<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CR933542.3 1 GAATTCACAGAAGCTGTGTCTTCTGGCCCTCCGCCCATACAGGTCATGGC 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 38914 GAATTCACAGAAGCTGTGTCTTCTGGCCCTCCGCCCATACAGGTCATGGC 38963 CR933542.3 51 CTCCTAACCCGAAGCTCTGGTGGGGGAGGGGATCACAGGGCCCTAACTCA 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 38964 CTCCTAACCCGAAGCTCTGGTGGGGGAGGGGATCACAGGGCCCTAACTCA 39013 CR933542.3 101 CAGCCGATCTATCGTCAACTAACTAACAGACAGTGGGAGACAGAAAGCAT 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39014 CAGCCGATCTATCGTCAACTAACTAACAGACAGTGGGAGACAGAAAGCAT 39063 CR933542.3 151 AGCTTATGGCTAGATGACCACTTGGAAGCCCAGCGCTCTTGGTGGCTAGT 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39064 AGCTTATGGCTAGATGACCACTTGGAAGCCCAGCGCTCTTGGTGGCTAGT 39113 CR933542.3 201 TCTGAATTTAGGGTCATACAGAGAGATTCAGTTAAACTTTGTGGGACACT 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39114 TCTGAATTTAGGGTCATACAGAGAGATTCAGTTAAACTTTGTGGGACACT 39163 CR933542.3 251 AAGCAGGACAAAAGTTAGTAAATACTGGTACTAGATCTGTAAGAAAGAAG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39164 AAGCAGGACAAAAGTTAGTAAATACTGGTACTAGATCTGTAAGAAAGAAG 39213 CR933542.3 301 GGGGGCTGTCAAGGATGTTGAGGAAATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39214 GGGGGCTGTCAAGGATGTTGAGGAAATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 39263 CR933542.3 351 TGTGTGTGTATGCATGCATGTGCATGCATGCACATAACCAGAATGCGTTA 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39264 TGTGTGTGTATGCATGCATGTGCATGCATGCACATAACCAGAATGCGTTA 39313 CR933542.3 401 TATACATGTATGAGATTGGTAAGGAACAAAATTCATTAAAAAATTAGAAA 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39314 TATACATGTATGAGATTGGTAAGGAACAAAATTCATTAAAAAATTAGAAA 39363 CR933542.3 451 AGTAGTAAAAGTAGAATATTCTCAAAATAAGAAAGAGTAATGCTACAGCT 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39364 AGTAGTAAAAGTAGAATATTCTCAAAATAAGAAAGAGTAATGCTACAGCT 39413 CR933542.3 501 CACTTTAAGAAGTGGAAATTTCAGATGGCTGGTTGCCTAAGCCTTCAATC 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39414 CACTTTAAGAAGTGGAAATTTCAGATGGCTGGTTGCCTAAGCCTTCAATC 39463 CR933542.3 551 CCAACACTTGGGTAGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCAG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39464 CCAACACTTGGGTAGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCAG 39513 CR933542.3 601 CCTGGTCTACAGAGTGAGTTTCAGGACTGCCAAGGCTACATGGAGAAACC 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39514 CCTGGTCTACAGAGTGAGTTTCAGGACTGCCAAGGCTACATGGAGAAACC 39563 CR933542.3 651 CAAACAAACAAACAAACAAACAAACCAAAACAAGTAGAGAGTTTACTTTT 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39564 CAAACAAACAAACAAACAAACAAACCAAAACAAGTAGAGAGTTTACTTTT 39613 CR933542.3 701 AGAAATTCACACACACTTGTAAGAAGTTAGTGATCCTGTGCAATCTTTAC 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39614 AGAAATTCACACACACTTGTAAGAAGTTAGTGATCCTGTGCAATCTTTAC 39663 CR933542.3 751 TCTGTTTCCTAGAGACATCAACATTGACACAGTCACAACACAGAGCTTGT 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39664 TCTGTTTCCTAGAGACATCAACATTGACACAGTCACAACACAGAGCTTGT 39713 CR933542.3 801 CTTTGCCACCAGGACCTTTCCCGTTGGCTTTTCCTACCCACACCTCATCT 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39714 CTTTGCCACCAGGACCTTTCCCGTTGGCTTTTCCTACCCACACCTCATCT 39763 CR933542.3 851 CCCCCTGGCTCCACACCCCTACCTGGTTCCTCGCTCCTGATGATTAACCA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39764 CCCCCTGGCTCCACACCCCTACCTGGTTCCTCGCTCCTGATGATTAACCA 39813 CR933542.3 901 CATAAGTGAATATACAAGACCCTTTTGTACTGACTTAGTTTCCCCCCATA 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39814 CATAAGTGAATATACAAGACCCTTTTGTACTGACTTAGTTTCCCCCCATA 39863 CR933542.3 951 TAACTCCTTGACTTGTTTGAGTTGTTGCATGCGTCTGTGGTCATTTTCAT 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39864 