<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU424436.8	1	GGGAGATAGCATGACAAAAGAGAGCCAGAGGCAGAGAGATTTCACCATAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	168808	GGGAGATAGCATGACAAAAGAGAGCCAGAGGCAGAGAGATTTCACCATAT	168857

CU424436.8	51	CATCTGCTTGGTGAAGGTCGCTTTGCTGAGGTAGAGGTGCAGGCTGTATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	168858	CATCTGCTTGGTGAAGGTCGCTTTGCTGAGGTAGAGGTGCAGGCTGTATA	168907

CU424436.8	101	TGATGAAAAAAGTCTGGCATTGTGTTGATTGTCAGCTGTAAAGGCCTGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	168908	TGATGAAAAAAGTCTGGCATTGTGTTGATTGTCAGCTGTAAAGGCCTGGG	168957

CU424436.8	151	ACAAATTCACAGAATCAGGGAAAAGACTCGAACCATTTACTCAAGTCATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	168958	ACAAATTCACAGAATCAGGGAAAAGACTCGAACCATTTACTCAAGTCATG	169007

CU424436.8	201	CAAGGTCCAAAAAAAACCTTCCCTGACTTTTTGCAAAGGCTGGCCTCAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169008	CAAGGTCCAAAAAAAACCTTCCCTGACTTTTTGCAAAGGCTGGCCTCAGC	169057

CU424436.8	251	TGTGGAAAGGAGTGTATCAGATTCAGCAGCAAGAAAGGCAATAATCAAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169058	TGTGGAAAGGAGTGTATCAGATTCAGCAGCAAGAAAGGCAATAATCAAGA	169107

CU424436.8	301	CTTTAGACTTTGAAAATGCAAATTCTGAATGCAAGGAAGTGATCAGACCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169108	CTTTAGACTTTGAAAATGCAAATTCTGAATGCAAGGAAGTGATCAGACCA	169157

CU424436.8	351	CCAAGAGCTGAAAGAAATGAAATTTCAAGACCTGTAAGTCATATAAAGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169158	CCAAGAGCTGAAAGAAATGAAATTTCAAGACCTGTAAGTCATATAAAGTA	169207

CU424436.8	401	CTCAGAAATTGCTGGTTGTTTGTGAGCCTAGAGGCTGCCTGGGGCTGAGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169208	CTCAGAAATTGCTGGTTGTTTGTGAGCCTAGAGGCTGCCTGGGGCTGAGA	169257

CU424436.8	451	ATAAAGAAAAACAAACCCGGGTATGCCCCGTAGTTAAAACATTCCTGGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169258	ATAAAGAAAAACAAACCCGGGTATGCCCCGTAGTTAAAACATTCCTGGGA	169307

CU424436.8	501	ACAGCTTGACCATAAGATAAGGAGGAATGTGAGGACATAACAGGGCTATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169308	ACAGCTTGACCATAAGATAAGGAGGAATGTGAGGACATAACAGGGCTATC	169357

CU424436.8	551	TGAACTGAGTAAACAACTCACAGAACTCTGACACCCTGCACGTACATGTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169358	TGAACTGAGTAAACAACTCACAGAACTCTGACACCCTGCACGTACATGTA	169407

CU424436.8	601	ATTTTTCTGCTGATGTTTGAATAAGCCAATAGTTTATCACTATGCTGAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169408	ATTTTTCTGCTGATGTTTGAATAAGCCAATAGTTTATCACTATGCTGAAT	169457

CU424436.8	651	TCCACACCCCTAAGCTCCTTACCCCATAACCCCCCCTAGCTTTCGAGCCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169458	TCCACACCCCTAAGCTCCTTACCCCATAACCCCCCCTAGCTTTCGAGCCT	169507

CU424436.8	701	CGTGGCCGACATCCGTTATCTCCTGTGTGGGATGCATGTCGGTCAGGTGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169508	CGTGGCCGACATCCGTTATCTCCTGTGTGGGATGCATGTCGGTCAGGTGC	169557

CU424436.8	751	TCCGTCATTAAATTACCTCATGTAATTACATTAGGGTGGTCTATTCATGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169558	TCCGTCATTAAATTACCTCATGTAATTACATTAGGGTGGTCTATTCATGA	169607

CU424436.8	801	TTCTTTGGGTGCATCCCGAATCAGAAATTGAGTGGGGGTTTCCCCACTAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169608	TTCTTTGGGTGCATCCCGAATCAGAAATTGAGTGGGGGTTTCCCCACTAG	169657

CU424436.8	851	GTTCTATCAGAGCAGGGTCAACATCAATCAATGAGTAGATTAGACATACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169658	GTTCTATCAGAGCAGGGTCAACATCAATCAATGAGTAGATTAGACATACA	169707

CU424436.8	901	GCTGATGTTGTATCTTGCTCACCTGATATGACTGTAATAGGAGAAGCTGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169708	GCTGATGTTGTATCTTGCTCACCTGATATGACTGTAATAGGAGAAGCTGC	169757

CU424436.8	951	CACTAGACACCCAAAGATAACCCAAGATTTCAAATGTTTTAATTGTGGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169758	CACTAGACACCCAAAGATAACCCAAGATTTCAAATGTTTTAATTGTGGTG	169807

