<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR388215.10	1	GGCCACGGCGCCTCCCGCCGGTCCTTGCCATCTGAAGGCCGGGAGGAGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64217	GGCCACGGCGCCTCCCGCCGGTCCTTGCCATCTGAAGGCCGGGAGGAGTG	64266

CR388215.10	51	GGGAGTCGGCGCTTGCAAAGATACACTCAAGACTGCAGACAGTAAATCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64267	GGGAGTCGGCGCTTGCAAAGATACACTCAAGACTGCAGACAGTAAATCAA	64316

CR388215.10	101	TTTTATTTGTGTTCACAGAACATACTAGGCGATCTCGACAGTCGCTCCGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64317	TTTTATTTGTGTTCACAGAACATACTAGGCGATCTCGACAGTCGCTCCGT	64366

CR388215.10	151	GACAGCCCACCAACCCCCAACCCTCTACCTCGCAGCCACCCTAAAGGCGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64367	GACAGCCCACCAACCCCCAACCCTCTACCTCGCAGCCACCCTAAAGGCGA	64416

CR388215.10	201	CTTCAAGAAGATGGAAGGATCTCACGGATCTCATTCCTAATGGTCCGCCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64417	CTTCAAGAAGATGGAAGGATCTCACGGATCTCATTCCTAATGGTCCGCCG	64466

CR388215.10	251	AAGTCTCACACAGTAGACAGACGGAGTTGAGATGCTGGAGGATGCAGTCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64467	AAGTCTCACACAGTAGACAGACGGAGTTGAGATGCTGGAGGATGCAGTCA	64516

CR388215.10	301	CCTCCTAAACTTACGACCCACCACCAGACTTCATCCCAGCCGGGACGTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64517	CCTCCTAAACTTACGACCCACCACCAGACTTCATCCCAGCCGGGACGTCC	64566

CR388215.10	351	TCCCCCACCCGAGTCCTCCCCATTTCTTCTCCTACTTTGCCGCAGTTCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64567	TCCCCCACCCGAGTCCTCCCCATTTCTTCTCCTACTTTGCCGCAGTTCCA	64616

CR388215.10	401	GGTGTCCTGCTTCCACCAGTCCCACAAAGCTCAATAAATACCAAGAGACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64617	GGTGTCCTGCTTCCACCAGTCCCACAAAGCTCAATAAATACCAAGAGACC	64666

CR388215.10	451	TGCATTTACAGCAGGGGGAACATCTCACACCCTTGCATAAGTTAAAATAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64667	TGCATTTACAGCAGGGGGAACATCTCACACCCTTGCATAAGTTAAAATAA	64716

CR388215.10	501	ATATTACGTACACATCTCCATCACCTAGGAGGACGTACATAAATACATAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64717	ATATTACGTACACATCTCCATCACCTAGGAGGACGTACATAAATACATAT	64766

CR388215.10	551	AAATATTAATTAGGAGCAATAAGAAATAAATTAACGACGCTCTCCTTCCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64767	AAATATTAATTAGGAGCAATAAGAAATAAATTAACGACGCTCTCCTTCCC	64816

CR388215.10	601	ACCGGGCCTAGCCCCAGCTGGGCTGTGCCTCGGTCTCTATGCGCCTCGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64817	ACCGGGCCTAGCCCCAGCTGGGCTGTGCCTCGGTCTCTATGCGCCTCGGT	64866

CR388215.10	651	CTCTGTGCGCCTCGGTCCCGCCTCAAGCACCGGGTGGCGTCTCCGCTGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64867	CTCTGTGCGCCTCGGTCCCGCCTCAAGCACCGGGTGGCGTCTCCGCTGTA	64916

CR388215.10	701	GTGTTCTGAGTTCAAGTTGCCTCGGAAGTCCCAGTTGGGGATACGCTCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64917	GTGTTCTGAGTTCAAGTTGCCTCGGAAGTCCCAGTTGGGGATACGCTCTC	64966

CR388215.10	751	GCGCACCAGGTACGCCTGGTGTTTCTTTGTGGTTTTTCGGATTCTTTTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	64967	GCGCACCAGGTACGCCTGGTGTTTCTTTGTGGTTTTTCGGATTCTTTTTG	65016

CR388215.10	801	GGGAGTGCGGGGAGTCACAGTTAGAAGGCGGCCGGGTGTTGCTGGAGGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65017	GGGAGTGCGGGGAGTCACAGTTAGAAGGCGGCCGGGTGTTGCTGGAGGAA	65066

CR388215.10	851	AGTGCTGAGGTCCAGAGCGTAGTCCGAGGGCTCCGAAGTCAGATTAAAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65067	AGTGCTGAGGTCCAGAGCGTAGTCCGAGGGCTCCGAAGTCAGATTAAAGG	65116

CR388215.10	901	GCTCGAGGACGGGGGACACAGGGGTGGGCGCCAGGGATGCGGCGTTAGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65117	GCTCGAGGACGGGGGACACAGGGGTGGGCGCCAGGGATGCGGCGTTAGGG	65166

CR388215.10	951	GCGTCCTCTGGAGGCAGGGGCGCCGGCACACCCTCTTCAGCCATCAGGAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65167	GCGTCCTCTGGAGGCAGGGGCGCCGGCACACCCTCTTCAGCCATCAGGAT	65216

