<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR383674.8	1	AAGCTTACTGGTAAGCGGCGCTATGGTGAGCTATTTTTTTAGAACAGGCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15229	AAGCTTACTGGTAAGCGGCGCTATGGTGAGCTATTTTTTTAGAACAGGCC	15278

CR383674.8	51	TGTGGGCAACACATATTGGTGGCCCCTGCTTTAAGGTGACATGCTGACTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15279	TGTGGGCAACACATATTGGTGGCCCCTGCTTTAAGGTGACATGCTGACTG	15328

CR383674.8	101	ACTGACTGACAGATGTGTGATGCGTGAGGCCAGCAAACACGACATAGTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15329	ACTGACTGACAGATGTGTGATGCGTGAGGCCAGCAAACACGACATAGTTT	15378

CR383674.8	151	TCAGTGAAGATGAACACAGTTTGCATAATTATACTTAATATAGTTTTATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15379	TCAGTGAAGATGAACACAGTTTGCATAATTATACTTAATATAGTTTTATA	15428

CR383674.8	201	ATGACTTTATCTTGCTGGAGTTTATAGCCGTTTCACTTTACTTCCGGACG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15429	ATGACTTTATCTTGCTGGAGTTTATAGCCGTTTCACTTTACTTCCGGACG	15478

CR383674.8	251	CATTCATGGCGCTCTGTAGGTCTGTTGGAGACATTCATAAATATTCCTAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15479	CATTCATGGCGCTCTGTAGGTCTGTTGGAGACATTCATAAATATTCCTAG	15528

CR383674.8	301	CAAATCAAACACATGTTGAAACATACTCGTTACAAAAACGCACTAAGTCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15529	CAAATCAAACACATGTTGAAACATACTCGTTACAAAAACGCACTAAGTCG	15578

CR383674.8	351	CACTTCAGTAACGTTTAATTGAAAATGCACAAAAAAAAAGGCCTGCCGCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15579	CACTTCAGTAACGTTTAATTGAAAATGCACAAAAAAAAAGGCCTGCCGCC	15628

CR383674.8	401	TCAGCTGGGAAAAATCCTAGAAGAAACACTGTTATAGTTATGATAAAATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15629	TCAGCTGGGAAAAATCCTAGAAGAAACACTGTTATAGTTATGATAAAATA	15678

CR383674.8	451	AACAATAATAGCGGTGTTTTGTGCAAAATTGTGTAAAACACAAATTTTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15679	AACAATAATAGCGGTGTTTTGTGCAAAATTGTGTAAAACACAAATTTTTG	15728

CR383674.8	501	CTAATCTTATTAGTGATGGTAGAAACTTTGCTTTAAGCGTTCGAAACATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15729	CTAATCTTATTAGTGATGGTAGAAACTTTGCTTTAAGCGTTCGAAACATG	15778

CR383674.8	551	GTCGGGACACCCACTGGTCAAAACCATGTAACAAATGTTAAGGTAAAACC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15779	GTCGGGACACCCACTGGTCAAAACCATGTAACAAATGTTAAGGTAAAACC	15828

CR383674.8	601	AATCCAATGCTGTTTGCTTATTGTCTAATACCATTAAATATAAAGTGTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15829	AATCCAATGCTGTTTGCTTATTGTCTAATACCATTAAATATAAAGTGTCT	15878

CR383674.8	651	GAATAATATGCATTCCTTAATCATTTTAAAACTTGTATTGTTTGTTTAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15879	GAATAATATGCATTCCTTAATCATTTTAAAACTTGTATTGTTTGTTTAAT	15928

CR383674.8	701	AGTGGGATTTCATAAACATTTCAACAAGAGGCTATTATTGTTCTCTTTTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15929	AGTGGGATTTCATAAACATTTCAACAAGAGGCTATTATTGTTCTCTTTTG	15978

CR383674.8	751	TTCTAAACAAAATGTCTCCGTAAAGGTCAATAAACTTGTAAAACTGATCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	15979	TTCTAAACAAAATGTCTCCGTAAAGGTCAATAAACTTGTAAAACTGATCT	16028

CR383674.8	801	GAGATTATGTAAAAATTCACCACAGGGGTGATCTGAGTGAACCTGCATCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16029	GAGATTATGTAAAAATTCACCACAGGGGTGATCTGAGTGAACCTGCATCA	16078

CR383674.8	851	TTCATGTAGATCTTCTGAAATTACACAGCTTGCCCAAATGGAGAAGCATT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16079	TTCATGTAGATCTTCTGAAATTACACAGCTTGCCCAAATGGAGAAGCATT	16128

CR383674.8	901	GATGTCTTTTTTTTTTTTAATTATGAGGTAACAAATCTGTTTACTGTAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16129	GATGTCTTTTTTTTTTTTAATTATGAGGTAACAAATCTGTTTACTGTAAT	16178

CR383674.8	951	CGCAAGACGTTGCCAGTTTGATATGCACTCTAAACACTGTTTCGCAATAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16179	CGCAAGACGTTGCCAGTTTGATATGCACTCTAAACACTGTTTCGCAATAA	16228

CR383674.8	1001	GATTTGGAAGCTTTGTAAAGAAATGTTTCAAAAGCAGCCATCACTACTAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16229	GATTTGGAAGCTTTGTAAAGAAATGTTTCAAAAGCAGCCATCACTACTAA	16278

CR383674.8	1051	TAATTCAATTAATAGTCATTTTTATATTGTATGATATATAAAACTGTTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16279	TAATTCAATTAATAGTCATTTTTATATTGTATGATATATAAAACTGTTAT	16328