CU424436.8	1001	AGCAGGGTCATGTCAGAAATAACTGCAGAAAAAAACCCAAGGTAATTCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169808	AGCAGGGTCATGTCAGAAATAACTGCAGAAAAAAACCCAAGGTAATTCCA	169857

CU424436.8	1051	AAAGGGGGCCTATGCCTTCTGGAGTATATCAAAGATGTGGCAAAGGTCGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169858	AAAGGGGGCCTATGCCTTCTGGAGTATATCAAAGATGTGGCAAAGGTCGC	169907

CU424436.8	1101	CATTTGACTACGGAATGTAGAGCAACAACAGACAAATGGGGCAGAACTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169908	CATTTGACTACGGAATGTAGAGCAACAACAGACAAATGGGGCAGAACTTT	169957

CU424436.8	1151	ACCAAAAATCTCCCAGGGGGCCTTTTACAGGCCCCAATGCCAGGCAGAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	169958	ACCAAAAATCTCCCAGGGGGCCTTTTACAGGCCCCAATGCCAGGCAGAGA	170007

CU424436.8	1201	GAGTTCTCTTTTTCAGTACAATTTAATGTCACTGCTTCAAAAGCAGATGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170008	GAGTTCTCTTTTTCAGTACAATTTAATGTCACTGCTTCAAAAGCAGATGT	170057

CU424436.8	1251	GAGACCAGATAACAAGCCTGAGGCAAGTTTTATAGACAACTCAAAGAACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170058	GAGACCAGATAACAAGCCTGAGGCAAGTTTTATAGACAACTCAAAGAACC	170107

CU424436.8	1301	TAAAAGGGAGCTTTATAGACAGCTCAAAGAACCTAAAAGGGAGCCAAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170108	TAAAAGGGAGCTTTATAGACAGCTCAAAGAACCTAAAAGGGAGCCAAAAA	170157

CU424436.8	1351	TGAGTATTTTGGCAAACTTCTATAGAGGATCAAAGGCCAAAACTAACAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170158	TGAGTATTTTGGCAAACTTCTATAGAGGATCAAAGGCCAAAACTAACAAT	170207

CU424436.8	1401	GCAAGTAAACAATATTGAGATTGAAGGAATAGTTGACACTGGAGTAGATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170208	GCAAGTAAACAATATTGAGATTGAAGGAATAGTTGACACTGGAGTAGATG	170257

CU424436.8	1451	TCACCATTATCTCTCTAAAATATTGGTCTGCAAGTTGGCCACTTCAAGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170258	TCACCATTATCTCTCTAAAATATTGGTCTGCAAGTTGGCCACTTCAAGAA	170307

CU424436.8	1501	GTAGACATCCAATTCTGAGGAGTTGGAATTTTATTCCAAATAAAGCAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170308	GTAGACATCCAATTCTGAGGAGTTGGAATTTTATTCCAAATAAAGCAAAG	170357

CU424436.8	1551	CACCAGATGGCTTAAATGTATAGGACCAGAAGGTCAGGTAGGAAAAGTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170358	CACCAGATGGCTTAAATGTATAGGACCAGAAGGTCAGGTAGGAAAAGTGA	170407

CU424436.8	1601	GGCCATATGTAGCTGATATAGCCATTAACTTATGGGGGAAGAGATTTATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170408	GGCCATATGTAGCTGATATAGCCATTAACTTATGGGGGAAGAGATTTATT	170457

CU424436.8	1651	ACATCAGTGGAAAACACAAATTAATATCCCCTTGGTTTCAGTGTTGCCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170458	ACATCAGTGGAAAACACAAATTAATATCCCCTTGGTTTCAGTGTTGCCAT	170507

CU424436.8	1701	GAAACCAGCCAGGCTCCTAATAAAAATTTTTAGTTAGTTAAGAGTTCGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170508	GAAACCAGCCAGGCTCCTAATAAAAATTTTTAGTTAGTTAAGAGTTCGTT	170557

CU424436.8	1751	ATCAAAGGTAGTTATAGACTACCCAAGCAGTCCATAAACAAAATATAGCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170558	ATCAAAGGTAGTTATAGACTACCCAAGCAGTCCATAAACAAAATATAGCA	170607

CU424436.8	1801	GAGGCTGACAATTTAGCTCTACCCAAAGGAGCTGGGGCTGATAAGACACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170608	GAGGCTGACAATTTAGCTCTACCCAAAGGAGCTGGGGCTGATAAGACACT	170657

CU424436.8	1851	AACAGCCTTACCACTAAGGTGGTTGACTGACCAACCCATTTGGATTGATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170658	AACAGCCTTACCACTAAGGTGGTTGACTGACCAACCCATTTGGATTGATC	170707

CU424436.8	1901	AATGGTCTATGACAAAAGAAAAAGTACAGGTATTAGAACAGTTAGTCCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170708	AATGGTCTATGACAAAAGAAAAAGTACAGGTATTAGAACAGTTAGTCCAG	170757

CU424436.8	1951	GAGCAGCTGGAGGCTCAGCATATAGAGGAGTCTTCCAGCCCTTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936847.6	170758	GAGCAGCTGGAGGCTCAGCATATAGAGGAGTCTTCCAGCCCTTGGAATTC	170807

Overview

Query
CU424436.8 - 103344 bps
Hit
CR936847.6 - 170807 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link