<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR938729.13	1	GGTAAGGGAGCAACTCTTAGGAATAGATTTCTGCCCTTCTATCATGTGAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	172973	GGTAAGGGAGCAACTCTTAGGAATAGATTTCTGCCCTTCTATCATGTGAG	173022

CR938729.13	51	CTCTGGCGATGGAACTCAGTTCATCAACTTTGGTAGGAAAAACCTTTACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173023	CTCTGGCGATGGAACTCAGTTCATCAACTTTGGTAGGAAAAACCTTTACC	173072

CR938729.13	101	TGTCGAGCCCTCTTGCTGGCTCAAGACTCTTATATTTTGAAAGAGAGGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173073	TGTCGAGCCCTCTTGCTGGCTCAAGACTCTTATATTTTGAAAGAGAGGAT	173122

CR938729.13	151	TGTGTAGATATTTTTAAAATAAGCATAAAATAAGTCTAGGTTCTGCTACA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173123	TGTGTAGATATTTTTAAAATAAGCATAAAATAAGTCTAGGTTCTGCTACA	173172

CR938729.13	201	ATCATAGCTGTAGTTGCCTCTGGTCTTAGCTTAGTCATTTTTTTTTCAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173173	ATCATAGCTGTAGTTGCCTCTGGTCTTAGCTTAGTCATTTTTTTTTCAGA	173222

CR938729.13	251	AGCCTCAGTTCCTTCAACTGTAAATGGGGATAGTGAAGTTTAACCTGAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173223	AGCCTCAGTTCCTTCAACTGTAAATGGGGATAGTGAAGTTTAACCTGAAT	173272

CR938729.13	301	TGCAAATACTATCTCAGCAAAATGCCAGCCACATGCTGCAGTATGAGGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173273	TGCAAATACTATCTCAGCAAAATGCCAGCCACATGCTGCAGTATGAGGCT	173322

CR938729.13	351	TATAGTATTTATTGATCAAAGGGCAGTATCTATTGTTACTGCTGCTAGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173323	TATAGTATTTATTGATCAAAGGGCAGTATCTATTGTTACTGCTGCTAGCA	173372

CR938729.13	401	GTAATGTTTCATATTTAAGGTCCTAACATGCTTGTGAACACAAAGCTAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173373	GTAATGTTTCATATTTAAGGTCCTAACATGCTTGTGAACACAAAGCTAAC	173422

CR938729.13	451	ACTTTCTGATATAGTAGAATAGTCCTTATACTTGGCTATTGATTGTAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173423	ACTTTCTGATATAGTAGAATAGTCCTTATACTTGGCTATTGATTGTAATA	173472

CR938729.13	501	GTTAAGTAAAAAAGGGTCATTTGTATTAAAGGTTGCAATAACATGGCATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173473	GTTAAGTAAAAAAGGGTCATTTGTATTAAAGGTTGCAATAACATGGCATT	173522

CR938729.13	551	CCATCACAGGTTGCATTTATTTTGGACACAGGTGTTAAGTGGACGATGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173523	CCATCACAGGTTGCATTTATTTTGGACACAGGTGTTAAGTGGACGATGTT	173572

CR938729.13	601	AGTCCAGTCTGTGATCTGGAATGGTCAGCCTCATACACCTTGTATTCCTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173573	AGTCCAGTCTGTGATCTGGAATGGTCAGCCTCATACACCTTGTATTCCTT	173622

CR938729.13	651	CACTGAGACACTTTGAGGTGCATGGTAGAAATCAGAGCCATAAGAGGCTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173623	CACTGAGACACTTTGAGGTGCATGGTAGAAATCAGAGCCATAAGAGGCTT	173672

CR938729.13	701	GGGATAGTCAATGTATCCAGGGGCAGAATGGATCTCAGACTTTTGACCTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173673	GGGATAGTCAATGTATCCAGGGGCAGAATGGATCTCAGACTTTTGACCTT	173722

CR938729.13	751	GTAGAATGGATGTCAGACTAGAATTTTCTAATGTTTTTCAAGGGCTGTGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173723	GTAGAATGGATGTCAGACTAGAATTTTCTAATGTTTTTCAAGGGCTGTGG	173772

CR938729.13	801	ACTCTTTGTCTGAGAGAAGGAGTTTCTCTAGGGGAGGACAGCTAAGTGTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173773	ACTCTTTGTCTGAGAGAAGGAGTTTCTCTAGGGGAGGACAGCTAAGTGTC	173822

CR938729.13	851	TTGTCTCAGAGGAAGCAGGGTCCTAGGACTGCATCATAGACATATCAGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173823	TTGTCTCAGAGGAAGCAGGGTCCTAGGACTGCATCATAGACATATCAGTG	173872

CR938729.13	901	ACCATTTTGTTACATTTTCGTACGTCATATAGCTCATCCTTAATACAAGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173873	ACCATTTTGTTACATTTTCGTACGTCATATAGCTCATCCTTAATACAAGC	173922

CR938729.13	951	TAAGTGATGCGTGCTTATCCTCTCGCATGTGAAACACATCTGTGGTAGGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173923	TAAGTGATGCGTGCTTATCCTCTCGCATGTGAAACACATCTGTGGTAGGC	173972

