<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1939 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR938714.3	1	GGCCAACATGGCAAAACCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	4872	GGCCAACATGGCAAAACCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGT	4921

CR938714.3	51	GCGGGGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	4922	GCGGGGGCAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAG	4971

CR938714.3	101	AATCATTTGAACCAGCGAGGCGGAGGCTGCAGTGAGCCGATTTCATGCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	4972	AATCATTTGAACCAGCGAGGCGGAGGCTGCAGTGAGCCGATTTCATGCCA	5021

CR938714.3	151	CTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5022	CTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAA	5071

CR938714.3	201	AGTGAAGAGTTCCTAAGTGAAGGTTACTGGCTCATGAGGTCCCTCCTCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5072	AGTGAAGAGTTCCTAAGTGAAGGTTACTGGCTCATGAGGTCCCTCCTCCA	5121

CR938714.3	251	CAGCTTTCCTCCTCTGGGGGCCTGAGAGTCAGGACAGAAGTTCTAGCACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5122	CAGCTTTCCTCCTCTGGGGGCCTGAGAGTCAGGACAGAAGTTCTAGCACA	5171

CR938714.3	301	AGTGTTTCACATAGGGGTCCTTGGTAGACCAGGGCTTAGGCTTGGAAGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5172	AGTGTTTCACATAGGGGTCCTTGGTAGACCAGGGCTTAGGCTTGGAAGAA	5221

CR938714.3	351	GGAAAATGGAGTGAGCACGAGGAAGAGAAAAAGCCTGGAAAAGCAGCTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5222	GGAAAATGGAGTGAGCACGAGGAAGAGAAAAAGCCTGGAAAAGCAGCTTA	5271

CR938714.3	401	TTTTGTGCTGAGGAGAGAAGGAAAGGGGCCACCCAGAGCTGCTCTGGGGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5272	TTTTGTGCTGAGGAGAGAAGGAAAGGGGCCACCCAGAGCTGCTCTGGGGC	5321

CR938714.3	451	TCCAGGGCCTGTGGGCTCCTCCCCTCCTTTGTTCCTCTCTGCTTGGCTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5322	TCCAGGGCCTGTGGGCTCCTCCCCTCCTTTGTTCCTCTCTGCTTGGCTCC	5371

CR938714.3	501	AGCGAGAGGCCATTTCCTCTCCTCTCTCTTTCTCCATGACACCCACGCTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5372	AGCGAGAGGCCATTTCCTCTCCTCTCTCTTTCTCCATGACACCCACGCTT	5421

CR938714.3	551	CCCTGTGGACTCACCTCTGCAGCCACAGCAACACCCTCCTCTCCTTGGCG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5422	CCCTGTGGACTCACCTCTGCAGCCACAGCAACACCCTCCTCTCCTTGGCG	5471

CR938714.3	601	TGGAAGCCAGCGCTCCTGGCCCACTCCCAGTAGGGGATGTCCTCTGAGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5472	TGGAAGCCAGCGCTCCTGGCCCACTCCCAGTAGGGGATGTCCTCTGAGTT	5521

CR938714.3	651	GTTTTTCCTGTGCGGGGAGGGGTGGACTGAGTCATCCACACTCTTCACCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5522	GTTTTTCCTGTGCGGGGAGGGGTGGACTGAGTCATCCACACTCTTCACCT	5571

CR938714.3	701	GGTTCCTCTGGTGACCAAGAACATAGAAGGAGAGGGCACATCCCCAATCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5572	GGTTCCTCTGGTGACCAAGAACATAGAAGGAGAGGGCACATCCCCAATCA	5621

CR938714.3	751	GGTGTTCCGAACATCTCTGCGGGGACTGACCCTCCTCAGCCCAGGTGCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5622	GGTGTTCCGAACATCTCTGCGGGGACTGACCCTCCTCAGCCCAGGTGCTC	5671

CR938714.3	801	CCATGGGACTGGCTACACTTCTTGACTCAGTTTTAATCTCTCCTTCTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5672	CCATGGGACTGGCTACACTTCTTGACTCAGTTTTAATCTCTCCTTCTCTG	5721

CR938714.3	851	CCTTCCTGTTGGGAATACCCCCTCACTTCTGTGGCTTCTTTCCTGTAGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5722	CCTTCCTGTTGGGAATACCCCCTCACTTCTGTGGCTTCTTTCCTGTAGTA	5771

CR938714.3	901	GACGATCAAGGGTGGAATCTACAGTCCATGGGCCCTGACTTCTTGCCTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5772	GACGATCAAGGGTGGAATCTACAGTCCATGGGCCCTGACTTCTTGCCTTC	5821

CR938714.3	951	GTCTCAAATAGACTCTGCAGCCAGCCATCTATGCAGCGCCCCAGTGGCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5822	GTCTCAAATAGACTCTGCAGCCAGCCATCTATGCAGCGCCCCAGTGGCTT	5871

CR938714.3	1001	TGAAATGCAACAGAAACCATCACCCCCGGACCGTGGGCTCCATGCCAGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5872	TGAAATGCAACAGAAACCATCACCCCCGGACCGTGGGCTCCATGCCAGTG	5921

