<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005349.6	1	AAGCTTCTTAAAAACGTCGAGTTCACAGTGAATAGCGCATTAATCATTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	11651	AAGCTTCTTAAAAACGTCGAGTTCACAGTGAATAGCGCATTAATCATTGT	11700

BX005349.6	51	GACTGGGCTTCCATTACGGAAGTGGTCTGGAAGTAGCGTTACACTTCATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	11701	GACTGGGCTTCCATTACGGAAGTGGTCTGGAAGTAGCGTTACACTTCATT	11750

BX005349.6	101	ATCCGTGCTGCACAATGCACTGTCATAATAGGCAGAAGGGTAGCGTGAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	11751	ATCCGTGCTGCACAATGCACTGTCATAATAGGCAGAAGGGTAGCGTGAAG	11800

BX005349.6	151	GCTTCAAATAGAGGAAGAAAAAAAAGAGGAAAAAACATGCACCTCATCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	11801	GCTTCAAATAGAGGAAGAAAAAAAAGAGGAAAAAACATGCACCTCATCTC	11850

BX005349.6	201	ATTCCCAACTATCCATATGTGGAGCTTTAGTGATAATCTTGCATGCAACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	11851	ATTCCCAACTATCCATATGTGGAGCTTTAGTGATAATCTTGCATGCAACA	11900

BX005349.6	251	TGACTGGTTTATCAACTTCATGGGTGCTGGAGAAGTTTCAGATGGAGACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	11901	TGACTGGTTTATCAACTTCATGGGTGCTGGAGAAGTTTCAGATGGAGACT	11950

BX005349.6	301	GAGCAAAATTGTCTGTAGTGTATGTGAGTGAATGAGATTGTATGGGTGTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	11951	GAGCAAAATTGTCTGTAGTGTATGTGAGTGAATGAGATTGTATGGGTGTT	12000

BX005349.6	351	TCCCAGTGATGGGTTGCAGCTAGAAGGGCATCCGCTGCATAAAACATGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12001	TCCCAGTGATGGGTTGCAGCTAGAAGGGCATCCGCTGCATAAAACATGTG	12050

BX005349.6	401	CTAGATAAGTTGGTGGTTCATTCCGTTGTGGCCACCCCAGATTAATGAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12051	CTAGATAAGTTGGTGGTTCATTCCGTTGTGGCCACCCCAGATTAATGAGG	12100

BX005349.6	451	GGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATAAATGAATTTGAGTAATTGTGTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12101	GGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATAAATGAATTTGAGTAATTGTGTTTT	12150

BX005349.6	501	ATCATAAATATTAAGGGTCAATATGTTTTATTTAATATCATTTTATTGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12151	ATCATAAATATTAAGGGTCAATATGTTTTATTTAATATCATTTTATTGAT	12200

BX005349.6	551	GTTTTTAATTTAGAAATACAAATATATTTTGACAACAAGTAAAAATATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12201	GTTTTTAATTTAGAAATACAAATATATTTTGACAACAAGTAAAAATATAT	12250

BX005349.6	601	TTTAGTTAATATATTAAGTATTTAAATATTAATGTTTTTAGTATTTGTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12251	TTTAGTTAATATATTAAGTATTTAAATATTAATGTTTTTAGTATTTGTCT	12300

BX005349.6	651	TTGTTGACATCACTTAGGCTGCTTTCACACTTTGTTAAATTGCCTAGGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12301	TTGTTGACATCACTTAGGCTGCTTTCACACTTTGTTAAATTGCCTAGGCC	12350

BX005349.6	701	AAACTCGAGTTCGATTGTCCCCCCCCCTTTGCCACCTTCTCGGCTGGTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12351	AAACTCGAGTTCGATTGTCCCCCCCCCTTTGCCACCTTCTCGGCTGGTTT	12400

BX005349.6	751	GTGTTCACACCATCTTTTTTCTTTCTGATTCATCTAGCTGCTGTTTTGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12401	GTGTTCACACCATCTTTTTTCTTTCTGATTCATCTAGCTGCTGTTTTGTG	12450

BX005349.6	801	TACAGCCATTGCTAGATGACGGCCACGAAAGCAAAGCAGCAAATTGAAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12451	TACAGCCATTGCTAGATGACGGCCACGAAAGCAAAGCAGCAAATTGAAGA	12500

BX005349.6	851	AATACGCATATCATAGTCATTCTGCTTTCACTGAATCTTTTGCTTTTGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12501	AATACGCATATCATAGTCATTCTGCTTTCACTGAATCTTTTGCTTTTGTT	12550

BX005349.6	901	ACCAAAACCAAAATACAGAGAGCCACTTGCATTCATCTGCTGGAAAAACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12551	ACCAAAACCAAAATACAGAGAGCCACTTGCATTCATCTGCTGGAAAAACA	12600

BX005349.6	951	TTATCACTGTTTGCACTGGGTCAGCCCTGCTTGTCACCAATGTAGCTGAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12601	TTATCACTGTTTGCACTGGGTCAGCCCTGCTTGTCACCAATGTAGCTGAT	12650