TAACTCCTTGACTTGTTTGAGTTGTTGCATGCGTCTGTGGTCATTTTCAT 39913 CR933542.3 1001 TGCTGAGTCTCATTCAATATTCTAGTGTTTATTTAATCATTCTCTTACTG 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39914 TGCTGAGTCTCATTCAATATTCTAGTGTTTATTTAATCATTCTCTTACTG 39963 CR933542.3 1051 AAAGACATGGGGATTGTTTTTGCATTTTGATGGTTGCAAATAAATCCATT 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 39964 AAAGACATGGGGATTGTTTTTGCATTTTGATGGTTGCAAATAAATCCATT 40013 CR933542.3 1101 ACACACATTTTAAAAGAAATGCAGAGCTAGAGCAATGACTCATTGGTTAA 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40014 ACACACATTTTAAAAGAAATGCAGAGCTAGAGCAATGACTCATTGGTTAA 40063 CR933542.3 1151 GAGCACTGGTTGTTCTCGCAGAGGATCAGGAATTGATTCCCTACACCCAC 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40064 GAGCACTGGTTGTTCTCGCAGAGGATCAGGAATTGATTCCCTACACCCAC 40113 CR933542.3 1201 ATCCCTCACAACCAGCTGTAACTCCAGTTCCAGAAGATCTGCTGCCACCT 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40114 ATCCCTCACAACCAGCTGTAACTCCAGTTCCAGAAGATCTGCTGCCACCT 40163 CR933542.3 1251 CCTGGCCTCAACAGGCACTGCATGCACATGATGCATAGACCCACATGCAG 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40164 CCTGGCCTCAACAGGCACTGCATGCACATGATGCATAGACCCACATGCAG 40213 CR933542.3 1301 GCCAAAGTTTTTAAACCTTAAAAAAAAAAATTACATTTGCCTGGTGTGTG 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40214 GCCAAAGTTTTTAAACCTTAAAAAAAAAAATTACATTTGCCTGGTGTGTG 40263 CR933542.3 1351 TGCATGTGGGTACCTATATGTTGTGGTGCACATGTGGAGATCAGACGAGA 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40264 TGCATGTGGGTACCTATATGTTGTGGTGCACATGTGGAGATCAGACGAGA 40313 CR933542.3 1401 ACTGCAGGAACCACGTCTCTTTTTGTGACATGTGGTTTCTGGGGATTGAA 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40314 ACTGCAGGAACCACGTCTCTTTTTGTGACATGTGGTTTCTGGGGATTGAA 40363 CR933542.3 1451 CTCAAGTCATTAGGCTAAGCAGCAAGTGCCTTTTCCTGCGGGGCTATCTC 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40364 CTCAAGTCATTAGGCTAAGCAGCAAGTGCCTTTTCCTGCGGGGCTATCTC 40413 CR933542.3 1501 ATTGGCTGTGTTATAAATGTTCTTGTGCAAGGTCCTGCACAAATATACAT 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40414 ATTGGCTGTGTTATAAATGTTCTTGTGCAAGGTCCTGCACAAATATACAT 40463 CR933542.3 1551 TTTGTGTTTCTTTGTGATAAATACACCATTATTGTGGGGTGTGGATGAAG 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40464 TTTGTGTTTCTTTGTGATAAATACACCATTATTGTGGGGTGTGGATGAAG 40513 CR933542.3 1601 TCCTGTGTAAACGTGCGTTGTCATCATGGGCATCTCAGTGCTTCAGAGCC 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40514 TCCTGTGTAAACGTGCGTTGTCATCATGGGCATCTCAGTGCTTCAGAGCC 40563 CR933542.3 1651 ATGGGATGGGCAAAGCCTTCCCTTGGTCCTTGTGGGATGGTTGGCAATGT 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40564 ATGGGATGGGCAAAGCCTTCCCTTGGTCCTTGTGGGATGGTTGGCAATGT 40613 CR933542.3 1701 GAGCAGAACATGTGGACCACAGCATCCCCCCCCTGGATGTTTACAGCCTG 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40614 GAGCAGAACATGTGGACCACAGCATCCCCCCCCTGGATGTTTACAGCCTG 40663 CR933542.3 1751 GGATTACTCCCTATAGTCTCTGCCTACTGAGGGGAGCTAACCATGTTGTC 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40664 GGATTACTCCCTATAGTCTCTGCCTACTGAGGGGAGCTAACCATGTTGTC 40713 CR933542.3 1801 CTCTTCAGCTGTATACAATAAACCTGCATCCTCAATTCAGATAGATAAAG 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40714 CTCTTCAGCTGTATACAATAAACCTGCATCCTCAATTCAGATAGATAAAG 40763 CR933542.3 1851 AAAACACCAACTTCCTGGTTTGCTAGTGTGTCTCCATTAGAGTGCACAGC 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40764 AAAACACCAACTTCCTGGTTTGCTAGTGTGTCTCCATTAGAGTGCACAGC 40813 CR933542.3 1901 CCATCAAAATCCCAGCTTTTCTGCACGTGTATCTGTGTGTCTGTCCTTTC 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40814 CCATCAAAATCCCAGCTTTTCTGCACGTGTATCTGTGTGTCTGTCCTTTC 40863 CR933542.3 1951 TTCAAGCCCTCCATTGCCCAGGTCAGGTCAGATACAAAACCCTGCATGTC 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR936925.7 40864 TTCAAGCCCTCCATTGCCCAGGTCAGGTCAGATACAAAACCCTGCATGTC 40913