<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005388.20	220740	AAGCTTCCCAAATCCACATACAGAGGTGTAAATGCAAAAATTTGAAATCA	220691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4351	AAGCTTCCCAAATCCACATACAGAGGTGTAAATGCAAAAATTTGAAATCA	4400

C  BX005388.20	220690	TTTTAAAGAAAACCCTTTGAATTTTCATAAAACACTATTAAAAGTGTTTA	220641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4401	TTTTAAAGAAAACCCTTTGAATTTTCATAAAACACTATTAAAAGTGTTTA	4450

C  BX005388.20	220640	AAATAACTGTATATGTTGTCTGTCTTATAATAAATAGTTTTTTTTTATAT	220591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4451	AAATAACTGTATATGTTGTCTGTCTTATAATAAATAGTTTTTTTTTATAT	4500

C  BX005388.20	220590	ATACTCAAATTTGAAAGTGTACCATTTAGGTTTTGTGTGGTCTAGCTTGC	220541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4501	ATACTCAAATTTGAAAGTGTACCATTTAGGTTTTGTGTGGTCTAGCTTGC	4550

C  BX005388.20	220540	TTTAATTAATTTTGCTGGTTCCTGCACATGTCTGTTATCATAGGAAAAAA	220491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4551	TTTAATTAATTTTGCTGGTTCCTGCACATGTCTGTTATCATAGGAAAAAA	4600

C  BX005388.20	220490	GAAAAATGTCTCTATCACAATCTATGCAAAAGTTATCGTATTCCAATTGA	220441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4601	GAAAAATGTCTCTATCACAATCTATGCAAAAGTTATCGTATTCCAATTGA	4650

C  BX005388.20	220440	TGAGAGGTGCTATACAAGCCAAAGGGATCGATCATTATTTTCACATTTCA	220391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4651	TGAGAGGTGCTATACAAGCCAAAGGGATCGATCATTATTTTCACATTTCA	4700

C  BX005388.20	220390	CTATTCTTTTGTTTGATCAAACATAATTCACTGTGTTTGGACCACGTCAG	220341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4701	CTATTCTTTTGTTTGATCAAACATAATTCACTGTGTTTGGACCACGTCAG	4750

C  BX005388.20	220340	ACATATAAAAGAAATTCTTATGCACATCACCTCAAAAACAGAGAAGAATG	220291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4751	ACATATAAAAGAAATTCTTATGCACATCACCTCAAAAACAGAGAAGAATG	4800

C  BX005388.20	220290	GCCATGAAGCACACAGCATAAGGTAAGAGATGACTGTTGTCTTTGCAATC	220241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4801	GCCATGAAGCACACAGCATAAGGTAAGAGATGACTGTTGTCTTTGCAATC	4850

C  BX005388.20	220240	TGGGGCTGCTTAGTGATCATAAATGTATTGTTTTTACTTCTGCGCTATGG	220191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4851	TGGGGCTGCTTAGTGATCATAAATGTATTGTTTTTACTTCTGCGCTATGG	4900

C  BX005388.20	220190	AAACACCGCGATTCATTCGACAACTGTTTGATATGTGAATTTAATTCAGT	220141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4901	AAACACCGCGATTCATTCGACAACTGTTTGATATGTGAATTTAATTCAGT	4950

C  BX005388.20	220140	AAAAAGAATGCTAGAACTGTATGAGCACCAGCAAGAGCTTTCATTTGAGC	220091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	4951	AAAAAGAATGCTAGAACTGTATGAGCACCAGCAAGAGCTTTCATTTGAGC	5000

C  BX005388.20	220090	TATAACTTGTACATGTGTCATATGAAAAATATAAAAATAAACCAATGTAA	220041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5001	TATAACTTGTACATGTGTCATATGAAAAATATAAAAATAAACCAATGTAA	5050

C  BX005388.20	220040	AATACCTAGCTCGGGTCTCCAAAATACTGTGTATTAAAGTGTAAATAACT	219991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5051	AATACCTAGCTCGGGTCTCCAAAATACTGTGTATTAAAGTGTAAATAACT	5100

C  BX005388.20	219990	TTTGTACAGTAGAATAAAAACCAAATTGATGCATATGTGCATAAAATGTA	219941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5101	TTTGTACAGTAGAATAAAAACCAAATTGATGCATATGTGCATAAAATGTA	5150

C  BX005388.20	219940	GATTCTACACTTTCAAACGAAACAACTTAAAGGGGTCTGGTGCAATGCTA	219891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5151	GATTCTACACTTTCAAACGAAACAACTTAAAGGGGTCTGGTGCAATGCTA	5200

C  BX005388.20	219890	GCCCTTTAAATCTTGAAGTGAAAGTTGATGACATCAACTGGTTAAAACAA	219841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5201	GCCCTTTAAATCTTGAAGTGAAAGTTGATGACATCAACTGGTTAAAACAA	5250

C  BX005388.20	219840	AATTACTTACCTCTTTTCAAATTTTAACATATATGCTTTAAGCTTTTTTT	219791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5251	AATTACTTACCTCTTTTCAAATTTTAACATATATGCTTTAAGCTTTTTTT	5300

C  BX005388.20	219790	TTTTTTTTTTTTTTTACAGTTTCTGCAGCATCAACCAGAGAGACTTTTTA	219741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5301	TTTTTTTTTTTTTTTACAGTTTCTGCAGCATCAACCAGAGAGACTTTTTA	5350

