<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX936462.20	196432	GAATTCTTAATTTGTTAAAATATTAGCCTGTTTTGCTTTTCTTTCTTTTT	196383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	182927	GAATTCTTAATTTGTTAAAATATTAGCCTGTTTTGCTTTTCTTTCTTTTT	182976

C  BX936462.20	196382	TTTTTTTAAAGATCCTGTTTACACACAATTCCCTAAACAGATTACGGACG	196333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	182977	TTTTTTTAAAGATCCTGTTTACACACAATTCCCTAAACAGATTACGGACG	183026

C  BX936462.20	196332	TTGCTATTAAATGACAGTTTTTCATGTTAATAAGCTTTTTATCTAAAATA	196283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183027	TTGCTATTAAATGACAGTTTTTCATGTTAATAAGCTTTTTATCTAAAATA	183076

C  BX936462.20	196282	ACATGAGCTCTGCGATATAAAGTGTGAACAGACAGAAAACAGCCCAGGAG	196233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183077	ACATGAGCTCTGCGATATAAAGTGTGAACAGACAGAAAACAGCCCAGGAG	183126

C  BX936462.20	196232	AAAAGTTACTCTTAGAACAAACGGGGAAAAACCTGATTACTTGTAAAAGG	196183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183127	AAAAGTTACTCTTAGAACAAACGGGGAAAAACCTGATTACTTGTAAAAGG	183176

C  BX936462.20	196182	GGCTTTATGTTAATGAAGTGAGTCTTTTCATTGCAATCAGGGATATATTA	196133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183177	GGCTTTATGTTAATGAAGTGAGTCTTTTCATTGCAATCAGGGATATATTA	183226

C  BX936462.20	196132	TGGATCTAAATCCCTCTTCTATTTTAAACGTTGATATGTAATTTAATGGG	196083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183227	TGGATCTAAATCCCTCTTCTATTTTAAACGTTGATATGTAATTTAATGGG	183276

C  BX936462.20	196082	GAAAAACTGCTCAGTGATCAGTGGTAACATTATAGCTGCATCTTATTTGT	196033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183277	GAAAAACTGCTCAGTGATCAGTGGTAACATTATAGCTGCATCTTATTTGT	183326

C  BX936462.20	196032	GCAAAAATGTTTACTTGTTGGTTAATATGAAATGATTTTTTTTAATTGCT	195983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183327	GCAAAAATGTTTACTTGTTGGTTAATATGAAATGATTTTTTTTAATTGCT	183376

C  BX936462.20	195982	GTTCTTGTTACAGTGCTGTCTGTCATTGTTGATTTTATTGCTATCTTAAC	195933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183377	GTTCTTGTTACAGTGCTGTCTGTCATTGTTGATTTTATTGCTATCTTAAC	183426

C  BX936462.20	195932	AGATTACTGCTTGAAAAGAAAGCCCAATTTCAACATTGTGAAGGTCTGAA	195883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183427	AGATTACTGCTTGAAAAGAAAGCCCAATTTCAACATTGTGAAGGTCTGAA	183476

C  BX936462.20	195882	ATGAGTCTGTGGTCCACTTTTAATGCAGGAACTCACACTGACTGCCTTAG	195833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183477	ATGAGTCTGTGGTCCACTTTTAATGCAGGAACTCACACTGACTGCCTTAG	183526

C  BX936462.20	195832	ATTCTACTTTACGTTCTACTGTCATATTTTGCTTCATATCCGTCAATGTG	195783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183527	ATTCTACTTTACGTTCTACTGTCATATTTTGCTTCATATCCGTCAATGTG	183576

C  BX936462.20	195782	TTTGGTCATAATCCATTAGTCTTGTGTGCACATTGTATTTAGCAGCTCTT	195733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183577	TTTGGTCATAATCCATTAGTCTTGTGTGCACATTGTATTTAGCAGCTCTT	183626

