<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT868696.4	2000	AAGCTTTGTTTATTCTGCCACCTTTTAAGCTAGTTTATGAACGATAAACA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1	AAGCTTTGTTTATTCTGCCACCTTTTAAGCTAGTTTATGAACGATAAACA	50

C  CT868696.4	1950	ACAAAATCTCGTGATTAAACTGTGGTCAACAAATATCAAAGAGGGTTATT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	51	ACAAAATCTCGTGATTAAACTGTGGTCAACAAATATCAAAGAGGGTTATT	100

C  CT868696.4	1900	AGAAAAAGCATTTGTTGCTTTTAAAGAAGAAGAAGAAGAATAACCATTGG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	101	AGAAAAAGCATTTGTTGCTTTTAAAGAAGAAGAAGAAGAATAACCATTGG	150

C  CT868696.4	1850	CAACAGGGCTTTGTTAATGTTATGAAGAGGGTGTTTAAGCTGGTAATACA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	151	CAACAGGGCTTTGTTAATGTTATGAAGAGGGTGTTTAAGCTGGTAATACA	200

C  CT868696.4	1800	ACTTTGATCTTCGTGTGGAAACATTATTCCCAAAATGGATTCTGAAAATT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	201	ACTTTGATCTTCGTGTGGAAACATTATTCCCAAAATGGATTCTGAAAATT	250

C  CT868696.4	1750	GAAGAAGGGAAGGAACCTTATATAACAGTAGTGAACAGTATCAAAATGTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	251	GAAGAAGGGAAGGAACCTTATATAACAGTAGTGAACAGTATCAAAATGTT	300

C  CT868696.4	1700	ATGTTTGTTTGATTGGGTGCCTTCTGCCTACTAAGACTATTGCTAGCATT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	301	ATGTTTGTTTGATTGGGTGCCTTCTGCCTACTAAGACTATTGCTAGCATT	350

C  CT868696.4	1650	ATATTATATCCCTCTCTTAAGCTGACAAAAAATCTTTTGATGTTTAGATT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	351	ATATTATATCCCTCTCTTAAGCTGACAAAAAATCTTTTGATGTTTAGATT	400

C  CT868696.4	1600	TATCGTCATTTGCTTTTATCTTAATGAATTTCTGGTAGAGTAGACATTAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	401	TATCGTCATTTGCTTTTATCTTAATGAATTTCTGGTAGAGTAGACATTAT	450

C  CT868696.4	1550	GGAATCTCAATCTAAACTACGATTGTATTTATTTTGCGGGGGCTGTTTTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	451	GGAATCTCAATCTAAACTACGATTGTATTTATTTTGCGGGGGCTGTTTTG	500

C  CT868696.4	1500	ATTTCTCTACCAATTTTAGTAAAGTTTACACTGAATAGAAGTGGTGTTCC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	501	ATTTCTCTACCAATTTTAGTAAAGTTTACACTGAATAGAAGTGGTGTTCC	550

C  CT868696.4	1450	TTTCTGTCATATATCAGGTGACTCTCTCAGTGATATTGACTGCTGCTGGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	551	TTTCTGTCATATATCAGGTGACTCTCTCAGTGATATTGACTGCTGCTGGA	600

C  CT868696.4	1400	GTTCTCATAGCAGCCCTTGGAGATTTTTCCTTTGACCTTTTTGGGTATAG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	601	GTTCTCATAGCAGCCCTTGGAGATTTTTCCTTTGACCTTTTTGGGTATAG	650

C  CT868696.4	1350	CATGGCTTTCATTTCTGTTTTCTTCCAGGTGATATGCTGATATTTTGTTG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	651	CATGGCTTTCATTTCTGTTTTCTTCCAGGTGATATGCTGATATTTTGTTG	700

C  CT868696.4	1300	TCCATAATCCTTTAAATGGAGTAATAGATAATGTAAATGAGCATGCTTTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	701	TCCATAATCCTTTAAATGGAGTAATAGATAATGTAAATGAGCATGCTTTT	750

C  CT868696.4	1250	CTCATAGTGTTGCCTACTCTTCTATGCAGACCATGTACCTTGTGCTGGTG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	751	CTCATAGTGTTGCCTACTCTTCTATGCAGACCATGTACCTTGTGCTGGTG	800

C  CT868696.4	1200	GAAAAATCTGGTGCTGAGAATGGACTTTCATCAGTGGAAATCATGTTCTA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	801	GAAAAATCTGGTGCTGAGAATGGACTTTCATCAGTGGAAATCATGTTCTA	850

C  CT868696.4	1150	CAACAGTTTTTTATCTCTTCCGTTTTTGATGTTTCTTATTATAGCCACAG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	851	CAACAGTTTTTTATCTCTTCCGTTTTTGATGTTTCTTATTATAGCCACAG	900

C  CT868696.4	1100	GGGAATTCCCATATTCTTTATCTGTATTATTTGCAAAGGTCAGACTCTTA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	901	GGGAATTCCCATATTCTTTATCTGTATTATTTGCAAAGGTCAGACTCTTA	950

C  CT868696.4	1050	ACGTTATTCTTTGGATCAAAATTGATTCTGCGCTACCATGTTTTGAATGT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	951	ACGTTATTCTTTGGATCAAAATTGATTCTGCGCTACCATGTTTTGAATGT	1000