BX005349.6	1001	ACACAGACATGCACACACAAATGAACATTATGAAAACTAAAGATTGCTTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12651	ACACAGACATGCACACACAAATGAACATTATGAAAACTAAAGATTGCTTG	12700

BX005349.6	1051	TTTCTGTTATTTGATCCAAATGTGAACTGTAGTTCACACGAAGCGTAGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12701	TTTCTGTTATTTGATCCAAATGTGAACTGTAGTTCACACGAAGCGTAGCT	12750

BX005349.6	1101	CAGACCACCTCTTTCAGGCAGACTCGGGTATGGTTCATGGGTGAGCACCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12751	CAGACCACCTCTTTCAGGCAGACTCGGGTATGGTTCATGGGTGAGCACCC	12800

BX005349.6	1151	AAGTTCAGAGGACAGCGTTCACACACGTACCAAACTGTGACAACTCATGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12801	AAGTTCAGAGGACAGCGTTCACACACGTACCAAACTGTGACAACTCATGC	12850

BX005349.6	1201	AAATACTTGTCAGTGCAAGAGTTGCACTTCAGTTGTTGTTGTTGTTGTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12851	AAATACTTGTCAGTGCAAGAGTTGCACTTCAGTTGTTGTTGTTGTTGTTG	12900

BX005349.6	1251	TTGTTTTTCACTGAATATCCAGTTAAATTGGAAATTTCACATTACTGAAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12901	TTGTTTTTCACTGAATATCCAGTTAAATTGGAAATTTCACATTACTGAAG	12950

BX005349.6	1301	TAAAACATTTTCAGGAGTGCATATTTTATAGTACTGGACTATATATGGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	12951	TAAAACATTTTCAGGAGTGCATATTTTATAGTACTGGACTATATATGGTA	13000

BX005349.6	1351	ATTAGTAACTGCATTGGTTAGGTTATGTTCAGCGGTATATATATACACAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13001	ATTAGTAACTGCATTGGTTAGGTTATGTTCAGCGGTATATATATACACAC	13050

BX005349.6	1401	ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13051	ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	13100

BX005349.6	1451	ACATATTCCTGCAAAACATGTCAGAAATTCACATTGAGTAATAATATCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13101	ACATATTCCTGCAAAACATGTCAGAAATTCACATTGAGTAATAATATCTA	13150

BX005349.6	1501	TCATTCATGTATTTTGAATTCTGACCCCCACATGAATTTGTTTTTATAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13151	TCATTCATGTATTTTGAATTCTGACCCCCACATGAATTTGTTTTTATAAA	13200

BX005349.6	1551	AAAATAATAATATATGCAATTAAAGTGTAATTAAATAAACAGACAAATAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13201	AAAATAATAATATATGCAATTAAAGTGTAATTAAATAAACAGACAAATAC	13250

BX005349.6	1601	AAAAAATAAGAAGATAAAATCCAAAATTATTTTACACAGGTGTATGTTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13251	AAAAAATAAGAAGATAAAATCCAAAATTATTTTACACAGGTGTATGTTTA	13300

BX005349.6	1651	CGTACATTCTAAAATAATGGGTTGGGGTGACAACAGATGTGAGGGTCCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13301	CGTACATTCTAAAATAATGGGTTGGGGTGACAACAGATGTGAGGGTCCAA	13350

BX005349.6	1701	ATGCAGTTTATTGAGAGTCAGGCAGGCAATGGTCAAAGCAGGAGCAAGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13351	ATGCAGTTTATTGAGAGTCAGGCAGGCAATGGTCAAAGCAGGAGCAAGCA	13400

BX005349.6	1751	TTAGCTGAGGGAAATCCAAAAGTGTAGCAAAGGCAAAGGGGTTGATATAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13401	TTAGCTGAGGGAAATCCAAAAGTGTAGCAAAGGCAAAGGGGTTGATATAG	13450

BX005349.6	1801	GCGGCAAAACAATGAACAAGGCAAGGGTCAAAAACATGTCAATACTAGAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13451	GCGGCAAAACAATGAACAAGGCAAGGGTCAAAAACATGTCAATACTAGAC	13500

BX005349.6	1851	AAGGAAAACGCTTTGTAAAGTTATAAGAGTACAAGGCTCAACAATGTGTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13501	AAGGAAAACGCTTTGTAAAGTTATAAGAGTACAAGGCTCAACAATGTGTG	13550

BX005349.6	1901	TGAGAATGTAAAGAGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATAGTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13551	TGAGAATGTAAAGAGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATAGTC	13600

BX005349.6	1951	CAACTAATTAGTCTTTATGAGCTACAGCTGTGTGCAAGTAATCAGGAGTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR933101.7	13601	CAACTAATTAGTCTTTATGAGCTACAGCTGTGTGCAAGTAATCAGGAGTG	13650

Overview

Query
BX005349.6 - 103469 bps
Hit
CR933101.7 - 13650 bps
Total alignments
7
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001950200012000111651136501
281.588923547948481821543456721
377.985617743538437141544156171
498.265711544483445971627563891
588.773618749906500921632265081
698.214811244486445971639065011
798.3933624448144542-113045131061
Short-link