<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
BX950214.7 195500 GTCATTAAACTATGAAGAAGTACCACGTTGTTGCAAATTTAATGACGTAC 195549 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1 GTCATTAAACTATGAAGAAGTACCACGTTGTTGCAAATTTAATGACGTAC 50 BX950214.7 195550 TACACGGAATGCCTCAAAAAATCTGCTGTTTACATGACAGTCACATTGTC 195599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 51 TACACGGAATGCCTCAAAAAATCTGCTGTTTACATGACAGTCACATTGTC 100 BX950214.7 195600 ACATATCTGATTTATTTCCACATATGAAGGAGGCCTAAAATCGATTTCTG 195649 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 101 ACATATCTGATTTATTTCCACATATGAAGGAGGCCTAAAATCGATTTCTG 150 BX950214.7 195650 AATATCTGAATGTATGCGTTTTTTTCGTGTTTACATGCTCATTGAACATC 195699 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 151 AATATCTGAATGTATGCGTTTTTTTCGTGTTTACATGCTCATTGAACATC 200 BX950214.7 195700 AGAATTGGGTCACATTTAACTGGCAGTGTAAACGGGGCCTCCGACTTTCT 195749 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 201 AGAATTGGGTCACATTTAACTGGCAGTGTAAACGGGGCCTCCGACTTTCT 250 BX950214.7 195750 TATTAAACATCCAATCGTTTTGTCTAGTTCTACATTCATTTCATTTAGCC 195799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 251 TATTAAACATCCAATCGTTTTGTCTAGTTCTACATTCATTTCATTTAGCC 300 BX950214.7 195800 TGTCTATTAATATGTGCTCATAAAAATGGCATACACAATTATAATAGTTT 195849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 301 TGTCTATTAATATGTGCTCATAAAAATGGCATACACAATTATAATAGTTT 350 BX950214.7 195850 GAAAGTGCTGAGAAGAGTAGTTTTGTGTCATACTGCAAGGCATTTTCGGA 195899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 351 GAAAGTGCTGAGAAGAGTAGTTTTGTGTCATACTGCAAGGCATTTTCGGA 400 BX950214.7 195900 TATGCAGCTGTTTTGGCACATTGTTTACAACAGTTAAGGTTCCTTTTGCA 195949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 401 TATGCAGCTGTTTTGGCACATTGTTTACAACAGTTAAGGTTCCTTTTGCA 450 BX950214.7 195950 GCTTTTGTCACAAAAAAATAAGCACAGTTTAGCTTATTTTAAGCTGATTA 195999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 451 GCTTTTGTCACAAAAAAATAAGCACAGTTTAGCTTATTTTAAGCTGATTA 500 BX950214.7 196000 GTGCTGAAAATCTCATTTCCTGTCATGCTGACTGCAGGAAAAGAGAACAT 196049 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 501 GTGCTGAAAATCTCATTTCCTGTCATGCTGACTGCAGGAAAAGAGAACAT 550 BX950214.7 196050 TAAAACTTCTATATTAATGCAACTAAAAAAATCTTCCTTTTCCTGATGTA 196099 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 551 TAAAACTTCTATATTAATGCAACTAAAAAAATCTTCCTTTTCCTGATGTA 600 BX950214.7 196100 AATGCTTTTTAAAAAGCCTGTCTTGACTTCATTTGGGGAAATGTTAATTA 196149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 601 AATGCTTTTTAAAAAGCCTGTCTTGACTTCATTTGGGGAAATGTTAATTA 650 BX950214.7 196150 GAAAGAGATGTCCATAAAAAGTCAATTTAAAAAGTATTTTCCATTTCCCA 196199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 651 GAAAGAGATGTCCATAAAAAGTCAATTTAAAAAGTATTTTCCATTTCCCA 700 BX950214.7 196200 TATTCTACCACAGGGCTTGGTGACAGAATATTATCATATTTAAGATCAAT 196249 