATTACATTATGTTCTGCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131530	TAGTTCATCATCTCACTAATCTCACCATCCAGATTACATTATGTTCTGCA	131579

CR936848.6	301	TATGAATCACCTTATAGCTTGGAATAGATTTTCTATCAGAAAGGATTCTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131580	TATGAATCACCTTATAGCTTGGAATAGATTTTCTATCAGAAAGGATTCTA	131629

CR936848.6	351	AGCACACGAAGACTCTACAAGCTTATTTTAAATTAGCTGGTGTCTCATAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131630	AGCACACGAAGACTCTACAAGCTTATTTTAAATTAGCTGGTGTCTCATAG	131679

CR936848.6	401	AGAAAGCTGAATTTGGTGCTTGGAACCAGAACTCCTTCCCTTGGGTTTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131680	AGAAAGCTGAATTTGGTGCTTGGAACCAGAACTCCTTCCCTTGGGTTTCA	131729

CR936848.6	451	ATAGCTTGGTTAATCAAAGCCTTTGTTTTTCTTAGCCATTAAGTCCCAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131730	ATAGCTTGGTTAATCAAAGCCTTTGTTTTTCTTAGCCATTAAGTCCCAAC	131779

CR936848.6	501	CCTAAATGACTTTCTGATTCCAGATTACAAGGCATTAATTTTGTTCTGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131780	CCTAAATGACTTTCTGATTCCAGATTACAAGGCATTAATTTTGTTCTGAT	131829

CR936848.6	551	TTTCATGTATGCCAGACAAGCTATGTCCAAATGTTGTTCGTAAGCCATCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131830	TTTCATGTATGCCAGACAAGCTATGTCCAAATGTTGTTCGTAAGCCATCT	131879

CR936848.6	601	CCAGTGCCTGTTTCCTTGGTAATTGGAATGACTGGCCCACACTCATTATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131880	CCAGTGCCTGTTTCCTTGGTAATTGGAATGACTGGCCCACACTCATTATT	131929

CR936848.6	651	TCTCAGGGTTGGATTGTTGACACCACTGTGTCGGCTGAGATAAGGGAAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131930	TCTCAGGGTTGGATTGTTGACACCACTGTGTCGGCTGAGATAAGGGAAGC	131979

CR936848.6	701	TTAGAGATTTCTTTTGTTTAGAGTCATCTTATTTGCTTGTTGTACCTGAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	131980	TTAGAGATTTCTTTTGTTTAGAGTCATCTTATTTGCTTGTTGTACCTGAA	132029

CR936848.6	751	GGTCAATGACTGCTAAAGCAGGGGTGGATTAGACTAAAATACAGAGAGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132030	GGTCAATGACTGCTAAAGCAGGGGTGGATTAGACTAAAATACAGAGAGCA	132079

CR936848.6	801	TAAAGCCGTGAATTGGAAACAATCCACACTGGCACTCGTAATTCTACTCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132080	TAAAGCCGTGAATTGGAAACAATCCACACTGGCACTCGTAATTCTACTCG	132129

CR936848.6	851	GAAGCCTGTTAGGAAGATTTGCCACCTAAGACTGTAAAAATGTAACTCAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132130	GAAGCCTGTTAGGAAGATTTGCCACCTAAGACTGTAAAAATGTAACTCAA	132179

CR936848.6	901	ATGAGTTCTATGCTTAGCCAGGTATTAAAGACCATCTGCAGTTTACTAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132180	ATGAGTTCTATGCTTAGCCAGGTATTAAAGACCATCTGCAGTTTACTAAA	132229

CR936848.6	951	TTGCCTGACCCTGGTTCTTAGAAAAGTCCCTTTTTTTCCTTCTGTAAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132230	TTGCCTGACCCTGGTTCTTAGAAAAGTCCCTTTTTTTCCTTCTGTAAAAA	132279

CR936848.6	1001	TATTAAATGATCAACAAAATTTTTTCTGTTCAATAATCCAATAGTTTATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132280	TATTAAATGATCAACAAAATTTTTTCTGTTCAATAATCCAATAGTTTATA	132329

CR936848.6	1051	GCCAACTTCACATTAATCTTACTAATGATTTATAATTTATAAAATTCACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132330	GCCAACTTCACATTAATCTTACTAATGATTTATAATTTATAAAATTCACA	132379

CR936848.6	1101	TTCTCTCTCATAAAGTTAAATTGAAATTCGAAGCTATTGAACTGTACAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132380	TTCTCTCTCATAAAGTTAAATTGAAATTCGAAGCTATTGAACTGTACAAT	132429