CR938729.13	1001	AGAGGCTGTTCAGTAGGTGGCTGCCTGAGCATCAGCTCCCTTTCAGGCTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	173973	AGAGGCTGTTCAGTAGGTGGCTGCCTGAGCATCAGCTCCCTTTCAGGCTC	174022

CR938729.13	1051	AGGTTCTCATCTCCTGACCTCAGCATTTGACTTCTGTCTTCGGTGTTGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174023	AGGTTCTCATCTCCTGACCTCAGCATTTGACTTCTGTCTTCGGTGTTGCT	174072

CR938729.13	1101	TACTTTAAAGTATAAATGGTTGCTGGAATTCTGACTATACGATCTACCTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174073	TACTTTAAAGTATAAATGGTTGCTGGAATTCTGACTATACGATCTACCTG	174122

CR938729.13	1151	GTAGGTGGCGAGAAGGTAATCTCTCTCTTCCGATGGACCTTCTACAACAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174123	GTAGGTGGCGAGAAGGTAATCTCTCTCTTCCGATGGACCTTCTACAACAA	174172

CR938729.13	1201	GTATTTTTCTTAAATCAGGGCAGAACTTGGACACCTAACTATACATGACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174173	GTATTTTTCTTAAATCAGGGCAGAACTTGGACACCTAACTATACATGACA	174222

CR938729.13	1251	AGGGAGGCTGAGATGATCATTCCTGAGTCACATGGGTTTAAGCCAAGCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174223	AGGGAGGCTGAGATGATCATTCCTGAGTCACATGGGTTTAAGCCAAGCTT	174272

CR938729.13	1301	GCTGCGAGAGAAGGGAGAGAAGCGGCCTTGGAGAGGCAGGCAGCTAGCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174273	GCTGCGAGAGAAGGGAGAGAAGCGGCCTTGGAGAGGCAGGCAGCTAGCTT	174322

CR938729.13	1351	TACCGTTTGCAGGCACACAGGGTGTAGACGGAACTGAGTTGCTCCTCTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174323	TACCGTTTGCAGGCACACAGGGTGTAGACGGAACTGAGTTGCTCCTCTGC	174372

CR938729.13	1401	ACCGACACCTTCAGGGGCCAGACACTCCTCATCTTTGAAGACTTTTGAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174373	ACCGACACCTTCAGGGGCCAGACACTCCTCATCTTTGAAGACTTTTGAAG	174422

CR938729.13	1451	CACCCCAGTAATGCAGTGAAGCACAAGTAGGAGCCATGTTTGTATTTTGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174423	CACCCCAGTAATGCAGTGAAGCACAAGTAGGAGCCATGTTTGTATTTTGG	174472

CR938729.13	1501	AGTTCTGTTGCCTGCTTATTTGAAGAGGTAGAAGGTAGATAGACCTTGCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174473	AGTTCTGTTGCCTGCTTATTTGAAGAGGTAGAAGGTAGATAGACCTTGCT	174522

CR938729.13	1551	GCAAAATTACACAGAGTTGAACCTTGGCGGGAGGGGGAGTCTGTAAGCAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174523	GCAAAATTACACAGAGTTGAACCTTGGCGGGAGGGGGAGTCTGTAAGCAA	174572

CR938729.13	1601	AAGTTAAAACATGCAGGGCAAAATCAAAAGCAGGACTCTCAGTTAAGGTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174573	AAGTTAAAACATGCAGGGCAAAATCAAAAGCAGGACTCTCAGTTAAGGTA	174622

CR938729.13	1651	TCAGCCTAGCTACTATCTTAACATCATCTATTCCTCTTGAAACTAGCTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174623	TCAGCCTAGCTACTATCTTAACATCATCTATTCCTCTTGAAACTAGCTAT	174672

CR938729.13	1701	ACCAGGAAGCCCTGAGAGCCGTGCTATTAGCTTTCTAAGACAGGTCCTCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174673	ACCAGGAAGCCCTGAGAGCCGTGCTATTAGCTTTCTAAGACAGGTCCTCC	174722

CR938729.13	1751	CTTGCTCTTCATGAAGTAGAATCATCTGGGTAAAAGCCAATGCTTAAGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174723	CTTGCTCTTCATGAAGTAGAATCATCTGGGTAAAAGCCAATGCTTAAGAT	174772

CR938729.13	1801	TTTGCCCAAGGGTCAGGTTTATTCCATTTTGTTCATTGTTTTCACTCATT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174773	TTTGCCCAAGGGTCAGGTTTATTCCATTTTGTTCATTGTTTTCACTCATT	174822

CR938729.13	1851	CTGCTTTTCTAAGTCATAGAAAACAAAGAAAGCCAAGAAGTGTGTGGTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174823	CTGCTTTTCTAAGTCATAGAAAACAAAGAAAGCCAAGAAGTGTGTGGTAT	174872

CR938729.13	1901	TGTGACAATCTAGAAAATGCGGTCAGGCTTCTGTACCTGTGGGGGGCCCG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174873	TGTGACAATCTAGAAAATGCGGTCAGGCTTCTGTACCTGTGGGGGGCCCG	174922

CR938729.13	1951	CTCTTCCCAGTGTCTTTAGCTTTACCCTGTGTCTTGTCTTTCTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936838.15	174923	CTCTTCCCAGTGTCTTTAGCTTTACCCTGTGTCTTGTCTTTCTGGAATTC	174972

Overview

Query
CR938729.13 - 133279 bps
Hit
CR936838.15 - 174972 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link