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 701 TATTCTACCACAGGGCTTGGTGACAGAATATTATCATATTTAAGATCAAT 750 BX950214.7 196250 TTGAAAACAAATGGGTTTTTTTTTAAAGAGATGCCAATTAGATATATTAG 196299 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 751 TTGAAAACAAATGGGTTTTTTTTTAAAGAGATGCCAATTAGATATATTAG 800 BX950214.7 196300 GCTTTTATTTTGATATATATTAGTGATTTTGGTCTATACTGTATGACTAT 196349 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 801 GCTTTTATTTTGATATATATTAGTGATTTTGGTCTATACTGTATGACTAT 850 BX950214.7 196350 TTCAGTTTATAACGAGAATAGGGACAACACTAAACAAATTGCTAAAAACT 196399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 851 TTCAGTTTATAACGAGAATAGGGACAACACTAAACAAATTGCTAAAAACT 900 BX950214.7 196400 TTCTATGTATCAATTTCTGCTCCTAATTAGAACATAGCAAGCATATAAAG 196449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 901 TTCTATGTATCAATTTCTGCTCCTAATTAGAACATAGCAAGCATATAAAG 950 BX950214.7 196450 CAAGCTTTGAGCCGTGCTGCTAATATTTATCAAGCAATAAAAATCCCCTT 196499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 951 CAAGCTTTGAGCCGTGCTGCTAATATTTATCAAGCAATAAAAATCCCCTT 1000 BX950214.7 196500 TCCTTAGGCCAAAGCAACGAGTCTGTGAAGGACTGCTGAGAAGAATTTTA 196549 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1001 TCCTTAGGCCAAAGCAACGAGTCTGTGAAGGACTGCTGAGAAGAATTTTA 1050 BX950214.7 196550 CCGTAGAATGACATGACAGTCATTTATGACATTATTGGTGCAACCCAATT 196599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1051 CCGTAGAATGACATGACAGTCATTTATGACATTATTGGTGCAACCCAATT 1100 BX950214.7 196600 TATATACCAGTGTACTATTCAAGCCGCTTTCAACATGTCTGAATAGTGTT 196649 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1101 TATATACCAGTGTACTATTCAAGCCGCTTTCAACATGTCTGAATAGTGTT 1150 BX950214.7 196650 TACAGGACAATCTTGCAAGAAACCTACATTTTCACTTGTAAAAAATGTGA 196699 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1151 TACAGGACAATCTTGCAAGAAACCTACATTTTCACTTGTAAAAAATGTGA 1200 BX950214.7 196700 CAGGGCCTGAACTTTAAGCTTGTCTTCCTGAAAAAAATCATACAAAAACA 196749 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1201 CAGGGCCTGAACTTTAAGCTTGTCTTCCTGAAAAAAATCATACAAAAACA 1250 BX950214.7 196750 AGTATAAAATCATACAATTCATTGATAGAATGCATCCTTAATCACTGTCA 196799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1251 AGTATAAAATCATACAATTCATTGATAGAATGCATCCTTAATCACTGTCA 1300 BX950214.7 196800 GCTTCTCCTCTGTCAAATGATGTCACTTGATGACACAAATGATGTCACTT 196849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1301 GCTTCTCCTCTGTCAAATGATGTCACTTGATGACACAAATGATGTCACTT 1350 BX950214.7 196850 CCTCAGTCATAACCTTAAAAAATGAATGCAATTGTGACAGGACTGACAGA 196899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1351 CCTCAGTCATAACCTTAAAAAATGAATGCAATTGTGACAGGACTGACAGA 1400 BX950214.7 196900 AACAGTAGTATTTTTTTGTAGAAATTATTTATGATTTCATGTTTTTAATC 196949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1401 AACAGTAGTATTTTTTTGTAGAAATTATTTATGATTTCATGTTTTTAATC 1450 