<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936841.11	1	GGTACATGTTTTAGACCCATCCTTGCTTGCCATTTTTCCAGTTTGGACTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	210983	GGTACATGTTTTAGACCCATCCTTGCTTGCCATTTTTCCAGTTTGGACTA	211032

CR936841.11	51	GCTTAAGGCTTTTAACTTTATGGCAAAAGAACATCAGAGACTGTATATTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211033	GCTTAAGGCTTTTAACTTTATGGCAAAAGAACATCAGAGACTGTATATTC	211082

CR936841.11	101	TTGTGGGAAGCCGTTGCAGAGTGGCAGTTGCAGAGTGGCAGTTGGCTACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211083	TTGTGGGAAGCCGTTGCAGAGTGGCAGTTGCAGAGTGGCAGTTGGCTACT	211132

CR936841.11	151	GCTGGCCACCACACATACATAGGCAGTGAAGGTTCTTTTGCCAAGACAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211133	GCTGGCCACCACACATACATAGGCAGTGAAGGTTCTTTTGCCAAGACAAG	211182

CR936841.11	201	TTAACCAATCAGATGTGAGACACGCCTCTCCTAGGCCTATGTAAGCAGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211183	TTAACCAATCAGATGTGAGACACGCCTCTCCTAGGCCTATGTAAGCAGCA	211232

CR936841.11	251	CCAGTTCTGGGCTCAGGGTCTTTTCGCCTCTACAATCAAGCTCTCCCAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211233	CCAGTTCTGGGCTCAGGGTCTTTTCGCCTCTACAATCAAGCTCTCCCAAT	211282

CR936841.11	301	AAACGTGTGCAGAAGGATCCTGTTGCAGCGTCGTTCTTCCTGGCCAGTCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211283	AAACGTGTGCAGAAGGATCCTGTTGCAGCGTCGTTCTTCCTGGCCAGTCG	211332

CR936841.11	351	AGCGCGCGCAAGATATTCTGACTTAGTAAGATTAGTCATTTAATAGAGTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211333	AGCGCGCGCAAGATATTCTGACTTAGTAAGATTAGTCATTTAATAGAGTC	211382

CR936841.11	401	ATAATGATTTTTCTCTTTTCTTCAATGTGACCAGTTATTCTAACTCAATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211383	ATAATGATTTTTCTCTTTTCTTCAATGTGACCAGTTATTCTAACTCAATC	211432

CR936841.11	451	TTGGATTGGTCTAATATTTAGTCCAATATTAGAGATTCCTATTGTAGATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211433	TTGGATTGGTCTAATATTTAGTCCAATATTAGAGATTCCTATTGTAGATA	211482

CR936841.11	501	GCTAAAATTCTTAATTACCTAGCAAGTTAATTTAGAGCACAGCCTCCACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211483	GCTAAAATTCTTAATTACCTAGCAAGTTAATTTAGAGCACAGCCTCCACT	211532

CR936841.11	551	TCCAGAGAGTCTCTGGCCTTTTTAGACAAAACAGGGGCAGTTATATCCCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211533	TCCAGAGAGTCTCTGGCCTTTTTAGACAAAACAGGGGCAGTTATATCCCC	211582

CR936841.11	601	AAAGTCACCAAAGGCACATCTTTCCTTTGCTTTATTTGTTTTAAATTTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211583	AAAGTCACCAAAGGCACATCTTTCCTTTGCTTTATTTGTTTTAAATTTTT	211632

CR936841.11	651	TACAAACTGATATTAAAGGTCAGTCTACAACAGATCGCCACTGGCATCCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211633	TACAAACTGATATTAAAGGTCAGTCTACAACAGATCGCCACTGGCATCCA	211682

CR936841.11	701	GTTGCTTCTAATTCTTATGCCATGATATAGTAGAGGGACCCACTAACTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211683	GTTGCTTCTAATTCTTATGCCATGATATAGTAGAGGGACCCACTAACTAA	211732

CR936841.11	751	TAATTAGAAGGATCCAGATCCAGTTCTAATCTAGGGTAGGGGTTCGGTCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211733	TAATTAGAAGGATCCAGATCCAGTTCTAATCTAGGGTAGGGGTTCGGTCT	211782

CR936841.11	801	GTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTCACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211783	GTGTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTCACA	211832

CR936841.11	851	AAGAAGAAAATAGAGCTCGATGGCCCACTAGGAGGCCAGAGACTGAGCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211833	AAGAAGAAAATAGAGCTCGATGGCCCACTAGGAGGCCAGAGACTGAGCTT	211882

CR936841.11	901	GAGCCTTGCTAATTTGCAACTGAATAAAGTACCTGGACTTCCCCAAAAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211883	GAGCCTTGCTAATTTGCAACTGAATAAAGTACCTGGACTTCCCCAAAAGA	211932

CR936841.11	951	AGCTTTGTAATGTTACTTTTCACTGTCTAAGATTTTTGTTTTTCAAGCAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211933	AGCTTTGTAATGTTACTTTTCACTGTCTAAGATTTTTGTTTTTCAAGCAG	211982

CR936841.11	1001	GTCAATCAACACCCTTCAGCCTGACTCTGGCCCCAAGAGCTTGCAGGTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	211983	GTCAATCAACACCCTTCAGCCTGACTCTGGCCCCAAGAGCTTGCAGGTGG	212032