CR388215.10	1001	CTGGCAGAAGACGATGGTGAGCAGCAGAAAGAGAAGCCTTTTGGCTGGGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65217	CTGGCAGAAGACGATGGTGAGCAGCAGAAAGAGAAGCCTTTTGGCTGGGT	65266

CR388215.10	1051	TCGGTTCCTCGACTGGCAGCTGGCGCCGGACCTAAGGGGAGACAAAACAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65267	TCGGTTCCTCGACTGGCAGCTGGCGCCGGACCTAAGGGGAGACAAAACAG	65316

CR388215.10	1101	GAGACAGGTCAGGTCGAGGCCTCTGGAGTCGGGTCGTTCCCCAGTGACTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65317	GAGACAGGTCAGGTCGAGGCCTCTGGAGTCGGGTCGTTCCCCAGTGACTC	65366

CR388215.10	1151	CAGGGCAGCGCACCCCGCGAATGCCCACTTCGGCGATACTCACCACTCGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65367	CAGGGCAGCGCACCCCGCGAATGCCCACTTCGGCGATACTCACCACTCGA	65416

CR388215.10	1201	GGGTAGAGAACCCTGCGGCTGCGCTTTCGGTGCCCGCGAGAGGCGCTGGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65417	GGGTAGAGAACCCTGCGGCTGCGCTTTCGGTGCCCGCGAGAGGCGCTGGG	65466

CR388215.10	1251	GCGCCCGGCAGGGGCCGCTGCGGGCTCCGGGAGAGGGTCGAAGGTGAAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65467	GCGCCCGGCAGGGGCCGCTGCGGGCTCCGGGAGAGGGTCGAAGGTGAAGA	65516

CR388215.10	1301	TCTCAGGACCGGAGCCCCGCCGGGGTCCCGGGATGGTGGAGGGGGCCGGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65517	TCTCAGGACCGGAGCCCCGCCGGGGTCCCGGGATGGTGGAGGGGGCCGGG	65566

CR388215.10	1351	GTCGGGGCCTGCAGGATGGTCATGGTCGGGTGGCAGCTGCGAGAGTGACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65567	GTCGGGGCCTGCAGGATGGTCATGGTCGGGTGGCAGCTGCGAGAGTGACA	65616

CR388215.10	1401	CATGGTGAGCCGAGCGGAGTGTAAGGCCAAGTGAGGGTCGGCTGCCGGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65617	CATGGTGAGCCGAGCGGAGTGTAAGGCCAAGTGAGGGTCGGCTGCCGGCA	65666

CR388215.10	1451	GAGGTAATTTATGTGCTCCTGAAAATTGGGCGGGTCCTTCTAACTCCTCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65667	GAGGTAATTTATGTGCTCCTGAAAATTGGGCGGGTCCTTCTAACTCCTCC	65716

CR388215.10	1501	TCCCGCAGCTGGGGAGCGGTTGGCAGCAGCGGGCTGGAAATTCCGACGAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65717	TCCCGCAGCTGGGGAGCGGTTGGCAGCAGCGGGCTGGAAATTCCGACGAT	65766

CR388215.10	1551	TAAACAAAGGGAGTGGGTGGAGACTTGACATGCACAATCCTAGGCGCCCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65767	TAAACAAAGGGAGTGGGTGGAGACTTGACATGCACAATCCTAGGCGCCCA	65816

CR388215.10	1601	ACTGCACGTTGTGAGTGTGTGAGTCGTGAGTGGGGGTGGGTGAGATCCCG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65817	ACTGCACGTTGTGAGTGTGTGAGTCGTGAGTGGGGGTGGGTGAGATCCCG	65866

CR388215.10	1651	GGCTGCAGGCACATGTCGAGGCATGTGGCACCTGGAGAGGGGCTCACTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65867	GGCTGCAGGCACATGTCGAGGCATGTGGCACCTGGAGAGGGGCTCACTTT	65916

CR388215.10	1701	AGCCACAGGATCCCTCACAGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGATGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65917	AGCCACAGGATCCCTCACAGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGATGG	65966

CR388215.10	1751	AGCAGTCTCGTTCGGTCGCCAGGCTGGAATGCAGAGGCGCGATCTCGGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	65967	AGCAGTCTCGTTCGGTCGCCAGGCTGGAATGCAGAGGCGCGATCTCGGCT	66016

CR388215.10	1801	CACTGCAACCCCTGACTCCCTGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	66017	CACTGCAACCCCTGACTCCCTGGTTCAAGCGATTTTCCTGCCTCAGCTTC	66066

CR388215.10	1851	CTGAGTAGCTGGGAATACAGGCACGCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	66067	CTGAGTAGCTGGGAATACAGGCACGCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTG	66116

CR388215.10	1901	TATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCCTGTTGGCCAGGGTGGTCTCGAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	66117	TATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCCTGTTGGCCAGGGTGGTCTCGAT	66166

CR388215.10	1951	TTCCTGACCTCGTGATCTGCCTCGCTCCCTCCGTCCTTCTTCTAGTAGTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936878.10	66167	TTCCTGACCTCGTGATCTGCCTCGCTCCCTCCGTCCTTCTTCTAGTAGTC	66216

Overview

Query
CR388215.10 - 112744 bps
Hit
CR936878.10 - 66216 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link