<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR933542.3	1	GAATTCACAGAAGCTGTGTCTTCTGGCCCTCCGCCCATACAGGTCATGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	38914	GAATTCACAGAAGCTGTGTCTTCTGGCCCTCCGCCCATACAGGTCATGGC	38963

CR933542.3	51	CTCCTAACCCGAAGCTCTGGTGGGGGAGGGGATCACAGGGCCCTAACTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	38964	CTCCTAACCCGAAGCTCTGGTGGGGGAGGGGATCACAGGGCCCTAACTCA	39013

CR933542.3	101	CAGCCGATCTATCGTCAACTAACTAACAGACAGTGGGAGACAGAAAGCAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39014	CAGCCGATCTATCGTCAACTAACTAACAGACAGTGGGAGACAGAAAGCAT	39063

CR933542.3	151	AGCTTATGGCTAGATGACCACTTGGAAGCCCAGCGCTCTTGGTGGCTAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39064	AGCTTATGGCTAGATGACCACTTGGAAGCCCAGCGCTCTTGGTGGCTAGT	39113

CR933542.3	201	TCTGAATTTAGGGTCATACAGAGAGATTCAGTTAAACTTTGTGGGACACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39114	TCTGAATTTAGGGTCATACAGAGAGATTCAGTTAAACTTTGTGGGACACT	39163

CR933542.3	251	AAGCAGGACAAAAGTTAGTAAATACTGGTACTAGATCTGTAAGAAAGAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39164	AAGCAGGACAAAAGTTAGTAAATACTGGTACTAGATCTGTAAGAAAGAAG	39213

CR933542.3	301	GGGGGCTGTCAAGGATGTTGAGGAAATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39214	GGGGGCTGTCAAGGATGTTGAGGAAATAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	39263

CR933542.3	351	TGTGTGTGTATGCATGCATGTGCATGCATGCACATAACCAGAATGCGTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39264	TGTGTGTGTATGCATGCATGTGCATGCATGCACATAACCAGAATGCGTTA	39313

CR933542.3	401	TATACATGTATGAGATTGGTAAGGAACAAAATTCATTAAAAAATTAGAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39314	TATACATGTATGAGATTGGTAAGGAACAAAATTCATTAAAAAATTAGAAA	39363

CR933542.3	451	AGTAGTAAAAGTAGAATATTCTCAAAATAAGAAAGAGTAATGCTACAGCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39364	AGTAGTAAAAGTAGAATATTCTCAAAATAAGAAAGAGTAATGCTACAGCT	39413

CR933542.3	501	CACTTTAAGAAGTGGAAATTTCAGATGGCTGGTTGCCTAAGCCTTCAATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39414	CACTTTAAGAAGTGGAAATTTCAGATGGCTGGTTGCCTAAGCCTTCAATC	39463

CR933542.3	551	CCAACACTTGGGTAGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39464	CCAACACTTGGGTAGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGTGAGTTTGAGGCCAG	39513

CR933542.3	601	CCTGGTCTACAGAGTGAGTTTCAGGACTGCCAAGGCTACATGGAGAAACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39514	CCTGGTCTACAGAGTGAGTTTCAGGACTGCCAAGGCTACATGGAGAAACC	39563

CR933542.3	651	CAAACAAACAAACAAACAAACAAACCAAAACAAGTAGAGAGTTTACTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39564	CAAACAAACAAACAAACAAACAAACCAAAACAAGTAGAGAGTTTACTTTT	39613

CR933542.3	701	AGAAATTCACACACACTTGTAAGAAGTTAGTGATCCTGTGCAATCTTTAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39614	AGAAATTCACACACACTTGTAAGAAGTTAGTGATCCTGTGCAATCTTTAC	39663

CR933542.3	751	TCTGTTTCCTAGAGACATCAACATTGACACAGTCACAACACAGAGCTTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39664	TCTGTTTCCTAGAGACATCAACATTGACACAGTCACAACACAGAGCTTGT	39713

CR933542.3	801	CTTTGCCACCAGGACCTTTCCCGTTGGCTTTTCCTACCCACACCTCATCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39714	CTTTGCCACCAGGACCTTTCCCGTTGGCTTTTCCTACCCACACCTCATCT	39763

CR933542.3	851	CCCCCTGGCTCCACACCCCTACCTGGTTCCTCGCTCCTGATGATTAACCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39764	CCCCCTGGCTCCACACCCCTACCTGGTTCCTCGCTCCTGATGATTAACCA	39813

CR933542.3	901	CATAAGTGAATATACAAGACCCTTTTGTACTGACTTAGTTTCCCCCCATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39814	CATAAGTGAATATACAAGACCCTTTTGTACTGACTTAGTTTCCCCCCATA	39863

CR933542.3	951	TAACTCCTTGACTTGTTTGAGTTGTTGCATGCGTCTGTGGTCATTTTCAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39864	TAACTCCTTGACTTGTTTGAGTTGTTGCATGCGTCTGTGGTCATTTTCAT	39913

CR933542.3	1001	TGCTGAGTCTCATTCAATATTCTAGTGTTTATTTAATCATTCTCTTACTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39914	TGCTGAGTCTCATTCAATATTCTAGTGTTTATTTAATCATTCTCTTACTG	39963