C  CT868696.4	1000	TGGCATTTTCTGTCTTTTGATCTAGACAGTCTGATAAATACAATGCTTTC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1001	TGGCATTTTCTGTCTTTTGATCTAGACAGTCTGATAAATACAATGCTTTC	1050

C  CT868696.4	950	AAAATTAACTGCTAAAAGTCTGTCTTTTGATCTACACAATCTGATAAATA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1051	AAAATTAACTGCTAAAAGTCTGTCTTTTGATCTACACAATCTGATAAATA	1100

C  CT868696.4	900	AATATAATGTTTTCAAGATAAACTGCTAAAAGTCTTGGTTATTGTTTGAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1101	AATATAATGTTTTCAAGATAAACTGCTAAAAGTCTTGGTTATTGTTTGAT	1150

C  CT868696.4	850	TTTGATCTACTTACTATTAGGTTATCCCTAATACTAAATGTTTTGTGCTT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1151	TTTGATCTACTTACTATTAGGTTATCCCTAATACTAAATGTTTTGTGCTT	1200

C  CT868696.4	800	ATTCATTGTCTTGTGCTTGTCTTTCCGAGTTGTCGGGCAACTCAAAGGGA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1201	ATTCATTGTCTTGTGCTTGTCTTTCCGAGTTGTCGGGCAACTCAAAGGGA	1250

C  CT868696.4	750	ATTATCAATTATGTCAGCGCCAGTCTTCCCCTCCTCGGTCTGGTTTGAGT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1251	ATTATCAATTATGTCAGCGCCAGTCTTCCCCTCCTCGGTCTGGTTTGAGT	1300

C  CT868696.4	700	AGTTTTATGCTAATATTCCACCTATTTTTTCACTCAAAATAACACCTACC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1301	AGTTTTATGCTAATATTCCACCTATTTTTTCACTCAAAATAACACCTACC	1350

C  CT868696.4	650	TGTTGAGGAGGGGGGGTTGAGGTTTGGAGAGAATTTAAGTTTGTGGGAAC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1351	TGTTGAGGAGGGGGGGTTGAGGTTTGGAGAGAATTTAAGTTTGTGGGAAC	1400

C  CT868696.4	600	TCGGGATTGGGCATGAAACAGAAATCTTGTTGAAAGAAAAATAGGGAAAG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1401	TCGGGATTGGGCATGAAACAGAAATCTTGTTGAAAGAAAAATAGGGAAAG	1450

C  CT868696.4	550	GGTGTGCAATTACTTGAGTGTCGTGGAAAGCAAGTTTAATACTTCCGCTT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1451	GGTGTGCAATTACTTGAGTGTCGTGGAAAGCAAGTTTAATACTTCCGCTT	1500

C  CT868696.4	500	AGAATAACTTTTAATTTTGGCATGATAAGACGGGTCTTTTCCAGTACCTA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1501	AGAATAACTTTTAATTTTGGCATGATAAGACGGGTCTTTTCCAGTACCTA	1550

C  CT868696.4	450	TTTGTCTATTCTATGATAATGAACTAGATGCTCTATAATTATAAATTAAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1551	TTTGTCTATTCTATGATAATGAACTAGATGCTCTATAATTATAAATTAAT	1600

C  CT868696.4	400	TGTCAGATCAATTGACAGTTTATTCAGTTCTAAATTATATCAGGCTAAGT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1601	TGTCAGATCAATTGACAGTTTATTCAGTTCTAAATTATATCAGGCTAAGT	1650

C  CT868696.4	350	GTATTTCTCAAATGAGAATAAATTATAGATTGTATAAACTTTGTTGTGAT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1651	GTATTTCTCAAATGAGAATAAATTATAGATTGTATAAACTTTGTTGTGAT	1700

C  CT868696.4	300	GGTTAACATCAGAAACCATTGCTTTCAACATATCTGGGAAAGACTAAAAG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1701	GGTTAACATCAGAAACCATTGCTTTCAACATATCTGGGAAAGACTAAAAG	1750

C  CT868696.4	250	TTTGCATATATCTGATAACGTGACATGGCTGTGTCATTTATTATTTTAGT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1751	TTTGCATATATCTGATAACGTGACATGGCTGTGTCATTTATTATTTTAGT	1800

C  CT868696.4	200	GTTATATTGATGTGAAAGCTAGCATCTAACTTAACTATTTTTTTTTCCTT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1801	GTTATATTGATGTGAAAGCTAGCATCTAACTTAACTATTTTTTTTTCCTT	1850

C  CT868696.4	150	CGCAGAGTTATTCTTTTTCATTTCTGGTGATCCTTATTCTTTCGTTGGTG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1851	CGCAGAGTTATTCTTTTTCATTTCTGGTGATCCTTATTCTTTCGTTGGTG	1900

C  CT868696.4	100	ATGGGCATTGTTCTCAACTTCACCATGTTCTTGTGCACTATTGTTAATTC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1901	ATGGGCATTGTTCTCAACTTCACCATGTTCTTGTGCACTATTGTTAATTC	1950

C  CT868696.4	50	TGCTTTAACTACAACGATTGTGGGTGTTCTTAAAGGAGTTGGTTCCACGG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936368.12	1951	TGCTTTAACTACAACGATTGTGGGTGTTCTTAAAGGAGTTGGTTCCACGG	2000

Overview

Query
CT868696.4 - 24991 bps
Hit
CR936368.12 - 140262 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link