<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR933731.5	1	GAATTCCACTGTGTTTGTTGTAAAAAGAAATCAGGCAAATGGAGGAGTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45486	GAATTCCACTGTGTTTGTTGTAAAAAGAAATCAGGCAAATGGAGGAGTAT	45535

CR933731.5	51	TTTGTTGCACAAAATACTGACATAAAGTTGGACAATTTAACATTCCCTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45536	TTTGTTGCACAAAATACTGACATAAAGTTGGACAATTTAACATTCCCTGT	45585

CR933731.5	101	GGAAGTACCTTCCACTGATATCTCTTTAGTGAATGACTATTATTCAAAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45586	GGAAGTACCTTCCACTGATATCTCTTTAGTGAATGACTATTATTCAAAGT	45635

CR933731.5	151	AGGTACAGAGAAAACGAACCTTTCCCTATCTTTCTCATGCAATGGTATTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45636	AGGTACAGAGAAAACGAACCTTTCCCTATCTTTCTCATGCAATGGTATTG	45685

CR933731.5	201	AAAGAAAACAATCTTTCAAGTCAATTATTATTAAAGGCCATATTGGTAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45686	AAAGAAAACAATCTTTCAAGTCAATTATTATTAAAGGCCATATTGGTAAC	45735

CR933731.5	251	AAAGATGGTAAAGGAAGTCCAGGCTGTAAAAGACCCATTGGTTGAATTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45736	AAAGATGGTAAAGGAAGTCCAGGCTGTAAAAGACCCATTGGTTGAATTAC	45785

CR933731.5	301	CTTGTTAACTGCTCTTAAGTCAGCTATCATTCTCCAATTACTGGATTTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45786	CTTGTTAACTGCTCTTAAGTCAGCTATCATTCTCCAATTACTGGATTTTA	45835

CR933731.5	351	TTTATTTATTTACAACAAACACAGGGGAATTCCATGGGCTAGCAGACTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45836	TTTATTTATTTACAACAAACACAGGGGAATTCCATGGGCTAGCAGACTCT	45885

CR933731.5	401	TTTAGATGTTGAGCCTCCAGCTGCTCTTGTTCAAGTTGTTCAAGTACCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45886	TTTAGATGTTGAGCCTCCAGCTGCTCTTGTTCAAGTTGTTCAAGTACCTG	45935

CR933731.5	451	CAATTTTTCTTTTGTATGGGTCACTGTTCTTGCCTAAGAGGGTGGTTTGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45936	CAATTTTTCTTTTGTATGGGTCACTGTTCTTGCCTAAGAGGGTGGTTTGA	45985

CR933731.5	501	TAACCATTTCAAGAGCAAGGCTGTTGGTATGTAAGCAGTGGCCCCTTTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	45986	TAACCATTTCAAGAGCAAGGCTGTTGGTATGTAAGCAGTGGCCCCTTTAA	46035

CR933731.5	551	TACATTTGGAAAGTTAATCCCTATGACATCTTGTGTTTTGAGCATGGGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46036	TACATTTGGAAAGTTAATCCCTATGACATCTTGTGTTTTGAGCATGGGCA	46085

CR933731.5	601	CAGTTTGTGATTGTGCTCTATCTCCTGTATCACCTGTATCAATACCTTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46086	CAGTTTGTGATTGTGCTCTATCTCCTGTATCACCTGTATCAATACCTTCT	46135

CR933731.5	651	CCAGGAGCTTCTACCATATCACCTCTAATTTCCTCATTTTCTTTCCCTGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46136	CCAGGAGCTTCTACCATATCACCTCTAATTTCCTCATTTTCTTTCCCTGA	46185

CR933731.5	701	AATTACAGAAATACTAATTTGAGTACCCCATTGTTGTAAAAGATCCTTTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46186	AATTACAGAAATACTAATTTGAGTACCCCATTGTTGTAAAAGATCCTTTC	46235

CR933731.5	751	TCCATTAGTTTATGGTATATCAGCCACATAAGGTCTCAAATGCCCTGTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46236	TCCATTAGTTTATGGTATATCAGCCACATAAGGTCTCAAATGCCCTGTTT	46285

CR933731.5	801	GCCCTTTTGGTCCCACACAGGTAATCCACTGGACACTTGGTCTTATTCAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46286	GCCCTTTTGGTCCCACACAGGTAATCCACTGGACACTTGGTCTTATTCAT	46335

CR933731.5	851	GATAACTTGCCGATTCCTATAAATTATGAGTAAACCTTCTGAAGTGGTCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46336	GATAACTTGCCGATTCCTATAAATTATGAGTAAACCTTCTGAAGTGGTCA	46385

CR933731.5	901	ATCTGGATTCTAAGACTTTTGGGAAAGTACGCTAACATCAGCTCCTGTAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46386	ATCTGGATTCTAAGACTTTTGGGAAAGTACGCTAACATCAGCTCCTGTAT	46435

CR933731.5	951	CCAACCTTCTATGTCAACACCATTCATTTGCACCACTAATTTGGGTCTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46436	CCAACCTTCTATGTCAACACCATTCATTTGCACCACTAATTTGGGTCTCT	46485

