<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

CR848714.6	1	AAGCTTCTCTACTAAGGAGCTGTAGTGGGAATGCTACTAGCAGCTGCTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177532	AAGCTTCTCTACTAAGGAGCTGTAGTGGGAATGCTACTAGCAGCTGCTGT	177581

CR848714.6	51	GGGGGTGTAAGACCAATAACATCAGCACATAGGAGGGCTGCTAACACAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177582	GGGGGTGTAAGACCAATAACATCAGCACATAGGAGGGCTGCTAACACAGG	177631

CR848714.6	101	TTCTGTGATCTGCTTTTCTAAAGGAAAGACAGCTTCAAAAGGGTTAGTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177632	TTCTGTGATCTGCTTTTCTAAAGGAAAGACAGCTTCAAAAGGGTTAGTAA	177681

CR848714.6	151	TCTTATAATTAAACCATGAGAAAGATATAAAAGTAGAGAGAAGTGAGTAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177682	TCTTATAATTAAACCATGAGAAAGATATAAAAGTAGAGAGAAGTGAGTAT	177731

CR848714.6	201	CCAAGAAAAAATCCAATAGACAGGGCTCCAACTGTCTAAACAAAATAATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177732	CCAAGAAAAAATCCAATAGACAGGGCTCCAACTGTCTAAACAAAATAATA	177781

CR848714.6	251	GATACATAGTCATCAGACCAAGAAGCACCAACATCTGAGTTGACAAAGCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
CR933563.5	177782	GATACATAGTCATCAGACCAAGAAGCACCAACATCTGGGTTGACAAAGCC	177831

CR848714.6	301	AGGGGCCCCTTAACAATGGCTACCCAGAGTCTCATCTGGCCAAATCATAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177832	AGGGGCCCCTTAACAATGGCTACCCAGAGTCTCATCTGGCCAAATCATAA	177881

CR848714.6	351	GAAACATTCTTCCCATGAGGGAGCTCCAAAGTAAAATACCAACCTCTCAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177882	GAAACATTCTTCCCATGAGGGAGCTCCAAAGTAAAATACCAACCTCTCAG	177931

CR848714.6	401	TATATATAGTTGTCATCTAATAGGCTTAGAGCCAGAAGACATCACAACCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177932	TATATATAGTTGTCATCTAATAGGCTTAGAGCCAGAAGACATCACAACCC	177981

CR848714.6	451	ACATGACTCAGTGCCTAAATGGCTCAATGCCAAAAGGTATAAAAGCCTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	177982	ACATGACTCAGTGCCTAAATGGCTCAATGCCAAAAGGTATAAAAGCCTTC	178031

CR848714.6	501	CTGTAAGCAAGCCTCCCAGGAAGCAAGCTTCCCCCTAAGCAAGCTTCATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178032	CTGTAAGCAAGCCTCCCAGGAAGCAAGCTTCCCCCTAAGCAAGCTTCATC	178081

CR848714.6	551	TTAGGCAAGTTCCTCCCCGAAAGAAATATAAATCTCCCCGAATCACCCGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178082	TTAGGCAAGTTCCTCCCCGAAAGAAATATAAATCTCCCCGAATCACCCGG	178131

CR848714.6	601	TGGGCTCTATCTGACTCAGAATGTGTCACAGCTGCAAACTGGGCTGGAGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178132	TGGGCTCTATCTGACTCAGAATGTGTCACAGCTGCAAACTGGGCTGGAGT	178181

CR848714.6	651	TCAAAGTAGCAAGACATCTGTGATTGAAATACCCGTGTTGCCTGGAAGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178182	TCAAAGTAGCAAGACATCTGTGATTGAAATACCCGTGTTGCCTGGAAGGA	178231

CR848714.6	701	CTTATATGAACTGATGCTGAGTGAAAGGAACATAACCAGAAGAACATTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178232	CTTATATGAACTGATGCTGAGTGAAAGGAACATAACCAGAAGAACATTGT	178281

CR848714.6	751	ACATAGTAACAACCACAGAGTGCAAGGAATTTTTCTGGTAGACTTAGCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178282	ACATAGTAACAACCACAGAGTGCAAGGAATTTTTCTGGTAGACTTAGCCC	178331

