<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936927.1	1	GGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAGAATATAAAAATTAGCTGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	23973	GGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAGAATATAAAAATTAGCTGG	24022

CR936927.1	51	GTGTGGTGGTACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24023	GTGTGGTGGTACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGG	24072

CR936927.1	101	AGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGCGCAGTGAGCCAAGATTGTGCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24073	AGAATTGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGCGCAGTGAGCCAAGATTGTGCC	24122

CR936927.1	151	ACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24123	ACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAA	24172

CR936927.1	201	AAAAATTAAAGAAGACAGTAACATATGCAAATTTGGGGGTTAGTGGGGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24173	AAAAATTAAAGAAGACAGTAACATATGCAAATTTGGGGGTTAGTGGGGAG	24222

CR936927.1	251	AAGCTAGCAATCAAGAATTTTACATCAAGAAAAATTATCCTTCAAAACTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24223	AAGCTAGCAATCAAGAATTTTACATCAAGAAAAATTATCCTTCAAAACTG	24272

CR936927.1	301	AAGACCGGTACAGGGACAGTGGTTTGCACCCATAATCCCAGCACTTTGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24273	AAGACCGGTACAGGGACAGTGGTTTGCACCCATAATCCCAGCACTTTGGG	24322

CR936927.1	351	AGGCCAAGGTGGGAGGATCGCTTGAACCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24323	AGGCCAAGGTGGGAGGATCGCTTGAACCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGG	24372

CR936927.1	401	GCAACAAAGTAAGACCCTGTCTCTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24373	GCAACAAAGTAAGACCCTGTCTCTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATT	24422

CR936927.1	451	TAGCCATGTGTGGTAGTGCACACCTGTAGTCCTAGCTACTCAGGAGGCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24423	TAGCCATGTGTGGTAGTGCACACCTGTAGTCCTAGCTACTCAGGAGGCTG	24472

CR936927.1	501	AGGCAGGAGGCTCTCTTAGGCCCGAGAGATTGAGGTTGCAATGAGACATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24473	AGGCAGGAGGCTCTCTTAGGCCCGAGAGATTGAGGTTGCAATGAGACATG	24522

CR936927.1	551	ATCATGCCACTACACTCCGGCCTGGGCAACAGAGCGAGACCCTGTCTCCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24523	ATCATGCCACTACACTCCGGCCTGGGCAACAGAGCGAGACCCTGTCTCCA	24572

CR936927.1	601	AAACCAAAATTTATTCTAAAGAAAACAAAAAGAGAAGCCAACATGAACAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24573	AAACCAAAATTTATTCTAAAGAAAACAAAAAGAGAAGCCAACATGAACAT	24622

CR936927.1	651	ATTCTTACATAAACAAAGACTAGGGAGATTTATCTCTTGCAGATATGTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24623	ATTCTTACATAAACAAAGACTAGGGAGATTTATCTCTTGCAGATATGTCT	24672

CR936927.1	701	TACAAGAAACACTAATGTAATACTAAAGTAAGTTCTTCAGACTGAGAAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24673	TACAAGAAACACTAATGTAATACTAAAGTAAGTTCTTCAGACTGAGAAGA	24722

CR936927.1	751	AATGACACCAGATAATAATCCCAATCCAATGAAAAACAATTATTGTATGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24723	AATGACACCAGATAATAATCCCAATCCAATGAAAAACAATTATTGTATGT	24772

CR936927.1	801	CAATTAAAGATAAAACTTGTAGCTAGGCACAGTGGCGCACACCTGTAATC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24773	CAATTAAAGATAAAACTTGTAGCTAGGCACAGTGGCGCACACCTGTAATC	24822

CR936927.1	851	CCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCACAAGAATCACTTGAACCCAGCAGGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24823	CCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCACAAGAATCACTTGAACCCAGCAGGTG	24872

CR936927.1	901	GAGTCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGTAGTCCAGCCTGGGCAACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24873	GAGTCTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGTAGTCCAGCCTGGGCAACA	24922

CR936927.1	951	GAGCAAGACTCCATCTCAAAAATATTACATTAAAAAAAGTAAAATTTGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24923	GAGCAAGACTCCATCTCAAAAATATTACATTAAAAAAAGTAAAATTTGTA	24972

CR936927.1	1001	AAAGAAACAAACAGCATCAGAAAAAATAATATGTTGGTAATTATTTTTTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	24973	AAAGAAACAAACAGCATCAGAAAAAATAATATGTTGGTAATTATTTTTTA	25022