CR938714.3	1051	GGCAAAGCACAGGTGCGTTCACTGAGTTCCCAGCACATAGCTGTGGCAGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5922	GGCAAAGCACAGGTGCGTTCACTGAGTTCCCAGCACATAGCTGTGGCAGG	5971

CR938714.3	1101	CACTTGGTGATATTTTGAAATAAAAGAATGGAAGAATGTGTCCAGGCTGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	5972	CACTTGGTGATATTTTGAAATAAAAGAATGGAAGAATGTGTCCAGGCTGT	6021

CR938714.3	1151	GCTTCCCCTTTCTACCTTACTCAGGGACATGGTGCCCTCCTCTCTGGTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6022	GCTTCCCCTTTCTACCTTACTCAGGGACATGGTGCCCTCCTCTCTGGTTT	6071

CR938714.3	1201	CCTGCCCTGTGCCCACCCCCCACCCCCTGCAAGCACAGCTCTTATGTGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6072	CCTGCCCTGTGCCCACCCCCCACCCCCTGCAAGCACAGCTCTTATGTGCA	6121

CR938714.3	1251	AAGCCCCTGTAGGTGCTGGAGGGATTCACTGATGGCCTTGGCGGAGGTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6122	AAGCCCCTGTAGGTGCTGGAGGGATTCACTGATGGCCTTGGCGGAGGTGG	6171

CR938714.3	1301	CAGTGGGCATGTGCACTTGGCTCTGACACAGCCACTCATGCAACACCCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6172	CAGTGGGCATGTGCACTTGGCTCTGACACAGCCACTCATGCAACACCCTG	6221

CR938714.3	1351	TGCAATCTCGGCCTGGGCCTGTGTGTCCTGCCCTCATTCCTCGCGGGTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6222	TGCAATCTCGGCCTGGGCCTGTGTGTCCTGCCCTCATTCCTCGCGGGTGA	6271

CR938714.3	1401	CTGTCTCCCCTGAGCCACTCTTCTCTCTATTGGATTAGCTCCTTTTATTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6272	CTGTCTCCCCTGAGCCACTCTTCTCTCTATTGGATTAGCTCCTTTTATTT	6321

CR938714.3	1451	CCCCCTAGGGATGCAACACATTTTTATGAACAAACAGCAGTGTTCACATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6322	CCCCCTAGGGATGCAACACATTTTTATGAACAAACAGCAGTGTTCACATG	6371

CR938714.3	1501	GCTGTGATGAGGACGTACTGGGGTTTCCCCTGGACATGGCATTCATCTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6372	GCTGTGATGAGGACGTACTGGGGTTTCCCCTGGACATGGCATTCATCTGA	6421

CR938714.3	1551	TGCCAGTGGTGGGCAGGACCGTGCTGTATACTTTAAAAAAACCCTAGGGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6422	TGCCAGTGGTGGGCAGGACCGTGCTGTATACTTTAAAAAAACCCTAGGGG	6471

CR938714.3	1601	GTTCTGTTAGGTGCCCCCACTGCAGCATAACGAGTTGCCCCTAGCTGAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6472	GTTCTGTTAGGTGCCCCCACTGCAGCATAACGAGTTGCCCCTAGCTGAGA	6521

CR938714.3	1651	AGCCCTGTCCTGGGGCCTGTCCACACCATCCTCTTCCTGAGATTATTCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6522	AGCCCTGTCCTGGGGCCTGTCCACACCATCCTCTTCCTGAGATTATTCCT	6571

CR938714.3	1701	GGTGTGGGCGGTGCTCGGCTCTACCTTTCCTTCCTTCTTCCCTGCTTGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6572	GGTGTGGGCGGTGCTCGGCTCTACCTTTCCTTCCTTCTTCCCTGCTTGGC	6621

CR938714.3	1751	TCCTGGTCCAATGGCTCTCTCCTCTATGGAATGGCCTCCTGGAGCTTGGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6622	TCCTGGTCCAATGGCTCTCTCCTCTATGGAATGGCCTCCTGGAGCTTGGC	6671

CR938714.3	1801	TGGGTCAGCCCCCACTTTCCACTCTTCCCATGCCTGTCCTCACCCTCCCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6672	TGGGTCAGCCCCCACTTTCCACTCTTCCCATGCCTGTCCTCACCCTCCCA	6721

CR938714.3	1851	GCAGCCCTGCCAGCCTCCGACGGGCCCAGGGCACTGCAGCCGGCACTTGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6722	GCAGCCCTGCCAGCCTCCGACGGGCCCAGGGCACTGCAGCCGGCACTTGG	6771

CR938714.3	1901	GAGTGAAGACTGGGGCCAGAGCCAGGCTCACCTTTGGCC	1939
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936880.3	6772	GAGTGAAGACTGGGGCCAGAGCCAGGCTCACCTTTGGCC	6810

Overview

Query
CR938714.3 - 10602 bps
Hit
CR936880.3 - 6810 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1939 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link