<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX511229.6	1	GAATTCTCATATGTAAACAGAACTCCTGGGTGAAAATAGTATTGTAATTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60493	GAATTCTCATATGTAAACAGAACTCCTGGGTGAAAATAGTATTGTAATTA	60542

BX511229.6	51	CAAGTTGAAAGGTTGAAATGTAAAAAAGTCAATAAGGTTGGTCAATAAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60543	CAAGTTGAAAGGTTGAAATGTAAAAAAGTCAATAAGGTTGGTCAATAAGT	60592

BX511229.6	101	TATAATAAAGTAAGTAAAAGGTCAGAATTGAGATTTAAACAGAATTCTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60593	TATAATAAAGTAAGTAAAAGGTCAGAATTGAGATTTAAACAGAATTCTGG	60642

BX511229.6	151	GAGAAACAAATCAAGAATAGAATAGAATAGAATAGAATAGAATTTCAAGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60643	GAGAAACAAATCAAGAATAGAATAGAATAGAATAGAATAGAATTTCAAGG	60692

BX511229.6	201	TAAAAACTTTTTGGGAGAGAAAATTTAGAATTCTGAAATGTAAAATCAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60693	TAAAAACTTTTTGGGAGAGAAAATTTAGAATTCTGAAATGTAAAATCAGA	60742

BX511229.6	251	ATAATAAAATAATCAAAATGTCTAAATGTAAACTCTGAAACCTTCTGGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60743	ATAATAAAATAATCAAAATGTCTAAATGTAAACTCTGAAACCTTCTGGGA	60792

BX511229.6	301	AAAAGCCAAAAAATATTTAAATGTAAACTCACAATTTCTTGAAATAGTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60793	AAAAGCCAAAAAATATTTAAATGTAAACTCACAATTTCTTGAAATAGTCA	60842

BX511229.6	351	GAATTCCAAAATGTAAATTCAGAATTCCAAAAGGGAAACATTAGATTTCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60843	GAATTCCAAAATGTAAATTCAGAATTCCAAAAGGGAAACATTAGATTTCC	60892

BX511229.6	401	AAAATTTAAATGCAAAATCTCCTTTTTAAGAAGTCAGAATTTCAAGATGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60893	AAAATTTAAATGCAAAATCTCCTTTTTAAGAAGTCAGAATTTCAAGATGT	60942

BX511229.6	451	AAACTCATAATTCCAGGAAAGAAAAGTCAGAATTCCCAGATGTAAACTAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60943	AAACTCATAATTCCAGGAAAGAAAAGTCAGAATTCCCAGATGTAAACTAG	60992

BX511229.6	501	AAATTTCAGAGGAAAAGTCAGAATTACGAATTGTAAACTTACAATTCCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	60993	AAATTTCAGAGGAAAAGTCAGAATTACGAATTGTAAACTTACAATTCCAA	61042

BX511229.6	551	AAGGGAAAAATTATATTTCCAAATATTTTATGCAAAATTTCCTTTAAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61043	AAGGGAAAAATTATATTTCCAAATATTTTATGCAAAATTTCCTTTAAAAA	61092

BX511229.6	601	AGTCAGAATTCCCAGATGTAAACTCAGAATTCTAAAAGGAAAAGTCAGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61093	AGTCAGAATTCCCAGATGTAAACTCAGAATTCTAAAAGGAAAAGTCAGAA	61142

BX511229.6	651	TTCCACAATGTAAATGCAGAATATCAAAGGAAAATTCAGAATTCCAAACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61143	TTCCACAATGTAAATGCAGAATATCAAAGGAAAATTCAGAATTCCAAACT	61192

BX511229.6	701	GTAAACTCAGTATTCCAAAAGGGAAAAATTAGATTTTCAAAATTTAAATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61193	GTAAACTCAGTATTCCAAAAGGGAAAAATTAGATTTTCAAAATTTAAATG	61242

BX511229.6	751	CAAATTCTCTTTTTACAAAAAGTCAGAATTCCCAGATGTAAACTCAGAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61243	CAAATTCTCTTTTTACAAAAAGTCAGAATTCCCAGATGTAAACTCAGAAT	61292

BX511229.6	801	TTAAAGTAAAAGTCAGAATTTTCTAATTGTAAACTAAAAATTACACAATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61293	TTAAAGTAAAAGTCAGAATTTTCTAATTGTAAACTAAAAATTACACAATT	61342

BX511229.6	851	TTAAATGCAAAATCTCCTTTCAAAAAAGTCAGAATTTCTAAATGTAAACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61343	TTAAATGCAAAATCTCCTTTCAAAAAAGTCAGAATTTCTAAATGTAAACT	61392

BX511229.6	901	CAGAATTCCAAAAGGAAAAGCCAGAATTTTAAAATTTAAACTCAGAATTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61393	CAGAATTCCAAAAGGAAAAGCCAGAATTTTAAAATTTAAACTCAGAATTC	61442

BX511229.6	951	CAGGTGAGAAAAGTCAGAATTCATAAATGTTAACTCAGAAATCCAGGAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61443	CAGGTGAGAAAAGTCAGAATTCATAAATGTTAACTCAGAAATCCAGGAGA	61492

BX511229.6	1001	GAAAAGTCAGAGGTCATAGATGTAAACTCAGAATTCTAAAAAAAATAAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61493	GAAAAGTCAGAGGTCATAGATGTAAACTCAGAATTCTAAAAAAAATAAAT	61542

BX511229.6	1051	AAAATTTAGAATACCAAAAGAAAAAAGTCAGATTTCCAAAATTTAAAACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61543	AAAATTTAGAATACCAAAAGAAAAAAGTCAGATTTCCAAAATTTAAAACC	61592