CR936927.1	1051	AAAACTAAAAACTAAAAACTACAAATCTCTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25023	AAAACTAAAAACTAAAAACTACAAATCTCTTCTTTTTCTTTTTCTTTTTT	25072

CR936927.1	1101	GAGAGACAAGGTCTCACTCTCTCACCCAGGATGGAGTGCAGTGGTTTGAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25073	GAGAGACAAGGTCTCACTCTCTCACCCAGGATGGAGTGCAGTGGTTTGAC	25122

CR936927.1	1151	CATCGCTCACTGCAGCCTCAAATCCTGGACTCAAGTGATCCCCTCACCTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25123	CATCGCTCACTGCAGCCTCAAATCCTGGACTCAAGTGATCCCCTCACCTC	25172

CR936927.1	1201	AGCCTCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGATGCACACCGCCATGCCTGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25173	AGCCTCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGATGCACACCGCCATGCCTGGC	25222

CR936927.1	1251	TCCTTTTCATTTCTTAACTGTTTTAAAAGAAATTACATAAAACAACAATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25223	TCCTTTTCATTTCTTAACTGTTTTAAAAGAAATTACATAAAACAACAATT	25272

CR936927.1	1301	ATAAAATTACAGTGTTGGGTTTGTAACATCTAAAGATAATGTGTGTGTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25273	ATAAAATTACAGTGTTGGGTTTGTAACATCTAAAGATAATGTGTGTGTAT	25322

CR936927.1	1351	ATATGCACTCACACACATATGACAATAATGGTACAAAGGATAGGGAAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25323	ATATGCACTCACACACATATGACAATAATGGTACAAAGGATAGGGAAAAG	25372

CR936927.1	1401	ATGGAGTTACATTGAAACAAAGGAACCACATCAGATTGTAAGTCCAATCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25373	ATGGAGTTACATTGAAACAAAGGAACCACATCAGATTGTAAGTCCAATCC	25422

CR936927.1	1451	ACAAGAACAAATCATCAGAAACACTAAATAAGTTTCATACGAAAAACTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25423	ACAAGAACAAATCATCAGAAACACTAAATAAGTTTCATACGAAAAACTTT	25472

CR936927.1	1501	AAGTGTATTTTACTAATTTCTTCTCTTAATTTTTTAAAAGACGTAGAATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25473	AAGTGTATTTTACTAATTTCTTCTCTTAATTTTTTAAAAGACGTAGAATT	25522

CR936927.1	1551	TGGCTGGGCACAGTGGCTGACGCCTGTATTCCCAGCACTTTGGGAGGCCG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25523	TGGCTGGGCACAGTGGCTGACGCCTGTATTCCCAGCACTTTGGGAGGCCG	25572

CR936927.1	1601	AGGTGGGTGGATCACCTGAGTTCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGGGAAACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25573	AGGTGGGTGGATCACCTGAGTTCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGGGAAACA	25622

CR936927.1	1651	GGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25623	GGGCAAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTT	25672

CR936927.1	1701	GTGCTCACCTGAAATCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGTTGGGAGGATCTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25673	GTGCTCACCTGAAATCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGTTGGGAGGATCTC	25722

CR936927.1	1751	TTGAGCCTAGAAAGCAGACGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTTCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25723	TTGAGCCTAGAAAGCAGACGTTGCAGTGAGCCGAGATCATGCCACTTCAC	25772

CR936927.1	1801	TCCAGCCTGGAGTACATCCCTACACCCCCTCAGGTTCAGTCTGAACTGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25773	TCCAGCCTGGAGTACATCCCTACACCCCCTCAGGTTCAGTCTGAACTGAA	25822

CR936927.1	1851	CAGGGGATACCTGTGAAAGGAAAATAAATCTTGGGGCCCGAAAATCACTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25823	CAGGGGATACCTGTGAAAGGAAAATAAATCTTGGGGCCCGAAAATCACTA	25872

CR936927.1	1901	AGCTAAAGGGAAAAGTCAAGTTGGGAACTGCTGAGAGCAAACCTACGTCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25873	AGCTAAAGGGAAAAGTCAAGTTGGGAACTGCTGAGAGCAAACCTACGTCT	25922

CR936927.1	1951	CATTCTATTCGGTCACTCCTCTGCTTACTGAGATAAATGCTATCTGATTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936916.2	25923	CATTCTATTCGGTCACTCCTCTGCTTACTGAGATAAATGCTATCTGATTG	25972

Overview

Query
CR936927.1 - 44783 bps
Hit
CR936916.2 - 25972 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link