C  BX936462.20	195732	ACATCGGATACTTGAATGTTACCATTTGTACAACATACGTTTTAATTTTG	195683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183627	ACATCGGATACTTGAATGTTACCATTTGTACAACATACGTTTTAATTTTG	183676

C  BX936462.20	195682	GAGGACCTGAATGTGAAAATGTTCATGAAGCTCAATTAATTACACAGGAG	195633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183677	GAGGACCTGAATGTGAAAATGTTCATGAAGCTCAATTAATTACACAGGAG	183726

C  BX936462.20	195632	TTAAAAAAATTATAATAATTATCTTAAAGAAACTTAAAGGCACACTTGCA	195583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183727	TTAAAAAAATTATAATAATTATCTTAAAGAAACTTAAAGGCACACTTGCA	183776

C  BX936462.20	195582	GAATTTATATATACATATATATATATTAAATGAAAAGATGTGTCTTTATT	195533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183777	GAATTTATATATACATATATATATATTAAATGAAAAGATGTGTCTTTATT	183826

C  BX936462.20	195532	GTCAGCATTAGCAAACTGTACATACATAAATAGGCATAAACATTGTAATC	195483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183827	GTCAGCATTAGCAAACTGTACATACATAAATAGGCATAAACATTGTAATC	183876

C  BX936462.20	195482	ATAATTAATGTTTTGTCACATTTTCATTGTCATAACACACAAATTAAGAT	195433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183877	ATAATTAATGTTTTGTCACATTTTCATTGTCATAACACACAAATTAAGAT	183926

C  BX936462.20	195432	ACAATAATTAGATATCGGTAATAAAAGCACGCGTCTCTCATGGAGCTACA	195383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183927	ACAATAATTAGATATCGGTAATAAAAGCACGCGTCTCTCATGGAGCTACA	183976

C  BX936462.20	195382	TCAGTTACTGTTTTACATTTTGGGATTTAAAAAAAGTAAATCCATGCCAT	195333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	183977	TCAGTTACTGTTTTACATTTTGGGATTTAAAAAAAGTAAATCCATGCCAT	184026

C  BX936462.20	195332	AAAATAAAAATTTGAATTGCCATGCAAAATCTTATTTAAATAATAATAAT	195283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184027	AAAATAAAAATTTGAATTGCCATGCAAAATCTTATTTAAATAATAATAAT	184076

C  BX936462.20	195282	AATAATAACAATGAAAATATTTTTTTCTACAGTTTTAAATAATAAAAAAA	195233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184077	AATAATAACAATGAAAATATTTTTTTCTACAGTTTTAAATAATAAAAAAA	184126

C  BX936462.20	195232	TAAAAAATTAACACTTTTCTTAGTCTAAGCAAATAATTTTGGCCATTTTC	195183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184127	TAAAAAATTAACACTTTTCTTAGTCTAAGCAAATAATTTTGGCCATTTTC	184176

C  BX936462.20	195182	GTGGACGGTATAAGTGCAGTACCTTTTGCGTATGTCAGTGCTATTAAATA	195133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184177	GTGGACGGTATAAGTGCAGTACCTTTTGCGTATGTCAGTGCTATTAAATA	184226

C  BX936462.20	195132	CATAATATATGATTTATTTCTCTTCCGTTTCTTTGTACAGAAGAGCTTCA	195083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184227	CATAATATATGATTTATTTCTCTTCCGTTTCTTTGTACAGAAGAGCTTCA	184276

C  BX936462.20	195082	CCAGATTGACTGTCCAACACTAGTCTACATTGCAATGAGTTCAATAGTAC	195033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184277	CCAGATTGACTGTCCAACACTAGTCTACATTGCAATGAGTTCAATAGTAC	184326

C  BX936462.20	195032	GCATTTAGTGAAAAATGAAATTAGCAGCAGTAACTGTACAGGAACAGGAA	194983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184327	GCATTTAGTGAAAAATGAAATTAGCAGCAGTAACTGTACAGGAACAGGAA	184376