BX511229.6	1101	AGAATTCCTCAAATAAATTTCAGAATTACCAGATGTAAACTCAGTGCAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61593	AGAATTCCTCAAATAAATTTCAGAATTACCAGATGTAAACTCAGTGCAAA	61642

BX511229.6	1151	ATGTAAACTGAAATTTCTCATAAAACGTTGGAACTACGAGATATAAACTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61643	ATGTAAACTGAAATTTCTCATAAAACGTTGGAACTACGAGATATAAACTC	61692

BX511229.6	1201	AAAATTCCATGACAAAAGAATAAAAAACCATGAGAATTGCTAAATATAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61693	AAAATTCCATGACAAAAGAATAAAAAACCATGAGAATTGCTAAATATAGG	61742

BX511229.6	1251	CAAAACAATGACTAGAAGAATAAAGTCAGTTGCAAAACATAAACTCACAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61743	CAAAACAATGACTAGAAGAATAAAGTCAGTTGCAAAACATAAACTCACAA	61792

BX511229.6	1301	TGGTGGAAAAAGTCTGAATGGTGAACCATAAAGTCACATGCACCATTTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61793	TGGTGGAAAAAGTCTGAATGGTGAACCATAAAGTCACATGCACCATTTTT	61842

BX511229.6	1351	CTATTTGCATTGAGTGTCAGAAAGGAGCTTCCACTAAAAGCCTCCCCTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61843	CTATTTGCATTGAGTGTCAGAAAGGAGCTTCCACTAAAAGCCTCCCCTGT	61892

BX511229.6	1401	CTGCTATGGCTTAAGGGGGAAAGTGTGGAGTCAGTCTATAGTTATGCTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61893	CTGCTATGGCTTAAGGGGGAAAGTGTGGAGTCAGTCTATAGTTATGCTTG	61942

BX511229.6	1451	AGAGCTTAATAAAGTGATTAAGATTTGTGGTCTCCTGAGACTCAACCGTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61943	AGAGCTTAATAAAGTGATTAAGATTTGTGGTCTCCTGAGACTCAACCGTC	61992

BX511229.6	1501	AAAAGAACCATGAGGTGTTGGACTCGCTCATGAAATTACCTAGAGCTTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	61993	AAAAGAACCATGAGGTGTTGGACTCGCTCATGAAATTACCTAGAGCTTCT	62042

BX511229.6	1551	ACAGCAGCAAGACCATTTGTTAAATATCCCAGGGTTTTTTTTTCTCTGCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62043	ACAGCAGCAAGACCATTTGTTAAATATCCCAGGGTTTTTTTTTCTCTGCT	62092

BX511229.6	1601	TTCCTTATTTTGTCCTGTCTTTGTTTTGAGTTCTGCGCTCATTGATTTGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62093	TTCCTTATTTTGTCCTGTCTTTGTTTTGAGTTCTGCGCTCATTGATTTGG	62142

BX511229.6	1651	ATGTTAATGTTATTTGTGGACTTCATCATCATCATCATCATCGTCGTCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62143	ATGTTAATGTTATTTGTGGACTTCATCATCATCATCATCATCGTCGTCAC	62192

BX511229.6	1701	CCGCTCATCACCTCATCTTATTAATTTGTGCCGTCATTCCCTGTGTTTGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62193	CCGCTCATCACCTCATCTTATTAATTTGTGCCGTCATTCCCTGTGTTTGC	62242

BX511229.6	1751	TTCAAACAGAACGTAGATGTGTCTCGGCTGGCGGAAGAGGCTTTGTTAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62243	TTCAAACAGAACGTAGATGTGTCTCGGCTGGCGGAAGAGGCTTTGTTAAC	62292

BX511229.6	1801	AGTACCAGATCATCACTGAACGTTCCTCACAACAACATTATCTCATTCCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62293	AGTACCAGATCATCACTGAACGTTCCTCACAACAACATTATCTCATTCCC	62342

BX511229.6	1851	ATTTTATTCCAATCCTAAAATGCATTTGACACCTCAGAGATTATGAAGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62343	ATTTTATTCCAATCCTAAAATGCATTTGACACCTCAGAGATTATGAAGCA	62392

BX511229.6	1901	CTTGAGTCATTCAGATTTGTGTTCTTGTGTTTAATATTAAATTGCACTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62393	CTTGAGTCATTCAGATTTGTGTTCTTGTGTTTAATATTAAATTGCACTTT	62442

BX511229.6	1951	ATTCTAAATGCACACATATATACATATGAATTCATCTGCTGCTATGAAAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CR926125.7	62443	ATTCTAAATGCACACATATATACATATGAATTCATCTGCTGCTATGAAAG	62492

Overview

Query
BX511229.6 - 211986 bps
Hit
CR926125.7 - 62492 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001882200012000160493624921
284.45911781362013797-1495751361
387.16871461272012865-1496851151
483.58671412276922909-1499651351
587.372765001839518894-114232147381
690.673465119663697146114235147381
788.1711283436434491-117666177911
887.07199342126736127077-121142214891
990.76841192161921737-127609277271
1089.7273107102807102913-132087321931
1190.31422422521625457-133674339101
1283.64651634401244174133722338861
1381.21651497373873886133920340681
1484721473293833084140206403551
1579.91762293415834386140223404511
1684.26169360126738127097-142377427321
1786.941893512138721737142381427321
1884.89113230186966187195142503427271
1985.96167292166049166340149192494831
2085.881993532787528227149193495461
2183.71107305516820160838611441
2283.61106307346652161008613121
Short-link