<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR354582.14	1	GAATTCATCCTCGGTAAGTGTTAAAATATGACTTTTGTCCGTTAAATGAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	1995	GAATTCATCCTCGGTAAGTGTTAAAATATGACTTTTGTCCGTTAAATGAG	2044

CR354582.14	51	TGTTGTATGTGTATTTCTGTATAGTGCATGTCATTTAACAGGAATTTACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2045	TGTTGTATGTGTATTTCTGTATAGTGCATGTCATTTAACAGGAATTTACC	2094

CR354582.14	101	GAGTACTTTAGTTGTACTCGCACGTAACTTACAGGGTTTAAGCGCGCCTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2095	GAGTACTTTAGTTGTACTCGCACGTAACTTACAGGGTTTAAGCGCGCCTT	2144

CR354582.14	151	TTTTAAAACAGGAAATTAACGACGCCAGATGGTGATTGTAGTGTTTTCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2145	TTTTAAAACAGGAAATTAACGACGCCAGATGGTGATTGTAGTGTTTTCTG	2194

CR354582.14	201	AGGTATTAGCATAACGTTAACGTTAGTTCCTGATAAAAGAAAGGGGATTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2195	AGGTATTAGCATAACGTTAACGTTAGTTCCTGATAAAAGAAAGGGGATTT	2244

CR354582.14	251	TCTTTTATTAACTTCTTGTTAACTGCATTTTCTGTTTCAGTAACTTACAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2245	TCTTTTATTAACTTCTTGTTAACTGCATTTTCTGTTTCAGTAACTTACAA	2294

CR354582.14	301	GACTGAAGTAAAGGTGAAATGACTAAAGTTAAGGTAAGCTCTGACCTTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2295	GACTGAAGTAAAGGTGAAATGACTAAAGTTAAGGTAAGCTCTGACCTTCA	2344

CR354582.14	351	CTTAAGTTAACGTTACGGTTAGTCACCATCATGTACGTTAATTTTGTTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2345	CTTAAGTTAACGTTACGGTTAGTCACCATCATGTACGTTAATTTTGTTCA	2394

CR354582.14	401	CTGTAACGTTAACGTTAAGTTAGTTAAATAAACTAAACTCATTATGAAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2395	CTGTAACGTTAACGTTAAGTTAGTTAAATAAACTAAACTCATTATGAAAC	2444

CR354582.14	451	AAGTCTTAACTGTTTTACTAAATGAGGCTTATAATACAATTCAGTTGTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2445	AAGTCTTAACTGTTTTACTAAATGAGGCTTATAATACAATTCAGTTGTAT	2494

CR354582.14	501	TCTTTTAAACTAACACTAACACAGTACATGTATATTTCTCACTGGTGTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2495	TCTTTTAAACTAACACTAACACAGTACATGTATATTTCTCACTGGTGTTA	2544

CR354582.14	551	ATGCATTGCTAACATTTACTAATGAGAACTAATTGTATATTGTCACTAAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2545	ATGCATTGCTAACATTTACTAATGAGAACTAATTGTATATTGTCACTAAC	2594

CR354582.14	601	TGTAGATTTTGTTTTTTGGTGTTCAGGTGTACCTGATAATAGCTGAAGTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2595	TGTAGATTTTGTTTTTTGGTGTTCAGGTGTACCTGATAATAGCTGAAGTG	2644

CR354582.14	651	TGAGGTGAGTGTAAATTCTGAGCACACAAATATAGCCTAAATTCATTATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2645	TGAGGTGAGTGTAAATTCTGAGCACACAAATATAGCCTAAATTCATTATC	2694

CR354582.14	701	ACGATCTAAACCTATATATATATATATATATATATATATATATATATAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2695	ACGATCTAAACCTATATATATATATATATATATATATATATATATATAGA	2744

CR354582.14	751	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTATGTGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2745	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTATGTGTGT	2794

CR354582.14	801	GCGTGTGTTAAGTTGAGTCTTATTCTACTCTTATTATATTCATATTTTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2795	GCGTGTGTTAAGTTGAGTCTTATTCTACTCTTATTATATTCATATTTTTT	2844

CR354582.14	851	TGCAGCCATTGATGTTGAAACACTGATGCTACCAATCAACCCTTGCTTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2845	TGCAGCCATTGATGTTGAAACACTGATGCTACCAATCAACCCTTGCTTGA	2894

CR354582.14	901	TTATTAAAGGTAATGTTGATGCCTTCCTCATTTTTATTAGATTTTTAAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2895	TTATTAAAGGTAATGTTGATGCCTTCCTCATTTTTATTAGATTTTTAAAT	2944

CR354582.14	951	GTCAGGTTTTTCACAGATTTGTTGTGAGCAGTTTCTTGTACAAACTCTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2945	GTCAGGTTTTTCACAGATTTGTTGTGAGCAGTTTCTTGTACAAACTCTTT	2994

CR354582.14	1001	TTCTTCTTCCAGAAGTTCCACCAGTACCTTCAGTAGTAGTAAATATTAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	2995	TTCTTCTTCCAGAAGTTCCACCAGTACCTTCAGTAGTAGTAAATATTAGA	3044

CR354582.14	1051	CAAAGATTTTTTTTTAAACTATAGTTTTTATTTTCATTAGCAATTTTACT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3045	CAAAGATTTTTTTTTAAACTATAGTTTTTATTTTCATTAGCAATTTTACT	3094