C  BX936462.20	194982	CATGTGTTCCTGGACATGTGGACAGAAACACATTCTGTGACCTGCAGTGA	194933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184377	CATGTGTTCCTGGACATGTGGACAGAAACACATTCTGTGACCTGCAGTGA	184426

C  BX936462.20	194932	ATTACAGGACGTATAAAAGCGTCAGTCAGTAAAATCTCATACAGGAGGTG	194883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184427	ATTACAGGACGTATAAAAGCGTCAGTCAGTAAAATCTCATACAGGAGGTG	184476

C  BX936462.20	194882	GGCCATTGGTGTAGCGCAGCATGGGATGAAAAGAGCGAGCGAAGTTGTTT	194833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184477	GGCCATTGGTGTAGCGCAGCATGGGATGAAAAGAGCGAGCGAAGTTGTTT	184526

C  BX936462.20	194832	GCGAGGGTACAGCTGTAGTCCTGCTCAGTCATGGGAACCAGACAGGTCAG	194783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184527	GCGAGGGTACAGCTGTAGTCCTGCTCAGTCATGGGAACCAGACAGGTCAG	184576

C  BX936462.20	194782	GCCCACTATGAGCAGCAGGAGGAGCTGCAGTGGCAGAGCCGCCCGGAGCA	194733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184577	GCCCACTATGAGCAGCAGGAGGAGCTGCAGTGGCAGAGCCGCCCGGAGCA	184626

C  BX936462.20	194732	CTCGCAGGAGGAAGGGCTGGCAGCGAACCACAGCAGCGCCACCTTGTGAC	194683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184627	CTCGCAGGAGGAAGGGCTGGCAGCGAACCACAGCAGCGCCACCTTGTGAC	184676

C  BX936462.20	194682	CCGGAGGAACCAGAGCGAGACGAATCGCAGCCAGAACCTCTGGCCAACCT	194633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184677	CCGGAGGAACCAGAGCGAGACGAATCGCAGCCAGAACCTCTGGCCAACCT	184726

C  BX936462.20	194632	ACAAAACATCAGAACAATAATAGATGATCAAATATTAGGCCATTCAAATA	194583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184727	ACAAAACATCAGAACAATAATAGATGATCAAATATTAGGCCATTCAAATA	184776

C  BX936462.20	194582	ATGAGCGCACACATAAATATTCAAAACTTGTGTTAGTCAGATTATTGTAT	194533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184777	ATGAGCGCACACATAAATATTCAAAACTTGTGTTAGTCAGATTATTGTAT	184826

C  BX936462.20	194532	GCTATTGAGTGATTTATTTTAAATAAATGCTTTTATTCTCAGCTTAAATT	194483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184827	GCTATTGAGTGATTTATTTTAAATAAATGCTTTTATTCTCAGCTTAAATT	184876

C  BX936462.20	194482	ATTAAAAACATTTTCAGTGAAACAAAATATAAACTTTAAATGAAAATTGA	194433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CR926887.9	184877	ATTAAAAACATTTTCAGTGAAACAAAATATAAACTTTAAATGAAAATTGA	184926

Overview

Query
BX936462.20 - 196432 bps
Hit
CR926887.9 - 184926 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019232000194433196432-11829271849261
285.4112524835706359531914393821
381.361213319694097270123212235491
483.68922481859718844132016322541
585.416236656996064132018323731
683.081494006813968538-132033324341
785.921222712585926129132156324321
885.651102167309273307147223474381
987.251552911855218842147244475331
1085.21773886818068567-147276476671
1183.971022659179792061-147387476481
1282.33120269144251144519-11098861101511
1386.2183145997169986011099811101251
1494.32187228101030101257-11532861535141
1584.73121280185531883211621131623871
1683.421574216814468564-11621471625741
1786.251112093558535793-11732341734441
1893.29125164113499113662-11732341733971
1986.9821469697297117-11732351733791
2088.897912914439614452411732451733701
2186.25121243193959194201-11800181802571
2288.99136226185651879011800181802441
2391.671321926837668567-11800371802281
Short-link