CR383674.8	1101	CATGAGCTTATCGATATGAAAAGATTGGTTTTCATAGAAAAGATTTGACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16329	CATGAGCTTATCGATATGAAAAGATTGGTTTTCATAGAAAAGATTTGACC	16378

CR383674.8	1151	CATTAATGCACTTTCCACTTAGCAATGTGTTTTTGTTTTTCTTTTACTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16379	CATTAATGCACTTTCCACTTAGCAATGTGTTTTTGTTTTTCTTTTACTCA	16428

CR383674.8	1201	CATTTTCAAGTTAGTTTAGTTTCAGTTAGGTTTTGAATAAATCTCTGCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16429	CATTTTCAAGTTAGTTTAGTTTCAGTTAGGTTTTGAATAAATCTCTGCAT	16478

CR383674.8	1251	TATATATTAACAAGCAAGGATTCTCCAGTTTGAGTAGAGATAGTTTTATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16479	TATATATTAACAAGCAAGGATTCTCCAGTTTGAGTAGAGATAGTTTTATT	16528

CR383674.8	1301	TGAAAATCCACCACATATTTTTTGCTTCCTCTATAGCATGAGATAATTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16529	TGAAAATCCACCACATATTTTTTGCTTCCTCTATAGCATGAGATAATTTT	16578

CR383674.8	1351	TTTAAGCTAAAATACTTAAGAAAACTGATAATACATAAAGTCTTTGCATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16579	TTTAAGCTAAAATACTTAAGAAAACTGATAATACATAAAGTCTTTGCATT	16628

CR383674.8	1401	TCACTTCAAATTCTGCTCTATACAGCATCATGGAGCCATATACAGTGTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16629	TCACTTCAAATTCTGCTCTATACAGCATCATGGAGCCATATACAGTGTGA	16678

CR383674.8	1451	TACTTGTTAATGTGTTTCAGCACATGTCACACACACTTCAATATTACCCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16679	TACTTGTTAATGTGTTTCAGCACATGTCACACACACTTCAATATTACCCC	16728

CR383674.8	1501	GAGGATAAAAATTCACTCTTTCGCTAAGCGCAGGTTTGAAAAGGAAAATG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16729	GAGGATAAAAATTCACTCTTTCGCTAAGCGCAGGTTTGAAAAGGAAAATG	16778

CR383674.8	1551	TAAATCTAGTTCATCTGAGACTTGATTACAATCAGCGGTCAAGATTCAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16779	TAAATCTAGTTCATCTGAGACTTGATTACAATCAGCGGTCAAGATTCAGT	16828

CR383674.8	1601	GATGGAGAAGTCCATTTTAATGTCACCGGAATGAGGTTCAAAGGTTAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16829	GATGGAGAAGTCCATTTTAATGTCACCGGAATGAGGTTCAAAGGTTAAAC	16878

CR383674.8	1651	TATAGGAAAGATCTTCTCTTCCATCGCCAGAGGTTTCCTTTGCAGATCTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16879	TATAGGAAAGATCTTCTCTTCCATCGCCAGAGGTTTCCTTTGCAGATCTG	16928

CR383674.8	1701	AAGAAAAACACTCCTTGTTTCCGGTGCGGGTTCCATTCACAAGCTCCCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16929	AAGAAAAACACTCCTTGTTTCCGGTGCGGGTTCCATTCACAAGCTCCCTG	16978

CR383674.8	1751	TTAAATGAGAAAACGTAATGAAGGTGAAGAGGGCAACAGAGCGCCGCTTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	16979	TTAAATGAGAAAACGTAATGAAGGTGAAGAGGGCAACAGAGCGCCGCTTG	17028

CR383674.8	1801	ATTATTACTGTCTGTTTGAATTTCCATTTCAACTTCATTGAGGATGATTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	17029	ATTATTACTGTCTGTTTGAATTTCCATTTCAACTTCATTGAGGATGATTT	17078

CR383674.8	1851	ATTAAGGCTGACGCTTCATCTGAATGCTGATATTGCTTGTACACAAGGAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	17079	ATTAAGGCTGACGCTTCATCTGAATGCTGATATTGCTTGTACACAAGGAG	17128

CR383674.8	1901	AGTACCTCTTGGCTGACTGCTTTGGTGAGGCCCATGCTGACGCTGATGTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	17129	AGTACCTCTTGGCTGACTGCTTTGGTGAGGCCCATGCTGACGCTGATGTC	17178

CR383674.8	1951	ATCAGTCAGCTGATACTCCATCCACAGTGCCACACCATGACAGCGTCCTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936468.7	17179	ATCAGTCAGCTGATACTCCATCCACAGTGCCACACCATGACAGCGTCCTC	17228

Overview

Query
CR383674.8 - 212086 bps
Hit
CR936468.7 - 17228 bps
Total alignments
19
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001943200012000115229172281
298.57307156045561151435944281
310032655607656140-1436444281
4100306130069301291436444241
510030611291312973-1436644261
610031633324033302-1436644281
71003265125047125111-1436644301
810032651250481251121436644301
9100326533240333041436744311
10100306212913129741436944301
1188.27991663750837673-1878589461
1289.85851281572371573641878989161
1390871304189342022-1882389521
1495.5635454186241906-1895389971
1597.3910301138256792681618997101461
1686.671202161164011855110145103541
1792.5961814358143661110145102251
1882.9251135206595206729110189103111
1988.8936646549165554-112983130451
Short-link