C  BX005388.20	219740	AAAATAAATAATGTAAAAACTTGTATTTTTAAAACAATTGCCAATTTTTA	219691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5351	AAAATAAATAATGTAAAAACTTGTATTTTTAAAACAATTGCCAATTTTTA	5400

C  BX005388.20	219690	ACCATACTAGGAAAGTGCTGAAGTTTGTCAGACAGTGCAACATTAAAATA	219641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5401	ACCATACTAGGAAAGTGCTGAAGTTTGTCAGACAGTGCAACATTAAAATA	5450

C  BX005388.20	219640	TTCCATTTACATTTTAAACTTTTGACAACTTCAAACTGAAAACCTTTAAG	219591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5451	TTCCATTTACATTTTAAACTTTTGACAACTTCAAACTGAAAACCTTTAAG	5500

C  BX005388.20	219590	CTATAAGCTTTTAAAACTTATTCAAACTTTCTTGTCAGCCAACGTCAGTT	219541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5501	CTATAAGCTTTTAAAACTTATTCAAACTTTCTTGTCAGCCAACGTCAGTT	5550

C  BX005388.20	219540	ATCACACACACACGCACATACCGTATGCGTGCGCACACACACAGTGTCTA	219491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5551	ATCACACACACACGCACATACCGTATGCGTGCGCACACACACAGTGTCTA	5600

C  BX005388.20	219490	ATTAAATAATTTGCCATATTTTTTAATGCTTTAAGCCATCAGCACTCAGT	219441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5601	ATTAAATAATTTGCCATATTTTTTAATGCTTTAAGCCATCAGCACTCAGT	5650

C  BX005388.20	219440	CCTATTAATATTTCATAATATTAAAATTCTGCAGATTCCCAATATTCTGC	219391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5651	CCTATTAATATTTCATAATATTAAAATTCTGCAGATTCCCAATATTCTGC	5700

C  BX005388.20	219390	TTTTACTCTTATGAAGATCTAAATTGGCTTTGTAGATCAAAAATAATTAC	219341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5701	TTTTACTCTTATGAAGATCTAAATTGGCTTTGTAGATCAAAAATAATTAC	5750

C  BX005388.20	219340	AGTAATAATCAAGACAGCAGGTGACTGCAACCTAATCATTAAAAATACTT	219291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5751	AGTAATAATCAAGACAGCAGGTGACTGCAACCTAATCATTAAAAATACTT	5800

C  BX005388.20	219290	TGATAAGATGATAACATTTCTGTTATGCTCAGTGAACCATGCTGTCTGGC	219241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5801	TGATAAGATGATAACATTTCTGTTATGCTCAGTGAACCATGCTGTCTGGC	5850

C  BX005388.20	219240	TCCAATTATTATTTTAAAAATATGTTTACATTTTTGTAACATATATATTT	219191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5851	TCCAATTATTATTTTAAAAATATGTTTACATTTTTGTAACATATATATTT	5900

C  BX005388.20	219190	TTACTTTTGAGTCATTAACTTACAGATGTAGCTAATTTCAGACTCCAAAA	219141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5901	TTACTTTTGAGTCATTAACTTACAGATGTAGCTAATTTCAGACTCCAAAA	5950

C  BX005388.20	219140	AAATGTTTTACGAACACCTAATTAATGCTTTCTCTAACATTTCACCTTAA	219091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	5951	AAATGTTTTACGAACACCTAATTAATGCTTTCTCTAACATTTCACCTTAA	6000

C  BX005388.20	219090	AGAAATGCCAGTGGTCTGCATGACGTAGTGAACCGGGTCACCTAGAGTTT	219041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	6001	AGAAATGCCAGTGGTCTGCATGACGTAGTGAACCGGGTCACCTAGAGTTT	6050

C  BX005388.20	219040	CAGATTTGTCTCTAGCTGGAGTTTTTTAGCTCCTCATTATCTTTAAGGCT	218991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	6051	CAGATTTGTCTCTAGCTGGAGTTTTTTAGCTCCTCATTATCTTTAAGGCT	6100

C  BX005388.20	218990	TCTCTCACTTCACTGCATCGCTCATTACGGCACACAGAACGTGGAAGCTG	218941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	6101	TCTCTCACTTCACTGCATCGCTCATTACGGCACACAGAACGTGGAAGCTG	6150

C  BX005388.20	218940	ACTTACTCTTTACTGTGTCTAAATGGTGCTCGCATTTTACTGTCTGAGGC	218891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	6151	ACTTACTCTTTACTGTGTCTAAATGGTGCTCGCATTTTACTGTCTGAGGC	6200

C  BX005388.20	218890	AGAGGTGCAAAGCTGTGCTAAGATAATTAGCCACCTGTTTTTGACACCAT	218841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	6201	AGAGGTGCAAAGCTGTGCTAAGATAATTAGCCACCTGTTTTTGACACCAT	6250

C  BX005388.20	218840	CTGGCACTTTTCTAGGGTTTTTAATCATTAAAGAGAGCAGAGTTTATGGT	218791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	6251	CTGGCACTTTTCTAGGGTTTTTAATCATTAAAGAGAGCAGAGTTTATGGT	6300

C  BX005388.20	218790	CCATATGCACCTATATAAGTGGATGTGCAGAATACTGTGTAAAAATTCTT	218741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR936284.10	6301	CCATATGCACCTATATAAGTGGATGTGCAGAATACTGTGTAAAAATTCTT	6350

Overview

Query
BX005388.20 - 220740 bps
Hit
CR936284.10 - 6350 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019072000218741220740-1435163501
278.1719074373258740001206328041
381.3242722590866291206728041
483.62164357118435118791-1245728041
Short-link