<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX901912.10	1	GAATTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATTCATGCTTTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	14668	GAATTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATTCATGCTTTAT	14717

BX901912.10	51	GACATGGCATGTTATCCTGCTGGAAGTAGCCATCAGAAGATGGGTACACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	14718	GACATGGCATGTTATCCTGCTGGAAGTAGCCATCAGAAGATGGGTACACT	14767

BX901912.10	101	GTGGTCATAAAGGGATGGACATGGTCAGCAACAATACTCAGGTAGGCTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	14768	GTGGTCATAAAGGGATGGACATGGTCAGCAACAATACTCAGGTAGGCTGT	14817

BX901912.10	151	TGTTGACACGATGCTCAATTGCTACTAATGGGCCCAAATTGTGCCAAGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	14818	TGTTGACACGATGCTCAATTGCTACTAATGGGCCCAAATTGTGCCAAGAA	14867

BX901912.10	201	AATATCTCCCACACCATTACACCACCACCAGCCTGAACCGCTGATACAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	14868	AATATCTCCCACACCATTACACCACCACCAGCCTGAACCGCTGATACAAG	14917

BX901912.10	251	GGAGGATGGATCCATGCTTTCATATTGTTGAGGTCAAATTCTGACCCTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	14918	GGAGGATGGATCCATGCTTTCATATTGTTGAGGTCAAATTCTGACCCTAC	14967

BX901912.10	301	CATAGAAATGTGGCAGCAGAAATCTAGACTTTTCAGAGGAGGCAACGTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	14968	CATAGAAATGTGGCAGCAGAAATCTAGACTTTTCAGAGGAGGCAACGTTT	15017

BX901912.10	351	TTCCAATTTTCTATTGTCCAATTTTTTGTTCTGCTGCTGTAGCCCATCCG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15018	TTCCAATTTTCTATTGTCCAATTTTTTGTTCTGCTGCTGTAGCCCATCCG	15067

BX901912.10	401	CCTCAAGGTTGGACATGCTGTGTGTTCAGAGACGCTCTTCTGCATACCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15068	CCTCAAGGTTGGACATGCTGTGTGTTCAGAGACGCTCTTCTGCATACCTC	15117

BX901912.10	451	AGTTGTAGCTAGTTATTAGTTGAGTTACTGTTGCCTTTCTATCAGCTCCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15118	AGTTGTAGCTAGTTATTAGTTGAGTTACTGTTGCCTTTCTATCAGCTCCA	15167

BX901912.10	501	ACCAGTCCGGCCATTCTCCTGACCTCTGGCATCAACAAGGCATTTGCACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15168	ACCAGTCCGGCCATTCTCCTGACCTCTGGCATCAACAAGGCATTTGCACT	15217

BX901912.10	551	CACAGAACTGCTGCTCACTGGATATTTTCTCCTTTTCAGAGCATTCTCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15218	CACAGAACTGCTGCTCACTGGATATTTTCTCCTTTTCAGAGCATTCTCTG	15267

BX901912.10	601	TAAACCCTAGAGATAGTTGTGCATGAAAATCCCAGTAGATCAGCAGTTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15268	TAAACCCTAGAGATAGTTGTGCATGAAAATCCCAGTAGATCAGCAGTTTC	15317

BX901912.10	651	TGAAATATTCAGACCAGCCTGTCTGACACCAACAACCATGCCACATTCAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15318	TGAAATATTCAGACCAGCCTGTCTGACACCAACAACCATGCCACATTCAA	15367

BX901912.10	701	AGCCACTTAACTAAATGCATTGAGTGATTAGAATTTTGCGTTAACAAGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15368	AGCCACTTAACTAAATGCATTGAGTGATTAGAATTTTGCGTTAACAAGCA	15417

BX901912.10	751	GTTGGACAGGTGTACCTAATAAAGTATATATGTGTATATTTATTCTAGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15418	GTTGGACAGGTGTACCTAATAAAGTATATATGTGTATATTTATTCTAGTG	15467

BX901912.10	801	TTATTTTAGTTAAGATACTATCAAGACATATTTTTGAAGTTATTCTTAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15468	TTATTTTAGTTAAGATACTATCAAGACATATTTTTGAAGTTATTCTTAAT	15517

BX901912.10	851	AGTTTTCAATAAAATTACATACTCTGTTTTGAAGCAATCCCTGTCAACCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15518	AGTTTTCAATAAAATTACATACTCTGTTTTGAAGCAATCCCTGTCAACCA	15567

BX901912.10	901	GCTGGCATAATAATTATATAATATATATCAAATAATATATAATAATAGAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15568	GCTGGCATAATAATTATATAATATATATCAAATAATATATAATAATAGAT	15617

BX901912.10	951	ATTCAAATTCTTCCCTAAATCTATTTCAAGCATAAGTCTCAGAAGACTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15618	ATTCAAATTCTTCCCTAAATCTATTTCAAGCATAAGTCTCAGAAGACTCT	15667

BX901912.10	1001	CTTCTTTTTTTCCCCCATTTTTTTAATAATCATAAATATATTGTTTGTCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15668	CTTCTTTTTTTCCCCCATTTTTTTAATAATCATAAATATATTGTTTGTCA	15717

BX901912.10	1051	AAAGAAATCTTTTCAGGCTTCGTAGAGCTTTGTAGAACAAGAAATTAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15718	AAAGAAATCTTTTCAGGCTTCGTAGAGCTTTGTAGAACAAGAAATTAAAA	15767