CR936841.11	1051	CAGCTACTAATTTTCATTCTAAAGGCATTCCAGCACATATTGTGGCTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212033	CAGCTACTAATTTTCATTCTAAAGGCATTCCAGCACATATTGTGGCTTTT	212082

CR936841.11	1101	GGTCTGATTTGAGATTAAGGTTTACTATTAGGGCTAGAAAGGCAGAAATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212083	GGTCTGATTTGAGATTAAGGTTTACTATTAGGGCTAGAAAGGCAGAAATT	212132

CR936841.11	1151	TCAGATATTAGAAGAATATGGTTTTTATTCTGATAAGACAGTCTTAGTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212133	TCAGATATTAGAAGAATATGGTTTTTATTCTGATAAGACAGTCTTAGTCT	212182

CR936841.11	1201	CTTAGCTGGTCTCCGGTTTTCCACCCTTGCTGCTATTGCAAGGTCCCCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212183	CTTAGCTGGTCTCCGGTTTTCCACCCTTGCTGCTATTGCAAGGTCCCCTT	212232

CR936841.11	1251	GGTTCCTCAGGCTGTGGAGGTATTAGGGATAAGGAAGGTGACCTCCAGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212233	GGTTCCTCAGGCTGTGGAGGTATTAGGGATAAGGAAGGTGACCTCCAGCT	212282

CR936841.11	1301	CCTAATATAGCCTAAGAGCCACAAATTGTGGTGTTACTAGTGACATAATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212283	CCTAATATAGCCTAAGAGCCACAAATTGTGGTGTTACTAGTGACATAATT	212332

CR936841.11	1351	CTTGTAGAGGCCTTGATGAATCTGAGGTTGACAATTCTCCCTTGGGAGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212333	CTTGTAGAGGCCTTGATGAATCTGAGGTTGACAATTCTCCCTTGGGAGCT	212382

CR936841.11	1401	GCACAGTACTCAGAACTGTGCATGCTGGTTCTTGATAATACAAATACAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212383	GCACAGTACTCAGAACTGTGCATGCTGGTTCTTGATAATACAAATACAGT	212432

CR936841.11	1451	ATGGGTAAACTGCAGGGGAAGGTCCAACTTGACCATTTCTGAGTTCCCTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212433	ATGGGTAAACTGCAGGGGAAGGTCCAACTTGACCATTTCTGAGTTCCCTG	212482

CR936841.11	1501	AGAAATACACCCGGTTTGGATGGAAGTTGGTATCTAGTTCCAGTTACAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212483	AGAAATACACCCGGTTTGGATGGAAGTTGGTATCTAGTTCCAGTTACAAC	212532

CR936841.11	1551	CAAAAATATCTTTCTAAGGCTTTGCCTCCCCTCCCCAAAAGATACCAAGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212533	CAAAAATATCTTTCTAAGGCTTTGCCTCCCCTCCCCAAAAGATACCAAGA	212582

CR936841.11	1601	GCCATGATTGTGGGTTGTAACAGTACCCAAGGGAGGAATCGGGTCAACGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212583	GCCATGATTGTGGGTTGTAACAGTACCCAAGGGAGGAATCGGGTCAACGC	212632

CR936841.11	1651	TCCCCCAGCCATGGTTAATGCCCACTCATCCAAGGATGAGAAGATCATTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212633	TCCCCCAGCCATGGTTAATGCCCACTCATCCAAGGATGAGAAGATCATTT	212682

CR936841.11	1701	GACCACCTCAGTTAAGTGTGGCCTTATTAAGTTTAATTCAAAGGGGGAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212683	GACCACCTCAGTTAAGTGTGGCCTTATTAAGTTTAATTCAAAGGGGGAGA	212732

CR936841.11	1751	GAGGTTGGAGACCATACTGTGAAAAGGGCAAGCCCTTCACAGCCTCCCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212733	GAGGTTGGAGACCATACTGTGAAAAGGGCAAGCCCTTCACAGCCTCCCAC	212782

CR936841.11	1801	CCTAACAAGCCAAATGGCTTTGTGCTACGGAGCTGGTCATCACCTGATCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212783	CCTAACAAGCCAAATGGCTTTGTGCTACGGAGCTGGTCATCACCTGATCC	212832

CR936841.11	1851	TCTCTGTTCCCTGCCTGTCATCCAAGGCTGTTGAGGAGGATCCACGTACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212833	TCTCTGTTCCCTGCCTGTCATCCAAGGCTGTTGAGGAGGATCCACGTACT	212882

CR936841.11	1901	CTCCTTCAGGGTTATCTTACTATAGTGCCTTTCAAAATTGTATCCTGATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212883	CTCCTTCAGGGTTATCTTACTATAGTGCCTTTCAAAATTGTATCCTGATA	212932

CR936841.11	1951	CAGTTAGTCTTCACCAGTGTTCCAGCGTGTAAGCTGACTACCTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933731.5	212933	CAGTTAGTCTTCACCAGTGTTCCAGCGTGTAAGCTGACTACCTGGAATTC	212982

Overview

Query
CR936841.11 - 114510 bps
Hit
CR933731.5 - 212982 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link