<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL935298.5	2000	ACAACGGTGCCAGTGCACTCACCACACACACCAGCTATTGGTGGAGTGGA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1	ACAACGGTGCCAGTGCACTCACCACACACACCAGCTATTGGTGGAGTGGA	50

C  AL935298.5	1950	GAGACAGTGATCGAGCCAATTCGCCGGAAGGGAATGATTGGGAGGCCATG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	51	GAGACAGTGATCGAGCCAATTCGCCGGAAGGGAATGATTGGGAGGCCATG	100

C  AL935298.5	1900	ATCGTAAGGGCCGATAGAGGGACTTTGGCCAGGACACCGGGGTTACACCC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	101	ATCGTAAGGGCCGATAGAGGGACTTTGGCCAGGACACCGGGGTTACACCC	150

C  AL935298.5	1850	CTGCTCTTTCACGAGAAGTGCCATGGGATTTTTAATGACCACAGAGAGTC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	151	CTGCTCTTTCACGAGAAGTGCCATGGGATTTTTAATGACCACAGAGAGTC	200

C  AL935298.5	1800	AGGACCTCGGTTTAACGTCTCATCCGAAAGTTTTCACTTTTACTTCACTT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	201	AGGACCTCGGTTTAACGTCTCATCCGAAAGTTTTCACTTTTACTTCACTT	250

C  AL935298.5	1750	TTACTGGGGCATTAGGACTCATACAGACCACAGGTTGAGCGCCCCCTGCT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	251	TTACTGGGGCATTAGGACTCATACAGACCACAGGTTGAGCGCCCCCTGCT	300

C  AL935298.5	1700	GGCCTCACTAACACCACTTCCAACAGCAACCTAGTGTTCCCTAGTGGTCT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	301	GGCCTCACTAACACCACTTCCAACAGCAACCTAGTGTTCCCTAGTGGTCT	350

C  AL935298.5	1650	CCCATCCAGGTACTGACCAGGCTCAGCCCTGCTTAGCTTCAGTGATTAAC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	351	CCCATCCAGGTACTGACCAGGCTCAGCCCTGCTTAGCTTCAGTGATTAAC	400

C  AL935298.5	1600	TGGTCTTGGGCTGCAAGGTGACATGGCTGTGGCCTAGACTGTACATTTGA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	401	TGGTCTTGGGCTGCAAGGTGACATGGCTGTGGCCTAGACTGTACATTTGA	450

C  AL935298.5	1550	GTACAGTGAACTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATTTGT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	451	GTACAGTGAACTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCTGAGATGATTTGT	500

C  AL935298.5	1500	GCTTTATAACATGGTGTGTTATCTTGCTGGAAGTAGCCATCAGAAGATAG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	501	GCTTTATAACATGGTGTGTTATCTTGCTGGAAGTAGCCATCAGAAGATAG	550

C  AL935298.5	1450	AAGTTGACATGATGCTTAATTGGTACTAATGAGCCTAAAGTGTGCCAAGA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	551	AAGTTGACATGATGCTTAATTGGTACTAATGAGCCTAAAGTGTGCCAAGA	600

C  AL935298.5	1400	AAATATCCCCCACACTAATACACCACCACGACCAGCCTGAACCGTTGAAG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	601	AAATATCCCCCACACTAATACACCACCACGACCAGCCTGAACCGTTGAAG	650

C  AL935298.5	1350	CCAGGACAGATCTATGCTTTTATTTTGTTGATGCCAAATTCTGACCCTAC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	651	CCAGGACAGATCTATGCTTTTATTTTGTTGATGCCAAATTCTGACCCTAC	700

C  AL935298.5	1300	CATCTGAATGTGGCAGCAGAAATCGTGACTCATCAGACCAGGCAACGTTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	701	CATCTGAATGTGGCAGCAGAAATCGTGACTCATCAGACCAGGCAACGTTT	750

C  AL935298.5	1250	TTCTTATCTTCTATTATCTAATTTTGGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGCCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	751	TTCTTATCTTCTATTATCTAATTTTGGTGAGCCTGTGTGAATTGTAGCCT	800

C  AL935298.5	1200	CAGTTTCCTGTTTTTAGCAGACAGTAGTTGAGTAGCTCATCCGCCTCAAG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	801	CAGTTTCCTGTTTTTAGCAGACAGTAGTTGAGTAGCTCATCCGCCTCAAG	850

C  AL935298.5	1150	GTTGGACATGTGTGTTCAGAGATGCTCTTCTGCATATCTTGGTTGTAACA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	851	GTTGGACATGTGTGTTCAGAGATGCTCTTCTGCATATCTTGGTTGTAACA	900

C  AL935298.5	1100	AGTGGTTATTTGAGTTACTGTTGCCTTTTTATCAGATGGAAAGAGTCTTG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	901	AGTGGTTATTTGAGTTACTGTTGCCTTTTTATCAGATGGAAAGAGTCTTG	950

C  AL935298.5	1050	CCATTCTCCTTTGACCTCTGGCATCATACCCAAAGGCATTTATACCCACA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	951	CCATTCTCCTTTGACCTCTGGCATCATACCCAAAGGCATTTATACCCACA	1000

C  AL935298.5	1000	GAACTGTCGCTCACTGGATATTTTCTCTATTTCAGACCTTTCTCTGTAAA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1001	GAACTGTCGCTCACTGGATATTTTCTCTATTTCAGACCTTTCTCTGTAAA	1050

C  AL935298.5	950	CCCTAGAGATGGTTTTGCCTGAAAATCCCAGTAGATCATCAGTTTATGAA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1051	CCCTAGAGATGGTTTTGCCTGAAAATCCCAGTAGATCATCAGTTTATGAA	1100