CR933542.3	1051	AAAGACATGGGGATTGTTTTTGCATTTTGATGGTTGCAAATAAATCCATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	39964	AAAGACATGGGGATTGTTTTTGCATTTTGATGGTTGCAAATAAATCCATT	40013

CR933542.3	1101	ACACACATTTTAAAAGAAATGCAGAGCTAGAGCAATGACTCATTGGTTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40014	ACACACATTTTAAAAGAAATGCAGAGCTAGAGCAATGACTCATTGGTTAA	40063

CR933542.3	1151	GAGCACTGGTTGTTCTCGCAGAGGATCAGGAATTGATTCCCTACACCCAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40064	GAGCACTGGTTGTTCTCGCAGAGGATCAGGAATTGATTCCCTACACCCAC	40113

CR933542.3	1201	ATCCCTCACAACCAGCTGTAACTCCAGTTCCAGAAGATCTGCTGCCACCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40114	ATCCCTCACAACCAGCTGTAACTCCAGTTCCAGAAGATCTGCTGCCACCT	40163

CR933542.3	1251	CCTGGCCTCAACAGGCACTGCATGCACATGATGCATAGACCCACATGCAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40164	CCTGGCCTCAACAGGCACTGCATGCACATGATGCATAGACCCACATGCAG	40213

CR933542.3	1301	GCCAAAGTTTTTAAACCTTAAAAAAAAAAATTACATTTGCCTGGTGTGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40214	GCCAAAGTTTTTAAACCTTAAAAAAAAAAATTACATTTGCCTGGTGTGTG	40263

CR933542.3	1351	TGCATGTGGGTACCTATATGTTGTGGTGCACATGTGGAGATCAGACGAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40264	TGCATGTGGGTACCTATATGTTGTGGTGCACATGTGGAGATCAGACGAGA	40313

CR933542.3	1401	ACTGCAGGAACCACGTCTCTTTTTGTGACATGTGGTTTCTGGGGATTGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40314	ACTGCAGGAACCACGTCTCTTTTTGTGACATGTGGTTTCTGGGGATTGAA	40363

CR933542.3	1451	CTCAAGTCATTAGGCTAAGCAGCAAGTGCCTTTTCCTGCGGGGCTATCTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40364	CTCAAGTCATTAGGCTAAGCAGCAAGTGCCTTTTCCTGCGGGGCTATCTC	40413

CR933542.3	1501	ATTGGCTGTGTTATAAATGTTCTTGTGCAAGGTCCTGCACAAATATACAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40414	ATTGGCTGTGTTATAAATGTTCTTGTGCAAGGTCCTGCACAAATATACAT	40463

CR933542.3	1551	TTTGTGTTTCTTTGTGATAAATACACCATTATTGTGGGGTGTGGATGAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40464	TTTGTGTTTCTTTGTGATAAATACACCATTATTGTGGGGTGTGGATGAAG	40513

CR933542.3	1601	TCCTGTGTAAACGTGCGTTGTCATCATGGGCATCTCAGTGCTTCAGAGCC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40514	TCCTGTGTAAACGTGCGTTGTCATCATGGGCATCTCAGTGCTTCAGAGCC	40563

CR933542.3	1651	ATGGGATGGGCAAAGCCTTCCCTTGGTCCTTGTGGGATGGTTGGCAATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40564	ATGGGATGGGCAAAGCCTTCCCTTGGTCCTTGTGGGATGGTTGGCAATGT	40613

CR933542.3	1701	GAGCAGAACATGTGGACCACAGCATCCCCCCCCTGGATGTTTACAGCCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40614	GAGCAGAACATGTGGACCACAGCATCCCCCCCCTGGATGTTTACAGCCTG	40663

CR933542.3	1751	GGATTACTCCCTATAGTCTCTGCCTACTGAGGGGAGCTAACCATGTTGTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40664	GGATTACTCCCTATAGTCTCTGCCTACTGAGGGGAGCTAACCATGTTGTC	40713

CR933542.3	1801	CTCTTCAGCTGTATACAATAAACCTGCATCCTCAATTCAGATAGATAAAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40714	CTCTTCAGCTGTATACAATAAACCTGCATCCTCAATTCAGATAGATAAAG	40763

CR933542.3	1851	AAAACACCAACTTCCTGGTTTGCTAGTGTGTCTCCATTAGAGTGCACAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40764	AAAACACCAACTTCCTGGTTTGCTAGTGTGTCTCCATTAGAGTGCACAGC	40813

CR933542.3	1901	CCATCAAAATCCCAGCTTTTCTGCACGTGTATCTGTGTGTCTGTCCTTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40814	CCATCAAAATCCCAGCTTTTCTGCACGTGTATCTGTGTGTCTGTCCTTTC	40863

CR933542.3	1951	TTCAAGCCCTCCATTGCCCAGGTCAGGTCAGATACAAAACCCTGCATGTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936925.7	40864	TTCAAGCCCTCCATTGCCCAGGTCAGGTCAGATACAAAACCCTGCATGTC	40913

Overview

Query
CR933542.3 - 47485 bps
Hit
CR936925.7 - 40913 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link