<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR388134.8	2000	AAGCTTGCGAATCAGATTAGAATGTCTGGATGAACTGATCTGAGATCGCT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1	AAGCTTGCGAATCAGATTAGAATGTCTGGATGAACTGATCTGAGATCGCT	50

C  CR388134.8	1950	GCGTGTGTTGTGAAGGACAGATCTATCGATCCTCGAAATCATGATCAGCA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	51	GCGTGTGTTGTGAAGGACAGATCTATCGATCCTCGAAATCATGATCAGCA	100

C  CR388134.8	1900	ATGCAACGATTGGCTGACGGCACAGCAGCGTAATGACATCATCTGATTAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	101	ATGCAACGATTGGCTGACGGCACAGCAGCGTAATGACATCATCTGATTAA	150

C  CR388134.8	1850	TATTCAATTATCCATGTGAGCAAAATTACATCAAATTAGCAGTAAACGGT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	151	TATTCAATTATCCATGTGAGCAAAATTACATCAAATTAGCAGTAAACGGT	200

C  CR388134.8	1800	GCGTTAAATATGACACGCAAGAACTTTCCACATTTGTTGTGAGCTGCAGG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	201	GCGTTAAATATGACACGCAAGAACTTTCCACATTTGTTGTGAGCTGCAGG	250

C  CR388134.8	1750	CTTTACACTTTTTATTTGTCAAGACAAGAGTATTCATCATGTATTTCAAT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	251	CTTTACACTTTTTATTTGTCAAGACAAGAGTATTCATCATGTATTTCAAT	300

C  CR388134.8	1700	GCAAATCAATGTATTTAGTTCTACATTTAGAAAATATTTTCTTTATTATA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	301	GCAAATCAATGTATTTAGTTCTACATTTAGAAAATATTTTCTTTATTATA	350

C  CR388134.8	1650	GTAGCCGTTTTTTAATCGGTGTAAAGAATAACTGGTTGTTTACAAAAGCA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	351	GTAGCCGTTTTTTAATCGGTGTAAAGAATAACTGGTTGTTTACAAAAGCA	400

C  CR388134.8	1600	TTTTCATATTGGTAAAGGTGTCTGCAACTTTTGTGAAGCATCAAATCACT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	401	TTTTCATATTGGTAAAGGTGTCTGCAACTTTTGTGAAGCATCAAATCACT	450

C  CR388134.8	1550	GGCATATTAACTATCAAAACATGTTTATGACTGCATAAATGTTTTATTGC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	451	GGCATATTAACTATCAAAACATGTTTATGACTGCATAAATGTTTTATTGC	500

C  CR388134.8	1500	TTTAAAAAAAGTCACATATTGTGCATTTCTATTATACACAATTTGTACTA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	501	TTTAAAAAAAGTCACATATTGTGCATTTCTATTATACACAATTTGTACTA	550

C  CR388134.8	1450	AAGCGATCTAAAAAGTTCATATCAATACGTTTTCTCTTTGCACCACCAGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	551	AAGCGATCTAAAAAGTTCATATCAATACGTTTTCTCTTTGCACCACCAGA	600

C  CR388134.8	1400	TGGCAGTCTTTGTACTTTAATTTCGAGGGTGCAGATTGCATAAGTTTTAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	601	TGGCAGTCTTTGTACTTTAATTTCGAGGGTGCAGATTGCATAAGTTTTAT	650

C  CR388134.8	1350	TAGTAGGCCCTATGTATAACTTTATTTATTTTATTAATGACTATAACTTT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	651	TAGTAGGCCCTATGTATAACTTTATTTATTTTATTAATGACTATAACTTT	700

C  CR388134.8	1300	ATATATATATAGTTAAAAAATATGTACCATTTTCCCAAGTGTATATAACT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	701	ATATATATATAGTTAAAAAATATGTACCATTTTCCCAAGTGTATATAACT	750

C  CR388134.8	1250	ACTACTGGAAGAAAATATCAGAATTCGGAACATACTTTCTGTATTATCTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	751	ACTACTGGAAGAAAATATCAGAATTCGGAACATACTTTCTGTATTATCTT	800

C  CR388134.8	1200	TGCTTGAACTGAGCCGATCTAATCCTGTTTATATGAATTGAACCTGCTCC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	801	TGCTTGAACTGAGCCGATCTAATCCTGTTTATATGAATTGAACCTGCTCC	850

C  CR388134.8	1150	CGATCAGGTTTGACCTAGCAGAACTGTTGCCATGACAACAACTCTCGGAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	851	CGATCAGGTTTGACCTAGCAGAACTGTTGCCATGACAACAACTCTCGGAT	900

C  CR388134.8	1100	CAGCTTTGAAGAACGAAACGATCCTGGATCGTGTCAAATCGTCAATGTCC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	901	CAGCTTTGAAGAACGAAACGATCCTGGATCGTGTCAAATCGTCAATGTCC	950

C  CR388134.8	1050	AAATCCAGCTAACTGAGTAATCCACGTACGAAGAACGGACCCCAGCAAAG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	951	AAATCCAGCTAACTGAGTAATCCACGTACGAAGAACGGACCCCAGCAAAG	1000

C  CR388134.8	1000	AAAAGCAACACGGAGGAATATAAACACTTTACTGCCAACTAACGTTTTGG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1001	AAAAGCAACACGGAGGAATATAAACACTTTACTGCCAACTAACGTTTTGG	1050