CR936848.6	1151	TTGTTTCAGATTTATATTTATATTTTCAAAGAAAATAGCACATTTTAATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132430	TTGTTTCAGATTTATATTTATATTTTCAAAGAAAATAGCACATTTTAATT	132479

CR936848.6	1201	AAAGTGTCAAAGCTAAAGGAACAACTTCTTGGTATCACGGGTATCAGTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132480	AAAGTGTCAAAGCTAAAGGAACAACTTCTTGGTATCACGGGTATCAGTGA	132529

CR936848.6	1251	TGCCATATGCAAATGGAGTTTTCCTTAACCTTTTTATCTCATCATCAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132530	TGCCATATGCAAATGGAGTTTTCCTTAACCTTTTTATCTCATCATCAAAA	132579

CR936848.6	1301	AATAAAATGATCTTATTTTTTACTAAGCATAATTAAACTTCTGAGCTACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132580	AATAAAATGATCTTATTTTTTACTAAGCATAATTAAACTTCTGAGCTACT	132629

CR936848.6	1351	CTTAGGAATCATATAAAAAATCGGCATATTACAAATGCCATAATCTCATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132630	CTTAGGAATCATATAAAAAATCGGCATATTACAAATGCCATAATCTCATA	132679

CR936848.6	1401	TAGGTAGCCATATCCAAGATACAGTGTTCTATTTGGTGTTTTGTTTCATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132680	TAGGTAGCCATATCCAAGATACAGTGTTCTATTTGGTGTTTTGTTTCATT	132729

CR936848.6	1451	TTCTTTTCCCCTCTTGTTGTTAGATTCCACACACCTTCTTTTCATCAAGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132730	TTCTTTTCCCCTCTTGTTGTTAGATTCCACACACCTTCTTTTCATCAAGC	132779

CR936848.6	1501	ACTCCCGTTCTAGTTCTCTGAGTCCAAGGAAGATCTGTGAGCTGTGTGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132780	ACTCCCGTTCTAGTTCTCTGAGTCCAAGGAAGATCTGTGAGCTGTGTGAA	132829

CR936848.6	1551	ATGTTTTATGGCTCTCATTTTCCAAATGTGGGAATTGACAAAAAGAATCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132830	ATGTTTTATGGCTCTCATTTTCCAAATGTGGGAATTGACAAAAAGAATCT	132879

CR936848.6	1601	TCATTTGCTTTATCCAGTGATTTAGATAAACCATATTGCTTTCAGTTTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132880	TCATTTGCTTTATCCAGTGATTTAGATAAACCATATTGCTTTCAGTTTAT	132929

CR936848.6	1651	TAATGTGACAGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTATTAAAATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132930	TAATGTGACAGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTATTAAAATGT	132979

CR936848.6	1701	ATGCGCTCTTTGCACAGACACAAATATGTAGAGACCAGAGCAAGGTATCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	132980	ATGCGCTCTTTGCACAGACACAAATATGTAGAGACCAGAGCAAGGTATCA	133029

CR936848.6	1751	GATAATATTGTCTCCCCTTTTCTCTATCCCATGTCCTCACAGACCCTGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	133030	GATAATATTGTCTCCCCTTTTCTCTATCCCATGTCCTCACAGACCCTGGA	133079

CR936848.6	1801	GCTAGGCTAGTGGCCAGCTGTCTCCTCCAATCAATAGTTGTGGGGTTATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	133080	GCTAGGCTAGTGGCCAGCTGTCTCCTCCAATCAATAGTTGTGGGGTTATA	133129

CR936848.6	1851	GACACATATGTGGCTATAACTGATTCCTACATGGGTGGCTGCATGTGAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	133130	GACACATATGTGGCTATAACTGATTCCTACATGGGTGGCTGCATGTGAAC	133179

CR936848.6	1901	TCATGTCTTCTCTCATGCTCTGTAACAAGCACTCCTATCTGCTGAGCCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	133180	TCATGTCTTCTCTCATGCTCTGTAACAAGCACTCCTATCTGCTGAGCCAT	133229

CR936848.6	1951	CTCCCCAGTCCAGGACTGGGATTTTCACTTAGCCACCTTTGTGTCTCAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR938729.13	133230	CTCCCCAGTCCAGGACTGGGATTTTCACTTAGCCACCTTTGTGTCTCAAC	133279

Overview

Query
CR936848.6 - 144824 bps
Hit
CR938729.13 - 133279 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link