CR354582.14	1101	GGGCATGTGTGTTTGTTTGCTTGGTTTTTAATAGGCAGAGCATGGAATGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3095	GGGCATGTGTGTTTGTTTGCTTGGTTTTTAATAGGCAGAGCATGGAATGT	3144

CR354582.14	1151	CAACTTTGTTTCTACAAACAAATTTAATTATTCACAAACACCTCTAATTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3145	CAACTTTGTTTCTACAAACAAATTTAATTATTCACAAACACCTCTAATTT	3194

CR354582.14	1201	AGTCCTTCTTTCCCCCTTTTAGTCTTATTCCTTGGAGGGTCGAGTGGTCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3195	AGTCCTTCTTTCCCCCTTTTAGTCTTATTCCTTGGAGGGTCGAGTGGTCA	3244

CR354582.14	1251	TGGGACCTCACCTGGATTTCACAACTGACTTTGGATCTGGTCTGAAACTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3245	TGGGACCTCACCTGGATTTCACAACTGACTTTGGATCTGGTCTGAAACTG	3294

CR354582.14	1301	AAGTATGCTGAAGATGCCTTTTGCACTCTGGAATTTAAGGTAATCTCTAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3295	AAGTATGCTGAAGATGCCTTTTGCACTCTGGAATTTAAGGTAATCTCTAC	3344

CR354582.14	1351	AATAAAAATTTTAACTGAGGGCTTGTTTTGGGGGGGTTAAACAAGGATTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3345	AATAAAAATTTTAACTGAGGGCTTGTTTTGGGGGGGTTAAACAAGGATTG	3394

CR354582.14	1401	TATAGGAGCACAAGTCATGACTCCCCTTGTCCCCTTGTTATAAAGGGCCG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3395	TATAGGAGCACAAGTCATGACTCCCCTTGTCCCCTTGTTATAAAGGGCCG	3444

CR354582.14	1451	TGTTGCAGACACAATTTGTTTGTCTGTGCTGGAGACCAGAGGGGAAGCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3445	TGTTGCAGACACAATTTGTTTGTCTGTGCTGGAGACCAGAGGGGAAGCTG	3494

CR354582.14	1501	TCTTTAAAAGGATGGGGCTCTTATACCATATGTGAAGTTACCTATTCAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3495	TCTTTAAAAGGATGGGGCTCTTATACCATATGTGAAGTTACCTATTCAGG	3544

CR354582.14	1551	TGAGTAGATTACATGCAAGTCATTGCAAATGCATAAATAGTGGGAAATTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3545	TGAGTAGATTACATGCAAGTCATTGCAAATGCATAAATAGTGGGAAATTT	3594

CR354582.14	1601	TTACTGGGCAGCACAAATTAAGTGAAACTCAAAACATGTGGAAGAATATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3595	TTACTGGGCAGCACAAATTAAGTGAAACTCAAAACATGTGGAAGAATATT	3644

CR354582.14	1651	TAGAATATTTGCAAAAAACTTGATTGAAATGAAAACAACACAAGTGCTGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3645	TAGAATATTTGCAAAAAACTTGATTGAAATGAAAACAACACAAGTGCTGT	3694

CR354582.14	1701	ATCACTTCAATCAAGTTTTTTTTGCAAAATTTTCCTAATATTTAAATCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3695	ATCACTTCAATCAAGTTTTTTTTGCAAAATTTTCCTAATATTTAAATCAT	3744

CR354582.14	1751	GAAAAATTAGCTTGATGCAAGAAACATCCTGCTAGTATTCAAGAGCAAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3745	GAAAAATTAGCTTGATGCAAGAAACATCCTGCTAGTATTCAAGAGCAAGT	3794

CR354582.14	1801	GCTGTGATGCACGTGTTCACTTTGCAATAAGTGTGAACCCAGCATTAGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3795	GCTGTGATGCACGTGTTCACTTTGCAATAAGTGTGAACCCAGCATTAGAT	3844

CR354582.14	1851	TATAGTCTGTAAACAGAAGGTGTAAATCAAATCAACTGTTTTAAAATGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3845	TATAGTCTGTAAACAGAAGGTGTAAATCAAATCAACTGTTTTAAAATGCT	3894

CR354582.14	1901	CTGCCGAGGTCATTAAAATCACTATTTGTTGTTAGACTGTTCTTGAATGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3895	CTGCCGAGGTCATTAAAATCACTATTTGTTGTTAGACTGTTCTTGAATGT	3944

CR354582.14	1951	GTGTTTGTGATGGAAATGTTTTTCAGATGTTTTTGTTTAAATAATTGCAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR936338.6	3945	GTGTTTGTGATGGAAATGTTTTTCAGATGTTTTTGTTTAAATAATTGCAG	3994

Overview

Query
CR354582.14 - 227074 bps
Hit
CR936338.6 - 3994 bps
Total alignments
16
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019152000120001199539941
210034691369901370581104511131
31003368144220144287-1104611131
410033681011861012531104611131
510031631371281371901104611081
61003367101188101254-1104711131
71003367130071130137-1104711131
81003367136993137059-1104711131
91003367137287137353-1104711131
101003367176652176718-1104711131
11100316340526405881104711091
1210033671300721301381104711131
1310033671372881373541104711131
1410033671766511767171104711131
1510031634052640588-1105011121
161003062137129137190-1105111121
Short-link