C  CR388134.8	950	AAGTGTTATTGCAGAGCAACAGAAACAGCAACACGTGTTGCATGCGCCGT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1051	AAGTGTTATTGCAGAGCAACAGAAACAGCAACACGTGTTGCATGCGCCGT	1100

C  CR388134.8	900	GGGTCATGTCGATCACTTGACGCAGAAGTATAAACCAGGCTTTACCGTGC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1101	GGGTCATGTCGATCACTTGACGCAGAAGTATAAACCAGGCTTTACCGTGC	1150

C  CR388134.8	850	CATACTTATTTTTTTTACATGCTTTAAGTACAGGTCAAAATAAGTGTATC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1151	CATACTTATTTTTTTTACATGCTTTAAGTACAGGTCAAAATAAGTGTATC	1200

C  CR388134.8	800	GTTTAATTTTTGTATTAATGTTATAATGAATGAAAGCTGAAAAATATGTC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1201	GTTTAATTTTTGTATTAATGTTATAATGAATGAAAGCTGAAAAATATGTC	1250

C  CR388134.8	750	AGCAATATTTTGTCATTTTATTGTCACAACAGTTATTTGAAACGTCAAAC	701
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  CR936854.1	1251	AGCAATATTTTGTCATTTTATTGTCACAACAGTTATTTGAAACGTCAAAC	1300

C  CR388134.8	700	TTTATTATGCATCGTATGTATATAAAATCACACCATAAATACGTCTCATT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1301	TTTATTATGCATCGTATGTATATAAAATCACACCATAAATACGTCTCATT	1350

C  CR388134.8	650	TCTTTCCAATGGACTTTCAAGTAAATTTTACATTTACATTCAAAGTTTAC	601
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  CR936854.1	1351	TCTTTCCAATGGACTTTCAAGTAAATTTTACATTTACATTCAAAGTTTAC	1400

C  CR388134.8	600	ATTTATTTTTCTATCTATGTACTAGATAATGTATACGCAGCACTAAGAAT	551
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  CR936854.1	1401	ATTTATTTTTCTATCTATGTACTAGATAATGTATACGCAGCACTAAGAAT	1450

C  CR388134.8	550	GTTAGAGTATGTGATTGGCCAGGGACAGAAAAAGAAGACAACTAACTTAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1451	GTTAGAGTATGTGATTGGCCAGGGACAGAAAAAGAAGACAACTAACTTAT	1500

C  CR388134.8	500	ATTCAATATATAGATAATAGTTACAAATATTTACATGACTTTTCCAAAAC	451
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  CR936854.1	1501	ATTCAATATATAGATAATAGTTACAAATATTTACATGACTTTTCCAAAAC	1550

C  CR388134.8	450	TTTGTGAGTTTTTCCAAAACTTTTTTGGAAAATGCCATGTCAAAATTTCC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936854.1	1551	TTTGTGAGTTTTTCCAAAACTTTTTTGGAAAATGCCATGTCAAAATTTCC	1600

C  CR388134.8	400	TAAATTTAGTGGGTTTTTCCTGATTTTCCATGACTTTTCTGAAAAATGCC	351
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  CR936854.1	1601	TAAATTTAGTGGGTTTTTCCTGATTTTCCATGACTTTTCTGAAAAATGCC	1650

C  CR388134.8	350	ATTTCAGAATTCCATCACTTGCCCCAATGTAGTGGATTTTCTTGATTTTC	301
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  CR936854.1	1651	ATTTCAGAATTCCATCACTTGCCCCAATGTAGTGGATTTTCTTGATTTTC	1700

C  CR388134.8	300	CAGGACTTTTGTGGAAAATGCCAAATCAAAACTCTGTGACTTTTCCAAAA	251
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  CR936854.1	1701	CAGGACTTTTGTGGAAAATGCCAAATCAAAACTCTGTGACTTTTCCAAAA	1750

C  CR388134.8	250	TTTAGTGGGTTTTTCCTGATTTTCCAGAACTTTACTGGAAAAAGCCATGT	201
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  CR936854.1	1751	TTTAGTGGGTTTTTCCTGATTTTCCAGAACTTTACTGGAAAAAGCCATGT	1800

C  CR388134.8	200	CAAAATGACTTTTCCATGTTTTCCATGGCTGTATGAACCCTGCAATATAG	151
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C  CR388134.8	150	TTTGCAAATTAAAGCACTAAATAAACTCACCTTTGACCGGAGCTCAATTC	101
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  CR936854.1	1851	TTTGCAAATTAAAGCACTAAATAAACTCACCTTTGACCGGAGCTCAATTC	1900

C  CR388134.8	100	TGGGCCTGAAGGCTTGAGATCCAGACTGTGTATGTCATTAGCCGTGAGAT	51
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  CR936854.1	1901	TGGGCCTGAAGGCTTGAGATCCAGACTGTGTATGTCATTAGCCGTGAGAT	1950

C  CR388134.8	50	ATGACAGTTTAACCCCGGCAAGCCACAGAAGTGGAGAATGTGTCCGTGTT	1
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  CR936854.1	1951	ATGACAGTTTAACCCCGGCAAGCCACAGAAGTGGAGAATGTGTCCGTGTT	2000

Overview

Query
CR388134.8 - 19134 bps
Hit
CR936854.1 - 98528 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001929200012000-1120001
289.4317527895539830-116328166011
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