CR848714.6	801	TTCACAGCAATGCAAAGACCCAAAACATTCCCAAAGGACTCTTGAGGCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178332	TTCACAGCAATGCAAAGACCCAAAACATTCCCAAAGGACTCTTGAGGCAA	178381

CR848714.6	851	AATGTCATCACATGCAGAGAAAGAACTGTGGAATTGGAACGCAGAATGAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178382	AATGTCATCACATGCAGAGAAAGAACTGTGGAATTGGAACGCAGAATGAA	178431

CR848714.6	901	GCAGAATTGTGTCATGTTTTGGTTTCTCCTAATCATTTTAATTCTTCTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178432	GCAGAATTGTGTCATGTTTTGGTTTCTCCTAATCATTTTAATTCTTCTAA	178481

CR848714.6	951	GCAACATGACTAATGTGAAAATGTCTTTAATAAGAATATATGTGTAGAAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178482	GCAACATGACTAATGTGAAAATGTCTTTAATAAGAATATATGTGTAGAAC	178531

CR848714.6	1001	TCATATAAGACTGCATGCCGTCTTGGGGAGGGAAGAGGGGATAGAGGAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CR933563.5	178532	TCATATAAGACTGCATGCCGTCTTGGGGAGGGAAGAGGGGAGAGAGGAGG	178581

CR848714.6	1051	AGAAAATCTAAGACTTATGAAAGTGATTGTAGAAAACTGAAAACAAATAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178582	AGAAAATCTAAGACTTATGAAAGTGATTGTAGAAAACTGAAAACAAATAA	178631

CR848714.6	1101	ATTAATAATTTAAAAAATAAAATAAGAAAAAAAGAAATACCTGTGTACCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178632	ATTAATAATTTAAAAAATAAAATAAGAAAAAAAGAAATACCTGTGTACCT	178681

CR848714.6	1151	TTAAACCTGGGAACACAGCCCATGTTCCAAGGAAAAAAGAACAGATGTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178682	TTAAACCTGGGAACACAGCCCATGTTCCAAGGAAAAAAGAACAGATGTGG	178731

CR848714.6	1201	TCACATAGGCCTATTAATGGACAGGGAAGATCTTATATTCCATTACCCCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178732	TCACATAGGCCTATTAATGGACAGGGAAGATCTTATATTCCATTACCCCT	178781

CR848714.6	1251	ACAGGGACTCACCTCATTTTTCACCAAAACAATCGAAGGCATTCAGTAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178782	ACAGGGACTCACCTCATTTTTCACCAAAACAATCGAAGGCATTCAGTAAG	178831

CR848714.6	1301	AATTCCCACTTCTCTTTTCCTCATCTCACGTGCCTGACATCACCATCCAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178832	AATTCCCACTTCTCTTTTCCTCATCTCACGTGCCTGACATCACCATCCAC	178881

CR848714.6	1351	CCTAGTCTCCAATGATGAGGTAACTCTTCTGCTTGTCTTTACATGCATCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178882	CCTAGTCTCCAATGATGAGGTAACTCTTCTGCTTGTCTTTACATGCATCA	178931

CR848714.6	1401	TTGATCCTATCTTTTCCCATCTTCTTCAGCAGATTATTCCATCATTCTCT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178932	TTGATCCTATCTTTTCCCATCTTCTTCAGCAGATTATTCCATCATTCTCT	178981

CR848714.6	1451	CTCTTCACTCTCTTTCTCTCATCTTCAATCTTTCCTATACACTTTTCTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	178982	CTCTTCACTCTCTTTCTCTCATCTTCAATCTTTCCTATACACTTTTCTTA	179031

CR848714.6	1501	TATACTCATTCCTTTCCTGATGCCTAAAAACTCCTCTAAGTTTTCCCAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179032	TATACTCATTCCTTTCCTGATGCCTAAAAACTCCTCTAAGTTTTCCCAAT	179081

CR848714.6	1551	CTTTAAAAAAATCCCTTTTTAAAAATCCCTCACTAGTTCTCGCCACATTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179082	CTTTAAAAAAATCCCTTTTTAAAAATCCCTCACTAGTTCTCGCCACATTC	179131