BX901912.10	1101	AACATGATAAAAATTCAAAAATAAATAGAATTTTTAAAATTATATTTGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15768	AACATGATAAAAATTCAAAAATAAATAGAATTTTTAAAATTATATTTGGG	15817

BX901912.10	1151	TTATTATACTTTATTTTTACTTTATTTATTTATTGCATATATTGCAAATT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15818	TTATTATACTTTATTTTTACTTTATTTATTTATTGCATATATTGCAAATT	15867

BX901912.10	1201	TTTGTATTTTGCTTAGAACTGGGTTCTTCCCCAATCTTTTTCTATTCTAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15868	TTTGTATTTTGCTTAGAACTGGGTTCTTCCCCAATCTTTTTCTATTCTAA	15917

BX901912.10	1251	TTAAATGCATTATATTTTCTGATTTATCCAAGAGTTTTATTATTTACAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15918	TTAAATGCATTATATTTTCTGATTTATCCAAGAGTTTTATTATTTACAGA	15967

BX901912.10	1301	GTTCATTTCTGGTAATGTAATCAAAGTTGGGGAAGATTTATACTCTAATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	15968	GTTCATTTCTGGTAATGTAATCAAAGTTGGGGAAGATTTATACTCTAATT	16017

BX901912.10	1351	TAGCTTATTTTAACAGAGAATTACATCATAAAAGAATCATATCAGAGGTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16018	TAGCTTATTTTAACAGAGAATTACATCATAAAAGAATCATATCAGAGGTG	16067

BX901912.10	1401	CCTAACTTTAACATCTCTGTTGTTATTTAGTTTATCAAACATTTAGTTTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16068	CCTAACTTTAACATCTCTGTTGTTATTTAGTTTATCAAACATTTAGTTTA	16117

BX901912.10	1451	TCAAACCTGAAGCGCTATCTTAAACTTAATACACATAGGTGGCGCTACAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16118	TCAAACCTGAAGCGCTATCTTAAACTTAATACACATAGGTGGCGCTACAA	16167

BX901912.10	1501	TAATAGAAGGACATGAATAAAGCAAGACAATTTTAATAATTTAAAGCATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16168	TAATAGAAGGACATGAATAAAGCAAGACAATTTTAATAATTTAAAGCATA	16217

BX901912.10	1551	AAAACATTTATTATAATTGTCTCAATACATTAAAAAGTAATGATATAGAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16218	AAAACATTTATTATAATTGTCTCAATACATTAAAAAGTAATGATATAGAT	16267

BX901912.10	1601	ATGTTTAATTTTTAAATAATTATGTTACACTCAATGATGAATGATGGAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16268	ATGTTTAATTTTTAAATAATTATGTTACACTCAATGATGAATGATGGAAC	16317

BX901912.10	1651	ATTATTTCAACCATTTTACTTAAAAACATTAGATAAAAAAATTATTTAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16318	ATTATTTCAACCATTTTACTTAAAAACATTAGATAAAAAAATTATTTAAA	16367

BX901912.10	1701	TTTTGACTTTTCTTTTTTAAATGATACATTTAACAAAATAAAGCCCTGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16368	TTTTGACTTTTCTTTTTTAAATGATACATTTAACAAAATAAAGCCCTGTG	16417

BX901912.10	1751	TTTTAGCATAAATTAATCTTAAACTATGGAAGTAAATTGAGTCATTTCAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16418	TTTTAGCATAAATTAATCTTAAACTATGGAAGTAAATTGAGTCATTTCAT	16467

BX901912.10	1801	GTTGATTGTTTGATGTAATTCTGGCTTAATTTAACCATCACATCTGTTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16468	GTTGATTGTTTGATGTAATTCTGGCTTAATTTAACCATCACATCTGTTTG	16517

BX901912.10	1851	AGAAATATAATGCCTTTTTGCTTGACACAGATGGAAGCCAAATCCACAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16518	AGAAATATAATGCCTTTTTGCTTGACACAGATGGAAGCCAAATCCACAAA	16567

BX901912.10	1901	GACGGTCTTAACGCTCGGAGAAAACTACATTAATGTCCACATGAATGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16568	GACGGTCTTAACGCTCGGAGAAAACTACATTAATGTCCACATGAATGAAA	16617

BX901912.10	1951	ATGGACTGCTGTTATCTAATGCCACTTTTCCTAAACTCATCAAGATTGAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933521.6	16618	ATGGACTGCTGTTATCTAATGCCACTTTTCCTAAACTCATCAAGATTGAG	16667

Overview

Query
BX901912.10 - 140289 bps
Hit
CR933521.6 - 16667 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001905200012000114668166671
290.1617125173904741541454547981
379.531143397612276460-1455248931
488.95237368110422110789-1455249221
585.67187360124848125207-1455249141
680.4634881191061191931456046461
783.7972241192331194561468749131
886.46458874151742381482549201
992.71699574454745481482549201
1084.7416032673906742311594962691
1182.282195103758103952-1595261421
1282.35521197634276460-1595460721
1393.66114142125066125207-1595460951
1479.66145562128217128778-19497100321
1584.845413384280844121949796281
1692.9546731324781325501954296121
1787.3113726784514847801969999661
1884.1899251696866993619774100321
1986.7496174118541118714113370135501
2084.743316522731227963114401150421
2186.931953329153891869115048153761
Short-link