<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936847.6	1	GAATTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGGTCCAGGACAGCCAGGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	99663	GAATTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGGTCCAGGACAGCCAGGGA	99712

CR936847.6	51	TACTCAAAGAAACTCTGTCTTGAAAAAAAAAAAAAACACCACAAAAACAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	99713	TACTCAAAGAAACTCTGTCTTGAAAAAAAAAAAAAACACCACAAAAACAA	99762

CR936847.6	101	AACAAAACAAAAAAACAAACAAAAGGGTAGCTTGCACACACCCACTGGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	99763	AACAAAACAAAAAAACAAACAAAAGGGTAGCTTGCACACACCCACTGGCA	99812

CR936847.6	151	CATAACGAGTGTAGTACATGTAACGAGTGTAGTACATGTAGGACAGGTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	99813	CATAACGAGTGTAGTACATGTAACGAGTGTAGTACATGTAGGACAGGTAA	99862

CR936847.6	201	CGCAGAAGACATCAGCACAGTGCTCAGCACACAGTCCCACCATCAAACAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	99863	CGCAGAAGACATCAGCACAGTGCTCAGCACACAGTCCCACCATCAAACAA	99912

CR936847.6	251	TAAGCAGGTGTGAAATAAGATATCACGTCCTTTACAGCTAGAACCTAGGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	99913	TAAGCAGGTGTGAAATAAGATATCACGTCCTTTACAGCTAGAACCTAGGT	99962

CR936847.6	301	TACTTTAGCCTCAAGGGGCTGTGACTATGACTATACTACCATGTTCACCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	99963	TACTTTAGCCTCAAGGGGCTGTGACTATGACTATACTACCATGTTCACCT	100012

CR936847.6	351	CTCTTGAATTTCTAATGCTACTTATAAAGATTTATCTCTATGGTTAAGAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100013	CTCTTGAATTTCTAATGCTACTTATAAAGATTTATCTCTATGGTTAAGAT	100062

CR936847.6	401	CTCTTTGAAAATTATATTTATAGTGTATGCATCCAGGTGTGTGTGTGTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100063	CTCTTTGAAAATTATATTTATAGTGTATGCATCCAGGTGTGTGTGTGTGT	100112

CR936847.6	451	GTGTGTGTGTGTACGTGTGAGAGAGAGAGAGTAACAGGGCATGCATGTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100113	GTGTGTGTGTGTACGTGTGAGAGAGAGAGAGTAACAGGGCATGCATGTGG	100162

CR936847.6	501	AGAACACCTTTCAGACAGCCGTTTCTTGCTTCACTATATGGGTGCGGGGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100163	AGAACACCTTTCAGACAGCCGTTTCTTGCTTCACTATATGGGTGCGGGGG	100212

CR936847.6	551	ATCTAACTCAGGTTGCCAGGCTTGGTGACAAGCACCCCAATCCTCTCAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100213	ATCTAACTCAGGTTGCCAGGCTTGGTGACAAGCACCCCAATCCTCTCAGC	100262

CR936847.6	601	CACTTTGCAGCCCTCCTCTTTTCTTTTTGAGACAGGGTCTCATGTAGCCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100263	CACTTTGCAGCCCTCCTCTTTTCTTTTTGAGACAGGGTCTCATGTAGCCC	100312

CR936847.6	651	ATGCTGGCCACAAACTTAGCTGAAAATGGCCTTTAACTTCTGACCCCAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100313	ATGCTGGCCACAAACTTAGCTGAAAATGGCCTTTAACTTCTGACCCCAAG	100362

CR936847.6	701	TGCTGGGATTACAGACATGCGGTGGTGCTGGGGATTGAGCCCTTTCTAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100363	TGCTGGGATTACAGACATGCGGTGGTGCTGGGGATTGAGCCCTTTCTAAG	100412

CR936847.6	751	CCTTGTCAGTGTTAGCAATACTTGTCCTTAGCCACATCTTCAGCAAAGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100413	CCTTGTCAGTGTTAGCAATACTTGTCCTTAGCCACATCTTCAGCAAAGCT	100462

CR936847.6	801	AAGACTTTAAAAGGAGCTGGAGACGTGGCTCAGAGGCTGAGCAGCAGCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100463	AAGACTTTAAAAGGAGCTGGAGACGTGGCTCAGAGGCTGAGCAGCAGCTG	100512

CR936847.6	851	CTCTTTCACAGGCCCTCGTTCAATTCTCAGCACCCACATGATGTTTCAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100513	CTCTTTCACAGGCCCTCGTTCAATTCTCAGCACCCACATGATGTTTCAAA	100562

CR936847.6	901	GGGATCTGACACCCTCTTCAGGTCTCCATGTATGTGGTGCACAGACACAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100563	GGGATCTGACACCCTCTTCAGGTCTCCATGTATGTGGTGCACAGACACAC	100612

CR936847.6	951	ATGCAAGCAAAACACCCAAACACGTAAATAAAATGGCTAAATCTAATTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100613	ATGCAAGCAAAACACCCAAACACGTAAATAAAATGGCTAAATCTAATTAA	100662