CR848714.6	1601	GTCATCTATTGTCCCACATCTTTCCTCCCCTTCTCAGCTAAACTCCTTGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179132	GTCATCTATTGTCCCACATCTTTCCTCCCCTTCTCAGCTAAACTCCTTGA	179181

CR848714.6	1651	AAAAGTCATCTACCATTGGTGCCTCTACTATCTCCCCTCCCACTCTCTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179182	AAAAGTCATCTACCATTGGTGCCTCTACTATCTCCCCTCCCACTCTCTTC	179231

CR848714.6	1701	TAAACACTCTGTAGTCCATCTTCTGATCTCACCATTCAACTGAAAATACT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179232	TAAACACTCTGTAGTCCATCTTCTGATCTCACCATTCAACTGAAAATACT	179281

CR848714.6	1751	CTCTCCAACATTACAGTAATGTCTTAATTGCCAAATTTAATGGCCTCTTC	1800
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179282	CTCTCCAACATTACAATAATGTCTTAATTGCCAAATTTAATGGCCTCTTC	179331

CR848714.6	1801	TCAGTGTTCATCCTTCTTGTCCTCCATAGCATTTGACACTGTTGAGCACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179332	TCAGTGTTCATCCTTCTTGTCCTCCATAGCATTTGACACTGTTGAGCACC	179381

CR848714.6	1851	CCATCCTGGACACTGCTCGCTTTCTCCTCTTATCTGTCTGACCACACCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179382	CCATCCTGGACACTGCTCGCTTTCTCCTCTTATCTGTCTGACCACACCTT	179431

CR848714.6	1901	TTCAGTCTCTTTATATCCTTCCTATTAACCATTGGTCTCCCCCAAGACTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179432	TTCAGTCTCTTTATATCCTTCCTATTAACCATTGGTCTCCCCCAAGACTT	179481

CR848714.6	1951	GATCTTGGACCCTCTTCTGTTTTCTCTTTGTAGTCTCTCACTTGTTGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179482	GATCTTGGACCCTCTTCTGTTTTCTCTTTGTAGTCTCTCACTTGTTGATC	179531

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

CR848714.6	251	GATACATAGTCATCAGACCAAGAAGCACCAACATCTGAGTTGACAAAGCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
CR933563.5	177782	GATACATAGTCATCAGACCAAGAAGCACCAACATCTGGGTTGACAAAGCC	177831

skip 700 bps 100% identity alignment

CR848714.6	1001	TCATATAAGACTGCATGCCGTCTTGGGGAGGGAAGAGGGGATAGAGGAGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CR933563.5	178532	TCATATAAGACTGCATGCCGTCTTGGGGAGGGAAGAGGGGAGAGAGGAGG	178581

skip 700 bps 100% identity alignment

CR848714.6	1751	CTCTCCAACATTACAGTAATGTCTTAATTGCCAAATTTAATGGCCTCTTC	1800
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933563.5	179282	CTCTCCAACATTACAATAATGTCTTAATTGCCAAATTTAATGGCCTCTTC	179331

skip 200 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR848714.6 - 186287 bps
Hit
CR933563.5 - 179531 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.85195320001200011775321795311
286.5282142119190119331-1520153411
382.3382183185103185285-116994171741
483.168156185103185258-122828229751
584.5395182119152119333-184219843991
683.14781664451344678184222843871
789.6393135139263139397184226843601
888.05101159147385147543184228843861
980.1783242179076179317197697979381
1080.2589241147363147603-1999901002321
1189.5184125139266139390-11000851002081
1290.757317310251110268311017081018801
1380.37256825133711134535-11083731091821
1483.249319611913611933111162901164801
1585.93115199139248139446-11162921164901
1685.6178143573195746111162921164301
1788.63841324452744658-11163341164651
1886.1184144147381147524-11163341164771
1979.18024316792716816911269321271751
2083.63104222167946168167-11384331386581
2185.9568121100748100868-11524141525341
2283.62112236167931168166-11575331577641
2386.32119208139245139452-11575561577671
2483.067917417621117638411575571577331
2584.9511020711913811934411575621577671
2688.19801264844448569-11575711576971
2789.09110165147385147549-11575831577471
2886.5961634451844680-11575861577481
Short-link