CR933731.5	1001	GATCATTAACCACTGTTTGCCAGAACACACGTTTTCCAGTATACCCAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46486	GATCATTAACCACTGTTTGCCAGAACACACGTTTTCCAGTATACCCAAAA	46535

CR933731.5	1051	GCTCCTGTCCTTTCCTTACTGATGTAAGGAAACATCAATTGAGCAATTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46536	GCTCCTGTCCTTTCCTTACTGATGTAAGGAAACATCAATTGAGCAATTCT	46585

CR933731.5	1101	ATCCTCTGCGTCAATTTACATCTCCTTCTTCACATGTGCCATGATTTTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46586	ATCCTCTGCGTCAATTTACATCTCCTTCTTCACATGTGCCATGATTTTTA	46635

CR933731.5	1151	TTTCTCCCTTGCTATCCCCATCTACTATACCTGGATATACTATAAATCCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46636	TTTCTCCCTTGCTATCCCCATCTACTATACCTGGATATACTATAAATCCT	46685

CR933731.5	1201	TGAGAAGTTAACCCACTTCTTCTCAAGATAATTCCCACTGTCCCTGAAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46686	TGAGAAGTTAACCCACTTCTTCTCAAGATAATTCCCACTGTCCCTGAAGG	46735

CR933731.5	1251	TAGGGGACTGTAGTGGCTATTCCTGGTTGTCAACTTGACAATATTTGGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46736	TAGGGGACTGTAGTGGCTATTCCTGGTTGTCAACTTGACAATATTTGGAA	46785

CR933731.5	1301	TGAACTACAATCCGGAATTGGAAGGCTCACCAGTGACCCTTATCTGGAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46786	TGAACTACAATCCGGAATTGGAAGGCTCACCAGTGACCCTTATCTGGAGG	46835

CR933731.5	1351	CTTGGAGATCCTTATCTGGATCTTGGTTTGAAGATCTTGAGCCATAGTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46836	CTTGGAGATCCTTATCTGGATCTTGGTTTGAAGATCTTGAGCCATAGTGG	46885

CR933731.5	1401	CTATGGATTCCAGAAGATTGAATCTCCGAGTTAAGGAACATACCTTTAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46886	CTATGGATTCCAGAAGATTGAATCTCCGAGTTAAGGAACATACCTTTAAT	46935

CR933731.5	1451	CTGGGCTATGCCTTTCATCTGGGATTTAAAGGTGTGGTGGAACACACCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46936	CTGGGCTATGCCTTTCATCTGGGATTTAAAGGTGTGGTGGAACACACCTT	46985

CR933731.5	1501	TAATCTGGGCTACACCTTTTGCTGGAGACAATATAAGGACATTGGAAGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	46986	TAATCTGGGCTACACCTTTTGCTGGAGACAATATAAGGACATTGGAAGAA	47035

CR933731.5	1551	GGGAGTCTAGCTCTTGCTCTAGCTCTTGCTCCTGCTCCTTCGCCTGCTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47036	GGGAGTCTAGCTCTTGCTCTAGCTCTTGCTCCTGCTCCTTCGCCTGCTTG	47085

CR933731.5	1601	CTACGTGAGACTGAGTAACTGCTAGATCCTTGGACTTCCATTCACAGCTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47086	CTACGTGAGACTGAGTAACTGCTAGATCCTTGGACTTCCATTCACAGCTG	47135

CR933731.5	1651	CGACTGAACAATTGTTGGGAATTGAGCTGCCGACTGTAAGTCATCAATAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47136	CGACTGAACAATTGTTGGGAATTGAGCTGCCGACTGTAAGTCATCAATAA	47185

CR933731.5	1701	ATTCCTTTATTATCTAGAGACTATCCATACGTTCTGTGACTCTAGAGAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47186	ATTCCTTTATTATCTAGAGACTATCCATACGTTCTGTGACTCTAGAGAAC	47235

CR933731.5	1751	CCTGACTAATACAGAAGTTGGTACCAGGAGTGGTTCTAGAGTAACAGAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47236	CCTGACTAATACAGAAGTTGGTACCAGGAGTGGTTCTAGAGTAACAGAAG	47285

CR933731.5	1801	TACAAGGATGAATCTTTTAAAATTCTGGAATTGGCTTGTTGATCCACCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47286	TACAAGGATGAATCTTTTAAAATTCTGGAATTGGCTTGTTGATCCACCAG	47335

CR933731.5	1851	CACTTTCAACTATTGAAACCTCTCCAGATTCTCTCCCTCCTGGGAGCTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47336	CACTTTCAACTATTGAAACCTCTCCAGATTCTCTCCCTCCTGGGAGCTCA	47385

CR933731.5	1901	GAGAATTTTGAAGACCCATGGTTGAAACTATATTCCGAACTTAAAGAAGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47386	GAGAATTTTGAAGACCCATGGTTGAAACTATATTCCGAACTTAAAGAAGC	47435

CR933731.5	1951	TAATGCCCTTGATTTTCTTAATGAATTAGGTGATTCAGTGCACAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933542.3	47436	TAATGCCCTTGATTTTCTTAATGAATTAGGTGATTCAGTGCACAAAGCTT	47485

Overview

Query
CR933731.5 - 212982 bps
Hit
CR933542.3 - 47485 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link