C  AL935298.5	900	ATACTCAAACCAGCCCGTCTGGCACCAAAAACCATGCCACGTTTAAAGTC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1101	ATACTCAAACCAGCCCGTCTGGCACCAAAAACCATGCCACGTTTAAAGTC	1150

C  AL935298.5	850	ACTTAAATCCCCTTTCCTCTTCATTCTGATACTCGGCTTGAACTGCAGCA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1151	ACTTAAATCCCCTTTCCTCTTCATTCTGATACTCGGCTTGAACTGCAGCA	1200

C  AL935298.5	800	GATCATCTTGACCATGTCTGCATGCCTAAATGCAATGAGTTGCCTCCATG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1201	GATCATCTTGACCATGTCTGCATGCCTAAATGCAATGAGTTGCCTCCATG	1250

C  AL935298.5	750	TAATTGGCTGATTAGAAATTTGCATTAATGAGCAGTTGGAAAGTATTTAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1251	TAATTGGCTGATTAGAAATTTGCATTAATGAGCAGTTGGAAAGTATTTAA	1300

C  AL935298.5	700	TTAAGTGGCCGGTGATTGTATTTGCCTATCATATTAGATAATAGATTGTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1301	TTAAGTGGCCGGTGATTGTATTTGCCTATCATATTAGATAATAGATTGTT	1350

C  AL935298.5	650	TCAACACTCAAAAAACGAACAAACAAAGTCACACAGCTACACAAATAATA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1351	TCAACACTCAAAAAACGAACAAACAAAGTCACACAGCTACACAAATAATA	1400

C  AL935298.5	600	AGATTAGAAAAAGGTTTTTAGTCATTATTTTGCACATTTATTGTGTTTTT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1401	AGATTAGAAAAAGGTTTTTAGTCATTATTTTGCACATTTATTGTGTTTTT	1450

C  AL935298.5	550	CAATCAACATTGACACATAAGACATGTTCTTCAAATAAAAACGTAGTACT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1451	CAATCAACATTGACACATAAGACATGTTCTTCAAATAAAAACGTAGTACT	1500

C  AL935298.5	500	GAGTAAATATTTCAATACCTCAGTATTTAAAATAGGTGACAAAAAAACAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1501	GAGTAAATATTTCAATACCTCAGTATTTAAAATAGGTGACAAAAAAACAA	1550

C  AL935298.5	450	TAATGATTTAAAATAATGTGTATATTAAAGCATTTACTATTGTTCAGTGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1551	TAATGATTTAAAATAATGTGTATATTAAAGCATTTACTATTGTTCAGTGT	1600

C  AL935298.5	400	TTACTAATGCATTATTAAAATCCAAAGTGGTGCTTGTTATAATTATTGTA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1601	TTACTAATGCATTATTAAAATCCAAAGTGGTGCTTGTTATAATTATTGTA	1650

C  AL935298.5	350	ATGTTCACTGGGAGTTCACATAAAACTAACAATGAATGATTTAATTTTCA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1651	ATGTTCACTGGGAGTTCACATAAAACTAACAATGAATGATTTAATTTTCA	1700

C  AL935298.5	300	TTAACAAGGATGATATATACTGTAAGAAATTAATTGTTTAATGTTTGTTC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1701	TTAACAAGGATGATATATACTGTAAGAAATTAATTGTTTAATGTTTGTTC	1750

C  AL935298.5	250	ATATTAGTAAACACAATAATTAATATTAACTAAGGGACTAAAAAAATGTT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1751	ATATTAGTAAACACAATAATTAATATTAACTAAGGGACTAAAAAAATGTT	1800

C  AL935298.5	200	ATCTGGACATTGAGTCTGCTAATTGAACAAAGCAAACACTGCGAGGTTTA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1801	ATCTGGACATTGAGTCTGCTAATTGAACAAAGCAAACACTGCGAGGTTTA	1850

C  AL935298.5	150	CATATTTTGATTTAACAGAAAGAACATGTTATTAAGGTCAGCACAGTAAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1851	CATATTTTGATTTAACAGAAAGAACATGTTATTAAGGTCAGCACAGTAAT	1900

C  AL935298.5	100	ATGTCACTTAAGTTCACTTTAGCAAATGATTGACTGAAATATCTAGGAGG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1901	ATGTCACTTAAGTTCACTTTAGCAAATGATTGACTGAAATATCTAGGAGG	1950

C  AL935298.5	50	GGCCCTAACCAAACAATGGAGTGTAAAAGGAAACTTTCAACTATGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR932440.7	1951	GGCCCTAACCAAACAATGGAGTGTAAAAGGAAACTTTCAACTATGAATTC	2000

Overview

Query
AL935298.5 - 155911 bps
Hit
CR932440.7 - 78212 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001965200012000-1120001
289.11279446117628118073-114321
381.562997363429635031155312901
486.7123044731311317571708075231
587.0917734337034373761708074201
687.99260466248129461708975541
788.05137259111179111437-1730175511
888.661392287006270289129878301151
989.23147228123440123667129878301091
1089.48146230112463112692-129878301051
1189.191422275498755213129884301051
1290.97226321139309139629132423327431
1390.461422256753567759136751369701
1493.01142186123481123666-137085372701
1588.2770311442644527588-141708428581
1684.311553165046250777-142387426921
1781.651644315111751547-142859432831
1892.31401897005070238146144463381
1992.221431957654976743146146463381
2092.08259369153302153670-149200495651
2186.121963657642276786154573549321
2287.22203355123311123665154573549321
2383.01147350120422120771-154573549371
Short-link