CR936847.6	1001	AAAATTTTCAAAGAGATTAAACATTTTGATTTTGTAGAGATGCTTAGTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100663	AAAATTTTCAAAGAGATTAAACATTTTGATTTTGTAGAGATGCTTAGTGA	100712

CR936847.6	1051	TTTCTCTTTGCAGTTGTATTATATAAGGAATATTGCTCTGATATATTATC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100713	TTTCTCTTTGCAGTTGTATTATATAAGGAATATTGCTCTGATATATTATC	100762

CR936847.6	1101	CGAGAGGGCCTTGAACCTTCTGATTTGGCCTTCTGTTGAGATTAAAGATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100763	CGAGAGGGCCTTGAACCTTCTGATTTGGCCTTCTGTTGAGATTAAAGATA	100812

CR936847.6	1151	TGACCACTATGCCAACTATGTTAGGATCAGGAAAAAGTCATCATCAAACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100813	TGACCACTATGCCAACTATGTTAGGATCAGGAAAAAGTCATCATCAAACA	100862

CR936847.6	1201	AATGGGTGGCACCAGTGGGTAAAGTGCCCACCATCCAGGCCTGATCCTCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100863	AATGGGTGGCACCAGTGGGTAAAGTGCCCACCATCCAGGCCTGATCCTCA	100912

CR936847.6	1251	GAATCCATGTAAAATGGAAAGAATCAAAGAGCTGTCCTCTGGTACCCAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100913	GAATCCATGTAAAATGGAAAGAATCAAAGAGCTGTCCTCTGGTACCCAAA	100962

CR936847.6	1301	CTTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	100963	CTTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	101012

CR936847.6	1351	ACACACACACACACACACAGAGTAATAAATAAAATTAATTATGTGTGTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101013	ACACACACACACACACACAGAGTAATAAATAAAATTAATTATGTGTGTGG	101062

CR936847.6	1401	AGCCACAACGAGTGTTAAAATGAGTTTGCCTAGGAAAGACTGTACTGTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101063	AGCCACAACGAGTGTTAAAATGAGTTTGCCTAGGAAAGACTGTACTGTAT	101112

CR936847.6	1451	AGTAACTAAAAGTCCAAAAAGAATCCAATTAACTTTTCAAAATTTGAGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101113	AGTAACTAAAAGTCCAAAAAGAATCCAATTAACTTTTCAAAATTTGAGAG	101162

CR936847.6	1501	CACAGGAATAACCATAGAGTAAGTAACCACAGTGCTGAGTTAGTGTAAGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101163	CACAGGAATAACCATAGAGTAAGTAACCACAGTGCTGAGTTAGTGTAAGT	101212

CR936847.6	1551	ACACCGGGTGAACACCTTACCTCTGTGCAGTTTAATTGGGCAGGAAAAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101213	ACACCGGGTGAACACCTTACCTCTGTGCAGTTTAATTGGGCAGGAAAAGT	101262

CR936847.6	1601	CAGAGGCAAAGGGATCGTCCTCTCCAGATGCCAGCTTCAGGGCAAGCTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101263	CAGAGGCAAAGGGATCGTCCTCTCCAGATGCCAGCTTCAGGGCAAGCTCT	101312

CR936847.6	1651	AACTCAACACACTCAAACACGTACAGAGAAGGGATGAAGTCAGCCCTGGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101313	AACTCAACACACTCAAACACGTACAGAGAAGGGATGAAGTCAGCCCTGGG	101362

CR936847.6	1701	ATCCCAGGACTTTTCTAACTGTTAAAAACACAAAGGGGAAACAAAGACCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101363	ATCCCAGGACTTTTCTAACTGTTAAAAACACAAAGGGGAAACAAAGACCG	101412

CR936847.6	1751	AAATTTAGACCTCTCATGAATTTGAAAATGTACACAAACACAGAAACAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101413	AAATTTAGACCTCTCATGAATTTGAAAATGTACACAAACACAGAAACAAA	101462

CR936847.6	1801	AAAAGACAGGTCACATAGTCCTTTCAAAAGTTTGATCAGATAGTCGTACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101463	AAAAGACAGGTCACATAGTCCTTTCAAAAGTTTGATCAGATAGTCGTACC	101512

CR936847.6	1851	CTATCCTTAAACATCTCTCTCCCCTGTTAACCTTAGACAGCAATAACAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101513	CTATCCTTAAACATCTCTCTCCCCTGTTAACCTTAGACAGCAATAACAAA	101562

CR936847.6	1901	AACATCAGGAGCCTGGGGAAAAGCTGGCCTAGTGGTCCAAAGATTTGGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101563	AACATCAGGAGCCTGGGGAAAAGCTGGCCTAGTGGTCCAAAGATTTGGCC	101612

CR936847.6	1951	CAAAGGTCAAAACCTTTGTTACCAAGGACTAGACTATAGAAATCAAGCTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936845.11	101613	CAAAGGTCAAAACCTTTGTTACCAAGGACTAGACTATAGAAATCAAGCTG	101662

Overview

Query
CR936847.6 - 170807 bps
Hit
CR936845.11 - 101662 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link