BX950214.7 196950 AATTACTGTGAATTATAACAACTTAAACTTAGTTGTTTCAGATTTTTTTT 196999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1451 AATTACTGTGAATTATAACAACTTAAACTTAGTTGTTTCAGATTTTTTTT 1500 BX950214.7 197000 TTAAATAACAGTTTTTAGTATAAATAAATTATTAAAGCTGTAGCTTCAAT 197049 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1501 TTAAATAACAGTTTTTAGTATAAATAAATTATTAAAGCTGTAGCTTCAAT 1550 BX950214.7 197050 TGGGCTGAGGACAAGGACTTTGTAAACTGTGTTTTTAATAAAGAAAAACA 197099 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1551 TGGGCTGAGGACAAGGACTTTGTAAACTGTGTTTTTAATAAAGAAAAACA 1600 BX950214.7 197100 ATCTGAGAAGCAAACGAATTACATATTACTTTACAGAACAACTCACAGAA 197149 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1601 ATCTGAGAAGCAAACGAATTACATATTACTTTACAGAACAACTCACAGAA 1650 BX950214.7 197150 ATCAACCATCAGTCCATTTCAGCAATTGTTTTGGGATTAAATTTATTTTT 197199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1651 ATCAACCATCAGTCCATTTCAGCAATTGTTTTGGGATTAAATTTATTTTT 1700 BX950214.7 197200 TAATTATTTATTTTAAAAATGTATTTATTTATTTATTAAACTTATTATGC 197249 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1701 TAATTATTTATTTTAAAAATGTATTTATTTATTTATTAAACTTATTATGC 1750 BX950214.7 197250 ACTGTATTTCTGTTTTTATTTCAAGAACAGATAATGCACATTTCTGGAAG 197299 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1751 ACTGTATTTCTGTTTTTATTTCAAGAACAGATAATGCACATTTCTGGAAG 1800 BX950214.7 197300 AATGTCCCTTACACTAAAAAGATCAAGATAAGATCTATGACTCGAACTTG 197349 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1801 AATGTCCCTTACACTAAAAAGATCAAGATAAGATCTATGACTCGAACTTG 1850 BX950214.7 197350 GGGTATACCCGAAGCGCAATGGTTGTTCATGTTGGCCTACTTTCCATGAG 197399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1851 GGGTATACCCGAAGCGCAATGGTTGTTCATGTTGGCCTACTTTCCATGAG 1900 BX950214.7 197400 GCTATCAGCACCTACATTTATATGATATATTGAATACATGTACAGCATAA 197449 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1901 GCTATCAGCACCTACATTTATATGATATATTGAATACATGTACAGCATAA 1950 BX950214.7 197450 TAAAATGTGAAATATCAATATGAAAATTGCACACTTCTGCCAATGAATTC 197499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CR932997.8 1951 TAAAATGTGAAATATCAATATGAAAATTGCACACTTCTGCCAATGAATTC 2000
Overview
- Query
- BX950214.7 - 197499 bps
- Hit
- CR932997.8 - 30310 bps
- Total alignments
- 8
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1899 | 2000 | 195500 | 197499 | 1 | 1 | 2000 | 1 |
| 2 | 83.71 | 205 | 439 | 189936 | 190374 | 1 | 9047 | 9488 | 1 |
| 3 | 85.97 | 82 | 171 | 60870 | 61040 | -1 | 20900 | 21063 | 1 |
| 4 | 83.75 | 67 | 166 | 157837 | 158002 | 1 | 20900 | 21059 | 1 |
| 5 | 92.86 | 56 | 82 | 174559 | 174640 | -1 | 20988 | 21071 | 1 |
| 6 | 81.82 | 54 | 138 | 72727 | 72864 | -1 | 22118 | 22249 | 1 |
| 7 | 93.9 | 64 | 82 | 167604 | 167685 | -1 | 22126 | 22207 | 1 |
| 8 | 92.08 | 74 | 101 | 37729 | 37829 | 1 | 22248 | 22348 | 1 |
